Когда началась Гражданская война, в Житомире расположились вражеские войска, и население города находилось в бедственном положении. В своем приходском храме отец Аркадий организовал Свято-Николаевское братство, оказывающее посильную помощь всем нуждающимся, больным, также братство хоронило умерших — тех, которых хоронить было больше некому. Отец Аркадий вместе с членами братства предпринимал паломничества к православным святыням, в частности в Киев. Паломничества осуществлялись в виде крестных ходов — люди проходили пешком с песнопениями и иконами по двести километров. По дороге паломники останавливались в святых местах, чтобы помолиться. Свято-Николаевское братство получило довольно широкую известность — в Житомир стали приезжать люди из других городов.
Отец Аркадий побуждал своих духовных детей не только к жертвенности, но и к откровенному стремлению к нищете, показывая лично пример этой жертвенности. Так, однажды он вышел из Житомира в сапогах, а в Киев пришел уже в лаптях: просто по дороге ему встретился бедняк, с которым отец Аркадий поменялся обувью. В следующий раз священник подарил бедной вдове свою шубу, а какому-то человеку отдал свои единственные брюки, после чего зашил полы подрясника, чтобы они не распахивались и не было видно нижнего белья. У отца Аркадия не было никаких личных вещей, а в его небольшой комнате стояла только самая необходимая мебель.
Служению Господу священник отдавал все свое время, часто задерживаясь до двух, а то и до трех часов ночи в храме, куда люди приходили на исповедь в любое время — они знали, что отец Аркадий никому не откажет, как бы он ни устал.
В 1920 году Житомир заняли большевики, а через два года по всей стране прокатилась волна изъятия ценностей из храмов. Отец Аркадий огласил в церкви послание патриарха Тихона относительно изъятия ценностей, в котором предлагалось отдавать государству только вещи, не имеющие большого значения в богослужении. Это было поводом для ареста. Арестовали сразу двоих священников: отца и сына. Отец Аркадия — священник Иосиф — умер в тюрьме. А Аркадию на открытом судебном процессе предъявили обвинение в чтении послания патриарха Тихона. Это чтение суд истолковал как контрреволюционное. Вызванные свидетели отзывались о священнике только положительно, характеризуя его как человека исключительной доброты и бескорыстия, который всю свою жизнь посвятил служению Богу и людям. Но прокурор обратил эти показания против отца Аркадия, сказав, что проповедуемые священником религиозные идеи противоречат идеям советского общества — такие «элементы», как священник Аркадий, не только не нужны Советскому государству, но и очень вредны для него.
Советский суд приговорил отца Аркадия к расстрелу. По некоторым данным, во время чтения приговора священник заснул, и конвоирам пришлось даже будить его, чтобы сообщить о решении суда. После оглашения приговора отец Аркадий произнес: «Что ж, благодарю Бога за все. Для меня смерть — приобретение». А возмущенная паства стала хлопотать о смягчении приговора, после чего расстрел был заменен пятью годами заключения, которые священник отбывал в Житомирской тюрьме. Пока он находился за решеткой, его жена потребовала развода и, получив его от отца Аркадия, вышла замуж за офицера Красной армии. Детей у них не было, поэтому священник воспринял этот развод как знак, что после освобождения ему надо принять постриг.
1924 год стал в некотором роде счастливым для многих священнослужителей, получивших «сроки» по делам об изъятии церковных ценностей, потому что в этом году вышло постановление всех их освободить. Выйдя из тюрьмы, отец Аркадий поехал сразу же помолиться в Дивеевский монастырь, где ему встретилась блаженная Мария Ивановна. Она очень внимательно посмотрела на приехавшего священника и сказала: «Будешь епископом, но из тюрьмы не выйдешь». В том же году отец Аркадий был пострижен в мантию с оставлением того же имени. Постриг он принял в Саровской Успенской пустыни.
Вернувшись из Сарова в Житомир, иеромонах Аркадий все свое время и силы стал отдавать братству. На одной из открыток, подаренной духовной дочери, он написал слова, которые в такой же степени относил и к себе: «Не тот блажен, кто хорошо начинает, но кто хорошо заканчивает подвиг свой. Посему подвиг покаяния и борьбы со страстями должен быть пожизненным».
