Но общей безнадежной для королевского войска ситуации уже ничто изменить не могло. Во главе обороны Глухова стоял генеральный судья Войска Запорожского Животовский и сдавать город он намерен не был. Богун своевременно снабжал осажденных информацией о намерениях поляков и те активно оборонялись, делая вылазки и ведя подкопы. После пяти недель безрезультатной осады Глухова, король вынужден был отступить к Днепру, так как татары, вторгнувшиеся в московские земли, сообщили, что князь Черкасский с сильным войском уже стоит в Брянске, готовый к выступлению в Малороссию. Готов был к походу и князь Куракин, стоявший в Путивле, а из Батурина к Глухову начал выдвижение Григорий Ромодановский, с которым, захватив Кролевец, соединился и гетман Брюховецкий. Эти известия посеяли панику не только в королевском войске, но и среди татар, которые срочно оставили северские земли и возвратились в Крым. Когда король вынужден был отступить от Глухова, казаки Животовского стали его преследовать, нападая на обоз. Как ни торопились поляки добраться до Днепра, но Ромодановский и Брюховецкий настигли короля у Пироговки, где завязался жаркий бой. Одержи они своевременную поддержку от Куракина и Черкасского, и не разлейся Десна, не вырваться бы королю из окружения. А так Яну Казимиру повезло и он с небольшим отрядом сумел уйти в литовские земли. Таким образом, и закончился этот неудачный для польской армии поход, не принесшей полякам славы и добычи, а лишь одно разорение малороссийским городам и селам, так как, если их пощадили король и Богун, то не стал щадить Брюховецкий за измену.
Неудача королевских войск на Левобережье роковым образом повлияла и на осложнение ситуации на правом берегу Днепра. О готовящемся походе короля царскому правительству было известно еще в конце 1663 года, поэтому было время предпринять некоторые превентивные меры. Пока в Брянске собирались войска под командованием князя Черкасского, Григорий Ромодановский отрядил одного из своих командиров, будущего генерал — поручика Григория Ивановича Косагова, на Сечь, чтобы договориться с запорожцами о совместных действиях.
Еще в начале декабря Серко и Григорий Косагов выступили из Сечи на Перекоп, чтобы помешать крымскому хану оказать помощь королю. При этом, располагая мизерными силами (90 запорожцев, 30 донских казаков и 60 калмыков), они разграбили татарские улусы вблизи Перекопа и разгромили татарское войско, состоявшее более чем из тысячи человек. Возвратившись на Сечь, Серко собрал запорожцев и в январе выступил в поход на Тягинь (Бендеры). Возвращаясь оттуда с богатой добычей, он вторгся в Брацлавщину, где стал уничтожать поляков и евреев. Брацлавский и Кальницкий полки перешли на его сторону, Могилев (на Днестре), Рашков, Умань отказались признавать власть Речи Посполитой. Восстание охватило почти весь правый берег Днепра. Помимо Ивана Сербина и Остапа Гоголя (полковники брацлавский и кальницкий), к Серко присоединился предводитель галицких опрышков Семен Высочан, который в свое время привел к Богдану Хмельницкому 15 тысяч галицких повстанцев еще в 1648 году и вместе с Богуном оборонял Винницу. Отказались повиноваться гетману Тетере Василий Дрозд (Дроз или Дрозденко) и ряд других полковников и старшин. Как ни странно, но есть данные, что идейными вдохновителями этого восстания стали экс — гетман Иван Выговский и митрополит Иосиф Тукальский (а также и Юрий Хмельницкий, в иночестве Гедеон). Едва Серко одержал первые победы в Брацлавщине, как в Белой Церкви сложился план отделиться от Польши. Якобы Выговский склонил на свою сторону белоцерковского полковника Сулиму, который должен был поднять восстание, но польский полковник Маховский успел предупредить замысел экс-гетмана и схватил его. Как уже отмечалось выше, после военно-полевого суда Выговский был расстрелян 18 марта в Ольховце. Сообщая об этом в своем универсале, Брюховецкий подчеркнул, что бывший гетман погиб за христианскую веру. Тукальский, полковник Гуляницкий и монах Гедеон (Юрий Хмельницкий) были арестованы и сосланы в крепость Мариенбург, хотя южнорусский летописец высказывает мнение, что это было сделано по навету Тетери и на самом деле они ни в чем не были виновны.
