Александр I не хотел поднимать греческого вопроса на Венском когрессе. Однако он быстро согласился на придуманную Каподистрией новую весьма завуалированную форму помощи грекам. Иоанн Антонович предложил открыть в Вене подписку для «оказания пособия молодым грекам, которые жаждут образования». Античность была в моде. Поэтому мысль о возрождении греческого образования, исходившая от победителя Наполеона, была с энтузиазмом подхвачена. Сам Александр I назначил для этой цели ежегодную сумму в 200 голландских червонцев, русская императрица 100 червонцев, другие государи, их министры, сановники и вся аристократу рангом ниже последовали их примеру. Эта подписка положила начало греческому обществу «Филомузос Этерия» («Общество любителей муз»). 10 октября 1815 года Каподистрия писал своей знакомой Р. Стурдзе: «Государь желает иметь меня при своей особе. Зачем? Затем, чтобы пользоваться мною как орудием в деле великих реформ в своей империи».
В январе 181б года Каподистрия вернулся в Петербург. Здесь в доме на Дворцовой площади его уже ждали апартаменты, которые прежде занимал государственный канцлер Н.П. Румянцев. Как пишет А.А. Васильчиков, он сделался «любимым статс-секретарем, доверенным советником и, можно сказать, другом императора. Совершенное его бескорыстие в денежных и служебных отношениях, всегдашняя скромность, воздержанность и большая откровенность, ловко соединенная с чувством повиновения, с каждым днем укрепляли и увеличивали его влияние на Александра Павловича».
9 (21) августа 1816 года Каподистрия был назначен управляющим Министерством иностранных дел. Александр I высоко ценил дипломатические способности Каподистрии. Кроме того, в глазах Александра грек, не имевший в России ни семьи, ни собственности и полностью зависевший от его расположения, должен был служить ему со всей преданностью и старанием.
Управление Министерством иностранных дел И.А. Каподистрия делил с другим статс-секретарем — К.В. Нессельроде. В ведении Каподистрии находились отношения России с восточными странами, включая Османскую империю, в ведении Нессельроде — сношения России со странами Запада. Но практически функции Каподистрии были гораздо шире. Французский поверенный в делах Ламуссе 3 апреля 1816 года писал: «Господин Нессельроде обычно связан с дипломатическим корпусом и ведет официальные беседы, но ничего сегодня не делается без господина Каподистрии, у которого тайком получают частную аудиенцию».
Каподистрия был известен не только в дипломатических кругах. Он имел репутацию умного и просвещенного человека, покровителя наук и искусств, был широко известен среди литераторов, являлся почетным членом известного литературного кружка «Арзамас», в который входили А.С. Пушкин и В.А. Жуковский, в 1818 году был избран членом Петербургской Академии наук, удостоился весьма лестных оценок со стороны Жуковского и Н.М. Карамзина. Последний называл Каподистрию «умнейшим человеком нынешнего двора».
Сразу же после опубликования в 1816 году «Акта Священного союза» российское правительство развернуло кампанию по разъяснению его идей и целей и вовлечению в не го. новых членов. В письме Г.О. Штакельбергу от 31 января 1817 года Каподистрия называет «существующие договоры и главным образом Акт от 14 сентября… единственной системой, которая может спасти человечество». Однако, считал Каподистрия, «она требует неуклонной бдительности и постоянного внимания… ко всему, вплоть до малейших деталей».
Конституционные увлечения Александра I и Каподистрии нашли свое воплощение в конституции Царства Польского (1815), которая, несмотря на известную ограниченность, обеспечивала более благоприятные условия для развития Польши, чем те, что были в самой Российской империи. Каподистрия участвовал в составлении текста речи, произнесенной Александром I в Варшаве 15 марта 1818 года, в которой было обещано распространить конституционные порядки «на все страны Провидением попечению моему вверенные… когда начала столь важного дела достигнут надлежащей зрелости».
В восточных делах Каподистрия был сторонником активных действий. Он подготовил план русской политики в отношении Турции. Статс-секретарь считал, что Сербия, Валахия и Молдавия должны были превратиться в почти полностью не зависимые от Турции государства, объединенные в политический союз и находящиеся под совместным покровительством всех великих держав. Впоследствии должно быть создано также греческое государство.
