Таким образом, Хидэёси использовал шпионов чрезвычайно широко. Однако, как и Нобунага, он никогда не прибегал к услугам ниндзя из Ига и Кога. И на то были причины. Так, Ига-моно не раз пытались прикончить нового правителя, а ниндзя из Кога были ему неверны. Дело в том, что однажды во время встречи Тоётоми с Токугавой Иэясу ему стало известно о существовании тайных сношений между службой разведки Токугавы и отрядом Кога-моно, состоявших на его службе. Виновные, конечно же, были немедленно казнены, но после этого случая Тоётоми навсегда отказался от услуг ниндзя из Кога и Ига. Кстати, этот эпизод очень показателен в том смысле, что ниндзя в то время тяготели к Токугаве Иэясу, который к буддизму относился вполне лояльно.
С именем Хидэёси связана гибель двух других мощных объединений ниндзя — сингонского монастыря Нэгоро-дэра и союза Сайга. В период междоусобной войны между Хидэёси и Токугавой Иэясу, которая развернулась после гибели Оды Нобунаги, сохэи из Нэгоро вместе с бойцами Сайга встали на сторону Токугавы и ударили в тыл Хидэёси. И допустили роковую ошибку, так как Тоётоми в войне победил.
В отместку за предательский удар в спину в 1585 г. Тоётоми бросил против провинции Кии 25-тысячную карательную армию. В 3-м месяце она блокировала Нэгоро-дэра, в упорнейшем сражении разбила отряды монахов-воинов и предала монастырь огню. В пожаре, бушевавшем трое суток, погибли многие драгоценные творения искусства — сотни статуй, тысячи свитков, замечательные образцы зодчества. Лишь немногим ученым монахам удалось укрыться в Коя-сан — основном центре секты Сингон, а сохэи разбежались по всей стране. А еще через несколько дней, с падением замка Ота, пришел конец и мятежному союзу Сайга.
Многие сохэи из Нэгоро и бойцы из Сайга, подобно уцелевшим ниндзя из Ига, стали поступать на службу к разным даймё по всей Японии. Например, большой отряд Нэгоро-сю во главе с Ивамуробо нанялся к семье Мори. Находившийся в то время в замке Хамамацу Токугава Иэясу тоже решил извлечь пользу из ситуации и пригласил на службу Нэгоро Окаси и еще около 200 монахов-воинов, нашедших убежище в провинции Исэ (по другим источникам, в 1585 г. на службу к Токугаве поступило лишь 16 человек, а на следующий год — еще 25; возможно, здесь идет речь лишь о предводителях сохэев). Монахи из Нэгоро были отправлены в Эдо, где из них был сформирован отряд Нэгоро-гуми из 20 всадников и 100 пехотинцев, вооруженных мушкетами. Его командиром стал Нарусэ Хаято Тадаси Масасигэ, вскоре превративший буйных сохэев в образцовых солдат, после чего Нэгоро-гуми вошел в состав гвардии Токугавы Иэясу.
Среди спасшихся предводителей Сайга икки был и Сайга Магоити Сигэтомо, основатель школы Сайга-рю ниндзюцу. Сайга Магоити был сыном мелкого феодала Судзуки Садаю из поместья Сайга, что в уезде Умабэ провинции Кии, и имел небольшую крепость в поместье Киси в деревушке Хираи. С детских лет он стремился стать великим полководцем и долгие часы посвящал воинским упражнениям. Известно, что как только Цуда Кэммоцу начал обучать братию из Нэгоро-дэра стрельбе из ружей, Сайга Магоити стал одним из его учеников. А у брата Цуды — Сугинобо Мёсана он изучил премудрости шпионской науки.
Поскольку Магоити был последователем учения Икко и даже построил собственный буддийский храм, в котором был настоятелем, он стал полководцем Исияма Хонган-дзи и сражался на стороне союза против Нобунаги. По преданию, в одном из сражений с войсками Оды он с успехом использовал сяки-но дзюцу — «уловку сбрасывания флагов», переодев своих ниндзя в союзников диктатора. В 1585 г., когда Тоётоми Хидэёси направил в Кии карательную экспедицию против Нэгоро-дэра и Сайга, Магоити сначала командовал одним из отрядов Нэгоро, но позже перешел на сторону Хидэёси и был назначен командиром отряда аркебузиров. Благодаря тому, что он прекрасно знал условия местности и возможности других отрядов Сайга и Нэгоро, Магоити внес немалый вклад в подавление мятежников. Позже он сражался в битвах при Комаки и Нагакутэ на стороне Токугавы, а во время похода армии Тоётоми против Одавары, родового замка Ходзё, командовал отрядом конницы в 150 человек.
