Царское правительство проявляло заботу о развитии транспортного флота, хотя и далеко не достаточную. Поэтому в случае угрозы военных конфликтов приходилось прибегать к закупке предназначенных для переоборудования судов за границей. Так пришлось действовать во время войны с Турцией в 1877—1878 гг. и во время Русско-японской войны. Резерв для флота могли бы составить рыбопромысловые суда, но большая часть рыболовецкого промысла осуществлялась на парусных лодках в прибрежной зоне. Только с конца XIX века начинается строительство рыболовных и промысловых судов для добычи морского зверя. Так, в конце века только в промысле рыбы в Амурском регионе участвовали 5 пароходов, 16 паровых и 14 моторных катеров, 14 парусно-моторных и 6 парусных шхун, а также 1000 мелких судов. Эти корабли и суда могли бы привлекаться для создания сил флота для решения таких задач, как борьба с минами. Особое значение для России с её замерзающими морями имело развитие такого класса кораблей, как ледоколы. Так, построенный по идее С.О. Макарова ледокол «Ермак» сделал Кронштадт доступным для судов круглый год. Для Владивостока был построен ледокол «Надёжный», прибывший в порт 23 мая 1897 г.
В 1891—1897 гг. во Владивостоке был построен сухой док цесаревича Николая длиной 183 м, но судоремонтные возможности порта оставались недостаточными, для ремонта крупным тихоокеанским кораблям приходилось уходить или в Японию, или на Балтику. С 1890 г. начинается строительство приморской крепости во Владивостоке. В 1889 г. 11 сентября правительственным указом Владивосток был преобразован в крепость 4-го разряда. Начинается возведение цепи фортов для защиты города со стороны суши. До этого в 1870—1888 г. шло строительство береговых батарей для защиты от нападения с моря. По табели 1893 г. предполагалось иметь в её гарнизоне две бригады с частями усиления и 189 орудий. Недостатком береговых батарей крепости было то, что они были сосредоточены на берегах пролива Босфор Восточный и не защищали город от обстрела из Уссурийского залива.
Во второй половине XIX века постоянной практикой станет посылка корабельных соединений в дальние походы — в Средиземное море и в Тихий океан. Эти походы станут школой подготовки моряков и командиров кораблей. Наибольшей интенсивности эти походы достигнут на рубеже веков. Так, в январе 1902 г. в плавании находилось 44 военных корабля. Однако, несмотря на активные походы большого числа кораблей, уровень подготовки морских офицеров продолжал оставаться недостаточным. Особенно слабо была развита у русских морских офицеров самостоятельность и активность в достижении поставленных целей.
Флот постоянно привлекается к обеспечению интересов внешней политики страны и демонстрации флага на заграничных территориях. Вторая половина XIX века проходит в соперничестве двух самых крупных держав того времени — России и Великобритании. Особенно острым было соперничество за контроль над Средней Азией. В продвижении российских войск в центральные районы материка британское правительство видело угрозу главной ценности Британской империи — Индии. Поэтому нахождение в океане российских кораблей служило важным инструментом внешней политики.
Первой крупной операцией, когда флот был привлечён к обеспечению внешнеполитических задач, была экспедиция в США в 1863—1864 гг. В это время в США шла гражданская война, в которой сепаратисты-южане пользовались поддержкой Великобритании и Франции, заинтересованных в получении из южных штатов хлопка для своей текстильной промышленности. В то же время в принадлежавшей России части Польши началось восстание. Восставшие пользовались поддержкой общественного мнения западноевропейских стран, правительства которых выступили с заявлениями, осуждающими действия России. Для подкрепления позиции российского МИДа в порты США (Нью-Йорк и Сан-Франциско) скрытно были переброшены крейсерские эскадры из Кронштадта и Дальнего Востока под командованием адмиралов С.С. Лесовского и А.А. Попова. Среди участников этой операции был кадет Николаевского морского училища С.