Политика национального примирения была по сути дела единственно правильной для решения запутанного, осложненного войной афганского вопроса, для поиска выхода из тупика. Она была необходимой как для Кабула, так и для Москвы. Ее сильной стороной было то, что она подчеркивала отказ НДПА от монополии на власть, выражала готовность к компромиссам и призывала положить конец кровопролитию. Новый курс начал приносить плоды: на переговоры с представителями афганского правительства вышли не менее половины полевых командиров вооруженных отрядов моджахедов. По словам Наджибуллы, в переговорах участвовали 417 вооруженных формирований общей численностью до 40 тысяч человек.
Враждебные кабульскому режиму силы внутри страны и особенно за рубежом встретили новый курс в штыки. Они не хотели мира на афганской земле при сохранении дружественного СССР правительства в Кабуле и при сохранении советских военных частей в Афганистане, хотя решение о его выводе уже было принято в Москве, и об этом было известно. «Только вывод советских войск из Афганистана решит все проблемы», — заявил конгресс США, и такое заявление не было случайным ни по времени, ни по форме. Американцы хотели создать предпосылки для захвата власти военно-политической оппозицией, которую они поддерживали во всех отношениях. Короче говоря, враждебные силы торпедировали национальное примирение. В ноябре 1987 года в Пешаваре лидеры моджахедов Г. Хекматияр и Б. Раббани потребовали сплочения всех сил, противостоящих кабульскому режиму. В вооруженных формированиях исламских партий была заметно усилена контрразведывательная работа с целью выявления и ликвидации лиц, склонных к переговорам с Кабулом. Многие подозреваемые в нелояльности полевые командиры были заменены. Было резко активизировано экстремистско-религиозное движение талибов, которому отводилась роль тарана для свержения Наджибуллы и захвата власти в Кабуле.
15 февраля 1989 года наши войска ушли из Афганистана, но их вывод не привел к разрешению кризиса, а лишь поставил Кабул в очень сложное положение, которое с той поры стало неотвратимо ухудшаться. Усилился разброд в верхах кабульского руководства. Уже 6 марта, то есть сразу после вывода наших войск, в Кабуле вспыхнул вооруженный мятеж против Наджибуллы, поднятый бывшим членом Политбюро ЦК НДПА и министром обороны генерал-полковником Ш.Н. Танаем. Мятеж, однако, поддержки не получил и был быстро подавлен дивизией узбекского генерала А.Р. Дустума, в то время лояльного Наджибулле. Танай бежал в Пакистан, присоединился к талибам и заявил, что продолжит борьбу до свержения Наджибуллы и «покончит с фальшивым примирением». Эти его слова подтверждают, что национальное примирение было ненужным делом для противников Наджибуллы. Однако разгром Таная значительно повысил авторитет Наджибуллы, укрепил его позиции, и он по политическому весу, реальному влиянию в стране начал превосходить даже ведущих лидеров исламских партий, их шансы упали.
Надо сказать, что Наджибулла с нашей прямой помощью за годы пребывания у власти сумел накопить солидный запас прочности, но после вывода наших войск этот запас перестал пополняться. Некоторое время еще в Кабульском аэропорту, будто по инерции, продолжали приземляться советские военно-транспортные самолеты, доставлявшие необходимые Наджибулле грузы, но с каждым днем число полетов сокращалось. Тем не менее, верные ему войска отбили атаку на Джелалабад из Пакистана, нанесли поражение моджахедам в районе Гардеза, разблокировали осажденный город Хост и добились успеха в боях в пригороде Кабула — Пагмане, что, к слову сказать, не удавалось сделать даже советским войскам.
Правда в том, что при продолжении нашей военно-технической помощи и моральной поддержки Наджибулла в тот период времени мог бы повести Афганистан по пути стабилизации и, возможно, к нахождению компромисса. Он сумел консолидировать все имевшиеся у него под рукой силы, превратил национальную гвардию, структурно входившую в состав МГБ, в хорошо вооруженную боеспособную воинскую часть, личный состав ее был доведен до штатной положенно-сти, укреплен профессиональными офицерскими кадрами, она имела на вооружении бронетехнику, артиллерию, ракеты СКАД и «Луна-2М», установки залпового огня «Ураган» и была в состоянии нанести поражение отрядам моджахедов. Важным было то, что начало медленно, но неуклонно меняться в лучшую сторону отношение населения, особенно городского, к центральному правительству, постепенно эти изменения коснулись и сельских районов. Наджибулла удерживал рычаги управления страной, его режим контролировал основные стратегические центры, он не упускал инициативы. Именно тогда его противники пустили в ход таран в виде вооруженных фанатиков — талибов.
