Вклад советской стороны в строительство, становление, развитие и укрепление афганских органов безопасности, без преувеличения, очень велик и, главное, конструктивен. При прямом участии КГБ и под руководством Наджибуллы они превратились из карательных, какими были при Н.М. Тараки и X. Амине, в современную, квалифицированную и дееспособную спецслужбу, которой было по плечу решать насущные вопросы обеспечения безопасности государства в сложной обстановке, в условиях войны. Репрессивные ее функции в целом носили ограниченный характер, хотя, понятно, в годы войны без них также нельзя было обойтись. Число арестованных и осужденных при Наджибулле резко сократилось. За те годы, что он возглавлял органы безопасности, он стал настоящим профессионалом, не только руководил Службой со знанием дела, пользовался заслуженным авторитетом ее сотрудников, но и сам лично принимал участие в отдельных операциях, работал с агентурой.
На счету афганских органов безопасности того времени было немало успешно проведенных операций разведывательного и контрразведывателыюго характера, а также военно-диверсионных мероприятий. Противники режима были вынуждены с ними считаться. ХАД-СГИ-МГБ сумели создать обширный и работоспособный агентурный аппарат, в том числе в «исламских партиях» и боевых отрядах моджахедов, воевавших с кабульским правительством. В контакте с советниками КГБ Наджибулла лично занимался планированием и реализацией специальных операций, контролировал их ход и результаты. Сведения, добытые Службой, учитывались командованием Ограниченного контингента советских войск (ОКСВ) и афганской армии. Важным направлением деятельности Наджибуллы в тот период была его непосредственная работа с вождями многих пуштунских племен, обстановку и расстановку сил в зоне племен он знал хорошо и, можно сказать, детально. Участие органов безопасности в осуществлении политики национального примирения (ПНП) он считал обязательным и приоритетным. Много внимания он уделял формированию и подготовке боеспособной национальной гвардии, отрядов спецназа, службы охраны, лично занимался налаживанием политико-воспитательной работы в органах безопасности. Он сам и органы безопасности под его руководством немало сделали в борьбе с детской беспризорностью, оказывали реальную помощь подшефным детским домам.
Негативно настроенные к Наджибулле СМИ западных стран не раз пытались изобразить его жестоким тираном, даже называли его «палачом» из-за его работы в системе органов безопасности. Это не так. Деятельность афганских органов безопасности под его руководством даже близко нельзя поставить с тем массовым, кровавым и бессмысленным террором, который царил в стране при Тараки и особенно при X. Амине и осуществлялся их спецслужбами.
По своему характеру и личностным данным Наджибулла вовсе не отличался беспощадностью, хотя в нужные минуты мог проявить твердость, а иной раз и жестокость. Он был сыном своего народа, и как афганцу ему, несомненно, были свойственны и хитрость, и коварство, и лукавство. Но факт остается фактом: при нем гуманные дела и терпимость явно преобладали в работе ХАД-СГИ-МГБ над их карательными и репрессивными функциями. Нельзя не учитывать и афганские, в частности пуштунские, обычаи, традиции, устойчивые мерки, которыми они привыкли мерить людей. Они уверены, что начальник должен быть властным, твердым и авторитетным, а при необходимости — решительным и даже жестоким, иначе он не начальник. Если он многословен, если он не приказывает, а уговаривает, а еще хуже — упрашивает, то такой человек не может быть руководителем, не может заслуживать доверия, его будут считать слабым и никчемным начальником. Наджибулла, конечно, учитывал эти особенности афганцев, однако, как правило, не повышал голоса, распоряжения его были краткими и ясными. В глазах и его сторонников, и его противников Наджибулла был сильной личностью, с ним считались, его побаивались. Иметь дело с ним соглашались даже непримиримые противники кабульского режима. Известный полевой командир Ахмад Шах Масуд даже предлагал ему свою помощь, чтобы он не попал в руки наступавших в 1996 году на Кабул талибов. Важно отметить при характеристике Наджибуллы как руководителя тот факт, что он, несмотря на свою принадлежность к «парчамистскому» крылу НДПА, сумел остаться вне фракционной борьбы и внутрипартийных распрей. Пожалуй, он был одним из очень немногих «парчамистов», которого функционеры «халькистов», занимавшие руководящие посты в армии, МВД, других ведомствах, признавали и с которым были готовы сотрудничать.
