10 июля 1918 г. в поддержку своих соратников попытался поднять восстание против большевиков командующий Восточным фронтом левый эсер Муравьев, прославившийся своей жестокостью на Украине в начале 1918 г. Но его со всем штабом под предлогом переговоров заманили в ловушку и убили.
10 июля 1918 г. на V Всероссийском съезде Советов большевики, несмотря на противодействие левых эсеров, находившихся в меньшинстве, приняли первую Советскую конституцию, закрепив в ней идеологические принципы нового режима. Основной его задачей было «установление диктатуры городского и сельского пролетариата, беднейшего крестьянства в форме могучей Всероссийской Советской государственной власти с целью полного сокрушения буржуазии». Рабочие могли послать от равного числа избирателей в 5 раз больше делегатов, чем крестьяне (городская и сельская буржуазия, помещики, чиновники и духовенство по-прежнему не имели избирательных прав при выборах в Советы). Будучи представителями интересов прежде всего крестьянства и являясь принципиальными противниками диктатуры пролетариата, левые эсеры перешли к активным действиям.
Параллельно с созданием органов военной разведки и контрразведки в армии и на флоте шла организация чрезвычайных органов по борьбе с контрреволюцией, находившихся в ведении ВЧК. Начало их формированию положило постановление Совнаркома от 16 июля 1918 г. «Об организации Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте». По мере расширения масштабов боевых действий, создания новых фронтов и армий создавались новые фронтовые и армейские ЧК, одновременно расширялись их функции и права. Они занимались предварительным расследованием, пресечением «контрреволюционной деятельности», преданием виновных суду военного трибунала. Им были предоставлены чрезвычайные полномочия: возможность применять в отношении «злостных врагов Советской власти» внесудебные репрессии вплоть до расстрела на месте преступления, изолировать «классово враждебные элементы» в местах лишения свободы, то есть в концентрационных лагерях.
В ночь с 16 на 17 июля 1918 г. в Екатеринбурге большевики без суда расстреляли бывшего российского императора Н.А. Романова, его жену и пятерых детей. Один из зарубежных историков сравнил такое действо новой власти с неписаным кодексом поведения пиратов: «Пока жив капитан, судно не считается захваченным».
18 июля 1918 г. большевиками расстреляны алапаевские мученики (члены дома Романовых и близкие к ним люди).
Приступило к практической работе разведотделение оперативного отдела Высшего военного совета.
В конце июля прекратила свою деятельность французская военная миссия в Москве.
В августе 1918 г., в условиях Гражданской войны и экономической разрухи, Ленин написал «Письмо к американским рабочим», в котором призывал их помочь в создании экономической базы нового рабочего государства, поскольку экономический кризис так глубок, что своими силами восстановить разрушенное хозяйство без оборудования и технической помощи из-за границы Россия не сможет. «Преданные делу, энергичные передовые рабочие Америки пойдут во главе всех рабочих из ряда промышленных стран, несущих Советской России свои технические знания, свою решимость пойти на лишения ради помощи рабоче-крестьянской республике для восстановления ее хозяйства».
В ответ группа американских рабочих во главе с Себальдом Рутгерсом и Биллом Хейвудом обратилась к советскому правительству с предложением создать колонию иностранных рабочих и специалистов в Кузбассе.
19 августа 1918 г. Советом народных комиссаров издан декрет «Об объединении всех вооруженных сил Республики в ведение Народного Комиссариата по военным делам».
30 августа 1918 г. эсеркой Фанни Каплан совершено покушение на В.П. Ленина; вождю нанесено тяжелое ранение. Левыми эсерами убит председатель Петроградской ЧК М.С. Урицкий. (В 1938 г. во время суда над Бухариным выяснилось, что подсудимый являлся одним из заказчиков покушения на вождя революции.)
2 сентября 1918 г. создается единый коллегиальный орган советской высшей военной власти — Революционный Военный Совет Республики (РВСР) во главе с его председателем Троцким. К РВСР перешли функции военной разведки.
5 сентября 1918 г. Совнарком РСФСР принял постановление «О красном терроре» большевиков — массовых репрессиях политических противников. За одну только ночь в Москве и Петрограде были убиты 2200 человек.
