Не успели отзвучать свадебные приветствия, как двор был поражен известием о покушении на адмирала Колиньи, одного из вождей протестантов, а вслед за этим началась расправа над протестантами Парижа. События в ночь на 24 августа (на св. Варфоломея) были лишь одним из эпизодов гражданских войн. Однако Генрих Наваррский вынужден был отречься от протестантизма и вернуться в лоно католичества.
Новообращенца использовали для усмирения очага сопротивления — Ла-Рошели, его вынудили подписать указ о восстановлении католицизма и запрете протестантского культа в Беарне. Но прозелитизм мог быть и тактическим ходом Генриха Наваррского. В годы вынужденного плена при Дворе Карла IX и Генриха II будущий король Франции научился политически игре, которой искусно владело его окружение. Его никогда не покидала мысльо возвращении в Беарн. В феврале 1576 года во время королевской охоты ему удалось бежать.
К этому времени протестанты Южной Франции создали политическую организацию — «Соединенные провинции юга» — конфедерацию южно-французских городов. Генрих Наваррский поддерживал своих бывших единомышленников. Но для участия в совместной борьбе он должен был отказаться от католицизма. И снова наваррец меняет веру. Ассамблея сословий в Монтобане объявляет его королем Наварры и покровителем союза протестантов и умеренных католиков.
Обретя власть над юго-западной частью Франции, раскинувшейся мел Тулузой и Бордо, Пиренеями и Пуату, 24-летний король предпринял решительные шаги для укрепления протестантского объединения.
Мирный период в жизни Генриха Наваррского был прерван в связи со смертью младшего Валуа — герцога Алансонского, кончина которого означала угасание правящей династии: царствующий 33-летний Генрих III не имел потомства. Единственным законным наследником престола оставался принц крови Генрих Наваррский — представитель новой династии Бурбонов. Оппозиция в лице Католической лиги выдвигала на престол своего кандидата — старого Карла Бурбона.
Ситуация осложнялась и тем, что не дремали и внешние силы. Испанский король Филипп II поддерживал католическую оппозицию и Карла Бурбона, рассчитывая в случае удачи на признание испанской инфанки Изабеллы первой претенденткой при выборе супруги французского короля. Католическая оппозиция допускала иноземное вмешательство в дела Франции. Однако французы сделали выбор в пользу короля-протестанта, избавив его от иноземного давления.
В это ответственное время армия Генриха Наваррского начала военные действия. В октябре 1587 года она одержала блестящую победу над оппозицией при Кутра. Но это было только начало. Семь лет Генрих Наваррский боролся за престол и за независимую Францию. Все эти годы на его пути стояла католическая оппозиция, поддерживаемая церковью и папой. В смертельной схватке с оппозицией в 1589 году погиб последний представит правящей династии король Генрих III.
Генрих Наваррский все более убеждался, что ключ к умиротворению в использовании силы, а в дипломатии — переговорах и взаимных уступках. Уход с политической арены Генриха III открывал перед законным наследником французского престола дорогу к власти, хотя и весьма нелегкую. Еретику с небольшой армией преданных людей противостояла Католическая лига, поддерживаемая Римским Папой и Испанией.
В августе 1589 года на правах законного наследника французского престола протестант Генрих Наваррский выступил с декларацией, в которой обещал поддержать во Франции римско-католическую религию в ее целостности. Декларация не предусматривала нарушения социального статуса ни католиков, ни протестантов, однако обещала вернуть католикам отнятое у них имущество.
Дворянство в общей массе было недовольно заявлением претендента на престол. Кроме того, к концу 1589 года почти все крупные города выступ ли за Католическую лигу. На стороне Генриха Наваррского оставались южные и западные города. В противовес Испании и папе король Наварры рассчитывать на помощь английской королевы, немецких протестантских князей, Нидерландов и Венеции. Но союзники ставили свои условия. Положение складывалось не простое.
Крушение плана посредством мирных переговоров и национально собора прийти к согласию заставило наваррца принять вызов оппозиция готовиться к войне, прибегнув к новой тактике. Он разделил армию на части: одну направил к Шампани, другую к Пикардии, третью — к Нормандии. Северное побережье открывало связь с союзницей Англией.
С армией меньшей численности и с незначительной помощью иностранных наемников Генрих Наваррский осадил Париж. Длительность осады заставила его начать переговоры с городскими властями, которые ни к чему не привели, но вынудили его дать бой на подступах к Парижу.
