При следовании эскадры к Босфору она попала в шторм, и корабль «Св. Троица» и акат «Ирина», получившие повреждения, были отправлены в Севастополь для исправления повреждений. В конце августа они присоединились к эскадре.
23 августа эскадра подошла к Босфору и на следующий день встала на якорь у Буюкдере — пригороде Константинополя. Султан и население турецкой столицы с восторгом приветствовали прибытие русской эскадры. Ей пришлось довольно долго простоять в Босфоре, пока шли переговоры с турками. На происходящих в присутствии Ф.Ф. Ушакова совещаниях русского посланника с великим визирем обсуждался план предстоящих действий русско-турецкого флота. В совещании принял участие также английский представитель С. Смит. Участники совещания приняли решение освободить от французов Ионические острова и оказать поддержку английским морским силам у берегов Египта.
Ионические острова (Корфу, Паксос, Левкада, Кефалония, Итака, Закинф (Занте), Китира (Цериго) и несколько мелких островов), протянувшиеся вдоль побережья Эпира и Морей (Греции и Албании), а также города Бутринто, Парга, Превеза и Воница на побережье Эпира, принадлежавшие ранее Венеции, были присоединены в 1797 г. к владениям Франции по Кампоформийскому мирному договору. Ионические острова имели большое стратегическое значение, так как являлись ключевой позицией для продвижения в Турцию и обеспечивали возможность господства в Адриатике и в восточной части Средиземного моря. Наполеон подчеркивал: «Острова Корфу, Занте и Кефалония важнее для нас, чем вся Италия».
Ф.Ф. Ушаков 31 августа направил письмо вице-адмиралу Г. Нельсону, в котором сообщал о плане совместных действий соединенной русско-турецкой эскадры против французов и с просьбой сообщить сведения о противнике и свои намерения для координирования действий.
К этому времени главные силы английского флота, после того как Г. Нельсон разбил французский флот при Абукире, были заняты блокадой испанского флота в Кадиксе и французского в Бресте. У Египта для блокады Александрии оставались три линейных корабля и три фрегата. Сам Г. Нельсон с эскадрой находился у Палермо. Мальту блокировала англо-португальская эскадра.
Эскадра еще не вышла из Босфора, а Ушаков 2 и 6 сентября направляет рапорты в Адмиралтейств-совет и Павлу I о необеспеченности эскадры средствами для выплаты порционных денег офицерскому составу и покупки провизии для команд. Турки обязались снабжать объединенную эскадру продовольствием, а также предоставлять войска для десантных операций, но в дальнейшем неоднократно нарушали свои обещания.
9 сентября русская эскадра пришла в Дарданеллы, где соединилась с турецкой адмирала Кадыр-бея. Состав соединенного русско-турецкого флота под общим командованием Ф.Ф. Ушакова;
Российская эскадра
Линейные корабли: 84-пуш. «Св. Павел» (флаг вице-адмирала Ф.Ф. Ушакова, капитан 1-го ранга Е.П. Сарандинаки), 74-ггуш. «Св. Петр» (капитан 1-го ранга Д.Н. Сенявин), 74-пуш. «Захарий и Елисавета» (капитан 1-го ранга И.А. Селивачев), 72-пуш. «Богоявление Господне» (капитан 1-го ранга А.П. Алексиано), 72-пуш. «Св. Троица» (контр-адмирал И.Т. Овцын, капитан 2-го ранга И.С. Поскочин), 68-пуш. «Мария Магдалина» (капитан 2-го ранга Г.И. Тимченко).
Фрегаты: 50-пуш. «Григорий Великия Армении» (капитан-лейтенант И.А. Шостак), 48-пуш. «Св. Михаил» (капитан 2-го ранга А.А. Сорокин), 46-пуш. «Св. Николай» (капитан-лейтенант П.П. Марин), 44-пуш. «Сошествие Св. Духа» (капитан-лейтенант К.К. Константинов), 44-пуш. «Казанская Богородица» (капитан-лейтенант Т. Мессер), 40-пуш. «Навархия» («Вознесение господне») (капитан-лейтенант граф Н.А. Войнович), 32-пуш. «Счастливый» (капитан-лейтенант Г.Г. Белле).
Авизы: 18-пуш. акат «Св. Ирина» (лейтенант А.Е. Влито), 14-пуш. судно «Красноселье» (лейтенант A.M. Рябинин), 14-пуш. судно «Панагия Апотуменгана» (капитан морских батальонов Е. Скандраков).
Итого: 6 кораблей, 7 фрегатов, 3 малых судна, всего 16 единиц.
Турецкая эскадра
Линейные корабли: 86-нуш. под флагом капитан-бея Кадыр-бея[3], 80-пуш. под флагом патрон-бея (вице-адмирала), 76-пуш. под флагом реал-бея (контр-адмирала) Ахмет-бея, 74-пуш. капитана Ибрагима.
Фрегаты: капитана Гусейна, капитана Аббаса, капитана Зейнера, капитана Сулеймана, капитана Херим, капитана Ахмета.
Корветы: капитана Мустафы, капитана Гусейна, капитана Али-бея, капитана Мегмета.
