В апреле 1888 года правительство создало Тайный совет (сумицуин) в качестве совещательного органа при императоре. Тайный совет возглавил Ито Хиробуми, а пост премьера занял Курода. В 1889 году Ито выдвинул программу «усвоения колониального опыта крупных капиталистических держав… сохраняя при этом превосходство национального духа японцев, присущего только им».
В 1892 году к власти вновь пришло правительство Ито, а в следующем году в Корее вспыхнула крестьянская война. В эту страну вновь были введены сначала китайские, а затем и японские войска. Когда крестьяне прекратили борьбу, Китай обратился к Японии с предложением одновременно и полностью вывести войска из Кореи. Однако японский кабинет министров принял иное решение. Ито выдвинул план создания смешанной японо-китайской комиссии, которая занялась бы обследованием ситуации в Корее с целью проведения реформ внутреннего управления. Китайское правительство ответило, что эти вопросы должны быть разрешены Кореей.
В результате японо-китайского вооруженного конфликта Япония одержала ряд ощутимых побед, в результате чего правительство Китая было вынуждено искать мира. Но японцы под различными предлогами оттягивали начало переговоров. Ито настаивал на захвате ключевых позиций: Люшунькоу и Вэйхайвэя на севере и островов Тайвань и Пэнхуд даоч на юге.
30 января 1895 года китайские дипломаты прибыли в Японию. Однако на первом же заседании японская делегация прервала переговоры под предлогом недостаточности полномочий китайских представителей. Ито заявил, что нередки были случаи, когда Китай без достаточных к тому оснований отказывался ратифицировать договор, ранее подписанный ее представителями. Это происходило чаще всего потому, что ее представители не обладали необходимыми полномочиями.
Тем временем Япония продолжала наступать. В марте 1895 года в Японию прибыл влиятельный китайский сановник Ли Хунчжан. В Симоноки он встретился с Ито Хиробуми и министром иностранных дел Мунэцу Муцу. Ли Хунчжан попросил перемирия, но японцы заявили, что согласятся на перемирие только после того, как их войска займут Тяньдаий, Шаньхайгуань и Таку (помимо городов, уже раньше захваченных).
Во время дальнейших переговоров Япония потребовала принятия «независимости» Кореи от Китая, передачи Японии Ляодунского полуоострова, Тайваня и островов Пэнхуледао (Пескадорских), уплаты контрибуции в 200 млн. таэлей и ряда торговых привилегий для Японии в Китае. 11 апреля Ито отправил Ли Хунчжану ультимативное письмо, в котором отверг возможность дальнейших переговоров и требовал безоговорочного согласия на японский проект. 17 апреля 1895 года Ито Хиробуми и Ли Хунчжан подписали в Симоносеки японо-китайский мирный договор, по которому Корея была признана независимой страной. Китай, помимо всего прочего, обязался заключить неравноправный торговый договор с Японией.
23 апреля посланники России, Германии и Франции в Токио потребовали от Японии отказа от Ляодунского полуострова. Ито Хиробуми 27 января 1895 года на совещании по выработке условий мирного договора говорил: «Нет никаких гарантий, что опубликование условий мира не повлечет за собой вмешательство третьей стороны. Более того, есть все основания полагать, что такое вмешательство неизбежно». Японские власти были вынуждены уступить требованиям держав.
В январе 1898 года Ито возглавил свое третье правительство. В результате оппозиционные партии объединились в одну конституционную партию, и кабинет ушел в отставку.
В сентябре 1898 года Ито с частной миссией отправился в Китай, где развернулось движение за реформы. Он был принят китайским императором Гуансюем. В мае 1899 года Ито направил трем влиятельным китайским министрам письма, в которых выступал за японо-китайское сближение, «общность» азиатских народов, объединение усилий против грозящей Китаю и другим азиатским странам опасности порабощения европейцами. Ито предлагал помощь и рекомендовал провести ряд реформ, направленных на предотвращение раздела Китая.
23 августа 1900 года было опубликовано программное заявление новой партии «Риккэн сэйюкай» («Общество политических друзей»), или просто сэйюкай. Инициатором создания и первым президентом сэйюкай стал Ито. Президиум партии состоящий из 12 человек японская печать назвала «12 апостолами маркиза Ито». Вокруг партии в основном объединились помещики и сельская буржуазия. В конце сентября 1900 года был сформирован четвертый кабинет Ито, главным образом из членов сэйюкай.
