Для собора была поставлена вполне определенная задача — окончательно уничтожить несторианство, причем под понятие «несториан» подводились все без различия, не признававшие одной природы после Воплощения: не только не отказавшиеся de facto от сочувствия Несторию восточные, но и совершенно православные Флавиан и Евсевий Дорилейский. Все было уже заранее направляемо к тому, чтобы устранить по возможности все препятствия к достижению этой цели и обеспечить полную победу над противниками.
Диоскор приглашался явиться на собор с десятью митрополитами и десятью епископами. Так как Феодорит мог быть самым опасным противником, он уже в указе, датированном 30 марта, отстранялся от участия в соборе; собору предоставлялось право вызвать его, если все отцы будут на это согласны, в случае же разногласия собор может действовать и без него. С Востока вызван был взамен того ревностный сторонник монофизитства архимандрит Варсума особым письмом императора (14 мая). Опасением, как бы Феодорит не появился все — таки на соборе, так как некоторые добиваются этого, мотивируется в особой грамоте на имя Диоскора назначение его председателем; Ювеналий и Фалассий должны были содействовать Диоскору. Командированному на собор комиту Елпидию с трибуном и нотарием Евлогием в императорской инструкции (15 мая) предписывалось строго следить за порядком на соборе и производящих смуту отдавать под стражу, пользуясь помощью от местных гражданских и военных властей. Противная партия, наоборот, оказывалась в невыгодном положении. Судившие Евтихия епископы допускались на собор первоначально без права голоса (кроме Флавиана было еще шесть — семь участников собора 448 г.). Домн Антиохийский в отсутствие Феодорита оказался, по — видимому, сам по себе беспомощным и проявил крайнюю неустойчивость. Папа, выразивший уже согласие с Флавианом по делу Евтихия, отправил, получив сакру о соборе 13 мая, своими представителями на соборе епископа Путеольского Юлия, пресвитера Рената и диакона Илария с посланиями на имя императора, Пульхерии, Флавиана («томос»), а также на имя собора (от 13 июня). Но Юлий был слишком стар и малоэнергичен, Ренат умер дорогой в Делосе, Иларий (посаженный на соборе ниже Варсумы) не мог многого сделать, так как главная роль должна была принадлежать Юлию (с ними был еще нотарий Дульцитий). Всех епископов перечисляется в начале первого заседания 127 и сверх того 8 представителей епископов, кроме них еще Иларий и Дульцитий; подписались также 135 епископов (с представителями), но при этом некоторые имена перечисленных существуют в начале, некоторые же появляются вновь. На заседании 22 августа было 110 епископов.
Стремясь во что бы то ни стало достигнуть поставленной цели — осуждения «несторианства» и всех «несториан», руководители собора нашли возможным и более удобным произвести суд над догматическими противниками, не выслушивая их объяснений, даже устранив от присутствия на соборе большую часть их; если некоторые из присутствовавших выступали с неудобными заявлениями и требованиями, на них не обращали внимания (заявления Флавиана и папских легатов). При своем властном характере, опираясь на своих параволанов, на толпу монахов и даже на военную силу, Диоскор мог терроризировать на соборе лиц, не обладавших достаточным мужеством и стойкостью убеждений. Но нужно заметить и то, что сам вопрос, который приходилось тогда решать, в той его резкой, но не представлявшей необходимых данных для удовлетворительного и ясного решения постановке, оказывался в то время настолько трудным, что колебания и резкие переходы от одного утверждения к другому являются совершенно понятными. И Диоскор мог производить влияние на собравшихся не одним лишь своим деспотизмом и насилиями, но и глубоким искренним убеждением в правоте своего дела, в том, что именно он защищает правую веру и идет лишь по стопам своих великих предшественников — Афанасия и Кирилла.
Первое заседание 8 августа посвящено было делу Евтихия, когда читаны были вначале императорские грамоты. Легаты Льва просили прочитать и его послание к собору, но оно было только принято, но не оглашено. Введен был затем Евтихий, жаловавшийся на несправедливое осуждение его за ересь. Флавиан заявил было о необходимости призвать на собор бывшего обвинителя Евтихия — Евсевия, но Елпидий решительно отклонил это, ссылаясь на волю императора, чтобы судьи теперь были подсудимыми и не выступали в качестве учителей. На предложенное затем Диоскором чтение актов собора 448 г. согласились и легаты, потребовав только, чтобы ему предшествовало чтение послания Льва. Евтихий при этом заметил, что для него легаты кажутся подозрительными, так как находятся в слишком дружественных отношениях к Флавиану. Диоскор отложил чтение послания до дальнейшего времени.
