Анализ статей нового договора позволяет констатировать, что Москва извлекла уроки из истории четырех лет взаимоотношений с Малороссией, поэтому не намеревалась далее мириться с казацкой вольницей, чтобы вновь не стать заложников честолюбивых амбиций нового гетмана или его окружения. Но с другой стороны, возникает сомнение, что эти дополнения разрабатывались в Москве. Для этого просто не хватило бы времени, так как с момента избрания Юрия Хмельницкого гетманом до Переяславской рады прошло меньше месяца, а на дорогу из Переяславля в столицу и обратно даже гонцу требовалось не менее четырех недель. Похоже, что эти дополнения к прежнему договору были разработаны в стане Трубецкого и лишь после их утверждения представлены в Москву.
Что касается гетмана — изменника и его ближайших сторонников, то, согласно дополнениям к договору, Иван Выговский с семьей и детьми, а также его братья и родственники Данила, Василий, Юрий и Илья подлежали выдаче царским властям для последующего наказания. Никто из Выговских впредь в Войске Запорожском служить не имел права. Ближайшие сподвижники прежнего гетмана — Григорий Лесницкий, Григорий Гуляницкий, Антон Жданович и ряд других лишались своих должностей и впредь к войсковому управлению не должны были допускаться. Некоторые из бывших полковников остались простыми казаками, а другие, как, например, Жданович перешли на королевскую службу. Видимо, все же польской Короне Жданович послужил недолго, так как в начале 1660 года он в составе войск Станислава Потоцкого принимал участие в осаде Могилева (на Днестре) и был захвачен в плен оборонявшими город сторонниками Юоия Хмельницкого. О дальнейшей судьбе славного казака ничего не известно.
Переданный Трубецкому Данила Выговский по дороге в Москву умер, Василий, Юрий и Илья были сосланы в Сибирь, но позднее помилованы. 4 декабря царские воеводы взяли приступом Старый Быхов и пленили Ивана Нечая, а также укрывавшихся там других сторонников Выговского.
Каждая статья договора на раде голосовалась отдельно, в конечном итоге, новый договор был принят в московской редакции, а 14 статей, предложенных в Расаве, были отвергнуты.
Власть гетмана распространялась на обе стороны Днепра и на каждой из них были выбраны свой судья, свой есаул и свой писарь. Без царского на то повеления гетману запрещалось казнить кого — бы то ни было, даже при наличии решения войскового суда.
Утвержденные на раде статьи были записаны в специальную книгу, подписаны гетманом и переизбранной старшиной. Генеральный обозный Носач, судья Беспалый, есаулы Ковалевский и Чеботков, полковники — черкасский Одинец, каневский Лизогуб, корсунский Петренко, переяславский Цецура, кальницкий Серко, миргородский Павел Охрименко (Апостол), лубенский Засядько, прилуцкий Терещенко и нежинский Василий Золотаренко оказались неграмотными (или прикинулись такими?). За полковников, которые не были на раде, потому что несли службу на границе против татар и поляков: чигиринского Кирилла Андреева, белоцерковского Ивана Кравченко, киевского Василия Бутрыма, уманского Михаила Ханенко, брацлавского Михаила Зеленского, паволоцкого — знаменитого Ивана Богуна, подольского Остапа Гоголя подписался лично гетман.
Конечно, новая редакция договора с Московским государством не шла ни в какое сравнение с положениями статей гадячского договора, заключенного поляками с Выговским. Однако, для черни эта разница принципиального значения не имела, поскольку основные казацкие вольности и привилегии для Войска в целом оставались прежними и аналогичными тем, что были оговорены в Гадяче Выговским с Беневским. Для старшины же новый договор не мог быть привлекательным, поскольку не только не наделял полковников и сотников новыми привилегиями, но и существенно ограничивал возможность злоупотреблений ими своей властью. Кроме того, гетман фактически ставился под контроль царских воевод, размещавшихся в стратегически важных городах Малороссии, в то время, как согласно прежнего договора, подчинялся лично государю.