В 1600 г., во время борьбы между Токугавой и антитокугавской коалицией во главе с Исидой Мицунари, он поначалу примкнул к антитокугавской коалиции, руководил отрядом синоби при нападении армии Исиды Мицунари на замок Фусими — оплот Токугавы в районе Кансай — и собственноручно обезглавил коменданта крепости Тории Хикоэмона. Однако в важнейшем сражении этой войны — в битве при Сэкигахаре — Сайга Магоити сражался в составе войска Датэ Масамунэ уже на стороне Токугавы. В 1606 г. он поступил на службу непосредственно к сёгуну Токугаве Иэясу, а позже служил другому представителю семьи Токугава — Ёрифусе из княжества Мито и даже стал одним из его главнейших вассалов, получавшим 3000 коку жалованья.
Поскольку Сайга Магоити получил основную воинскую подготовку в монастыре Нэгоро-дэра, школа Сайга-рю была во многом похожа на Нэгоро-рю. В ней тоже основное внимание уделялось использованию огнестрельного оружия. Однако из-за того, что в Сайга было много небольших бухточек, рыболовецких и торговых поселков, ниндзя из Сайга довели до высокого уровня и искусство боя на воде, что они с блеском продемонстрировали во время обороны Исияма Хонган-дзи. Другой оригинальной особенностью школы Сайга-рю было то, что в ее программу вошла особая традиция изготовления шлемов и доспехов, поскольку сам Сайга Магоити был замечательным оружейником.
К периоду властвования Тоётоми Хидэёси относятся и первые сведения об использовании шпионов и в войнах с другими государствами. Так, во время так называемого Корейского похода своими подвигами прославился некий Ёдзиро (корейское Ёсира), вассал Кониси Юкинаги.
Японцам очень сильно досаждал мощный корейский флот, которым командовал гениальный флотоводец Ли Сунсин. Превосходство корейцев на море было столь велико, что японцам нечего было и надеяться на победу в открытом бою. Поэтому они решили прибегнуть к «темным» методам ниндзя, чтобы устранить Ли Сунсина и разгромить корейскую флотилию.
За осуществление этого замысла взялся Кониси Юкинага, находившийся с войсками в укрепленном районе Пусана и ожидавший прибытия огромной экспедиционной армии, чтобы начать новое наступление на Сеул. В начале 1-го месяца 1597 г. по его распоряжению Ёдзиро проник в расположение войск Ким Ынсона, военачальника правой полупровинции Кёнсан, и заявил ему, что прибыл по поручению своего господина, чтобы сообщить корейскому командованию сведения чрезвычайной важности (по некоторым сведениям, Ёдзиро был двойным шпионом и одновременно служил и японцам, и корейцам; этим объясняется совершенно беспрепятственное общение его с представителями корейского военного командования). По словам Ёдзиро, Кониси велел передать корейской стороне следующее: «Лицом, которое всячески препятствует заключению мира, является Като Киёмаса. В ближайшее время он прибывает из Японии. Корея имеет явное превосходство на море; если немедленно направить военные корабли в район Киджа и предпринять совместные действия с военачальником левой полупровинции Кёнсан, можно будет перехватить войска Като, а его, негодника, убить. Сейчас представился самый подходящий случай, который нельзя упустить». Ким Ынсон поверил этому сообщению и тут же направил соответствующее донесение корейскому королю. Двор тоже без тени сомнения внял словам Ёдзиро и решил действовать так, как предлагал Кониси.
Во второй половине 1-го месяца специальный королевский посланец прибыл в провинцию Чолла и передал Ли Сунсину высочайший приказ, в котором говорилось, что двор и правительство располагают неоспоримыми доказательствами, что в скором времени Като Киёмаса с войсками прибудет в Корею, а посему флотилии под командованием Ли Сунсина предписывается нанести противнику внезапный удар на море в районе Пусана. Ли Сунсин выразил сомнение в целесообразности таких действий. Он заявил, что не верит в искреннюю заботу Кониси о скорейшем окончании войны и считает абсурдным, чтобы одна воюющая сторона добровольно предоставляла в распоряжение противника секретные сведения о планируемых военных операциях с той только целью, чтобы избавиться от неугодного военачальника. Вернее всего, убежденно сказал он, речь идет о заговоре, «имеющем целью устроить засаду нашему флоту и одним ударом уничтожить его». При этом Ли Сунсин резонно доказывал нелепость задержки крупных кораблей в прибрежных водах, где их легко могут атаковать даже небольшие силы противника.