Став в свои 32 года во главе органов безопасности, Наджибулла за пять лет, что он проработал на этом посту, приобрел большой опыт государственной, политической и хозяйственной деятельности. Ему приходилось вникать в самые разные проблемы: от организации дела на объектах энергетики, где было много саботажников, налаживания партийной работы на территориях, занятых моджахедами, до распределения спичек и муки, поступавших в качестве гуманитарной помощи. После его вынужденного ухода с политической сцены население страны не раз требовало его возвращения к власти, помня, что при нем наступили некоторая стабилизация положения и оживление экономической жизни, порядок преобладал над хаосом.
К 1984 году в развитии афганского кризиса обозначились перспективы его возможного разрешения с помощью новых подходов, отказа от проводившегося до сих пор курса, когда основная ставка делалась на военную силу и принуждение. В Москве видели, что добиться урегулирования афганской проблемы военными средствами и прямой поддержкой непопулярного режима Б. Кармаля невозможно, ресурс укрепления позиций просоветского правительства практически исчерпан, что нужно с учетом реальности переходить к новой политике. Отметим, что в представительстве КГБ в Кабуле это поняли, быть может, раньше других, и в Москву направлялись предложения о путях поиска новых решений. Советские военные советники также докладывали в Центр, что «операции приобрели характер полицейских, карательных мер, в результате мы втянулись в войну с народом, а она бесперспективна», и были правы, ибо реально оценивали обстановку.
Афганский народ к тому времени устал от войны, политических неурядиц, грабежей, мародерства и гибели мирных граждан. И хотя он в своем большинстве по-прежнему негативно относился к засевшему в Кабуле правительству «безбожников», впустивших в страну иностранные войска, тайно и явно поддерживал моджахедов, считая их своими братьями-мусульманами, борющимися за правое дело, тем не менее, в нем нарастали настроения и готовность искать выход из тупика на путях разумных компромиссов и соглашений с властями. Эти настроения приобрели широкий характер, и лидеры исламских партий, многие полевые командиры да и некоторые поддерживающие их силы за рубежом уже не могли их игнорировать.
Не сразу, но часть руководства СССР осознала назревшую потребность проработки новых идей и подходов к афганскому кризису. Стало ясно, что настало время попытаться расширить социальную базу кабульского режима за счет привлечения на его сторону умеренной оппозиции, нейтральных элементов, которые могли стать потенциальными союзниками, путем переговоров о разделе власти, прекращении боевых действий, создания коалиционных органов управления в центре и на местах на основе компромиссов. Этот новый курс получил название политики национального примирения (ПНП). Но для его реализации Афганистану был нужен новый лидер, авторитетный, обладающий политической волей, опытом и знающий реальную обстановку в стране не по бумажным докладам, а на практике. Б. Кармаль на эту роль не подходил: он уже исчерпал свои возможности, его ораторские способности уже не были востребованы жизнью, он утратил доверие населения. Нужен был человек дела.
Выбор пал на Наджибуллу, и для этого были веские основания. Именно у него сложились устойчивые контакты с представителями религиозно-политической и вооруженной оппозиции, со многими полевыми командирами, вождями отдельных крупных пуштунских племен по обе стороны «линии Дюранда», разделявшей Афганистан и Пакистан. У него же были возможности негласного общения с окружением бывшего монарха Захир Шаха и кругами афганской умеренной эмиграции. Наджибулла в гораздо большей степени, чем другие деятели кабульского правительства, пользовался определенным доверием у политических противников НДПА. В его руках был достаточно мощный аппарат спецслужб, и он мог гарантировать взятые на себя обязательства.
Став главой государства, Наджибулла официально провозгласил политику национального примирения в начале 1987 года. Он говорил: «Партия, государство и правительство сегодня делают шаг огромного политического мужества, призывая прекратить огонь и начать процесс национального примирения». Надо сказать, что поначалу новый курс в целом встретил понимание и одобрение афганцев.