Однако Александр I отверг план Каподистрии. Осуществить его мирным путем было невозможно, а русско-турецкая война могла привести к ослаблению Священного союза и содействовать росту революционного движения в Европе. Возражения Каподистрии, пытавшегося доказать возможность сочетать защиту вооруженной рукой «великих интересов России на Востоке» с сохранением и укреплением «европейского союза», были оставлены без внимания. Поэтому в инструкциях послу в Турции предписывалось «тщательно устранять всякую возможность или повод к войне, даже если бы он основывалась на самых неоспоримых правах».
Таким образом, надежды Каподистрии на кардинальные перемены в положении балканских народов не оправдались. Касаясь перспектив переговоров с Портой, Каподистрия писал в начале 1820 года: «Я не осмеливаюсь ожидать больших результатов. Потому что ничего не добиваются от турок только с помощью слов. По существу мы ничего не делали, как только занимались болтовней с людьми, которые не могли поверить нам на слово».
11 октября 1820 года открылся конгресс пяти союзных держав в Троппау, где предстояло обсудить вопрос о неаполитанской революции. Основна борьба на конгрессе развернулась между Каподистрией и Меттернихом. Каподистрия полагал, что Австрию не следует допускать к решению политических вопросов на Апеннинском полуострове без участия России, Пруссии, Франции и Великобритании. В его записке от 21 октября 1820 года «законность» вмешательства, вплоть до применения насильственных средстй признавалась лишь при условии согласия всех пяти союзных держав. Предложения Каподистрии, особенно о форме правления в Неаполе, отвечавшие национальным интересам этой страны и сохранению там конституционного строя, вызвали резкое недовольство австрийских представителей.
Позиция Каподистрии не встретила поддержки со стороны царя. Рост революционного движения в Европе, волнения в России развили у Александра I болезненную подозрительность. Он видел во всех этих событиях руку некоего «парижского центрального комитета», который якобы направлял деятельность революционеров разных стран. Подписанный участниками конгресса протокол санкционировал военную оккупацию Австрией Неаполитанского королевства.
В начале января 1821 года переговоры из Троппау были перенесены в Лайбах. Позиция российского кабинета в Лайбахе складывалась под воздействием, с одной стороны, линии Каподистрии на мирное урегулирование неаполитанских дел, а с другой — стремления Александра I к более тесному сближению с Австрией и постепенного усиления влияния Нессельродовцев при дворе.
В записке царю от 2 января 1821 года Каподистрия продолжал настаиват на необходимости отмежеваться от политики, проводимой Австрией, так как ее правительство, прикрываясь авторитетом и именем союзников, в действительности преследовало в Италии корыстные и эгоистические цели.
Начатая по решению конгресса австрийская интервенция в Неаполе, затем в Пьемонте, в результате которой там были восстановлены абсолютистские режимы, стала новым ударом по позициям Каподистрии в царском правительстве.
В марте 1821 года в Греции началось восстание под предводительством Александра Ипсиланти. 19 марта в Лайбахе Александр I получил от Ипсиланти письмо с призывом прогнать турок из Европы и обрести титул освободителя Греции. В глазах Александра I Каподистрия был не только «поверенным в делах» греков, но и его министром «по греческим делам», несшим персональную ответственность «за поддержание спокойствия» среди христианских подданных султана, и в частности греков. Через два дня Каподистрия дал официальный ответ на письмо Ипсиланти, в котором выступление греков решительно осуждалось. Ответ, безусловно, выражал позицию царя. Свою задачу Каподистрия видел в том, чтобы сделать русскую политику более благоприятной для Греции и помешать вмешательству в ее дела Англии и Австрии на стороне Порты.
Отказ Александра I от решительных действий в восточном вопросе явился политическим поражением для Каподистрии. После августа 1821 года его служебный статус непрерывно понижался. Отношения между царем и министром становятся натянутыми.
Однако несмотря на охлаждение личных отношений и определенное недоверие к Каподистрии, Александр I отдавал должное уму и дипломатическому таланту министра. Царь готов был по-прежнему пользоваться его услугами при условии, разумеется, что Каподистрия будет послушным исполнителем его «предначертаний». Сам же Каподистрия, видимо, не переставал надеяться на то, что развитие событий в конце концов заставит Александра I согласиться на «понудительные меры» против Порты.
