Успехи господствующей партии в подавлении «несторианства» совершенно неожиданно, однако, были прерваны обвинением и осуждением в ноябре Евтихия. 8 ноября на Константинопольском σύνοδος ενδημούσα, когда уже были рассмотрены другие дела, Евсевий, еп. Дорилейский (во Фригии), некогда в звании адвоката выступивший одним из первых обличителей Нестория, подает собору записку с обвинением Евтихия в ереси с просьбой пригласить его на суд. На предложение Флавиана кончить дело путем мирных переговоров с Евтихием Евсевий отвечал, что он, как бывший друг Евтихия, уже много раз беседовал с ним и вполне убедился в его упорстве; идти к нему еще он находит совершенно бесполезным, поэтому он настаивает на своей просьбе. Собор принял тогда жалобу и отправил Евтихию приглашение явиться на собор.
На следующем заседании 12 ноября отцы (общим числом — 18) предварительно выразили собственный взгляд на догматический вопрос, заявив согласие с посланиями Кирилла «Καταφλυαρουσι» и «Εύφραινέσθωσαν» и высказав в кратких формулах при голосовании православное учение (Флавиан: εις έκ δύο φύσεων, Василий Селевкийский,
Селевк Амасийский: εις έν δύο φύσεσι (Сел.: μετά ένανθρώπησιν), Юлиан Косский: δύο φύσεις έν ένι προσώττω). На приглашение собора, как об этом заявлено было на заседании 15 ноября, Евтихий отвечал, что он не может выйти из монастыря, потому что обещал пребывать в нем, как в гробе, неотлучно до конца жизни, что Евсевий лишь по вражде к нему обвинил его; но из беседы с ним послов обнаружилось, что он отвергает, что Христос έκ δύο φύσεων, и не признает единосущия Его по плоти с нами. На второе приглашение он отвечал (15 числа) тоже отговорками (ссылка на болезнь, обещание прислать записку). Собору заявлено было между тем об агитации против Флавиана, которую он начал вести между константинопольскими монахами. После трех дальнейших заседаний (16 числа Евтихий попытался было послать вместо себя ответчиком архимандрита Авраамия; 17–го — приглашавшие его в третий раз послы сказали, что он просит отсрочки на неделю; 20–го — он приглашен на 22 число) он явился, наконец, на собор 22 ноября, на 7–е заседание.
Светская власть явно стояла на стороне Евтихия. Он явился в сопровождении не только толпы монахов, но и отряда солдат и полицейских чиновников, и его отпустили на собор лишь под условием, что ему будет потом предоставлена свобода. Император не доверял православию и беспристрастию отцев собора, и по его повелению в заседании должен был присутствовать как его представитель патрикий Флорентий. Истцу и ответчику предложено было стать посередине, и начато было чтение акта 12 ноября. После разных уклончивых ответов Евтихий признал в дальнейших рассуждениях, хотя очень неохотно и с оговорками, единосущие нам Христа по плоти, но что Христос из двух естеств по соединению, отказался признать: из двух природ Христос, по нему, до соединения, по соединении — уже одна природа. На требование анафематствовать свои выражения Евтихий отвечал, что боится через это анафематствовать св. отцев, ибо у Кирилла и Афанасия говорится об одной природе — по соединении, и просил прочитать писания Афанасия. Ссылки его на отцев, однако, были оставлены без внимания. Флавиан констатировал сходство учения Евтихия с заблуждениями Валентина и Аполлинария и от имени собора провозгласил ему приговор — лишение сана и отлучение. Постановление подписали 32 епископа и потом 23 представителя от монашества. Во время шума, сопровождавшего осуждение Евтихия, последний заявил Флорентию, что он апеллирует к епископам Римскому, Александрийскому, Иерусалимскому и Фессалоникийскому. Флорентий сообщил об этом Флавиану уже по выходе Евтихия из заседания. Флавиан, однако, обнародовал приговор собора, так как непосредственно самому собору осужденный ничего не сказал об апелляции.
