Организатором Независимого государства Хорватия (НГХ) был немецкий генерал Э. Вензенмайер, прибывший в столицу Хорватии Загреб еще до начала военных действий. Возглавил НГХ вождь усташей Анте Павелич, провозглашенный (по «совместительству») вождем хорватского народа. Еще с довоенной поры в своих программных документах усташи копировали идеи немецких национал-социалистов. Они следовали требованию: «независимая Хорватия, очищенная от сербов, цыган и евреев». Террористическую и диверсионную подготовку отряды усташей проходили в специальных лагерях, созданных в Венгрии и Италии. На войну против Советского Союза они направили усташеский «Хорватский легион», а затем и другие формирования.
От усташей исходила инициатива карательных экспедиций против всех, кто сопротивлялся фашистскому «новому порядку». С молчаливого одобрения Гитлера происходило взаимное истребление славян, разжигалась вражда на религиозной почве. На массовые зверства усташей националистически настроенные сербы отвечали убийствами боснийских мусульман и хорватов. В братоубийственной войне насаждался принцип «око за око, зуб за зуб».
Нападение Германии на Советский Союз оживило традиции славянского единства среди крестьян, рабочих, интеллигенции, повысило активность югославских антифашистов и, прежде всего, коммунистов и комсомольцев. Около 20 лет, со 2 августа 1921 года, дня принятия «Закона о защите безопасности и порядка в государстве», Коммунистическая партия Югославии (КПЮ) и Союз коммунистической молодежи Югославии (СКМЮ) пребывали вне закона. Принадлежность к КПЮ и коммунистическая деятельность карались тюремным заключением, а в отдельных случаях — смертной казнью.
Закон этот был направлен не только против коммунистов, но и против всех несогласных с существующим государственным устройством и принципом единства югославян. Сербы, хорваты и словенцы считались одним народом, имеющим лишь разные региональные названия.
За время пребывания в подполье югославские коммунисты преодолели множество кризисных ситуаций, острых разногласий в своих рядах и в 1941 году были реальной силой, хорошо организованной, способной вести борьбу. К началу вооруженной борьбы с оккупантами насчитывалось 12 тысяч коммунистов и 30 тысяч комсомольцев. Их организации имелись во всех национальных регионах страны. После оккупации Югославии, раздела страны коммунисты сохранили хорошо налаженные конспиративные связи и многие подпольные организации. Однако до 22 июня 1941 года их активность сдерживалась пактом Молотова — Риббентропа и на этот счет соответствующими инструкциями Коминтерна.
Среди югославских коммунистов были и сербы, и хорваты, и словенцы, и боснийские мусульмане. КПЮ делала все, чтобы вместо взаимного истребления братские народы организовались для сопротивления оккупантам.
4 июля 1941 года Центральный Комитет Компартии Югославии призвал всех антифашистов Югославии всеми средствами помогать справедливой борьбе Советского Союза против общего врага, начать вооруженную борьбу с оккупантами и их пособниками. В течение лета в стране разгорелось всенародное вооруженное восстание. Наиболее массовым оно было в Черногории. В июне — июле восставшие контролировали почти всю ее территорию, кроме некоторых городов. Гарнизоны оккупантов блокировались. Массовые восстания и изгнание оккупантов в июне — июле произошли в Сербии, ряде районов Далмации, Лики, Боснии и Герцеговины, Словении. В октябре начались вооруженные выступления в Македонии.
В восстаниях участвовали сумевшие избежать плена солдаты и офицеры югославской армии, до того скрывавшиеся в лесах и горах Сербии и Восточной Боснии. Здесь они объединились в чети (отряды), которые возглавил Драголюб Михайлович, боевой офицер, антикоммунист и монархист. Четники — сербские националисты, сторонники монархии — вступили в вооруженную борьбу с оккупантами в мае 1941 года. Летом и осенью сербские четники и отряды коммунистов-партизан действовали вместе. Между Д. Михайловичем и Иосипом Броз Тито, генеральным секретарем ЦК КПЮ и Верховным главнокомандующим Народно-освободительной армии Югославии (НОАЮ), имелись встречи.
