Когда в Москву съехались архиереи для избрания нового митрополита, Иоанн призвал их к себе и просил их простить и разрешить его за противный канонам четвертый брак, на который он уже вполне самовольно решился. Грозный избрал в супруги Анну Колтовскую. Иерархи не посмели отказать в том царю, застращавшему своими казнями всю Россию. Однако покаянный тон царя все же воодушевил епископов наложить на самодержца 3-летнюю епитимью. В первый год царь, которого приравняли к оглашенным древней Церкви, не должен был входить в храм (по этой причине Иоанн велел сделать пристройку к Благовещенскому собору в Кремле, из которой в оконце наблюдал за богослужением). На второй год — на Пасху — царю разрешалось войти в храм, вкусить пасху и после этого стоять на богослужениях в храме, но с кающимися. После второй Пасхи, за которой царю уже давали вкусить антидор, он мог стоять в храме с верными, но не имел права причащаться. И лишь после третьей Пасхи Иоанн мог вновь приступать к Святым Тайнам. Правда, при этом делалась оговорка, которая давала Иоанну надежду на то, что епитимья не будет продолжительной: в случае войны с неверными царь освобождался от несения епитимьи, которую принимал в таком случае на себя Освященный собор (правда, непонятно, как архиереи могли понести такое прещение, как отлучение от Причастия). Епископы также сугубо оговаривали, что разрешение дается царю в виде исключения, и никто из простых смертных не должен дерзать совершить подобное же.
Поначалу Иоанн, сыгравший в мае 1572 г. свадьбу с Колтовской, взялся было нести епитимью. Но уже в начале августа, после получения известия о победе над татарами, царь стал присутствовать за литургией в храме и вскоре забыл о своем временном отлучении. После этого не прошло и трех лет, как он развелся с Анной Колтовской и отправил ее в монастырь. В дальнейшем Иоанн, не утруждая более архиереев, сам решает проблемы в личной жизни. Он сожительствует то с княжной Марией Долгоруковой, то с Анной Васильчиковой, то с Василисой Мелентьевой, статус которых был более официальным по сравнению с положением великого множества иных девиц и женщин, ставших жертвой Иоаннова сладострастия. Многие из них были впоследствии, когда прискучили царю, казнены или пострижены в монашество. Наконец, в 1580 г. Иоанн женился на Марии Нагой (традиционно ее считают седьмой в ряду официальных жен Иоанна Грозного), которую все же нарицал царицей. Именно она стала матерью будущего царевича-мученика святого Димитрия Углицкого. Однако и этот брак царь не считал пределом: уже незадолго до смерти Иоанн при живой жене пытался свататься к родственнице английской королевы Елизаветы — Марии Гастингс, но получил вежливый отказ.
В мае 1572 г. Московским митрополитом был избран архиепископ Полоцкий Антоний (отвоеванный у Литвы Полоцк в это время ненадолго вошел в состав Московского царства). При Антонии получили продолжение усилия царя, направленные на ограничение церковного землевладения. На соборе 1573 г. были запрещены земельные пожертвования в крупные монастыри. Передача земель в бедные обители дозволялась только с разрешения царя. В 1580 г. состоялся еще один собор, на котором вновь был поднят вопрос о церковном землевладении. Разоренное тиранической политикой государство нуждалось в средствах, и взор царя опять обратился к церковным имуществам. Собор запретил отдавать в монастыри земли «на помин души» и повелел заменять их денежным эквивалентом, отдавая сами имения дальним родственникам или государю. Также монастырям и епископату было запрещено покупать вотчины, брать имения под залог и вообще увеличивать церковные земли. В случае необходимости иметь земли для пропитания братии (например, при основании нового монастыря), велено было обращаться к царю — «бить челом государю». Такие образом, собор 1580 года существенно ограничил экономическую независимость Церкви. Соборное решение стало поворотным моментом в истории монастырского землевладения, что было связано, с одной стороны, с возраставшими притязаниями государства, с другой, — с имевшими место злоупотреблениями, которые в это время все чаще стали встречаться в монастырской жизни. Тем самым был сделан крупный шаг в направлении еще большего подчинения Церкви государству.