Восточные могли лишь с радостью приветствовать решение Константинопольского собора. Между прочим, осуждение Евтихия благоприятно отразилось на деле обвиняемого Ивы. Судьи, заседавшие сначала в Тире, потом в Берите, потом опять в Тире (1–25 февраля 449 г.), хотя и не сочувствовали ему, но находили нужным ввиду судьбы Евтихия быть осторожными и предпочли окончить дело миром и освобождением его от суда. Против Ивы предъявлялся целый ряд обвинений, касавшихся и его православия, и деятельности, и поведения его как митрополита. Ему ставили в вину сказанные будто бы за три года перед тем в присутствии клира слова: «Я не завидую Христу, сделавшемуся Богом, потому что насколько Он сделался Богом, настолько сделался и я». Ива отвергал это обвинение. Обвиняли его и в том, что он отзывался как о еретике о Кирилле Александрийском и устно — в прошедшем году, и письмом в послании к Марию Персу, в котором он, вскоре после соглашения 433 г., уведомляя адресата об этом событии, излагал кратко, со своей точки зрения, историю предыдущего спора и в 12–ти главах Кирилла усматривал ересь Аполлинария (πάσης ασεβείας πεπλήρωται ταϋτα…), восхваляя в то же время «блаженного» Феодора как «глашатая истины и учителя Церкви». Ива не отрицал в этом случае, что пока Кирилл не принял исповедания восточных и не истолковал своих глав, он, как и другие восточные, анафематствовавшие Кирилла, считал его неправомыслящим. Судьи нашли возможным опереться на благоприятные для него показания большей части его клира и удовлетворились данным им письменным объяснением о его вере и обещанием анафематствовать Нестория. Улажено было дело, так или иначе, и по другим обвинительным пунктам (когда, например, Ива обещал назначить для управления церковным имуществом экономов).
Скоро, однако, дела приняли совсем иное направление. Господствующая партия поспешила употребить все средства, чтобы отразить непредвиденный удар и достичь полного торжества. Сам Евтихий, согласно заявленному им ранее намерению, апеллировал к папе Льву, отправив ему свое изложение веры и выписки из отцев против учения о двух природах (подложные: пап Юлия и Феликса, Афанасия Великого, Григория Чудотворца). Обращался он и к другим епископам (Петру Равеннскому, несомненно — и к восточным). Папа сначала стал было на сторону Евтихия (18 февраля), но когда после некоторого замедления акты по делу Евтихия получены были наконец в Риме, выразил согласие с решением собора (21 мая). Но, поддерживаемый императором и Диоскором, Евтихий мог надеяться на реабилитацию и независимо от папы. По предъявленному против Флавиана Евтихием обвинению в несторианстве император потребовал (весной 449 г.) от самого Флавиана исповедания веры. Флавиан подтвердил признанное им на соборе учение (έν δύο φύσεσι όμολογοϋνιες τον Χριστόν μετά την σάρκωσιν — έν μια ύπστάσει και έν ένί προσώπω), не отвергнув, однако, и спорного выражения μία φύσις, но с непременным дополнением — σεσαρκωμένη (και μίαν μέν του Θεοϋ λόγου φύσιν, σεσαρκωμένην μέντοι και ένανθροοτυήσασαν λέγειν ούκ αρνούμεθα); Нестория и всех учащих о двух Сынах или двух ипостасях и лицах он анафематствовал. По мысли Диоскора, дело Евтихия должно было быть рассмотрено на Вселенском соборе, и 30 марта Феодосии издал указ о созвании 1 августа в Ефесе Вселенского собора. Акты собора 448 г., осудившего Евтихия, между тем были заподозрены в неточности, и по просьбе Евтихия император приказал произвести пересмотр их в собрании епископов под председательством Фалассия Кесарийского и в присутствии уполномоченных Евтихия (8, 13 апреля). Каких — либо важных неточностей, однако, не оказалось. Обвиняли еще собор и в том, что бумага об осуждении Евтихия была составлена еще до суда над ним (27 апреля). В это же время обнаружилось в Эдессе недовольство Ивой; народ его более не хотел принимать и требовал низложения. Президу Херею поручено было рассмотреть дело на месте (разбор был в апреле 12, 14, 18). Потом оно было включено в круг дел, предназначенных к решению на предположенном Вселенском соборе (27 июля).
От Ефесского собора 449 г. («Latrocinium» [ «Разбойничий»], как назвал его папа Лев Великий в письме к императрице Пульхерии от 20 июля 451 г., «σύνοδος ληστρική» — у Феофана) сохранилось в греческом подлиннике деяние первого его заседания, бывшего не 1 августа, как назначалось это в указе, а 8 числа, читанное на Халкидонском соборе и занесенное в его акты. Затем, в сирийском переводе известно еще деяние другого заседания, от 22 августа; часть его была издана по рукописи Британского музея еще в 1867 г. Perry; немецкий перевод сделан Hoffman'ом (1873 г.), французский — Martian'ом (1874–1875 гг.), английский — Perry (1877 (с изданием подлинника) и 1881 гг.). Нужно предполагать, кроме того, и еще заседания (например, 20 августа), хотя главные действия собора сосредоточиваются именно в этих двух. Источником сведений о соборе являются, кроме того, показания его участников (Диоскора, Стефана Ефесского, Василия Селевкийского и др. — на Халкидонском соборе) и современников (Евсевия Дорилейского, Феодорита, папы Льва) и сведения, сообщаемые в сочинениях исторического характера (Вгеviculum hist. Eutych., Либерат, Евагрий).
