После бегства Тетери на Правобережье из влиятельных казацких деятелей остались лишь полковники Опара и Дорошенко. При поддержке татар первый летом 1665 года был избран гетманом вместо Тетери, однако спустя недолгое время в том же году он был опять-таки при поддержке татар смещен со своего поста. Гетманом правобережной Украйны казаки выбрали генерального есаула Петра Дорошенко, остававшегося в этой должности до 1677 года.
В один из сентябрьских дней 1665 года жители Москвы стали очевидцами доселе небывалого события — в столицу прибыло малороссийское посольство во главе с самим гетманом Войска Запорожского Иваном Брюховецким. Москвичи и раньше нередко встречали на улицах города малороссийских казаков и запорожцев в непривычных для великороссов одеяних, но такое огромное их количество в Москве последний раз видели только в 1618 году. Гетман прибыл в окружении более полутысячи конных казаков и челяди, двигавшихся под гром бубнов и литавр.
У Земляного города гетмана встречали ясельничий Желябужский и дьяк Богданов, ему подвели царскую лошадь в богатой сбруе, на которой он и въехал в Серпуховские ворота. Вместе с Брюховецким в столицу прибыли нежинский полковник Матвей Гвинтивка, лубенский Григорий Гамалея, киевский Василий Дворецкий, два генеральных есаула — Василий Федяненко и Павел Константинов, генеральный обозный Иван Цесарский, генеральный судья Павел Забела, два генеральных писаря — Степан Гречаный и Захар Шикеев.
В преданности московскому правительству гетман превзошел самого себя — он предложил внести изменения в перяславские договорные статьи, на которых ранее не настаивали и в самой Москве. Согласно предложенных им статей все доходы от продажи спиртного в малороссийских городах должны были поступать в царскую казну, как и налоги от мещан и поселян. В Прилуки, Лубны, Гадяч, Миргород, Полтаву, Батурин, Глухов, Новгород — Северский и Стародуб предлагалось ввести царских воевод со своими ратными людьми. Вновь избранный гетман Войска Запорожского должен был лично прибывать в Москву и от царя получать булаву и знамя. Брюховецкий предложил также уничтожить привилегии малороссийских городов, а также провести в Малороссии всеобщую перепись, чтобы знать точно с кого и какие следует взыскивать налогов.
Такое усердие требовало награды и она не заставила себя ждать. Иван Мартынович был пожалован боярством, а остальная прибывшая с ним старшина возведена в дворянское достоинство. Там же в Москве гетман женился на боярыне, получил от царя вотчину близ Стародуба и Шептаковскую сотню в Стародубском полку, в которую входило много сел и деревень. Все полковники также получили в наследственное владение по селу.
В Москве могло возникнуть мнение, что, идя на ограничение прав малороссийского народа и казаков, Брюховецкий действительно радеет исключительно о делах Московского государства, но в действительности все объяснялось совершенно другими причинами. Уже вскоре после своего избрания гетманом Войска Запорожского Богдан Хмельницкий столкнулся с ситуацией, когда интересы казаков и простого народа стали постепенно расходиться. В дальнейшем наметились противоречия между старшиной и чернью, по причине чего даже Хмельницкий избегал лишний раз собирать раду, опасаясь ограничения своего гетманского произвола. Эти противоречия еще более остро обозначились при Выговском. Он особенно явно осознавал неустойчивость своего положения, поэтому просил у царя вотчину поближе к Литве, а не в Малороссии, но царь тогда не пошел ему навстречу. Возможно, это и способствовало в последующем переходу его на польскую сторону. Выговский не доверял казакам, окружив себя иноземцами, по гадячскому договору он именовался гетманом русским, а не запорожским. Юрий Хмельницкий также не приобрел авторитета в казацкой среде и противоречия между интересами его ближайшего окружения и простыми казаками, в конечном итоге, привело к отречению от гетманского сана.
С момента своего избрания Брюховецкий также не был принят всей чернью и держался у власти во многом лишь благодаря поддержке царских воевод, да еще потому, что отражение польской агрессии требовало объединения всех сил, что понимала и чернь, поэтому в то время было не до распрей. Но сейчас, после бегства Тетери и отступления поляков в коронные земли, по крайней мере, для Заднепровья внешняя угроза миновала, создавалась реальная опасность, что казаки станут настаивать на избрании другого гетмана. Став боярином и получив вотчину вблизи московских территорий, Брюховецкий тем самым серьезно укрепил свое положение. Гарантией его безопасности должны были стать царские воеводы, для чего он и предлагал их разместить во всех значительных городах Малороссии. В довершение ко всему он настаивал на том, чтобы в Киев был назначен митрополит из Москвы, так как рассчитывал, что тот станет поддерживать его, а не казацкую вольницу, но царь с этим не согласился, обещая решить этот вопрос с константинопольским патриархом.