При чтении (в актах 448 г.) послания Кирилла «Εύφραινέσθωσαν» Евстафий Беритский указал на позднейшие его послания (Акакию, Валериану и Сукцессу), где говорится о единой воплотившейся природе Бога Слова. Выражение δύο φύσεις признано было далее несторианством и принимающие его анафематствованы. Прочитаны были по требованию Евтихия и протоколы комиссии для проверки актов 448 г. с целью доказать их неточность. Наиболее ясно выразившие тогда свое диофизитское исповедание епископы Василий Селевкийский и Селевк Амасийский теперь решительно отказались от своих прежних заявлений (Василий: анафематствуя «разделяющих единого Господа Иисуса Христа по соединении на два естества или ипостаси, или лица; осуждаю и отвергаю мои слова (μεμφόμενος και έπιλαμβανόμενος), которые я высказал о двух естествах в документах, составленных в царствующем граде; и покланяюсь единому естеству Божества Единородного (φύσιν της Θεότητος), вочеловечившегося и воплотившегося». Селевк: «Осуждаю свои слова, сказанные мной в славном Константинополе, в которых содержится, что должно проповедовать Господа нашего в двух естествах после соединения; анафематствую тех, которые Господа нашего Иисуса Христа после соединения разделяют на два естества, или на две ипостаси, или на два лица, и считаю их чуждыми церковного общения»). Флавиан признал заявление о неточности актов 448 г. неправильным. Последовала затем подача голосов об Евтихие. Ювеналий первый провозгласил Евтихия вполне православным (όρθοδοξότατον) и достойным восстановления в сан пресвитера и звания архимандрита. С этим согласились и другие (всех около 114), согласился и Домн Антиохийский, подавший голос после Ювеналия; Диоскор подал мнение последним. Из участников собора 448 г. имеются голоса Василия, Селевка и Этериха Смирнского. По просьбе монахов Евтихия (35 человек от имени трехсот) подвергшиеся отлучению от Флавиана были приняты в общение и восстановлены в прежних церковных должностях.
Чтобы обосновать осуждение Флавиана и Евсевия, Диоскор предложил прочитать, что было постановлено относительно веры Ефесским собором 431 г. Когда выслушано было 4–е деяние его (по делу Харисия), с запрещением составлять и предлагать обращающимся к Церкви иную веру кроме Никейской (7–е правило), то Диоскор потребовал письменно ответить на вопрос, можно ли исследовать или вводить что — либо новое вопреки этому (904А: παρά ταύτα ή ζητεΐν ή άνασκευάζειν). Отцы в общей форме выразили согласие с постановлениями собора 431 г. и признали неизменяемость веры 318–ти отцев (при этом Иларий опять напомнил о папских письмах). Тогда Диоскор прочитал поднесенный ему нотариями приговор, что между тем Флавиан и Евсевий, как видит это и сам собор, «все почти выдумали вновь перестроить» (φαίνονται… πάντα σχεδόν άνακινήσαντες και μετασκευάσαντες) и потому подлежат указанному отцами 431 г. наказанию — лишению сана. Флавиан отвечал на этот приговор словами: παραιτούμαι σε (apello a te — отвергаю твой суд). Иларий заявил: contradicitur (возражаю) — κοντραδίκιτουρ, ό έστιν άνπλέγεται. На просьбу митрополитов, которые попытались было, обнимая колени Диоскора (Онисифор Иконийский, Мариниан Синнадский, Епифаний Пергский и Нунехий Лаодикийский), смягчить приговор, Диоскор, поднявшись со своего трона, отвечал, как показывали они потом на Халкидонском соборе, окриком: «Бунт против меня поднимаете? Где комиты?» (832А: στάσιν μοι κινείτε; δός τους κόμητας). По приглашению комитов Елпидия и Евлоия в церковь вошел проконсул и солдаты с оружием и цепями, на отцев толпами наступали монахи Варсумы и параволаны Диоскора (828D). Когда одни из несогласных боялись сказать хоть слово против Диоскора, другие же готовы были уйти, Диоскор объявил: «Смотрите, кто не хочет подписаться, тот против меня» (829В: βλέπετε εΐ τις ού θέλει ύπογράψαι, προς έμέ εχει — показание Василия Селевкийского). Все отцы тогда подали голос против Флавиана и Евсевия, начиная с Ювеналия и Домна. Ураний нашел даже, что они заслуживают усекновения мечом. Хотя деяние не было еще написано набело, но отцев заставили тут же дать свои подписи на белых листочках, не выпуская их из церкви до вечера и приставив к ним солдат и монахов.
