Из-за малого состава Сибирской флотилии приходилось посылать случайные корабли. Так, в 1887 г. в состав кораблей Сибирской флотилии вошёл построенный в Норвегии специальный минный заградитель «Алеут». По своему парусному вооружению он именовался шхуной Корабль предназначался для постановки и охраны минных заграждений у Владивостока. Для этого он снабжался двумя паровыми катерами. Он имел водоизмещение 842 т и скорость 12 узлов. Автономность по углю у него была всего трое суток, поэтому для дальних переходов приходилось грузить уголь в специальных мешках (вместимость около 6 пудов каждый). Их было заказано 300 штук{38}. Во время перехода на Дальний Восток корабль выдержал сильный шторм в Атлантическом океане. Видимо, это подвигло морского министра отправить 13 августа этот корабль для осмотра Берингова моря и снятия в конце октября караула с о. Тюлений{39}. По плану после осмотра Берингова моря «Алеут» должен был до 25 октября 1887 г. снять караул с острова. Однако в назначенный срок караул снят не был, для его перевозки был направлен корвет «Витязь» под командованием С.О. Макарова, а в отношении шхуны появилось предположение, что она затёрта льдами в северных широтах. Были отправлены задания всем консулам в портах США для опроса моряков и выяснения судьбы «Алеута». Моряки шхуны «Элиза» сообщили, что встречали российский корабль у берегов Чукотки в районе залива Провидения. Руководство мероприятиями по оказанию помощи морякам взял на себя император Александр III. Местными властями на Чукотке и Камчатке были высланы специальные команды для осмотра побережья, были заложены склады продовольствия в местах, где мог высадиться потерпевший бедствие экипаж. Но 7 декабря поступило сообщение о возвращении «Алеута», задержанного штормами, в Петропавловск-Камчатский. Начатые поисковые мероприятия были свёрнуты. На компенсацию убыли в связи с этими мероприятиями (павших собак, закупленные припасы и т.д.) пришлось потратить 1038 руб. 59 коп.{40} В телеграмме к управляющему Морским министерством царь писал: «Благодарю за истинно радостное известие. Слава Богу, что “Алеут” вернулся благополучно. Весьма интересно будет прочесть рапорт командира Александр»{41}.
Донесение командира о его походе было представлено царю. Виза монарха на докладе гласила: «Весьма интересно, но плавание ужасно. Слава Богу, что кончилось благополучно». А доклад был действительно интересный. В ходе плавания «Алеут» добрался до залива Лаврентия, что почти у самого мыса Дежнёва. Началось плавание без особых происшествий. На переходе на Север вели наблюдение за влиянием корабельного электричества на компасы и при подходе к проливу Лаперуза вели поиск якобы виденного там англичанами камня, но не нашли его. Видимо, это был один из тех многочисленных ложных объектов, о которых сообщали моряки. Затем шхуна зашла на о. Тюлений и снабдила его гарнизон водой. Начальник караула лейтенант С. Россет рассказал, что когда караул прибыл на место, на острове было невозможно находиться из-за вони от разлагающихся трупов котиков со снятыми шкурами, убитых браконьерами до прибытия туда караула. В Петропавловске экипаж принял уголь и воду, помылся в бане. Погрузка угля затруднялась отсутствием в петропавловском складе каких-либо приспособлений. Выйдя в Берингово море, корабль встретился с ветрами до 8 баллов, осмотрел Командорские острова и вошёл в залив Провидения. В заливе находилось 3 — 4 американских шхуны. Кораблю приходилось несколько раз гоняться за браконьерскими шхунами, но выводы командира о них очень интересны. Командир «Алеута» считал, что для пресечения воровской (незаконной) торговли американцев недостаточно крейсеров, перехватывающих американцев. Необходимы поставки товаров, т.к. у чукчей нет ни одного русского ружья, а только американские. Там, куда заходят американские шхуны, чукчи курят только американский табак, а от русской махорки отказываются, не в пример тем, которые прибывали на «Алеут» в более южных районах, и были такие охотники до русской махорки, что даже отказывались от водки. Чукчи боятся русского крейсера больше, чем грабителей-американцев, так как тот лишает их необходимых припасов. Чукчи просили на шхуне пороху, сухарей и свинца, но ничего этого на борту не было.
В дальнейшем корабль патрулировал берега Чукотки в условиях сильных штормов. А 6 октября корабль оказался на грани гибели. От шторма по палубе пошли трещины по палубе и у минного трюма. Только благодаря героическим усилиям моряков и качественной работе норвежских корабелов удалось заделать пробоины и 20 ноября добраться до Петропавловска.
Так из-за экстремальных условий реальная обстановка на Дальнем Востоке была доведена до главы государства. Меры по усилению охраны дальневосточных вод и снабжению окраин были приняты.
