Русская эскадра на Тихом океане была так незначительна, что не могла противостоять силам англо-французов в открытом сражении. Кроме того, она все еще не имела баз для снабжения и ремонта. Но, с другой стороны, неприятель ничего не знал об открытиях Невельского. Освоенные им прибрежья были врагу совершенно неведомы Гиль и Остен не сумели открыть тайну Амура. План Невельского заключался в том, чтобы, избегая решительных сражений, привлечь неприятеля к блокаде побережья до корейской границы и тем самым заставить его фактически признать край принадлежащим России, отвлекая вместе с тем значительные силы врага на эту блокаду.
План Невельского не соответствовал ни характеру, ни намерениям генерал-губернатора Муравьев, воспитанный в традициях кавказских войн, не признавал пассивности в обороне. Планы Невельского и его проекты будущего устройства края казались Муравьеву неуместной вольностью. Он считал, что Невельской захватывает прерогативы, ему не принадлежащие. Ничего не ответив Невельскому на его представление, Муравьев, препровождая ему орден Владимира 3-й степени, написал лишь, что сам намеревается спуститься в низовья Амура из Сретенска вместе с войсками, предназначенными для укомплектования экспедиции и подкрепления Петропавловска. Тем самым он давал понять, что берет в свои руки дальнейшую судьбу края.
Уже несколько лет длилась борьба Муравьева с министерством иностранных дел, лично с Нессельроде. Министр, обычно готовый по первому мановению царя черное назвать белым, а белое черным, в отношении дальневосточных дел проявлял неожиданную стойкость, поддерживаемый Чернышевым, Бергом и другими заинтересованными лицами. Нессельроде руководствовался не страхом перед мифической военной мощью Китая, а боязнью, что началом русского судоходства на Амуре будет нанесен ущерб кяхтинской торговле, в которой министр был заинтересован далеко не платонически. Всюду, где только мог, этот маленький немец в больших очках, рискуя даже навлечь на себя неудовольствие грозного царя, препятствовал энергическим усилиям Невельского и Муравьева пробить для России свободный выход на Тихий океан. 3 января 1854 года борьба закончилась победой Муравьева.
Генерал-губернатор отправил два послания — одно царю, а другое великому князю Константину Николаевичу. В них он излагал препятствия, которые вечно воздвигало перед ним министерство иностранных дел.
В связи с обостряющейся международной обстановкой Муравьев просил дать ему возможность принять необходимые меры к защите вверенного ему края и внести ясность в Амурские дела
Одиннадцатого января 1854 года Муравьеву было "высочайше разрешено" сноситься непосредственно с китайским правительством по всем пограничным вопросам. Ему был назначен специальный секретарь по дипломатической части. Эти обстоятельства существенно меняли взаимоотношения Невельского и Муравьева. До сих пор разногласия их по Амурскому вопросу сглаживались перед лицом общего врага — Нессельроде, и они дружно боролись против него, не вдаваясь в разбор этих разногласий, лишь бы спасти главное. Но сейчас, когда уже от одного Муравьева, в сущности, стали зависеть Амурские дела, Невельской из союзника превратился просто в строптивого подчиненного, не желающего разделять "мудрые" соображения начальства. Последствия такой ситуации предугадать было нетрудно.
Надвигающаяся война требовала личного внимания генерал-губернатора к территориям, которые могли быть ею затронуты, и так как вновь освоенные Невельским земли как раз принадлежали к этой категории, то естественно, что самолюбивый генерал только себя считал компетентным и правомочным во всех действиях и распоряжениях по обороне этого края. Муравьев не любил противоречий. Невельской же не мог поступить иначе там, где он считал себя правым. Давно назревающий конфликт между ними сделался неизбежным.
После того как в течение многих лет русское правительство с величайшей осторожностью и опасливостью относилось к приамурским территориям, запрещая даже исследователям касаться этих мест, вдруг принято было решение отправить вниз по Амуру, из Забайкалья, целую военную экспедицию во главе с генерал-губернатором.
Это важное событие, знаменующее собою переворот в мнениях правительства, явилось результатом неутомимой деятельности Невельского. Муравьев, непосредственный начальник Невельского, являлся как бы проводником его идей в правительственных сферах. От него в первую очередь зависели судьбы Амурского дела, и Геннадий Иванович не щадил усилий для того, чтобы внушить ему правильные представления о важности вопроса и добиться его содействия. Для всякого, не предвзято относящегося к делу человека было очевидно огромное значение открытий Невельского, и Муравьев, несмотря на то, что тоже не совсем правильно судил о значении Амура, много труда положил, чтобы убедить правительство в неправильности занимаемых в этом вопросе позиций.
Двадцать второго апреля 1854 года генерал-губернатор делал доклад Николаю I об исследованиях Невельского, подтвержденных и экспедицией Ахте. Он (уже не в первый раз) представлял Николаю аргументы в пользу того, что река Амур принадлежит России, а не Китаю. Генерал-губернатор просил разрешения царя на сплав вниз по реке войск и материалов для подкрепления Петропавловска, указывая, что ввиду возможных действий вражеского флота иным путем подкрепить этот пункт нет возможности. Николай, нахмурясь, выслушал доводы Муравьева, просмотрел его письменные представления по этому же поводу. Вдруг он взял перо и молча наложил резолюцию: о разграничении написать Пекинскому трибуналу; предложение же Муравьева о сплаве по Амуру запасов, оружия, продовольствия и войск рассмотреть в Особом комитете.
Царь поднялся, огромный, туго затянутый в мундир, и, усмехаясь, положил большую белую руку на голову почтительно склонившегося генерала.
— А ведь ты когда-нибудь с ума сойдешь от Амура! — проговорил он.
Этот своеобразный комплимент монарха до слез осчастливил сановника. Некоторое время спустя Особый комитет рассмотрел дело и после долгих дебатов вынес постановление — плыть по реке Амуру.
Перед отъездом на Дальний Восток Муравьев снова представился царю. Отпуская губернатора, Николай I сказал со свойственным ему лаконизмом:
— Ну, с богом! Плыви по Амуру, но чтобы при этом не пахло пороховым дымом.
Так окончательно решен был веками лежавший под спудом вопрос о великой реке Амур, вопрос о роли России на Тихом океане.
Известие о том, что плавание по Амуру разрешено, быстро распространилось в Сибирь и вызвало волну восторга почти во всех слоях населения. Отплытие каравана барж во главе с пароходом "Аргунь", выстроенным специально для плавания по Амуру, превратилось в настоящий праздник. Гремели пушечные выстрелы. Толпы народа провожали по берегу флотилию с криками "ура", бросая вверх шапки. Муравьев зачерпнул в стакан амурской воды и поздравил всех с открытием плавания по реке.