В начале 1926 года иеромонах Аркадий был возведен в сан архимандрита, а в сентябре того же года был рукоположен в Москве в епископа Лубенского, викария Полтавской епархии. И почти сразу же после хиротонии, в октябре того же года, владыка был арестован и выслан в Харьков. В 1928 году епископ был вновь арестован, его дело рассматривал заместитель председателя ОГПУ Ягода, он же и выписывал ордер на арест. Как преступление Аркадию вменялось его письмо к лубенской пастве. После допроса епископа заключили в Бутырскую тюрьму. После окончания следствия было составлено обвинение епископа Аркадия в антисоветской деятельности. Коллегия ОГПУ постановила заключить владыку в концлагерь сроком на пять лет.
В конце июля епископ был отправлен с партией заключенных в Соловецкий концлагерь. Людей везли в товарных вагонах, набитых до отказа. Стояла 30-гра-дусная жара, и людям, которые не могли даже сесть, не хватало воздуха.
Многие заключенные не выдерживали и умирали в пути, трупы вытаскивали только на остановках. Именно в таких условиях ехал на Соловки епископ Аркадий и тысячи других «врагов народа»…
12 августа епископ Аркадий прибыл в Соловецкий концлагерь, там он был определен на самую тяжелую работу. Но через месяц епископа перевели в другую роту и назначили сторожем. Сторожем Аркадий был до мая 1929 года, после чего его вновь отправили на общие работы — рытье дренажных колодцев.
В лагере епископа помещали то в барак, где в основном были уголовники, то туда, где в заключении находилось только духовенство, но и на преступников, и на священнослужителей епископ оказывал только благотворное влияние. Разумеется, лагерному начальству это было не по душе, поэтому оно переводило его с места на место.
Условия пребывания в лагере еще более утяжеляли большое число осведомителей и постоянное наблюдение за заключенными. На каждого узника был заведен секретный формуляр, в котором отмечалось все: его разговоры, поведение, как он работает и, конечно же, убеждения.
В частности, о епископе Аркадии было написано так: «Лагерному распорядку не подчиняется… группировал вокруг себя служителей культа, ведя среди них агитацию против обновленческого направления… Требует строгой изоляции и неуклонного наблюдения».
В октябре 1930 года Аркадия перевели во 2-ю роту поселка Савватиево, где он получил место сторожа, в 1931 году епископа опять поставили на общие работы, а через некоторое время — снова сторожем. В то время жизнь заключенных была такова, что они долго не задерживались на одном месте — их постоянно тасовали, как колоду карт…
В январе 1931 года заключенный поселка Савватиево, бывший на воле начальником отделения милиции, послал в секретную часть лагеря донос на епископа Аркадия и других священников. Начальство тут же обратило на донос свое пристальное внимание. Было допрошено множество свидетелей, показания которых лагерным властям отнюдь не трудно было повернуть в нужное русло.
Несколько раз вызывался на допрос и епископ Аркадий, но это уже было простой формальностью. Обвинение в контрреволюционных разговорах и в общении с вольными Соловецкими монахами было в то время достаточно серьезным, в особенности для «уже мотавшего срок» Аркадия. Дело было отправлено на рассмотрение «тройки» ОГПУ, которая приговорила епископа к пяти годам заключения в концлагере. Сразу же после вынесения приговора в качестве наказания Аркадия отправили на некоторое время на Секирную Гору.
Нам ни о чем не говорит это название, а у современников епископа Аркадия данное словосочетание вызывало ужас. Секирная Гора представляла собой некое подобие внутренней тюрьмы с самым суровым режимом. Если там иногда и кормили, то в основном гнилыми или протухшими продуктами, причем в самых мизерных количествах — просто, чтобы заключенные не умерли с голоду… В этой тюрьме было два отделения — верхнее и нижнее. Целыми днями заключенные верхнего отделения должны были сидеть на жердочках, не доставая ногами до пола, вплотную друг к другу. Ночью разрешалось прилечь на голом каменном полу, правда, укрываться было нечем — узникам Секирной Горы одеяла были не положены. Заключенных было такое количество, что им приходилось спать всю ночь на одном боку. Стоит сказать, что все окна в камере были разбиты, поэтому зимние месяцы превращались для несчастных узников в настоящую пытку — выживали не все. Правда, через некоторое время заключенных из верхнего отделения переводили в нижнее и тогда им разрешали работать, но работу давали самую тяжелую. Епископ Аркадий выдержал все тяготы и ужасы Секирной Горы и был переведен в основной лагерь на Соловки.