Надо заметить, что в начале XX века правящие круги пытались привлечь флот и к освоению лесных концессий (до середины XIX века лесное хозяйство контролировало морское ведомство, ведя учёт пригодных для кораблестроения деревьев). На Сибирской флотилии получили телеграмму адмирала Авелана с просьбой осмотреть леса на о. Дажелет (Уллындо). В этот период правительство России пыталось закрепиться в Корее, организовав компанию по освоению её лесных ресурсов. Однако командующий флотилией вице-адмирал Гильтебрант отказался от данного предложения, сославшись на отсутствие специалистов по лесоводству, а офицеры не могут быть таковыми. Если компании, организующей концессию, необходима такая информация, то она могла бы послать своих представителей{42}. Предполагалось, что для осмотра лесов к Уллындо отправится крейсер «Разбойник» во время учебного плавания, но после двухмесячной переписки от данной затеи отказались. Однако в начале 1900 г. канонерская лодка «Манджур» ходила к острову для охраны его лесов от самовольных порубок японцев{43}.
Охрана промыслов на Дальнем Востоке была одной из основных задач Сибирской флотилии. Так, в 1908 г. при походе к берегам Камчатки «Манджуром» за различные нарушения был прекращён промысел 8 японских шхун. В ответ японцы направили туда 2 крейсера. Хищнический промысел восстановился с прежней силой. Только после окончания Второй мировой войны удалось лишить японских рыбаков прав на лов рыбы в наших водах, предоставленных им на основании Портсмутских соглашений об окончании Русско-японской войны. К началу XX века организация охраны промыслов была в достаточной мере отработана и налажено взаимодействие с охранными структурами наших соседей (США и Канады). Хотя к этому времени почти все промысловые стада были уже уничтожены. Однако после революции 1917 г. и Гражданской войны у наших берегов вновь появились группы браконьеров. Существовавшая ранее система охраны природных богатств рухнула. Наступила пора экономической и политической разрухи. О развале экономики на Дальнем Востоке говорит такой маленький факт — патрульным судам пришлось выпускать собственные деньги, чтобы выплачивать жалованье членам своего экипажа. В каталогах бон приводится обнаруженные коллекционерами 5-процентные краткосрочные обязательства Государственного казначейства выпуска 1920 г. (выпущены во Владивостоке) с печатью крейсера «Командор Беринг»{44}. По данным на сентябрь 1920 г., крейсеру «Лейтенант Дыдымов» удалось арестовать несколько японских кунгасов за незаконную ловлю устриц (оказывается, их экипажи получили от японских властей разрешения на лов в российских водах), но в последующие 2 года даже эти действия прекратились. Таможенные крейсера ушли из вод Камчатки{45}. Царившая в годы Гражданской войны разруха активизировала действия браконьеров. Была даже попытка занять принадлежащий России остров Врангеля. В 1921 г. британская (канадская) компания В. Стефансона подняла на острове британский флаг. В 1923 г. на остров прибыла шхуна «Данальсон» под командованием Гарольда Нойса, также высадившая группу колонистов и промысловиков. Претендовали на остров и США. Поэтому после установления советской власти на Дальнем Востоке начальник и комиссар Морских сил Дальнего Востока И.K. Кожанов и его начальник штаба В.В. Селитренников забили тревогу. Их поддержал командующий 5-й армией И.П. Уборевич. Постановлением Совета Труда и Обороны СССР в сверхсметном порядке было выделено 158 630 рублей на организацию похода. Приказом начальника Морских сил Дальнего Востока была создана Особая гидрографическая экспедиция на о. Врангеля{46}. В июле 1924 г. для подъёма государственного флага СССР на этом острове к его берегам была отправлена канонерская лодка «Красный Октябрь» (в прошлом портовый ледокол «Надёжный») под командованием начальника экспедиции Б.З. Давыдова, комиссар М.А. Домниковский{47}. Командиром ледокола был назначен Е.М Воейков — начальник оперативного отдела штаба Морских сил ДВ.
Подойдя 20 августа к о. Врангеля, советские моряки обнаружили группу охотников компании Вильямура Стефансона, промышлявших белых медведей и песцов. Возглавлял группу из 13 эскимосов американец Уэллс Кроме промысла Уэллс производил геологическое обследование острова. Стефансон, отправляя своих сотрудников на о. Врангеля, говорил им, что остров теперь принадлежит США, и велел поднять на нём американский флаг. Промысловики подняли в местах своей деятельности британские и американские флаги. После определения размера причинённого ущерба иностранцы были выдворены с территории нашей страны. Кроме того, находясь у берегов Чукотки, моряки «Красного Октября» обнаружили на мысе Пузино геодезический знак, установленный моряками корабля Береговой охраны. Знак был снят, а по факту его установки позднее была отправлена нота правительству США (надпись на знаке гласила, что он является собственностью Соединённых Штатов и установлен на американской территории). Попутно в советских водах была задержана канадская шхуна. 29 октября экспедиция вернулась во Владивосток{48}. Для участников этого похода был учреждён специальный знак, по композиции повторявший знак участников экспедиции Б. Вилькицкого, открывших архипелаг Северной земли (Земли Николая II).