В начале 1581 г. митрополит Антоний скончался. На его место в том же году был поставлен митрополит Дионисий, до этого бывший игуменом новгородского Варлаамо-Хутынского монастыря. При нем Иван Грозный скончался 18 марта 1584 г., будучи по традиции постриженным к моменту смерти в монашество с именем Ионы. Митрополит Дионисий в мае того же года венчал на царство сына Грозного — Феодора Иоанновича, которому суждено будет стать последним представителем Московских Рюриковичей на Российском престоле. Новому царю досталось тяжелое наследство — безумное и кровавое правление Иоанна Грозного привело разоренное своим же монархом Московское государство к состоянию, близкому к полному краху. Это хорошо сознавали лучшие представители Церкви и государства. Поэтому в июле 1584 г. был созван церковный собор, целью которого стало оказание помощи правительству в создавшихся кризисных обстоятельствах. Подтвердив решения собора 1580 г., иерархи пошли еще далее. Было принято решение о выплате государственных податей с церковных земель, которые ранее не взимались. Правда, мера эта объявлялась временной — «ради оскудения воинского чина до государева указа, пока земля не поустроится». Также был введен государственный налог на церковную торговлю.
К сожалению, митрополит Дионисий был втянут в пучину боярских заговоров против всесильного правителя Бориса Годунова — шурина царя Феодора Иоанновича, который почти полностью отошел от дел управления страной. Дионисий встал на сторону Шуйских и вместе с ними просил царя Феодора развестись с женой — Ириной Годуновой — по причине ее бесплодия. Борис сумел принять ответные меры, и горячо любивший Ирину Феодор велел наказать наветчиков. Ввязавшийся в столь мало приглядное дело Первоиерарх, тем не менее, продолжал отстаивать свою противную христианскому учению о браке позицию и защищал недругов Бориса. Вследствие этого конфликта между церковной и светской властями митрополит в 1587 г. был лишен кафедры и сослан в Хутынский монастырь. Вместе с ним пострадал и архиепископ Крутицкий Варлаам, также участвовавший в заговоре Шуйских против Годунова, — он был сослан в новгородский Антониев монастырь.
Новым митрополитом Московским и всея Руси в 1587 г. стал святой Иов, прежде бывший архиепископом Ростовским и Ярославским. Через два года митрополит Иов первым из Предстоятелей Русской Церкви получил патриаршее достоинство. Его правление открывает новый период русской церковной истории — патриарший.
Православие в Западной Руси после заключения Брестской унии
После завершения работы двух Брестских соборов — православного и униатского, участники которых взаимно предали друг друга анафеме, королю Сигизмунду III надлежало утвердить деяния одного из них. Разумеется, будучи активным устроителем дела Брестской унии, король принял сторону униатов и утвердил деяния их собора. Тем самым Сигизмунд признавал лишенными сана и преданными анафеме всех епов и священнослужителей, оставшихся верными Православию. Король своим указом от 15 декабря 1596 призвал своих русских подданных не слушаться их и не иметь с ними общения, но признавать только перешедших в унию мта Михаила Рогозу и епов-изменников.
Однако требование короля, желавшего, чтобы все его православные подданные приняли унию и подчинились Риму, явилось нарушением существовавших в Речи Посполитой прав и свобод, в том числе и свободы вероисповедания. Брестская уния была введена в государстве исключительно королевской властью, без согласия Генерального сейма. Монархия в Речи Посполитой отнюдь не была абсолютной, магнаты и шляхта имели обширные права, которые существенно ограничивали власть короля. Например, официально за аристократией было закреплено право создавать против короля т. н. «конфедерации» и даже вести военные действия в случае, если он нарушал права магнатерии и шляхты. И хотя в польско-литовском законодательстве царила страшная неразбериха, и существовало множество взаимоисключающих законодательных актов, все же благодаря этому можно было изыскать возможности воспротивиться вводимой в приказном порядке Брестской унии. Прежде всего, оскорбленная покушением на свою религиозную свободу православная шляхта потребовала рассмотрения этого дела на сейме, что и было предпринято вскоре после Собора 1596
В Речи Посполитой имелись все предпосылки к тому, чтобы Православная Церковь, восстановив свою структуру, продолжила свое существование. Помимо декларированной в Польше религиозной свободы, православные могли опереться на четкие канонические основания. Экзарх КПлского пха в Западной Руси св. Никифор Кантакузин, чьими трудами главным образом и был проведен православный Брестский Собор, продолжал свои решительные действия.
