Чтобы ускорить освобождение архипелага, Ф.Ф. Ушаков и Кадыр-бей решили разделить объединенную эскадру на отряды. От Занте были отправлены три отряда для действий против французских гарнизонов на островах Кефалония, Левкада и для блокады Корфу.
Отряд капитана 2-го ранга И.С. Поскочина — корабль «Св. Троица», фрегаты «Сошествие Святого духа», «Счастливый», авизо «Красноселье» и турецкий фрегат — 14 октября был отправлен к острову Кефалония, к которому подошел 15-го. На остров был высажен десант 56 человек. На следующий день были высажены еще 164 человек, и 17 октября десант овладел без сопротивления двумя городами — Аргостолион и Ликсурион, крепостями Ассос и Сталамье и двумя укреплениями. В плен было взято 208 французов и 56 пушек, большое количество пороха и ядер.
18 октября отряд капитана 1-го ранга Д.Н. Сенявина — корабль «Св. Петр», фрегат «Навархия», турецкие корабль и фрегат — отправился к острову Левкада (Св. Мавры). 21 октября, подойдя к острову, отряд высадил десант — 487 человек (в том числе 40 турок) при 10 офицерах с 6 орудиями под командованием капитан-лейтенанта графа Н.Д. Войновича, на остров и материк, от которого Левкада отделен узким мелководным проливом 23 октября построенная русскими батарея открыла огонь по крепости Св. Мавры и десантники приступили к ее осаде, французы ожесточенно отвечали из орудий и ружей. 25 октября Д.Н. Сенявин предложил французам сдать крепость, но они отказались вести переговоры. До конца месяца на остров было высажено 674 человек и 10 орудий, к десанту присоединились сотни вооруженных жителей острова.
20 октября отряд капитана 1-го ранга И.А. Селивачева: корабли «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне», фрегат «Григорий», корабль и два фрегата турецких — отправлен к острову Корфу. 24 октября этот отряд подошел к крепости и приступил к ее блокаде. Турецкий линейный корабль и два фрегата заняли северный пролив, русских два линейных корабля и фрегат — южный. Корабли постоянно находились под парусами. На рейде Корфу были заблокированы французские корабли: новый 74-иушечный «Женерё», 54-пушечный «Леандр», 32-пушечный фрегат «Брюн», 24-пушечный бомбардирский корабль «Фримёр», бриг и несколько вспомогательных и гребных судов. И.А. Селивачев по прибытии к острову предложил гарнизону крепости сдаться, но получил отказ.
29 октября корабль «Богоявление Господне» взял в плен французскую 18-пушечную шебеку. Ее назвали «Макарий» и включили в состав эскадры.
Быстрому освобождению крепостей Св. Мавры и Корфу препятствовали враждебные действия Али-паши Янинского. Этот наместник султана в Эпире был неограниченным властителем земель на восточном побережье Адриатического моря, фактически независимым от турецкого правительства. Он имел около 10 тысяч пехоты и 3 тысяч конницы, а при необходимости мог довести численность пехоты до 40 тысяч и конницы — до 10 тысяч. Али-паша стремился использовать войну для расширения своих владений. Он тайно вел переговоры с французскими гарнизонами крепостей, предложив им заключить союз против русских и сдать крепости Св. Мавры и Корфу ему. Надежда на поддержку Али-паши продлила сопротивление французов. Али-паша сам пытался захватить французские владения в Эпире. В октябре 1798 г. его войска заняли и разграбили город Превезу. Русскому адмиралу удалось путем дипломатических переговоров с Али-пашой помешать осуществлению его планов. По просьбе населения Ф.Ф. Ушаков объявил города Паргу, Бутрино, Превезу и Воницу находящимися под покровительством России и Турции.
Ф.Ф. Ушаков 21 октября направил Павлу I рапорт об освобождении островов Кефалонии и Св. Мавры и следовании соединенной эскадры к острову Корфу для его блокады.
21 — 23 октября эскадра Ф.Ф. Ушакова перешла к острову Кефалония. Здесь им было получено сообщение от Д.Н. Сенявина, что на острове Св. Мавры гарнизон более чем в 500 человек своими силами расположенную на крутом утесе, окруженном со всех сторон водой, крепость взять не сможет. Поэтому Ф.Ф. Ушаков направил 28 октября к Корфу на помощь отряду И А Селивачева корабль «Св. Троица» с двумя турецкими фрегатами под командованием капитана 2-го ранга И.С. Поскочина. Эти суда прибыли к Корфу 31 октября 1798 г.