В петроградской «Красной газете» публикуется статья под заголовком «Ответ на белый террор». В ней говорится, что старое офицерство не очень многочисленно и если оно не бросит своих безумных попыток вернуть свои привилегии и царя, то такие военные, за исключением тех отдельных честных из их среды, которые смирились с реалиями, поголовно будут уничтожены.
Министр внутренних дел Григорий Петровский разослал местным органам власти циркулярную телеграмму, предписывающую всем Советам немедленно произвести арест представителей офицерства и держать их в качестве заложников.
6 сентября 1918 г. приказом РВСР № 1/1 штаб упраздненного Высшего военного совета преобразован в Штаб Реввоенсовета Республики.
8 сентября 1918 г. образовано Бюро ЦК РКП(б) по заграничной работе.
Из доклада начальника Оперативного управления ВГШ С.А. Кузнецова и временно исполняющего должность (врид) начальника ВСО А.В. Станиславского в Коллегию народных комиссаров по военным делам от 9 сентября 1918 г.: «В связи с заключением Брестского мирного договора агентурная разведка постепенно замерла и, в каком положении были оставлены к моменту ее ликвидации существующие в момент войны агентурные организации, Всероссийский Главный Штаб никаких сведений не имеет. Сейчас обстановка настойчиво требует восстановления деятельности негласной военной агентуры за границей, и Всероссийский Главный Штаб при соответствующих условиях рискует стать перед задачей налаживать заново ту работу, которая во время войны потребовала больших трудов и больших денег, прежде чем удалось добиться от нее положительных результатов. На западе в военное время руководящие по разведке центры находились: в Швеции, Дании, Голландии, Швейцарии, Франции и Румынии, причем работа центров велась под наблюдением и указанием наших военных представителей за границей. В настоящее время все эти представители считаются уволенными от службы и заместителей им, кроме Швеции (с июля военным агентом в Швеции был Т.М. Стремберг, но донесений от него не поступало) и Германии, пока не назначено. Между тем безотлагательное назначение если не всех, то хотя бы некоторых новых представителей за границей в те государства, где назначение их допускается общей политической обстановкой, безусловно, позволило бы использовать плоды трудов военного времени, путем привлечения на службу опытного личного состава прежней негласной агентуры, работавшей у уволенных ныне агентов».
С 9 по 11 сентября 1918 г. сделан очередной шаг в борьбе за единоначалие в разведке.
По инициативе Всероглавштаба состоялось совещание начальников разведывательных отделений ВГШ, ВВС, Оперода, Орловского, Московского и Ярославского военных округов, а также штабов войсковой «завесы». На нем подвели первые итоги организации агентурной разведки Красной армии на Западе, которые отразили ее плачевное состояние. Как оказалось, штабы Ярославского и Московского военных округов еще и не приступали к разведке. Более того, в них даже еще не сформировали разведывательных отделений. В штабе Орловского военного округа дело продвинулось несколько дальше, разведотделение было создано и даже имело на руководстве две резидентуры — в Харькове и Гкатеринославе. Процесс формирования разведывательных органов и штабов войсковой «завесы» тоже находился в зачаточном состоянии. Однако в ее интересах действовало 6 резидентур и 14 отдельных агентов, отслеживающих обстановку в южной части Финляндии, Эстонии и Латвии и контролирующих воинские перевозки противника по важнейшим железнодорожным магистралям: Рига — Двинск — Витебск — Смоленск; Варшава — Вильно — Двинск — Псков. Нельзя сказать, что это были агенты высокого качества, но они, по крайней мере, были.
Разведывательное отделение Оперода Наркомвоена имело 34 резидентуры, агентурную группу в составе шести агентов и двух агентов-маршрутников. Большинство их состава работало на территории, оккупированной германскими войсками, и преимущественно в городах.
Таким образом, на сентябрь 1918 г. агентурная сеть военной разведки состояла из резидентур (во главе с резидентами и помощниками резидентов; в резидентуры могли входить агентурные группы и отдельные агенты без горизонтальной связи между ними), агентурных групп и отдельных агентов.