Августовские события 1991 года в СССР и его развал предопределили судьбу Афганистана, лично Наджибуллы и его режима. Он был оставлен один на один с превосходящими силами вооруженной оппозиции. Москва, занятая своими внутренними делами, устранилась от оказания ему помощи. Падение Наджибуллы стало вопросом времени. Как всегда в таких случаях, началось повальное бегство бывших его сторонников с тонущего корабля. Опоры режима рушились на глазах. Изменил свою позицию и командир 53-й пехотной дивизии генерал А.Р. Дустум, войска которого дислоцировались в столице и считались верными президенту. Дустум, узбек по национальности, понимал, что в случае захвата власти вооруженной оппозицией, где преобладали пуштуны, его участь будет незавидной, останься он верным Наджибулле. Он вступил в сговор с лидерами «Исламского общества Афганистана» Б. Раббани и А.Ш. Масудом, опиравшимися на северные провинции страны, где этническое большинство составляли таджики и узбеки, и 27 апреля 1992 года поднял мятеж в Кабуле и совершил государственный переворот, предал Наджибуллу и отстранил его от власти. Сопротивление Дустуму оказала только национальная гвардия МГБ, другие воинские части или бездействовали, или разбежались.
Наджибулла во время мятежа находился в бункере президентского дворца вместе с охраной. Понимая, что обречен, он с помощью преданных ему охранников отправил в аэропорт жену, дочерей и сестру, и им удалось вылететь в Индию. С ним остались брат Ахмадзай, начальник управления охраны МГБ, начальник секретариата Тухи и телохранитель Джафсар. Они сумели убедить его тоже покинуть Афганистан, чтобы сохранить себя как легитимного главу государства и политическую фигуру. Но было уже поздно. Автомобиль Наджи-буллы был остановлен у кабульского аэропорта, блокированного частями дустумовского генерала Омара Ака, его охрана разоружена, и он был вынужден вернуться в город. Попыток его ареста не было. С этого дня началось его восхождение на Голгофу.
26 апреля свергнутому президенту было предоставлено политическое убежище в миссии ООН в Кабуле. Утверждали, что Генсек ООН Бутрос Гали гарантировал ему личную безопасность. Наджибулла мог поддерживать телефонную связь с семьей, соратниками за пределами Афганистана. Он был в курсе событий в стране и за рубежом, знакомился с прессой. К России за помощью Наджибулла не обращался, а Москва в этом вопросе инициативы не проявляла.
Новое афганское правительство во главе с Б. Раббани оказалось не готовым к управлению страной. Экономика пришла в полный упадок, царили разруха и голод, с новой силой разгорелись межэтнические конфликты, успокоения в обществе не наступило, Кабул не контролировал положение в провинциях. Начались голодные демонстрации, манифестанты требовали вернуть Наджибуллу к власти, выкрикивали здравицы в его честь, а некоторые даже призывали к возвращению в Афганистан советских войск. Несмотря на все это, правительство Б. Раббани неоднократно требовало от ООН выдачи Наджибуллы, но получало твердый отказ. Бутрос Гали держал свое слово.
Между тем отряды талибов, захватив восточные районы страны и укрепившись в них, приближались к Кабулу и угрожали захватом власти. К 1996 году Б. Раббани фактически утратил контроль за развитием обстановки. 27 сентября того же года отряды талибов ворвались в столицу и овладели ею практически без боя. В считанные часы войска А.Ш. Масуда, Г. Хекматияра и хезарейские отряды оставили Кабул. Фактически это было беспорядочное бегство. Были сведения, что в последний момент А.Ш. Масуд предложил Наджибулле покинуть столицу вместе с его войсками, но тот отказался и решил остаться в Кабуле до конца. Впрочем, в миссии ООН его никто не удерживал, и в наступившей суматохе он мог легко затеряться в толпе отступавших и бегущих из столицы людей, но он этого не сделал. Он только настоял, чтобы бывшие с ним рядом все эти годы преданные ему Тухи и Джафсар ушли из миссии и постарались добраться до Индии, что они и сделали. С Наджибуллой остался только брат Ахмадзай. Кто знает, может быть, Наджибулла все еще надеялся на гарантии, данные ему Бутросом Гали, и на экстерриториальность миссии ООН, которую талибы не посмеют нарушить. Однако экстремисты-фанатики почти сразу же ворвались в миссию, схватили Наджибуллу и его брата, устроили в здании погром.