14 канонерских лодок
Итого: 4 корабля, 6 фрегатов, 4 корвета, 14 канонирских лодок, всего 28 судов.
Таким образом, соединенный флот насчитывал 44 вымпела — 10 линейных кораблей, 13 фрегатов, корвет, 3 малых судна, 14 канонерских лодок.
12 сентября Ушаков пишет командующему английской Средиземноморской эскадрой Г. Нельсону и командиру английского отряда при Александрии командору С. Смиту о посылке в помощь англичанам к берегам Египта десяти турецких канонерских лодок. Уже 14 сентября отряд капитана 2-го ранга А.А. Сорокина — фрегаты «Св. Михаил», «Богородица Казанская», два турецких фрегата и 10 турецких канонерских лодок — вышел из Дарданелл и направился к острову Родос и далее к Александрии для содействия английскому отряду командора Сиднея Смита.
Ф.Ф. Ушаков намеревался выйти в море 16 сентября, но противный ветер задержал его. 20 сентября русско-турецкий флот вышел из Дарданелл и направился в Архипелаг. Впервые русские военные корабли вышли из Черного моря — это событие исторического значения.
Освобождение Ионических островов Ф.Ф. Ушаков начал с острова Китира (Цериго). В соответствии с ордером адмирала 24 сентября русские фрегаты «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и судно «Панагия Апотуменгано» аля связи с эскадрой под общим командованием капитан-лейтенанта И А Шостака отделились от флота и направились к о-ву Цериго. И А. Шостак должен был вручить жителям острова письменное воззвание Ф.Ф. Ушакова, призывавшее их к совместным действиям против французов. 28-го отряд подошел к острову и высадил десант, занявший небольшое укрепление Св. Николая, оставленное французами. Гарнизон острова перешел в крепость Капсали, защищенную высокими стенами. В тот же день к острову подошел весь флот (10 линейных кораблей, 7 фрегатов, 4 корвета, 7 малых судов). 29 сентября у крепости Капсали был высажен десант под командованием капитана Д. Никонова (550 человек, в том числе 300 турок), а под стенами крепости установлены две батареи. Орудия для них пришлось с большим трудом переносить на руках по гористой местности.
29 сентября Ф.Ф. Ушаковым был направлен ордер капитану 2-го ранга АА Сорокину, находившемуся с отрядом у берегов Египта, о следовании с отрядом к острову Цериго для присоединения к эскадре, в случае подтверждения известия об уничтожении англичанами французских судов в Александрии.
1 октября после упорного сопротивления была взята крепость Капсали. Она была атакована с суши и с моря — тремя фрегатами и авизо, с «Григория» и «Счастливого» был высажен десант (300 человек) под командованием И.А. Шостака, Потерь ни русские, ни турки не имели. У французов — 9 убитых и много раненых. В качестве трофеев досталась 31 пушка.
Сразу же после взятия Цериго у Ф.Ф. Ушакова появились новые, не свойственные флотоводцу дипломатические функции: надо было определить, какое установить на острове административное правление. До Петербурга было далеко, а быстро развивающиеся события требовали действовать безотлагательно. Адмирал объявил населению, что на острове вводится самоуправление. Начальником крепости Капсали Ф.Ф. Ушаков 4 октября назначил поручика Диаманти.
6 октября флот покинул Цериго и, оставив там небольшой отряд, направился к острову Закинф (Занте), куда, задержанный противным ветром, прибыл 13-го. Накануне к острову подошли фрегаты «Григорий Великия Армении» и «Счастливый», под командованием капитан-лейтенанта А.А. Шостака отправленные Ф.Ф. Ушаковым вперед.
Они артиллерийским огнем разрушили береговые батареи французов и высадили десант (350 человек), к которому присоединились вооруженные жители острова. Ф.Ф. Ушаков, прибыв к острову, приказал десанту штурмом взять крепость Занте. Но штурм не состоялся, так как комендант крепости предложил перемирие. 14 октября была подписана капитуляция.
Сдавшийся гарнизон (47 офицеров и 444 нижних чина) получил разрешение на почетный выход из крепости. В крепости и на батареях было взято 62 пушки, часть из которых погрузили на фрегаты. У Занте была взята в плен французская полуталера Комендантом крепости на острове Занте Ф.Ф. Ушаков назначил мичмана М.Н. Васильева.
Чтобы ускорить освобождение архипелага, Ф.Ф. Ушаков и Кадыр-бей решили разделить объединенную эскадру на отряды. От Занте были отправлены три отряда для действий против французских гарнизонов на островах Кефалония, Левкада и для блокады Корфу.
Отряд капитана 2-го ранга И.С. Поскочина — корабль «Св. Троица», фрегаты «Сошествие Святого духа», «Счастливый», авизо «Красноселье» и турецкий фрегат — 14 октября был отправлен к острову Кефалония, к которому подошел 15-го. На остров был высажен десант 56 человек. На следующий день были высажены еще 164 человек, и 17 октября десант овладел без сопротивления двумя городами — Аргостолион и Ликсурион, крепостями Ассос и Сталамье и двумя укреплениями. В плен было взято 208 французов и 56 пушек, большое количество пороха и ядер.
