Если до XVII в. алхимики работали в основном в уединении, то с начала XVII в. начали создаваться целые алхимические общества. Первое из них — «Братство красного креста», более известное как Общество розенкрейцеров. Оно действовало вплоть до сер. XVIII в. в основном в Германии. Во Франции действовало «Общество Розы», которое кроме всего прочего занималось разработкой т. н. «вечного двигателя» (perpetuum mobile). Кроме того, известно «Нюрнбергское общество», секретарем которого состоял Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716). Он был одним из самых образованных людей своего времени, основателем и президентом Бранденбургского научного общества (позднее Берлинской академии наук), философом, физиком, языковедом, математиком, одним из создателей дифференциальных и интегральных исчислений.
Тем не менее занятия алхимией во все времена не приветствовались. В первую очередь это было связано с тем, что алхимики покрывали свою деятельность завесой тайны. Непосвященный не мог проникнуть в смысл алхимических трактатов, спрятанный за туманными аллегориями. Это рождало массу досужих домыслов и слухов. Алхимики подвергались всяческим преследованиям со стороны как светских, так и духовных властей, подозревавших их в сношениях с дьяволом.
В 1317 папа Иоанн XXI1 издал специальную буллу, направленную против алхимии и алхимиков, с требованием наказывать адептов штрафами и «другими способами» (интересно отметить, что при этом Иоанн XXII сам серьезно занимался алхимией). Пожалуй, единственным европейским двором, при котором занятия алхимией открыто поощрялись, был двор императора Священной Римской империи Рудольфа II (1576–1612), перенесенный им в Прагу. Сам император занимался различными герметическими искусствами. Алхимики и маги пользовались при его дворе неограниченным доверием. В Пражском Граде до сих пор сохранилась улочка, называемая Золотой, на которой жили и спокойно занимались своими изысканиями алхимики. Но двор Рудольфа II составлял в этом смысле исключение из правил. Очень часто алхимики арестовывались и даже подвергались пыткам с целью выведать секрет Философского Камня, который так и не был раскрыт ни одним адептом. После чего их обычно вешали, наклеивая при этом на одежду полоски золотой бумаги.
Огромный вред нанесли репутации алхимии т. н. суфлеры, которые, профанируя истинные знания и не утруждая себя изучением сложных теорий, занимались шарлатанством с целью быстрого обогащения и втирания в доверие к сильным мира сего. Суфлеры не являлись учеными в истинном смысле этого слова. Они были различного рода авантюристами, которые пользовались легковерием и невежеством большей части населения. Именно из–за их деятельности различного рода обманы, мнимые чародейства, которые были легко впоследствии разоблачены, приписывались алхимикам, под именем и авторитетом которых выступали многочисленные жадные до наживы суфлеры. Противники алхимии никогда не утруждали себя отделением зерен от плевел, т. е. истинных адептов от кудесников–профанов, и все свои обвинения строили, исходя из «опыта» последних. Кстати сказать, суфлеров было во много раз больше, чем настоящих ученых, именно поэтому их сомнительные достижения почти затмили собой те подлинные цели и задачи, которые ставил перед собой истинный алхимик. Главное, что в этой связи нужно помнить тому, кто хочет докопаться до истины, — адепт НИКОГДА НЕ СТРЕМИЛСЯ К ЛИЧНОМУ ОБОГАЩЕНИЮ и во главу угла ставил духовное совершенствование. Проникнуть в священную тайну Божественного творения может лишь посвященный, т. е. полностью очистивший свою духовную сущность от любых грешных проявлений и готовый использовать полученные знания только во благо. Вот почему истинные алхимики отличались благотворительностью и набожностью. В трактате св. Фомы Аквинского «О камне философов и прежде всего о телах сверхнебесных» сказано: «Кроме того, человек, который хочет совершить делание из скупости, не достигнет цели, но только тот, кто работает мудро и рассудительно». Н. Фламель отмечал, что, найдя Философский Камень, он «не потратил на себя ни одного су», употребив все средства на благотворительность.