Но делать было нечего. Трубецкой отказался даже обсуждать те 14 статей, которые были представлены ему Хмельницким и Дорошенко на основании решения рады в Расаве. Собственно, иначе князь поступить и не мог, так как они предусматривали, например, право гетмана принимать иностранных послов, участвовать в выработке мирных договоров с татарами, поляками и шведами. Согласно этим предложениям, царь не имел права отказать в утверждении гетмана избранного на раде, состоявшей исключительно из войсковых людей. Предлагалось запретить сношения кого-либо, помимо гетмана, с Москвой, а киевский митрополит должен был оставаться в подчинении константинопольского патриарха. Царские воеводы не должны были размещаться в малороссийских городах, кроме Киева.
Естественно, Трубецкой не мог пойти на такие условия, поскольку было ясно, что в Малороссии необходимо навести и поддерживать твердый порядок, а казацкие вольности и свободы (особенно, что касалось гетмана и старшины) свести к минимуму. Слишком дорогой ценой обходилась Московскому государству казацкая вольница, и чересчур много крови было пролито из-за амбициозных устремлений казацкой старшины. Однако, вряд ли кто в царском окружении мог предположить, что Малороссию ожидают еще более страшные испытания, благодаря этой самой вольнице и непостоянству малороссийских казаков, все возрастающие амбиции которых в вопросах независимости и самоопределения, не соответствовали уровню их экономического и военно-политического потенциала, а также и самосознания основной массы населения.
Хотя Юрия Хмельницкого и выбрали единогласно на полной раде, но немало сторонников имелось и у его дяди Сомка, а также и у Беспалого, который своей борьбой с Выговским доказал верность Москве. Честолюбивые замыслы продолжал вынашивать и энергичный Тимофей Цецура, рассчитывавший на благодарность Москвы за то, что возвратил Левобережье под царскую руку. Отказ Трубецкого рассмотреть на раде 14 статей, выработанных в Расаве и согласие вновь избранного гетмана с новой редакцией Переяславского договора 1654 года, также не добавили ему популярности, особенно у старшины. В принципе, это недовольство было обоснованным: прояви Юрий Хмельницкий больше характера и настойчивости, расавские статьи могли быть (полностью или частично) приняты. Для этого просто не следовало идти на уступки Трубецкому, а отправить посольство непосредственно в Москву. Под угрозой новой смуты, Алексей Михайлович вполне мог пойти на уступки Хмельницкому, так же, как полгода назад готов был заключить договор с Выговским на условиях гадячского трактата. Но восемнадцатилетний юноша не сумел проявить характер и, по-видимому, Трубецкой просто воспользовался его неопытностью в государственных делах, а также и тем, что наиболее ярые ревнители казацких прав и вольностей: Богун, Гоголь, Ханенко, Зеленский не участвовали в Переяславской раде.
Эти просчеты с которых началось его гетманство не могли не отразиться на положении Юрия в казацкой среде, если учесть, что к тому же он начисто был лишен полководческого дара и государственного ума своего отца.
Но если ситуация в Малороссии даже после избрания нового гетмана обеих сторон Днепра, была достаточно сложной, то не лучшим образом обстояли дела и в Московском государстве. И для самого царя и для его окружения стало, наконец, понятным то, о чем два года назад предупреждал еще покойный Хмельницкий: они оказались обманутыми поляками. В то время, когда Польшу можно было стереть с лица земли и забыть о ее существовании, Москва, наоборот, подала ей руку помощи, объявив войну Швеции. Война эта не вызывалась какой-либо объективной необходимостью, а велась лишь из-за того, что Алексею Михайловичу был обещан польский трон. Более того, царь помешал и Ракочи укрепиться на польском престоле и крепко обидел Войско Запорожское, отказав послам Богдана Хмельницкого участвовать в выработке условий мирного договора с Польшей. Несмотря на всю проявленную осторожность, Москва не вняла предупреждению Пушкаря и запорожцев о тяготении Выговского к полякам и Крыму, сделав ставку на гетмана-изменника, что и привело впоследствии к драматическим событиям в Малороссии.
После гадячского трактата просчеты царского правительства становились особенно заметными на фоне деятельности его воевод Трубецкого, Ромодановского и других, из-за просчетов или нерешительности которых, Малороссия едва вообще не вышла из московского подданства. Из всех военачальников, отправленных царем в Малороссию, один Шереметев пока что действовал активно и успешно. Он не только отразил все попытки Выговского овладеть Киевом, но в конце года выступил против Анджея Потоцкого и нанес ему серьезное поражение, захватив обоз.