С остальными кораблями Ф.Ф. Ушаков 29 — 31 октября перешел к острову Левкада (Св. Мавра), которую блокировал А.Н. Сенявин. Авизо «Красноселье» (лейтенант А.М. Рябинин) остался как брандвахтенный пост у острова Кефалония. 2 ноября после 10-дневной осады и бомбардировки крепость Св. Мавры капитулировала,
В крепостях освобожденных островов союзники взяли много трофеев. Пленные гарнизоны были перевезены в Патрас и оттуда отправлены в Константинополь. Гарнизон острова Китира (Цериго) и офицерский состав других гарнизонов были отпущены на родину с обязательством не участвовать в войне против союзников. 26 октября русский фрегат «Счастливый» и турецкий фрегат, приняв пленных французов, направились к полуострову Морея.
Население Ионических островов встречало русских как освободителей, помогая им в борьбе против французов. После изгнания французов на островах были созданы органы самоуправления. Ф.Ф. Ушаков оставил им в помощь небольшие отряды (по 25 человек). Адмирал написал вице-президенту Адмиралтейств-коллегий Г.Г. Кушелеву о желании населения освобожденных Ионических островов остаться под русским управлением, а также с просьбой о присылке на эскадру историографа, художника и переводчика.
3 ноября Ф.Ф. Ушаков направил Г. Нельсону письмо с извещением об освобождении от французов островов Цериго, Занте, Кефалония, Св. Мавры и начатой блокаде острова Корфу. В нем он просил также сообщить «о местопребывании вашем с английскою эскадрою и какие вами в той стороне чинятся предприятия и деятельности...»
Полномочный министр при неаполитанском правительстве В.В. Мусин-Пушкин-Брюс 6 ноября сообщил Ф.Ф. Ушакову просьбу неаполитанского правительства об оказании содействия неаполитанским войскам. Ушаков ответил ему о возможности перехода эскадры к Анконе лишь после взятия Корфу и ремонта кораблей эскадры.
9 ноября эскадра Ф.Ф. Ушакова («Св. Павел», «Мария Магдалина», фрегаты «Св. Николай» и «Счастливый») пришла к Корфу и встала на якорь в бухте Мисанги. У острова Св. Мавры остались линейный корабль «Св. Петр» и фрегат «Навархия» для установления порядка на острове.
Союзные русско-турецкие силы у Корфу насчитывали всего восемь линейных кораблей, семь фрегатов и малых судов. Остальные суда в составе небольших отрядов находились у берегов Египта, Морей и Ионических островов.
Остров Корфу — самый северный и самый крупный в Ионическом архипелаге, служил базой французов в северо-восточной части Средиземноморья. Он был наиболее укреплен. В июне 1797 г. в порт острова вошла французская эскадра, доставившая более трех тысяч человек, составивших гарнизоны оккупированных островов. В своих дальнейших захватнических планах в восточном Средиземноморье Бонапарт отводил Корфу роль опорной базы своих морских и сухопутных сил.
Крепость Корфу, построенная венецианцами и модернизированная французами, считалась одной из сильнейших крепостей на Средиземном море. Она была расположена на скалистом полуострове, выдвинутом в пролив Корфу. На восточной оконечности полуострова — мысе Сидеро, круто поднимающемся над морем на 64 м, находилась цитадель (Старая крепость), отделенная от города глубоким каналом, через который был переброшен подъемный мост. Город Корфу был также окружен глубоким рвом и высоким двойным валом с бастионами.
С суши город был защищен Новой крепостью с укреплениями в скале и тремя фортами — Сан-Авраам, Сан-Роке и Сальвадор, соединенными подземными ходами. С моря крепость прикрывалась высоким скалистым островом Видо, служившим ключевой позицией ее обороны. На нем располагались пять мощных батарей и центральный редут, соединенные засеками. Ушаков назвал Видо ключом Корфу.
Гарнизон крепости Корфу, которым командовал дивизионный генерал А.Ф.Ж. Шабо, состоял из 3,7 тысячи человек (в том числе на острове Видо под командой генерала Пиврона — 821 человек). В Корфу и на острове Видо имелись 650 орудий разных калибров. Гарнизон был обеспечен полугодовым запасом продовольствия.
Линейные корабли «Женере», «Леандр» и фрегат «Брюн», стоявшие вместе с мелкими судами в гавани Мандракио, своим огнем могли содействовать обороне крепости с моря. Они имели на борту более 200 орудий, экипажи насчитывали около 1,5 тысячи моряков.
Отсутствие достаточного количества сухопутных войск и осадной артиллерии вынудили Ф.Ф. Ушакова в ожидании прибытия остальных отрядов установить тесную блокаду крепости с суши и моря. Подготовку к взятию крепости начали с постройки на берегу вблизи укреплений крепости осадных батарей.
Адмирал 10 ноября направил B.C. Томаре письмо, в котором сообщал о недостатках в снабжении эскадры продовольствием и об отсутствии средств для обмундирования личного состава эскадры.
