Фернандо Писарро отбыл в Кастилию в начале 1539 года, но по пути в Панаму ему стало известно, что король было настолько возмущен его поведением по узурпации полномочий короны, что отдал приказ о его аресте. Чтобы избежать ареста, Фернандо проплыл в небольшой порт в Мексике, откуда вместе с золотом переправился в Веракрус, ставший бойким торговым портом на карибском побережье, Хотя он прибыл в Испанию в июле 1539 года, аудиенцию у короля он смог вымолить лишь в 1541 году, и она стала для него последней. Хотя формального суда в связи со смертью Альмагро над ним не проводили, после короткого рассмотрения дела он был посажен в тюрьму, где провел 21 год и 3 дня, 19 из которых прожил там со своей женой, которая была дочерью его брата-губернатора, внучкой последнего императора объединеной страны и дочерью Атауальпы. У них родилось пять детей. При выходе из заключения Фернандо вернули все его колоссальное богатство, (на которое сначала был наложен арест), и благодаря этому он просто купил себе титул маркиза де ла Конкиста, то есть маркиза Покорения, и затем передал его своим трем сыновьям. Он умер в роскоши и почете в возрасте 80 лет.
Смерть Альмагро была отомщена. Перед отплытием в Испанию Фернандо предупредил брата быть начеку в отношении «чилийцев». После гибели их вождя оставшиеся в живых участники его походов в наказание за принадлежность к его лагерю и его действия потеряли в Перу все и остались озлобленными и униженными нищенствовать на улицах городов, в первую очередь Лимы, не имея возможности даже выехать из страны. Там же оставался жить в своем доме сын Альмагро и его панамской спутницы-индианки, носивший отцовское имя Диего, которого верные памяти их вождя «чилийцы» называли «Мальчик Альмагро». 26 июня 1541 года около 20 «чилийцев» собрались в доме сына Альмагро и приняли решение убить Писарро прямо в его губернаторской резиденции, где маркиз дон Франсиско ожидал прибытия посланника короля, который должен был подтвердить все предоставленные ему титулы и полномочия. В тот воскресный день охрана дворца маркиза был по обыкновению уменьшена, и ворвавшиеся в него головорезы довольно легко расправились с первыми охранниками и проникли в комнату Писарро. Все произошло настолько быстро, что у губернатора не было времени даже накинуть на себя защитную кольчугу. Хотя ему было уже 69 лет, он ловко отбивался мечом от шести насевших на него «чилийцев», когда руководитель группы нападавших решил пожертвовать одним из своих сообщников, толкнув его прямо на поднятое оружие губернатора Пока Писарро вынимал меч из пронзенного тела «чилийца», остальные бросились на него все вместе и вонзили ему кинжалы в горло. Маркиз дон Франсиско Писарро, главный организатор и исполнитель невероятно успешного завоевания самой большой и богатой империи Нового Света, замертво рухнул.
В результате убийства Франсиско Писарро положение в Лиме и во всей стране неожиданно изменилось. «Чилийцы» во главе с Альмагро-младшим захватили все властные позиции в столице и направили своих представителей в основные города с объявлением о перемене власти и с требованиями признать сына Альмагро губернатором Перу. Поскольку Фернандо Писарро находился под арестом в Испании, а его брат Гонсало совершал поход в бассейне Амазонки, в стране не нашлось достойной организованной оппозиции действиям буйствовавших «чилийцев». Даже обиженный Фернандо Писарро де Кандиа предложил свои недюжинные таланты на службу новой власти. В итоге большинство перуанских испанцев приняли теперь сторону победившей фракции.
Однако прибывший в Перу королевский посланник Вака де Кастро, встречи с которым губернатор ждал в день своего убийства, получив сообщение об этом событии, после высадки на берег в соседнем с Лимой порту сразу направился в Кито, рассчитывая на помощь Гонсало Писарро как естественного союзника. Губернатор Кито тогда еще находился в длительной экспедиции, но правитель Гуаякиля Беналькасар выехал на встречу с де Кастро и, объявив, что он выступает за дело короля и его представителя, стал готовить свое войско. В ответ на его действия все противники Альмагро-младшего стали прибывать в противоборствующую армию в Кито.
Альмагро располагал большим количеством золота, поскольку он не собирался передавать королю его долю, что позволило ему потратить огромные суммы на оружие и боевые доспехи, производство которых успешно организовал в Куско талантливый де Кандиа. Предводитель инков Манко прислал ему из своего укрепленного района в Вилкабамба немалое количество оружия, взятого его армией у испанцев при осаде Куско, и обещал прислать собственные военные подкрепления. Армия повстанцев продолжала укрепляться, готовясь к уже наметившейся битве около поселения Чупас на высоте 9500 футов над уровнем моря в районе города Айякучо.
Кровавое сражение произошло там 16 сентября 1542 года. Армию короля возглавлял старый ветеран европейских и перуанских войн талантливый полководец Франсиско де Кар- вахаль, но повстанцами командовал сам Альмагро-младший, а его главную силу составляла артиллерия де Кандиа. Сначала фортуна была на стороне «чилийцев» благодаря смертоносным пушкам их командира, которые успешно косили ряды противника При таком повороте дела даже войско индейцев Манко бросилось на отряд Карвахаля, но тому удалось его разогнать. На поле битвы началось настоящее месиво схлестнувшихся в ближнем бою сторон. Желая помочь союзникам и остановить угрожавшего ему Карвахаля, де Кандиа перенес свой огонь на новые точки, но на этот раз снаряды разрывались мимо целей. Взбешенный этим промахом артиллерии Альмагро-младший подскакал к де Кандиа и с криком «За что ты меня продал, предатель!?» пронзил его смертельным ударом копья. После этого главное силовое преимущество повстанцев замолкло, а без поддержки пушек они оказались почти беспомощными жертвами боевого таланта Карвахаля и мощи его армии. Войско Альмагро-младшего было разгромлено, сам он и его военачальники казнены, а большинство раненых и оставшихся в живых «чилийцев» было уничтожено индейцами, собиравших их лошадей и добычу с их трупов.
Восстание наследника Альмагро было ликвидировано, и одержавший победу Вака де Кастро победоносно вошел в Лиму, где стал готовиться к приезду первого назначенного вице-короля Перу Бласко Нуньеса Вела. Новый верховный представитель монарха привез с собой «Новые Законы» для Индий, которые были подготовлены по приказу Карла V в связи с его большим беспокойством по поводу быстрого сокращена индейского населения в колониях, вызванного его безжалостной эксплуатацией и безнаказанным уничтожением со стороны конкистадоров и поселенцев. Эти законы, по крайней мере на бумаге, запрещали превращение индейцев в рабов, лишение их элементарных прав, отменяли их передачу в собственность испанцам с землей по системе энкомьенда и вводили целый ряд других мер по их защите. Их провозглашение вызвало бурю недовольства всех испанцев в Новом Свете, считавших это ущемлением их естественных прав, но в Перу оно вызвало самые настоящие боевые сражения.