Однако, на развитие дальнейших событий это повлияло мало. Серко прошел всю Подолию и под Крылевым соединился с Косаговым и наказным кошевым Запорожской Сечи Сацком Туровцом. Ходили разговоры, что это Выговский предлагал ему взять штурмом Чигирин. Часть приднепровских полков присоединились к ним, но Чигирин призвал на помощь воеводу русского коронного обозного Чарнецкого. Под Бужиным Чарнецкий с 2000 конницы вступил в бой с Иваном Серко, который укрылся в городе. С 7 по 13 апреля поляки безуспешно осаждали Бужин, потеряли много людей, но Серко удалось вырваться из города и уйти в степь. Разъяренный неудачей Чарнецкий сжег Бужин, а затем и Субботов, вскрыв могилы Богдана Хмельницкого и его сына Тимофея, и развеяв их прах по ветру. Серко и Косагов понесли малые потери и подошли к Смеле, но здесь снова были атакованы преследовавшим их Чарнецким и подошедшим к нему на помошь Тетерей. Однако, и осада Смелы также не принесла удачи полякам, им пришлось отступить, а Серко переправился на восточную сторону Днепра и соединился с московской ратью.
Тем временем, воспользовавшись восстанием на правом берегу, Брюховецкий с основными своими силами также перешел Днепр и вел бои у Канева, который сдался ему без особого сопротивления. Попытка Чарнецкого освободить город не увенчалась успехом и постепенно, с боями, знаменитый польский полководец стал отступать к Белой Церкви. Брюховецкий и воевода Скуратов, преследуя его, вошли в Корсунь и Черкассы, а в сражении под Ставищами Чарнецкий потерял около 3000 человек и сам получил тяжелую рану в лицо. Однако, и Брюховецкий, не имея достаточных сил для развития наступления, в дальнейшем вынужден был оставить Черкассы и Корсунь, и отойти к Каневу.
Эти бои местного значения, то утихали, то опять возобновлялись, города и местечки переходили из рук в руки, однако перевеса не было ни на чьей стороне. Брюховецкий настаивал на подкреплениях, но у московского правительства свободных войск не было. Чарнецкий и Тетеря также подкреплений от короля не получали и вообще высказывались о необходимости заключения мира с Москвой, опасаясь, что в противном случае Приднепровье отделится от Польши. Действительно, Иван Сербин, доказывая свою преданность Москве, укрепился в Умани и стал отбивать у поляков близлежащие местечки. В Брацлаве полковником провозгласил себя Василий Дрозд (Дрозденко), а жители тех городов, которые еще оставались на польской стороне (Черкассы, Корсунь, Белая Церковь) повально оставляли их, уходя на левый берег Днепра.
В то же время и Брюховецкий опасался, что если царь не пришлет ему подкреплений, то поляки вытеснят его с Приднепровья, тем более, что мещане стали относиться к нему с большой неприязнью из-за того, что он требовал уничтожения городских привилегий (малороссийские города продолжали жить по магдебургскому праву). На их сторону в стычках с казаками вставали и царские воеводы, как, например, Чаадаев, который не допустил на постой в Киев Прилуцкий полк полковника Горленко.
Начало 1665 года ознаменовалось новыми успехами царских войск. Лубенский полковник Григорий Гамалея освободил Корсунь. Знаменитый враг казаков Чарнецкий, раненый под Ставищами, умер, а его преемник Яблоновский 21 мая потерпел поражение от московских воевод. Русские опасались нападения орды, но слух оказался ложным. Тетеря попытался взять Брацлав, однако, 4 апреля Дрозденко разбил его и гетман вынужден был отступить в Польшу. Но на его беду по дороге он наткнулся на запорожцев Серко, который почти постоянно рыскал по правому берегу Днепра и Подолии, нападая на поляков и татар. В завязавшемся сражении гетман был разбит и Серко отобрал у него и захваченную им войсковую казну. В Польше у Тетери отобрали и остатки денег. В последующем Тетеря удалился в Турцию, где и умер в бедности.
После бегства Тетери на Правобережье из влиятельных казацких деятелей остались лишь полковники Опара и Дорошенко. При поддержке татар первый летом 1665 года был избран гетманом вместо Тетери, однако спустя недолгое время в том же году он был опять-таки при поддержке татар смещен со своего поста. Гетманом правобережной Украйны казаки выбрали генерального есаула Петра Дорошенко, остававшегося в этой должности до 1677 года.
В один из сентябрьских дней 1665 года жители Москвы стали очевидцами доселе небывалого события — в столицу прибыло малороссийское посольство во главе с самим гетманом Войска Запорожского Иваном Брюховецким. Москвичи и раньше нередко встречали на улицах города малороссийских казаков и запорожцев в непривычных для великороссов одеяних, но такое огромное их количество в Москве последний раз видели только в 1618 году. Гетман прибыл в окружении более полутысячи конных казаков и челяди, двигавшихся под гром бубнов и литавр.
