Однако не все полевые штабы, особенно армейские, имели резидентов. Тогда основу сети составляли ходоки. Их отправляли в тыл противника как в одиночку, так и большими группами (иногда по нескольку десятков человек). За линией фронта они веером расходились по своим направлениям, охватывая целые районы и области. Многие из них получали не только один и тот же район разведки, но и одно и то же задание с простым расчетом: не дойдет один, доберется другой.
Вскоре стало ясно, что разведка, основанная на подвижных агентурных сетях, не в состоянии обеспечить командование регулярно поступающей, полной информацией о противнике. Сведения, добываемые агентами-ходоками, были отрывочными. Основными способами их получения являлись наблюдение, осведомление и подслушивание. В то же время в поле зрения агентов постоянно держались печатные средства массовой информации района пребывания. Газеты и журналы изучались на местах, так как доставка белогвардейской прессы через линию фронта была крайне затруднена, а порой и просто невозможна.
Возможности Региструпра по ведению глубокой разведки значительно расширились после установления связи с большевистским подпольем. В те годы по партийной линии во вражеском тылу создавались подпольные органы РКП(б) и партизанские отряды, составной частью деятельности которых был сбор разведывательных сведений и материалов. Для руководства ими формировались Зафронтовые бюро ЦК(б) и зарубежные партийные бюро РКП(б). Так, Зафронтовое бюро ЦК большевиков Украины руководило подпольем и партизанским движением на Украине, в Крыму и на Дону. Зарубежные бюро были созданы в Польше, Финляндии, Латвии, Белоруссии и Эстонии.
При ряде Зафронтовых и Зарубежных бюро создавались разведывательные органы — регистрационные бюро, некоторые из них возглавлялись руководителями Зафронтовых и Зарубежных организаций: Эйно Рахья (Финбюро), Станислав Коссиор (Зафронтовое бюро ЦК(б)У), Иосиф Уншлихт (Польское бюро).
В июле 1919 г. состоялся очередной выпуск курсов разведки (по 4-месячной программе) в количестве 60 военнослужащих, поступивших на них в апреле.
В РСФСР за семь месяцев 1919 г. было осуждено около 100 тысяч злостных дезертиров, из которых больше половины направлено в штрафные части, а 600 человек — расстреляно. Помимо виновных в трусости и «мелком мародерстве» в штрафные подразделения приказом революционного военного трибунала направлялись рядовые красноармейцы, уличенные в саморанениях, или, как называли позже в официальных документах, в членовредительстве, что, по сути, являлось в годы войны государственным преступлением.
В течение июня — августа 1919 г. ВЧК раскрыт ряд заговоров против советской власти среди военспецов Полевого штаба РВСР.
18 августа 1919 г. решением оргбюро ЦК Дзержинский был утвержден по совместительству и начальником Особого отдела ВЧК, на который возлагался контроль над армией. В этот период возникли сильные противоречия между ним и Троцким: первый настаивал на формировании собственных боевых частей ВЧК, второй же считал, что не нужно создавать какие-то отдельные армии, не подчиненные наркому по военным и морским делам и председателю Реввоенсовета Республики, то есть — ему.
С апреля по август 1919 г. на нужды мировой революции структурам Коминтерна в Англии, Франции, Голландии, Балканских странах, Италии, Германии, Венгерской советской республике (образована 21 марта 1919 г.), Австрии и Америке отправлено ценностей на сумму 3 423 500 рублей, в том числе на Балканы — 1 миллион рублей, в Венгрию — 21 тысяча рублей.
Деньги поступали из Наркомата финансов, Госбанка, ЦК РКП(б) и ЧК.
Причастность бывших офицеров Генерального штаба, занимавших руководящие должности в Красной армии, к действительным и мнимым заговорам привела к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов от ненадежных элементов и военных специалистов. По указанию ЦК РКП(б) решено окончательно превратить разведку в классовый орган, доверив дело ее организации и ведения только членам партии.
16 сентября 1919 г. издан приказ РВСР, где говорилось: «С 15 сентября 1919 г. Институт Консультанства при Регистрационном Управлении РВСР упраздняется. Личный состав передается в распоряжение Полевого штаба для немедленного назначения на фронт».
Проведена чистка на Курсах разведки, где исключили 50 % курсантов, не удовлетворявших политическим требованиям. «Перетрясли» и периферийные органы, а также агентурную сеть, из которой были удалены ненадежные элементы.