Совместная борьба партизан и четников была недолгой. Их разногласия вызывались глубокими различиями в идеологии и во внешнеполитической ориентации. Осенью 1941 года и особенно в начале 1942-го между партизанами и четниками началась вооруженная борьба, носившая характер гражданской войны. На такие действия Д. Михайловича толкало эмигрантское правительство и король Петр II, пребывавшие в Лондоне. Михайлович получил чин генерала и стал военным министром, сражавшимся на оккупированной территории Сербии. При Верховном штабе формирований четников действовала английская военная миссия. Она обеспечивала поступление военной помощи четникам, требовала подчинить Михайловичу все антифашистские силы страны. С апреля 1942 года и до конца войны английская авиация регулярно снабжала четников оружием, боеприпасами, медикаментами, крупными суммами в иностранной валюте. В конце 1941 — начале 1943 года из четников были сформированы бригады, а затем корпуса, страна делилась на военно-оперативные зоны, возглавляемые командирами-четниками. Зоны охватывали почти всю территорию Югославии, даже те ее части, где влияние четников было слабым.
Крепкую и мобильную военную организацию, но более эффективную, чем у четников, сумели создать партизаны Тито. К концу декабря 1941 года в Югославии насчитывалось около 80 тысяч партизан. 22 декабря в Боснии была сформирована первая регулярная воинская часть — 1-я Пролетарская бригада, положившая начало Народно-освободительной армии Югославии (НОАЮ). Соединения и части НОАЮ, в отличие от партизанских отрядов, не были привязаны к определенной территории, а действовали с учетом военно-политической ситуации в том или другом регионе страны.
Оккупанты и их пособники много раз пытались разгромить партизанские войска. Против партизан боролись и сербские четники, стремившиеся восстановить в Югославии довоенный монархический режим, и хорватские усташи. Однако все их попытки разгромить партизанские отряды и НОАЮ окончились неудачей во всех национальных регионах. Ожесточенные бои между частями НОАЮ и четниками имели характер гражданской войны.
Победы Красной армии в 1942–1943 годах, особенно в Сталинградской битве, способствовали усилению народно-освободительной борьбы в Югославии. К концу 1942 года НОАЮ контролировала пятую часть территории своей страны. В это время она насчитывала 150 тысяч человек. В ноябре Верховный штаб приступил к формированию первых дивизий и корпусов Народно-освободительной армии Югославии.
Победа Красной армии в Курской битве (5 июля — 23 августа 1943 года) и капитуляция Италии (8 сентября 1943 года) облегчали путь к новым победам Народно-освободительной армии Югославии. После капитуляции Италии части Народно-освободительной армии Югославии, разоружив итальянские войска, заняли Истрию и горы между Триестом и австрийской границей, окружили Загреб, захватили город Сплит и значительную часть прилегающей территории. Затем они заняли ряд островов у побережья Далмации, оставив на большинстве из них свои гарнизоны. В центральной части страны они расширили занимаемую территорию, на юге вступили в Черногорию.
К концу 1943 года освобожденные партизанские районы составляли около половины территории Югославии.
Освободительная борьба народов Югославии сопровождалась созданием демократической государственности. С лета 1941 года и на освобожденной, и даже на занятой врагом территории стали создаваться органы народной власти в Югославии — народно-освободительные комитеты (НОК). Это были внепартийные организации, избираемые демократическим путем, без учета классовой, национальной или религиозной принадлежности. Высшим органом, их объединяющим и решающим вопросы политической, экономической и культурной жизни, стало Антифашистское вече народного освобождения Югославии (АВНОЮ), созванное в боснийском городе Бихаче 26–27 ноября 1942 года представителями большинства национальных регионов страны. Для руководства повседневной работой АВНОЮ создал Исполнительный комитет. Вместе с коммунистами в его работе участвовали представители разных довоенных партий и политических группировок.
В орбиту освободительной борьбы народов Югославии вовлекались все новые силы. И это были не только местные крестьяне или городские жители, но и советские граждане, бежавшие из фашистского плена и оказавшиеся в Югославии. В состав НОАЮ, наряду с отдельными русскими подразделениями, входило целое соединение — 1-я советская ударная бригада. Она участвовала в 150 боях. Осенью 1943 года на территории СССР началось формирование югославских воинских частей из добровольцев — югославских граждан, проживавших в Советском Союзе, и военнопленных (служивших в немецко-фашистских войсках по мобилизации). Первым был сформирован пехотный батальон, которым командовал подполковник М.И. Месич. В боях за освобождение Югославии активно участвовали полностью снаряженные и обученные в течение 1944–1945 годов 1 пехотная и 2 танковые бригады, танковая рота, рота связи, 2 авиаполка. В советских военно-учебных заведениях обучались югославские военнослужащие.