Губернатор Писарро в это время еще находился в Лиме, но и он уже узнал от приехавших из Испании, хотя и не видел самих королевских грамот, находившихся пока с братом Фернандо в Панаме, что Альмагро получил новые широкие полномочия на завоевание и управление на юге, но при этом ему не было известно о расширении королем его собственной территории на 70 лиг к югу от границ уже покоренной им земли. Такое усиление позиции соперника настолько обеспокоило губернатора, что он немедленно направил в Куско инструкции своим братьям взять власть из рук Альмагро, которому он объяснял этот шаг нелегальностью осуществления им властных полномочий до официального получения королевских грамот, которые задерживались в Панаме. Он настойчиво призывал своего партнера, не теряя времени, отправиться на завоевание областей, лежавших к югу от границ Куско.
Однако подобный поворот дел был совершенно неприемлем для Альмагро и его сторонников, которые рассматривали его как принуждение к отказу от полученных ими прав. Со своей стороны, Хуан и Гонсало Писарро при поддержке собственного лагеря настойчиво требовали возвращения власти, что привело к глубокому расколу не только среди испанцев во всех эшелонах гражданского и военного управления, но и среди всех слоев местного населения. Положение напряженности достигло такой точки, когда оно грозило взорваться очень серьезным кровопролитием Узнав о назревавшем конфликте, губернатор сам поспешил в Куско.
Его приезд был встречен приветствиями со стороны умеренных испанцев и большинства жителей, которые стремились предотвратить междоусобную вооруженную борьбу. Альмагро был первым, с кем встретился Писарро, но дружественные беседы не могли скрыть нараставшие проявления разногласий, и опасность взрыва, казалось, стала еще более вероятной, чем прежде. Однако, посредничество друзей с обеих сторон в конечном счете привело соперников к подписанию соглашения. Оно предусматривало, в частности, что партнеры не будут направлять сообщения королю без взаимного утверждения, что они прекратят кампании клеветы один против другого и что завоевание новых земель и связанные с ними расходы должны быть их общей обязанностью. Подписание заверенного нотариусом документа состоялось 12 июня 1535 года.
Вслед за урегулированием этого опасного конфликта Альмагро поспешил совершить уполномоченное королем завоевание новых южных территорий и, легко собрав несколько отрядов жадных до ожидаемой богатой добычи добровольцев, направился в земли сегодняшнего Чили. Отъезд в далекую и небезопасную авантюру столь трудного соперника принес большое облегчение губернатору, который затем вернулся в Лиму, где с удовольствием занялся организацией гражданской жизни страны, строя свою столицу, закладывая новые города и порты, один из которых он назвал в честь своего родного поселения Трухильо, раздавая своим людям земли и индейцев в стремлении как можно быстрее провести испанизацию покоренной им империи инков.
Междоусобный конфликт в испанском лагере не прошел незаметно для самого населения Перу. За исключением отдельных вспышек сопротивления захватчикам и восстаний в некоторых местах, страна была покорена Однако население в целом и немалое число бывших сановников, вельмож и вождей неизбежно испытывали на себе тяжелое бремя разгрома старого привычного порядка и потерю независимости, что особенно остро ощущалось при возраставшей испанизации страны, ширившихся бесчинств оккупантов и их эксплуатации перуанцев. Такое скрытое недовольство получило наибольшее распространение в южных провинциях и в столице, являвшихся колыбелью бывшей империи инков. Совершенно устраненный от власти и ее символических атрибутов местный правитель страны Манко неоднократно упрашивал губернатора вернуть ему более весомые полномочия, но они просто противоречили собственным планам дона Писарро, который их оставлял без внимания.
Возникший среди испанцев серьезный конфликт открывал перед Манко и его единомышленниками определенную возможность осуществить надежду на освобождение путем проведения подготовленных разгромов разбросанных по огромной территории немногочисленных отрядов испанцев со стороны многотысячных армий индейцев с последующим всеобщим восстанием населения против ненавистных оккупантов. Такие планы были подготовлены в условиях чрезвычайной секретности в нескольких провинциях, и теперь они должны были быть скоординированы вместе с участием номинального правителя Манко.
К этому времени испанцы настолько перестали с ним считаться, что он уезжал из Куско на короткое время и возвращался в него практически бесконтрольно. Наступил день условленной встречи Манко с участниками заговора в окрестностях Куско, и он выехал с этой целью из города. Вместе с испанцами тогда в старой столице находился также тысячный гарнизон индейцев из не столь давно покоренных инками северных провинций, которые всегда были настроены к ним очень враждебно и служили здесь надежной опорой завоевателей. Именно эти люди отнеслись довольно подозрительно к выезду Манко из города на сей раз и об этом уведомили Хуана Писарро. Последний тут же бросился с небольшим отрядом кавалерии в погоню за беглецом и легко обнаружил его спрятавшимся в зарослях тростника около дороги недалеко от города. После этого Манко был посажен в крепость под усиленной охраной, что опрокинуло планы восстания индейцев на неопределенное время.
Эти события совпали с возвращением в Лиму Фернандо Писарро с королевскими грамотами, из которых губернатор с огромной радостью узнал о расширении его территории на 70 лиг к югу от Куско и о предоставлении ему императором аристократического титула Маркиза де лос Атавильос (по названию одной из перуанских провинций), а также о новых полномочиях Альмагро. Пользуясь отсутствием своего партнера-соперника в далеком чилийском походе, он решил не передавать ему пока королевские послания, а для укрепления собственного положения в Куско направил туда брата Фернандо, которого он считал самым способным из своих многочисленных родственников, умевшим к тому же хорошо улаживать дела с индейцами. В отличие от большинства испанских руководителей Фернандо более сочувственно и гуманно относился к местным людям, многие из которых, в том числе и казненный в его отсутствие Атауальпа, и оказавшийся теперь в тюрьме Манко, считали его своим другом.
После некоторого времени пребывания во главе управления Куско Фернандо освободил Манко из заключения, а потом даже сблизился с ним. Такие дружеские отношения были еще больше укреплены раскрытием Манко для Фернандо двух крупных тайных кладов перуанских драгоценностей, которые затем и были переданы испанцам, что повысило доверие главы города к бывшему заключенному «правителю» инков, который с невероятной осмотрительностью и осторожностью в совершенной тайне возрождал свой план изгнания пришельцев из страны. Следуя избранной тактике, Манко однажды поведал Фернандо о секретной пещере в соседних Андах, где была скрыта статуя его отца императора Уайана Капака, сделанная из чистого золота, и предложил привезти ее из тайника. Потрясенный такой возможностью получить золотую статую и ослепленный неизбывной алчностью конкистадора Фернандо согласился отпустить Манко за бесценным изделием в сопровождении двух солдат, даже не столько с целью его охраны, сколько для оказания ему помощи в его перевозке.
