Завоевание Гран-Канарии, самого обжитого из островов архипелага, длилось с 1478 по 1483 год. Оно осуществлялось по распоряжению королевской власти, причем расходы по военным операциям оплачивал епископ Рубиконский. Высадившись в 1478 году на северо-востоке острова, испанцы построили там укрепленный лагерь. Однако активные военные действия против островитян были начаты через два года. В первой же битве испанцев с канарцами был убит Дорамас, вождь одного из районов острова. Это обстоятельство, а также приближение времени сева (он производился в ноябре) способствовали тому, что значительная часть воинов сложили оружие.
Но весной борьба вспыхнула с новой силой. С целью ослабить сопротивление аборигенов испанцы захватывали в плен коренных жителей (особенно взрослых мужчин) и высылали их в Кастилию или на уже завоеванные острова Канарского архипелага. Часть высылаемых превращали в рабов, остальные формально оставались лично свободными. Однако волнения аборигенов и после этого продолжались еще длительное время, затихая лишь на периоды полевых работ. В мае 1481 года испанцам удалось заключить мирное соглашение с некоторыми из племенных вождей Гран-Канарии. Среди них был вождь местности Гальдар (он получил после крещения имя Фернандо), оказавший завоевателям помощь в подчинении других островитян. Только в апреле 1483 года покорение было полностью завершено. После этого Педро де Вера, руководивший военными операциями, провел на острове так называемое репартимьенто, распределив между конкистадорами земли и источники воды.
Обосновавшиеся на захваченных островах католические миссионеру пытались распространить свое влияние и на еще сохранившие независимость острова, однако попытки эти не имели успеха. Лишь на Гомере христианизация коренных жителей в основном предшествовала окончательному политическому подчинению острова. В 1447 году здесь обосновался первый отряд испанских завоевателей. На первых порах аборигены не оказали сколько-нибудь существенного сопротивления испанцам. Они приняли новую веру и на протяжении 30 лет исправно платили церковные налоги испанским властям. Лишь после того как колонизаторы обманным путем заманили на корабли около сотни жителей острова с целью их похищения, местное население взбунтовалось и в течение десятилетия (до 1488 года) вело борьбу с захватчиками. Большинство аборигенов Гомеры были истреблены, оставшиеся же в живых были захвачены в плен и проданы в рабство в портовых городах Испании. Только немногие из них были впоследствии освобождены и возвращены на родину.
В завоевании и заселении некоторых островов архипелага, соперничая с выходцами из Испании, принимали участие и португальцы. Как и их соседей по полуострову, португальцев привлекали на Канарах земли, пригодные для выращивания злаков и разведения скота, ценные товары, такие, например, как краситель «кровь дракона», древесина, рабы. Но не менее было важно для них, что острова служили как бы аванпостом для дальнейших завоеваний в Африке.
Генрих Мореплаватель, организатор морских экспедиций к северо-западным берегам Африки, положивших начало португальской экспансии на этот материк, в 1424 году предпринял попытки завладеть еще не колонизованной частью Канарских островов. После этой попытки, оказавшейся неудачной, принц Генрих «обратился к папе римскому за разрешением на их завоевание. Свою просьбу он мотивировал желанием спасти души канарских жителей, коснеющих в язычестве по вине кастильцев, которые якобы пренебрегли долгом христиан» [Томановская, с. 79].
Соперничество с испанцами особенно возросло после 1448 года, когда право на управление островами приобрел дон Энрике де Португал. Кризисная ситуация сложилась в 1478 году. Испанским конкистадорам, высадившимся на Гран-Канарии, в течение нескольких месяцев пришлось отражать атаки португальских конкурентов. Только в 1479 году по договору, подписанному в Трухильо, Португалия отказалась от своих претензий на Канарские острова.
Позднее испанцы завоевали острова Пальма (1492–1493) и Тенерифе (1494–1496).
В 1492 году с Гран-Канарии на Пальму была послана с особой миссией Франциска де Гасмира, обращенная в рабство аборигенка Пальмы. Она успешно выполнила порученную ей миссию, вернувшись на Гран-Канарию в сопровождении пяти вождей острова. Вожди были крещены, одарены, одеты и возвращены на родину: испанцы намеревались использовать их как своих помощников при подчинении островитян.
Захват Пальмы осуществил Алонсо Фернандес де Луго, которого не без оснований называют первым испанским колонизатором. Получив у королевского правительства разрешение на завоевание острова и средства на ведение боевых операций, Луго набрал в Севилье 900 конкистадоров, среди которых было значительное число канарцев, высланных на полуостров с Гран-Канарии. Этот отряд в сентябре 1492 года был переправлен на Пальму. Канарскую часть отряда возглавлял дои Фернандо Гуанартеме, вождь Гальдара. Уже к маю следующего года не без помощи некоторых вождей самой Пальмы, продавшихся испанцам, население острова было покорено. Как и при завоевании других островов, испанцы прибегли при захвате Пальмы к хитрости и обману. Многие островитяне в ходе военных действий погибли, большинство оставшихся в живых аборигенов были порабощены.
Аборигены Тенерифе — гуанчи почти целое столетие отражали всякие попытки вторжения на родной остров. Хроника Эспиносы сообщает об одной из попыток испанцев мирным путем проникнуть на Тенерифе. В 1464 году конкистадор Диего де Эррера заключил с аборигенами острова договор о мире и дружбе. Через несколько лет его сын Санчо построил на острове небольшую крепость. Однажды жившие в крепости испанцы украли у гуанчей коз. Эррера распорядился выдать воров аборигенам, но последние отпустили их. Когда же гуанчи в чем-то провинились перед европейцами, то тут же были повешены. В ответ на это коренные жители напали на крепость и убили нескольких колонизаторов, после чего оставшиеся в живых бежали с острова.
Покорителем гуанчей стал тот же Алонсо де Луго. 1 мая 1494 года он высадился на Тенерифе во главе 1200 воинов, испанцев и канарцев. Однако 31 мая в сражении при Асентехо (именно это местечко носит теперь название Матанса) этот отряд был почти полностью перебит. Алонсо де Луго, бежавший с острова с группой спасшихся испанцев, стал тщательно готовиться к реваншу. Когда через год он вновь высадился на Тенерифе, гуанчи не оказали значительного сопротивления. Отрицательную роль сыграло отсутствие единства населявших остров племен. Так, племена, жившие по южному и юго-восточному побережью (анага, гуимар, абона, адехе), довольно быстро прекратили сопротивление и вступили в мирные переговоры с завоевателями. Ослабили островитян и болезни, занесенные конкистадорами. Хроники свидетельствуют, что в 1494 году много жизней унесла распространившаяся на Тенерифе эпидемия чумы. Весной 1496 года А. де Луго уже смог демонстрировать испанскому королевскому двору взятых им в плен вождей острова. Один из них был подарен венецианскому послу, остальным же разрешили вернуться на архипелаг, запретив, однако, проживание на родном острове.