Назначенный в июне 1919 г. начальником Полевого штаба бывший генерал-лейтенант царской армии Михаил Дмитриевич Бонч-Бруевич вспоминает:
«Сведения о противнике должно было дать мне разведывательное отделение, их яи затребовал. Оказалось, однако, что отделение это изъято из ведения штаба и передано в Особый отдел.
Для доклада о противнике ко мне в кабинет явился молодой человек того «чекистского» типа, который уже успел выработаться. И хотя я никогда не имел ничего против Чрезвычайных комиссий. «чекистская» внешность и манеры (огромный маузер, взгляд исподлобья, подчеркнутое недоверие и безмерная самонадеянность) моего посетителя мне сразу же не понравились. В довершение всего, вместо просимых сведений он с видом победителя (вот возьму, мол, и ошарашу этого старорежимного старикашку, пусть знает, как мы ведем разведку) выложил на мой письменный стол целую серию брошюр, отпечатанных типографским способом и имеющих гриф «совершенно секретно». По словам молодого чекиста, в брошюрах этих содержались исчерпывающие сведения о противнике, в том числе и о поляках.
Просмотрев все эти материалы, я тотчас же убедился, что они не содержат ничего из того, что мне необходимо для составления схемы сосредоточения Красной армии и разработки оперативного плана. Зато в них содержалось множество поверхностных и общеизвестных политических и бытовых сведений и куча всякого рода мелочей, имевших к военному делу весьма отдаленное отношение.
На заданные мною дополнительные вопросы о противнике молодой человек не смог ответить, и я не без удивления узнал, что он-то как раз и является начальником разведывательного отделения.
Из дальнейших расспросов выяснилось, что в старой армии мой посетитель был писарем какого-то тылового управления, военного дела совершенно не знает и о той же разведке имеет самое смутное представление.
Необходимых мне данных о противнике я так и не получил. Пришлось ограничиться теми сведениями, которые добывались войсковой разведкой и излагались в разведывательных сводках, кстати сказать поступавших с большим опозданием».
На штатные должности в Региструпр назначены бывшие эсеровские боевики — опытные конспираторы Алексей Михайлович Устинов (племянник Столыпина), Афанасий Семенович Северов-Одоевский и Яков Фишман.
По данным разведки Колчака:
«Советская Россия находится в окружении, которое заставляет Красных проявлять полное напряжение и действовать по соображениям, главным образом, политического характера. Внутреннее положение России остается по-прежнему неблагоприятным для совета народных комиссаров. промышленность не восстановлена, продовольственный кризис не разрешен, финансовая политика социализма накануне полного краха. Недовольство народных масс красной властью разрешается в частые восстания. Несмотря на новую тактику большевиков по отношению к населению, крестьянство в своей массе остается неизменным врагом большевизма. Занятие нашими войсками Украины и всего Юга России еще больше усложнило все вопросы внутренней жизни Совдепии. Отсутствие уже и хлеба, мобилизация железнодорожников и просто неумение наладить транспорт создали там кризис, который может нам только благоприятствовать.
Широкое наступление армии Деникина привлекло на свой фронт все подготовленные резервы большевиков. Обученных резервов противник не имеет, мобилизованные крестьяне представляют собой сырой материал, относятся к большевизму индифферентно, а потому боевой силы серьезного значения собой не представляют».
Из состава Региструпра в ВЧК передан 3-й (военно-цензурный) отдел.
На 1 декабря 1919 г. в агентурной сети штаба Западного фронта (ею руководили начальник агентурного отделения Фриц Матвеевич Маркус, член РВС фронта Иосиф Станиславович Уншлихт) имелось:
— 9 действующих резидентов;
— 5 резервных резидентов;
— 3 отдельно действовавших агента;
— 47 агентов-ходоков.
Немного позже по заданию Полевого штаба и Региступра Уншлихт в короткий срок сумел создать агентурную сеть, получившую название «организация Уншлихта». Она состояла из четырех резидентур, находившихся в Минске, Вильно, Ново-Свечанах и Варшаве. Основная задача организации — ведение разведки в Польше. В резидентурах насчитывалось несколько десятков агентов. Помощниками Уншлихта в организации агентурной работы выступали Артур Карлович Верховский (вошел в историю как Сташевский, настоящая фамилия Гиршфельд) и Бронислав Брониславович Бортновский, впоследствии ставшие крупными руководящими работниками разведки.