Брюховецкий загостился в Москве до конца года, а между тем, избранный в августе 1665 года вместо Опары, гетман западной стороны Петр Дорошенко перешел к активным наступательным действиям. Поддерживаемый татарами, он осадил Брацлав, но полковник Дрозденко в течение шести недель отражал все его атаки, однако не получая поддержки, вынужден был к исходу декабря сдать город. Тогда же осенью овруцкий полковник Демьян Децик разбил войска Дорошенко между Мотовиловкой и Паволочью, однако вскоре после этого вынужден был отступить к Киеву. Не получая помощи из-за Днепра, Децик, в конечном итоге, вынужден был уйти в Заднепровье и прибыл в Переяславль к наказному гетману Ермоленко. Все эти неудачи привели к тому, что верность Москве на западном берегу Днепра продолжал хранить лишь один Канев. Всю остальную территорию контролировал гетман Дорошенко.
Наконец, в начале 1666 года возвратился в Заднепровье боярин и гетман Иван Мартынович Брюховецкий, но нерадостно встретила его Малороссия. Поводов к недовольству у всех слоев населения было более чем достаточно. К тому времени в ряд малороссийских городов были введены воеводы со своими ратными людьми, приехали переписчики и стали переписывать всех людей по городам и селам, облагая их данью. Переписи подлежало не просто население, но и все принадлежащее каждой семье имущество, вплоть до хранившегося в сундуках, в погребах и т. п. Дань брали с плуга и с коня. На всех дорогах, ведущих к базарам, выставлялись приставы, которые взимали дань со всего, что вывозилось на продажу. Возможно, в других странах эти нововведения были привычными и являлись обыденной практикой, но для Малороссии оказались полной неожиданностью. Попытка укрыть имущество от переписи или товары от уплаты таможенных сборов, строго наказывались штрафом, а то и побоями. В народе возникло возмущение, недовольство гетманом крепло и ширилось по всему краю. Прибывшие с воеводами ратные люди свысока относились к малороссиянам, вели себя по отношению к ним нагло, как завоеватели, обижали женщин и девиц. Если учесть, что сам Брюховецкий и некоторые его полковники были алчными и корыстолюбивыми людьми, взыскивали с населения и прежде непомерные сборы, якобы на содержание войска, то становится понятным, что обстановка в Малороссии все более накалялась. Началось брожение и в казацкой массе. Большинство казаков не понимали, почему вдруг гетман стал боярином, а полковники дворянами, прежде никогда такого не было. Некоторые полковники и сами не хотели становиться дворянами, предпочитая оставаться казаками. Происки гетмана в отношении епископа Мефодия, вызвали недовольство не только у него, но и среди малороссийского духовенства, которое не желало, чтобы им был назначен митрополит из Москвы.
В самом начале года в Переяславле едва не вспыхнул бунт, но наказной гетман Ермоленко своевременно узнал об этом и арестовал заговорщиков. Однако, часть казаков переяславского полка дезертировала и организовалась в отдельные ватаги, во главе которых стали влиятельные Иван Донец и Демьян Децик. Начались волнения и в Нежине, где во главе недовольных оказался сам полковник Матвей Гвинтивка, ранее верный сподвижник Брюховецкого и новоиспеченный дворянин.
Епископ Мефодий в неурядицах в Малороссии обвинял гетмана, тот в свою очередь писал на него доносы в Москву. Сваты грызлись между собой, поэтому для выяснения действительной ситуации в крае царь направил к Брюховецкому своего посланника дьяка Фролова, который встречался со многими начальными людьми, побывал у Мефодия и у самого гетмана. По возвращению в Москву Фролов докладывал, что неурядицы происходят в основном от гетмана, который, по мнению многих, чрезмерно жаден и корыстолюбив.
Петр Дорошенко, внимательно следивший за развитием ситуации в Заднепровье, где у него было немало сторонников, подослал своих агентов в Переяславль и в июле 1666 года им удалось организовать там беспорядки. Казаки Переяславского полка убили своего полковника Ермоленко и много царских ратных людей. Воеводе Вердеревскому едва удалось скрыться. Одновременно начались волнения и в Каневском полку на правой стороне Днепра.