Весной 1901 года в Японии начала брать верх группировка, выступавшая за скорейшую войну с Россией и союз с Англией. Ито являлся сторонником соглашения с Россией по формуле «Корея — Японии, Маньчжурия — России» (так называемый маньчжурско-корейский обмен). Маркиз считал, что Японии не по силам тягаться с Россией из-за Маньчжурии. По его мнению, наиболее подходящим моментом для переговоров с Россией на базе корейско-маньчжурского обмена был период оккупации Маньчжурии царскими войсками (1900–1901).
Для того, чтобы монополизировать власть, сторонники войны, возглавляемые маршалом Ямагата, начали активную кампанию против кабинета Ито, стремясь заставить его уйти в отставку. В результате место премьера занял Кацура.
Однако Ито сделал еще одну попытку достигнуть соглашения с Россией на базе корейско-маньчжурского обмена. Он считал, что, оказывая давление на Россию в маньчжурском вопросе, Япония сможет добиться ее согласия на признание Кореи исключительной сферой влияния Японии. Для ведения переговоров Ито предпринял поездку в Петербург.
В свою очередь, кабинет Кацура санкционировал эту поездку, рассчитывая ускорить заключение соглашения с Англией, припугнув ее возможностью союза Японии с Россией. 3 декабря 1901 года Ито, находясь в Петербурге, получил на заключение проект англо-японского союзного договора и на следующий день выехал из Петербурга в Берлин. 30 января 1902 года было подписано англо-японское союзное соглашение сроком на 5 лет.
В июле 1903 года Ито отказался от поста лидера сэйюкай: императорским указом в июле 1903 года он был назначен председателем Тайного совета, а занятие этого поста автоматически влекло за собой выход из политической партии.
На заседании высших государственных деятелей, состоявшемся 30 января 1904 года, вопрос о начале войны с Россией был решен. Ито высказал опасения за исход военных операций. В беседе с Канэко Кэн-таро 4 февраля 1904 года он говорил: «У нас нет никаких надежд на успех, но если наши войска будут разбиты на полях Маньчжурии, флот потоплен в Цусимском проливе, а Россия и с суши, и с моря вторгнется в нашу страну, я, как рядовой солдат, возьму в руки винтовку и, покуда хватит сил, буду сопротивляться русской армии на всем пути от Санин до до берегов Кюсю. Существует предание, что во времена монгольского нашествия Ходзе Токимунэ, решив не допустить осквернения японской земли ни одним вражеским солдатом, сражался плечом к плечу с простыми воинами, а своей жене приказал ехать на Кюсю, варить пищу и кормить солдат. Я принял решение в крайнем случае последовать его примеру».
30 мая 1905 года Ито Хиробуми, после того как стал известен итог симского сражения, вместе с премьером Кацура и министром иностранных дел Комура приняли решение официально просить американског президента Теодора Рузвельта стать посредником в мирных переговорах с Россией.
Правительство Кацура дало указание японской делегации на конференции заключить мир без контрибуции. Ито Хиробуми прекрасно понимал, что требования контрибуций и территорий могут привести к срыву переговоров, результатом чего явится длительная война, которая поставит на карту все достижения, добытые с таким трудом. Результаты же такой затяжной войны представлялись более чем сомнительными.
Ито Хиробуми продолжал влиять и на отношения Японии с Кореей В марте 1904 года, вскоре после заключения японо-корейского договора (23 февраля), он поехал в Корею для заверения корейского императора «дружбе и помощи» Японии.
Однако, вернувшись в Японию, Ито стал инициатором принятого правительством в мае 1904 года решения: «1. В соответствующее время Корея либо станет нашим протекторатом, либо мы должны будем ее аннексировать. 2. До этого момента мы должны получить фактические права протектора в политическом, дипломатическом и военном отношении и должны неуклонно обеспечивать наши экономические интересы».
Получив предварительное согласие США и Англии на установление японского протектората над Кореей и добившись по договору в Портсмуте признания Россией «преобладающий политических, военных и экономических интересов» Японии в Корее, Ито решил усилить нажим на корейское правительство и добиться от него подписания договора о протекторате.
10 ноября 1905 года он прибыл в Сеул и на следующий день встретился с корейским императором и вручил ему послание японского императора, в котором говорилось, что главной задачей Японии является «защита мира и безопасности двух империй и укрепление дружеских отношений между ними».