Если попытаться упростить и свести к минимуму (насколько это возможно, вернее, с учетом того, что это в принципе невозможно) основные принципы алхимии, то в ее основе лежит поиск изначальной первоматерии, из которой «все было рождено» (по Гермесу Трисмегисту) и которая находится абсолютно во всех формах материи. Исходя из изначального единства материи, нужно лишь найти и понять те условия и принципы, при которых природа создавала ту или иную форму материи, смоделировать их, подражая природе, и получить искомый результат. Кроме того, вещества имеют четыре формы состояния — сухую, влажную, теплую и холодную. В зависимости от состояния первоматерия может быть представлена четырьмя первоэлементами — воздухом, водой, землей или огнем (следует учесть, что в теории алхимии эти понятия, обозначают не стихии, а именно состояние и свойство материи. Так, «воздух» обозначает холодное газообразное состояние вещества, «вода» обозначает любую жидкость, «земля» — твердое состояние, а «огонь» — состояние теплого газа, природный жар). При этом элементы могут переходить из одного в другой под воздействием изменения формы состояния. Так, например, стоит охладить воздух, он перейдет в воду (конденсация), нагреть воду, она перейдет в воздух (пар), земля способна перейти в огонь, т. к. твердые вещества в большинстве своем горючи и т. д. Таким образом можно найти путь очищения и облагораживания любой материи, постепенно переводя одно вещество в другое. Кроме воздуха, воды, земли и огня существует пятый элемент, названный квинтэссенцией (от лат. quinta essentia — пятая сущность), — эфир, небесная сущность, божественный дух, основа. Таким образом, единая природа вещества и всеобщая его превращаемость — один из основных теоретических постулатов алхимии. Другими словами, все сотворено из единых элементов, просто собранных в разных пропорциях и при различных условиях «созревания». Алхимики, работая с металлами, старались выделить первоматерию, разложить ее на элементы, а затем из этих элементов создать новые «смеси». Высшим итогом этого пути должно стать получение Философского Камня как высшей формы существования вещества.
На практике процесс постижения внутренней природы космоса и человека, а также получения Философского Камня алхимики называли Великим Деланием (или Великим Деянием, Великим Магистерием). Оно включало в себя двенадцать этапов (в некоторых трактатах указывается на четырнадцать этапов), связанных с астрологическими символами. Весь процесс, в свою очередь, делится на четыре основных стадии: «делание в черном» (конечный продукт этой стадии — вещество черного цвета), «делание в белом» (конечный продукт — вещество белого цвета), «делание в желтом» (конечный продукт — вещество желтоватого оттенка) и «делание в красном», в результате которого получают вещество цвета киновари или пурпура — непосредственно сам Философский Камень. Язык алхимических трактатов, посвященных процессу Великого Делания, всегда был аллегоричен и туманен, чтобы сохранить тайну их трудов от недостойных и непосвященных. Трудность понимания алхимических текстов можно проследить на примере трактовки небольшого количества специфических терминов. Так, например, в начале пути материю следует разделить на «серу» и «Меркурий». Затем добавить третье начало — «соль». В данном контексте эти понятия не имеют ничего общего с общепринятыми и общеупотребительными терминами. Они представляют лишь определенные качества материи — «сера» в металлах обозначает цвет, твердость, способность соединяться с другими металлами (в свете сказанного выше «сера» несет в себе элементы земли и огня); «меркурий» является обозначением блеска, летучести и плавкости (т. е. элементы воды и воздуха); «соль» означает принцип соединения «серы» с «Меркурием», подобно началу, соединяющему душу с телом (квинтэссенция). Одновременно «меркурий» являлся обозначением металла ртути, и нужно было четко понимать, когда этот термин употребляется как название одного конкретного металла, а когда обозначает конкретные свойства различных металлов. Для начала процесса Великого Делания приготавливался исходный материал, представляющий собой соединение «серы», полученной из золота, олицетворяющего мужское начало (исходя из тезиса, что подобное рождается только подобным, следовательно, золото можно получить только из золота), и «меркурия», полученного из серебра, олицетворяющего женское начало. Правда, на данном этапе вместо терминов «сера» и «меркурий» применяются уже термины «Философская сера» и «Философский Меркурий». «Философскую серу» и «Философский Меркурий» соединяли при помощи ртути — «соли». Именно это соединение представляло собой тот материал, который алхимики называли «Философским Яйцом» и из которого должен был быть получен Философский Камень в процессе Великого Делания. Это лишь малая толика тех «ключей» к расшифровке алхимических текстов, которые невозможно постичь без глубокого анализа и понимания теории алхимии и сути всего процесса Великого Делания. Кроме Великого Делания, или Большого Магистерия, различали еще Малый Магистерии, который оперирует изначально только с солью серебра. Философский Камень Малого Магистерия белого цвета (в отличие от красного в Большом Магистерии) и способен превращать металлы только в серебро. Операции же обоих магистериев идентичны. Главный алхимический принцип Великого Делания — возрождение возможно только через разложение, а жизнь через смерть. Причем подобное рождает подобное, а новые формы создаются либо через слияние, либо через разделение двух противоположных начал.