В чине капитана 2-го ранга Колчак в мае 1908 г. стал командиром спущенного на воду "Вайгача". Будучи, как и "Таймыр", судном военным (имелось пушечное и пулеметное вооружение), "Вайгач" был оборудован специально для картографических работ. Вообще же ГЭ СЛО получила самое современное по тем временам оснащение для жизни в Арктике и проведения там научных исследований. В числе прочего корабли были оснащены радиотелеграфными установками, что позволяло им держаться в некотором отдалении друг от друга, ведя взаимодополняющие исследования. Весь экипаж экспедиции состоял из военных моряков (от командира до матроса добровольцы). На всех офицеров возлагались научные обязанности, судовые врачи одновременно были биологами-натуралистами.
В октябре 1909 г. суда вышли из Петербурга, в июле 1910-го прибыли во Владивосток - основную базу ГЭ СЛО. В августе-октябре, из-за краткости оставшейся навигации, совершили лишь плавание в Берингово и Чукотское моря. Главная задача - освоиться с условиями работы в Арктике - была решена с успехом в значительной степени благодаря Колчаку: он обладал тогда среди всех участников экспедиции наибольшим полярным опытом и умел этим опытом делиться.
Год плавания во главе исследовательского судна, год нового участия в коллективном творческом труде. Регулярные метеорологические и гидрографические наблюдения. На всех якорных стоянках - замеры течений. Змейковые подъемы метеорографов в Атлантике, Красном море, Индийском океане. Гидрографические станции в акваториях всех четырех океанов. Сборы морской и береговой фауны и флоры. При каждом удобном случае - гидробиологическое траление, драгирование, планктонные уловы. Океанографический разрез Берингова пролива, впервые выполненный "Вайгачом" и в том же плавании им повторенный (сам Колчак больше всего и занимался океанографией). Отработка умения парного плавания исследовательских судов: взаимодействие, подстраховка. Тесный научный круг на борту "Вайгача", включающий вахтенных начальников и судового врача: Г.А. Клодта фон Юргенсбурга, Б.А. Нольде, А.Н. Минина, Г.Л. Брусилова (вскоре погибшего в самостоятельной экспедиции), К.К. Неупокоева, Н.А. Гельшерта, Э.А. Арнгольда - все эти имена остались в истории арктических исследований.
В конце 1910 г. Колчак уехал в Петербург, но многое основополагающее для ГЭ СЛО, этой наиболее результативной русской арктической экспедиции21, он успел сделать.
("Колчак-Полярный", - представит его Анне Васильевне С.Н. Тимирев при их первой встрече, и это будет звучать примерно так же, как "Потемкин-Таврический" или "Семенов-Тян-Шанский".)
(Еще несколько слов о причастности А.В. Колчака к исследованию Арктики. В мае 1912 г. он заседает в комиссии, рассматривавшей план экспедиции Г.Я. Седова к Северному полюсу, критикует существенные недостатки плана и, по сути дела, выступает против престижной гонки к полюсу, в пользу практического освоения доступных для плавания морей. В 1918-1919 гг. создает при своем правительстве Дирекцию маяков и лоций и Комитет Северного морского пути. Под властью Омского правительства в 1919 г. организованы Карская экспедиция, исследования в низовьях Оби и Енисея, отправлено судно к устью Колымы. Освоение Арктики до конца жизни Колчака оставалось предметом его интересов и забот.)
Не без сомнений прочел Колчак во Владивостоке телеграмму морского министра С.А. Воеводского и начальника МГШ светлейшего князя А.А. Ливена просьбу вернуться в Морской Генеральный штаб. И все же: "У меня опять явилась надежда, что, может быть, удастся дело направить"22.
Почти полтора года - второй период работы Колчака в МГШ. В этот же период он прочел на дополнительном курсе Военно-морского отдела Николаевской морской академии цикл лекций об организации военно-морского командования, вылившийся в книгу "Служба Генерального штаба" (1912). В МГШ Колчак был теперь начальником Первого оперативного отдела, другими словами, заведовал Балтийским, то есть основным, театром и, таким образом, ведал всей подготовкой флота к войне. Участвовал в маневрах Балтфлота. Стал специалистом в области боевых стрельб и в особенности минного дела, к которому тогда относили и использование торпед. Занимался военным судостроением - разрабатывал, в частности, детали нового типа крейсеров (таких, как "Кинбурн").
