Восстание наследника Альмагро было ликвидировано, и одержавший победу Вака де Кастро победоносно вошел в Лиму, где стал готовиться к приезду первого назначенного вице-короля Перу Бласко Нуньеса Вела. Новый верховный представитель монарха привез с собой «Новые Законы» для Индий, которые были подготовлены по приказу Карла V в связи с его большим беспокойством по поводу быстрого сокращена индейского населения в колониях, вызванного его безжалостной эксплуатацией и безнаказанным уничтожением со стороны конкистадоров и поселенцев. Эти законы, по крайней мере на бумаге, запрещали превращение индейцев в рабов, лишение их элементарных прав, отменяли их передачу в собственность испанцам с землей по системе энкомьенда и вводили целый ряд других мер по их защите. Их провозглашение вызвало бурю недовольства всех испанцев в Новом Свете, считавших это ущемлением их естественных прав, но в Перу оно вызвало самые настоящие боевые сражения.
В ответ на требования поселенцев изменить часть новых положений или ходайсгвовать перед королем об их отмене вице-король Перу занял непримиримую позицию, усилив опасность начала гражданской войны. Его главным оппонентом в начавшемся противоборстве стал последний из оставшихся в живых братьев Писарро Гонсало. Он вернулся из своей экспедиции, когда де Кастро собирал армию для подавления восстания «чилийцев», и сразу предложил ему свои услуги, но получил отказ и был вынужден уехать в свои оставшиеся имения в Чаркас в сегодняшней Боливии. При объявлении новых законов он возглавил оппозиционные силы, в чем скоро приобрел мощного союзника в лице генерала Карвахаля. Под предлогом завершения борьбы с предводителем инков Манко Писарро стал собирать армию, в которую влилось много желающих в ожидаемом новом разделе перуанских богатств.
Однако Гонсало совсем не собирался воевать с Манко в Вилкабамбе, так как его настоящая цель была в захвате Лимы и объявлении себя губернатором Перу. 8 октября 1544 года войско Писарро вошло в Лиму, откуда спешно ретировалась армия вице-короля. Но вскоре вице-король попытался вернуться в столицу, однако, потерпев неудачу, решил уйти в Кито. Писарро пошел по его следам и неподалеку от этого города нанес ему сокрушительное положение, в ходе которого один из его солдат отрубил наместнику короля голову, но сразу же по распоряжению Гонсало потерял свою.
После этой победы Гонсало Писарро стал неоспоримым правителем огромных пространств Перу от Кито до северных границ Чили. Его флоту удалось даже поставить под свой контроль Панаму, которая служила главным пунктом связи с Европой. Богатства страны, особенно работавшие в полную мощь серебряные рудники Потоси, позволяли ему содержать крупное обеспеченное войско и вести королевский образ жизни. Но продолжения этой наглой узурпации король позволить не мог, и вместо прямого военного решения проблемы на этот раз он предпочел использовать редкостный дипломатический талант епископа Педро де Ла Гаска.
Епископ прибыл в Панаму в июле 1546 года, где его дипломатия стала довольно быстро давать результаты. Уже из Панамы Ла Гаска стал активно рассылать тайные письма в муниципалитеты Перу с объяснением намерений короля мирно уладить ситуацию в стране. Затем он послал в Лиму своего представителя, которого Писарро отказался принять, и он был отправлен обратно с ответом — не пытаться его уговаривать.
Перед лицом возможных силовых акций короля правитель Перу стал еще более активно укреплять армию. Но все эти меры были напрасными, поскольку епископу постепенно удалось своей пропагандой перетянуть на сторону короля весь флот Писарро, а вслед за этим началось массовое дезертирство из его армии в северных районах. Изменение настроений в войсках несколько подорвало прежнюю твердость в действиях губернатора, и он решил принять посланца епископа, который был к тому же братом архиепископа Лимы. Писарро разговаривал с монахом грубо, отказался обсуждать предложенные им условия и в ответ на его вопрос, чего бы он хотел со своей стороны, сказал, что он хочет лишь утверждения его на посту.
Теперь Ла Гаска стал собирать мощную армию в порту Тумбес-Сан-Мигель, куда начали съезжаться со своими отрядами военачальники из разных колоний Нового Света в поддержку короля. Чтобы сбить Писарро с толку относительно места предстоящего нападения, он разослал свои силы в три разных точки страны, но к концу ноября 1547 года они все сошлись в центральном районе Анд у города Хауха. К этому времени по совету Карвахаля Гонсало Писарро перебрался с основной армией в Куско, где им, казалось, будет лучше защищаться, чем в прибрежной Лиме. Вслед за этим союзник Ла Гаска командующий Сентено расположил свое крупное войско в тылу позиций Писарро у озера Титикака, чтобы отрезать его возможный уход в Чили. Противники сошлись на поле битвы у болотистых южных берегов этого озера в местечке Уарина, где благодаря великолепному командованию Карвахаля губернатор одержал внушительную победу, которая унесла у Сентено половину его людей и в большой успех которой с трудом верил он сам. Его уверенность в дальнейших успехах поднялась так высоко, что он недооценил силу ждавших его сил противника.
Армии Ла Гаска к этому времени достигли глубокого каньона реки Апуримак, но стоявшее на противоположном ее берегу войско Писарро успело уничтожить все четыре подвесных моста- Однако воины епископа с помощью многочисленных индейцев смогли восстановить один из мостов под покровом ночи и обеспечили переправу своих отрядов, несмотря на нерешительные попытки Писарро помешать им это сделать, что закончилось разгромом нескольких сотен его людей. На следующий день в близлежащей долине обе армии встретились для решающего боя, но Писарро сразу совершил несколько серьезных тактических ошибок в расположении своих отрядов, предоставив преимущественные позиции противнику. После первых залпов Ла Гаска люди Писарро вдруг стали по два-три человека бросать оружие и перебегать на сторону войска короля. Вслед за ними поток перебежчиков усилился, а потом стал всеобщим. Увидев эту картину, Гонсало Писарро сам тоже бросил свое копье и медленно направился к позиции ловкого епископа Он был тут же арестован и приговорен к смертной казни. Вскоре солдаты притащили схваченного генерала Карвахаля, которого ожидала та же участь. На следующее утро, 10 апреля 1548 года, Гонсало Писарро была отрублена голова и отправлена в клетке в Лиму. Его имение в Куско было разрушено, а земля на нем засыпана солью. Ему было 42 года 80-летнему генералу Карвахалю сначала отрубили голову, а потом четвертовали его труп.