О. Макаров. Совпадение интересов США и России (прибытие в американские порты российских кораблей удержало Великобританию от вмешательства в гражданскую войну) способствовало успеху всего мероприятия. Угроза действий российских крейсеров на океанских коммуникациях позволила дипломатам урегулировать спорные вопросы с Британией и Францией. На долгие годы создание океанских рейдеров станет основой теории крейсерской войны, позволяющей бороться с британским флотом и воздействовать на общественное мнение Англии. Однако опыт этот не получил критической оценки. Надежды, что США всегда будут оказывать поддержку крейсерским операциям российских крейсеров, не имели под собой основания — ведь Великобритания была их крупнейшим торговым партнёром. Не было предпринято необходимых мер по созданию сети заморских баз и колониальных владений на тихоокеанских островах. Хотя предпосылки к этому были, ведь весьма значительная часть островов Тихого океана была или открыта, или нанесена с необходимой точностью на карту именно российскими моряками. Характерный пример этого — название полинезийского архипелага острова Россиян[8]. Установление протектората над полинезийскими архипелагами не требовало значительных капиталовложений и могло быть проведено под прикрытием пропаганды христианства среди языческих народов. Но в то время, когда острова числились «ничейными»[9], этих мер не предприняли, а когда спохватились, абсолютное большинство этих территорий было присоединено к мировым колониальным империям. Не имели успеха и попытки в начале и середине XIX века занять острова вблизи мировых морских путей. Попытка (не санкционированная Петербургом) основать в 1814—1817 гг. факторию Русско-Американской компании на Гавайских островах Атуа и Оаху была свёрнута, скорее всего, из-за того, что разрешение на её основание давал вождь острова Атуа Томари, проигравший королю Камехамеха I борьбу за господство над архипелагом{51}. В 1861 г. была попытка закрепиться на островах Цусима, где корвет «Посадник» под командованием Н.А. Бирилёва арендовал порт Имосаки. Однако под давлением британских дипломатов пришлось отказаться от строительства там военно-морской станции{52}. Когда же во время войны 1877—1878 гг. попытались вновь развернуть крейсерскую эскадру в США, попытка не увенчалась полным успехом. Хотя удалось купить три парусно-винтовых корабля и построить один на американской верфи Крампа (на которой впоследствии будут строиться КР «Варяг» и ЭБР «Ретвизан»), но развернуться для действий в океане не удалось.
Попытки приобрести океанские базы в 80-е гг. успеха не имели. Именно для этой цели российский флот поддерживал экспедиции Н.Н. Миклухо-Маклая на Новую Гвинею, и во время похода на «Витязе» С.О. Макаров исследовал острова Нукухива и Филиппинский архипелаг. Так, в 1882 г. Н.Н. Миклухо-Маклай пытался увлечь великого князя Алексея Александровича и самого императора Александра III идеей закрепления за Россией или исследованного им берега Новой Гвинеи, или островов Адмиралтейства, или островов Палау. Интересно, что на последних в годы Второй мировой войны находилась база японского императорского флота Для исследования островов, на которых рассматривалась возможность создания складов с запасами для Тихоокеанской эскадры, в апреле 1882 г. был отправлен корвет «Скобелев». Исследованные места были признаны удобными для стоянки, но организовывать на них ВМБ признали ненужным. С военной точки зрения посчитали, что создание угольной станции будет невыгодным из-за удалённости островов от предполагаемых районов боевых действий и больших штилевых зон, делающих пополнение запасов топлива на этих островах бессмысленным. Считалось, что переход к этим пунктам и обратно потребует большего количества угля, чем может принять корабль. Идея приобретения островов обсуждалась до 1885 г., но решение о присоединении данных территорий к российским владениям так и не было принято. К сожалению, здравое предложение Н.В. Копытова о том, что выгоднее всего организовать частное купеческое предприятие для занятия этих территорий, не нашло продолжения{53}. В дальнейшем (в ноябре 1882 г.) для осмотра островов Адмиралтейства, Палау и берега Маклая было предписано отправить клипер «Африка» под командованием капитан-лейтенанта Благодарёва. В соответствии с инструкцией результатом этих плаваний должно было стать приобретение пункта, на котором можно было поднять свой флаг{54}. Во время знаменитою плавания адмирала (тогда капитана 1-го ранга) С.О. Макарова на корвете «Витязь» задача поиска мест стоянок для российских кораблей была одной из основных, поставленных ему на поход. Произошедший незадолго до этою кризис на афгано-российской границе поставил отношения между Россией и Великобританией на грань войны. Поэтому в задании на поход «Витязя» особо оговаривалось нежелание следовать через британские порты и во время плавания предписывалось в Европе заходить только в военные базы, а за её пределами — в те порты, где имелась возможность телеграфной связи{55}. Предписывалось осмотреть Маркизские острова и острова Вашингтон. Во время своего знаменитого плавания корвет под командованием С.О. Макарова осмотрел острова Нукухива (на них была стоянка во время перехода на Дальний Восток), Филиппинские острова, побережье Китая и Вьетнама (в частности, были осмотрены бухты Камрань, Кавите и Субик-бей), остров Уллындо{56}.