Движение за обновление флота, недавно слабое, теперь широко распространилось. Выступая против подражания чужому флоту, хотя бы и британскому, новаторы полагали, что России нужны корабли более быстроходные и маневренные, с более мощным вооружением, а также новые типы судов. Выполнение программы перевооружения ВМФ задержалось в конечном счете примерно на два года (именно этот "мертвый период" Колчак и использовал для ГЭ СЛО), но в 1914-1915 гг. уже стали вводиться в строй корабли новых типов - эсминцы типа "Новик", первые русские линкоры типа "Севастополь", строились крейсеры типа "Исмаил" ("сверхдредноуты"), и в 1914-1917 гг. Колчак уже использовал в боевой обстановке новейшие русские корабли. В боевой подготовке флота и его моральном состоянии также наметился перелом, особенно ощутимый на Балтике, где флотом командовал Н.О. фон Эссен.
"Главную задачу я выполнил... теперь остается только следить технически, чтобы налаженное дело шло дальше" - так оценивал ситуацию Колчак. И вместе с тем нисколько себе не противоречил: "Меня самого очень тяготило пребывание на берегу, я чувствовал себя усталым, и мне хотелось отдохнуть в обычной строевой службе..."23
C весны 1912 г. он в Балтийском флоте - у Эссена. Командовал эсминцами ("Уссурийцем", затем "Пограничником"), потом служил в Либаве, где была база Минной дивизии. В Либаве до начала войны оставалась и его семья: жена, сын, дочь. С декабря 1913-го он капитан 1-го ранга. После начала войны флаг-капитан по оперативной части там же (на борту броненосного крейсера "Рюрик").
С весны 1914 г. сосредоточился на ускоренной подготовке флота к боевым операциям. Уточнил и развил стратегические идеи защиты Балтийского моря, предложенные ранее в МГШ А.Н. Щегловым. Разработал первое боевое задание флоту - закрыть сильным минным полем вход в Финский залив: та самая минно-артиллерийская позиция Порккала-удд-остров Нарген, которую полностью с успехом (но не так блестяще быстро) повторят моряки-краснофлотцы в 1941 г. В последние часы перед войной убедил Эссена приступить к выполнению этой задачи. "Мы решили ставить [минное поле] все равно, не ожидая приказания из Петрограда. Но как раз в момент, когда подняли сигнал: "Начать постановку заграждений", когда показались дымы заградителей и флот снялся и вышел в море на их прикрытие - в этот момент мы получили радио, условную телеграмму из Морского штаба: "Молния" - "Ставьте минные заграждения"... Через несколько часов была получена телеграмма с объявлением войны... На "Рюрике", в штабе нашего флота, был громадный подъем и известие о войне было встречено с громадным энтузиазмом и радостью. Офицеры и команды все с восторгом работали, и вообще начало войны было одним из самых счастливых и лучших дней моей службы"24.
"Эту войну я не только предвидел, но и желал как единственное средство решения германо-славянского вопроса, получившего в этот период большую остроту благодаря балканским событиям"25.
Первые месяцы, неожиданные удачи. Перевес, конечно, на стороне германского флота, но он опасливо сосредоточен против Англии. Можно укреплять русские позиции, брошенные на произвол судьбы: Моонзундские острова, Або-Оландский район, устье Финского залива. Оперативную зону можно расширить, вынеся активные действия флота далеко в море - и даже к германским берегам. Не преодолеть, к несчастью, старые предрассудки российских стратегов, осторожность и безответственность морского начальства в Ставке, паническое настроение командования 6-й армии, которой поначалу подчиняется Балтфлот. Колчак то в одной части флота, то в другой. Разрабатывает планы и оперативные задания. Самые решительные намерения не удается отстоять: верхи одержимы своего рода самогипнозом - idee fixe о вражеском десанте против Петрограда продолжает ими владеть, смелость Эссена кажется им рискованной. Входящими в строй дредноутами, все более меняющими соотношение сил на Балтийском театре, не разрешено пользоваться без личного (каждый раз!) высочайшего разрешения. Ограниченными силами флот под командованием Эссена (идут последние месяцы его жизни) все же переходит к активным действиям, вырывает инициативу из рук противника. Колчак - в операциях, им самим разработанных. Пробирается с боевыми судами через лед. Ищет встречи с противником в открытом море. Темными ночами, в дурную погоду участвует в заградительных походах - в планомерном минировании неприятельских берегов, в постановке мин у захваченной немцами Либавы. Приняв во временное командование группу из четырех миноносцев, в конце февраля 1915 г. закрывает двумя сотнями мин Данцигскую бухту. Это была самая трудная операция - не только по военным обстоятельствам, но и по условиям плавания кораблей со слабым корпусом во льдах: тут вновь пригодился полярный опыт Колчака.