Генрих Наваррский предпринимал все новые и новые попытки, одновременно подтверждая свою декларацию от 4 августа 1589 года о готовности к примирению. Однако его призывы не находили отклика: страх отлучения от церкви, внушаемый Папой Римским, оказался сильнее.
В январе 1593 года в осажденном Париже собралась ассамблея сторонников Лиги. На этом собрании в нарушение традиции престолонаследии был поставлен вопрос о выборах короля. Дебаты лигеров продолжались полгода, но выход так и не был найден. Между тем эта ситуация подтолкнула Генриха Наваррского на решение об отречении от протестантской веры, которого давно от него ожидали.
Отречение от протестантской веры и причащение по католическому обряду не имели силы без санкции римского престола. Генрих Наваррский должен был предстать перед папой. Вместо этого он отправил в Рим Клементу VI послание. Папа не ответил наваррцу. И наследник престола при поддержке галликанской церкви короновался без папского благословения.
27 февраля 1594 года, вопреки традиции, в Шартре, а не в Реймсе состоялась торжественная коронация. А 22 марта Генрих IV вошел в Париж. Гарнизоны Филиппа II покидали город. Парижане в сомнении и страхе ожидали первых распоряжений нового короля. Генрих IV принял единственно разумное решение — не преследовать своих противников и не конфисковывать их имущество, надеясь своим миролюбием обезоружить бывших врагов.
Однако не все города безоговорочно приняли короля. Жители ряда городов как на севере, так и на юге Франции небезуспешно пытались выкупить свои городские свободы и право на отправление протестантского культа. Сын убитого Генриха Лотарингского герцог Гиз отдал Генриху IV Реймс за 3 миллиона ливров. Король без колебаний шел на эти сделки, стремясь убедить своих новых подданных в том, что главная цель его действий не столько заслужить титул первого сына церкви и наихристианнейшего короля, сколько позаботиться о согласии и объединении всех французов.
Этим усилиям короля противодействовала активность еще живой Католической лиги и ее испанского покровителя: Филипп II держал свою казну открытой для оплаты солдат во Франции. Отречение и коронация Генриха Наваррского без санкции римского престола вызвали неоднозначную реакцию как в самой Франции, так и в Риме. Папа опасался излишней самостоятельности французов. Генрих IV, объявив себя защитником католической церкви, вовсе не желал разрыва с Римом. Так или иначе, но осенью 1595 года в Риме папа Климент VIII согласился заочно принять отречение и, отпустив грехи, ввести французского короля в католическую церковь. К тому времени, когда Генрих Наваррский стал королем Франции и Наварры, ему было всего 42 года. Но здоровье его было подорвано. Генриха одолевали болезни: камни в почках, приступы лихорадки и бессонница. Однако он не оставил своих старых привычек: охоту и азартные игры, верховую езду и чувственные удовольствия. Больные почки и желудок не отвратили короля от привычного стола — дичи, фруктов и устриц; последних он предпочитал поглощать прямо в раковинах.
Когда в Лувре разместился его двор, он полюбил свой кабинет. Обдумывая государственные дела, король часто ходил вдоль галерей, по алле Тюильри или седлал коня. Любимыми местами его отдыха были замки Монсо, Фонтенбло и Сен-Жермен-ан-Лей, где он чувствовал себя в своей стихи.
Изменились придворные праздники. Вместо турниров стали модными карусель, театрализованные представления: живые картины и балет. Генрих слыл большим любителем этого искусства. Двор короля унаследовал прошлого любовь к итальянской комедии.
Пользуясь услугами своих советников, Генрих IV проявлял большую самостоятельность, принципиальные решения как во внешней, так и внутренней политике он предпочитал принимать сам.
В январе 1595 года Генрих IV объявил войну Испании, которая закончилась сепаратным Вервенским миром 1598 года на основе статус-кво.
Следуя в своей политике принципу компромисса, Генрих IV был склонен к веротерпимости. Он считал необходимым официально признать статус протестантов и протестантской церкви. Собрание, состоявшее из соетников короля, клириков и представителей протестантских церквей, решали этот вопрос два года (1596–1598), пока в апреле 1598 года в Нанте не был подписан эдикт об умиротворении, о признании легального существования религиозного меньшинства. Уникальность Нантского эдикта заключала в том, что это была одна из первых во Франции попыток создания декларации прав подданных короны, провозглашавшей равноправие католиков и протестантов.