К декабрю 1941 г. Япония располагала 63 боеспособными лодками. В постройке находилось 29 кораблей и еще на 38 выделили средства в рамках бюджета на 1941/42 гг. Организация японских подводных сил по состоянию на декабрь 1941 г. Формально подводными силами руководил командующий Шестым флотом вице-адмирал Мицуми Симидзу, но под его началом находились только Первая, Вторая и Третья эскадры. Шестой флот предназначался для борьбы с боевыми кораблями противника на подходах к Гавайским о-вам и у западного побережья США Кроме того, он должен был вести разведку в интересах командующего Объединенным флотом. Вице-адмирал Мива и его штаб находились на борту учебного крейсера "Катори". Четвертая и Пятая эскадры, возглавляемые легкими крейсерами "Кину" и "Юра", так же состояли в первой линии, но формировались из устаревших кораблей. Они подчинялись командующему Комбинированным флотом и должны были вести борьбу с боевыми кораблями союзников в южной части Тихого океана, обеспечивая вторжение на Филиппины и Британскую Малайю. Шестую эскадру при писали к Третьему флоту для обеспечения оккупации Филиппин, Восточной Голландской Индии и Британской Малайи. Седьмая эскадра предназначалась для обороны подмандатных о-вов и Метрополии. Часть кораблей из ее состава принадлежали ВМР Куре и занимались подготовкой экипажей строившихся лодок, а остальные находились в подчинении командующего Четвертым флотом. Все японские ПЛ имели отлично подготовленные экипажи, мощное торпедное вооружение и вполне приемлемую конструкцию. В отличие от других стран, японцы к началу боевых действий отработали приемы группового использования ПЛ. Их действия моти корректироваться бортовыми гидросамолетами и таким образом обеспечивалась полная независимость от других сил флота.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 10.04.1942 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 14.07.1942 г.
16.03.1942 г. вице-адмирала Мицуми Симидзу на посту командующего Шестым флотом сменил вице-адмирал Терухисо Комацу, который для атаки боевых кораблей противника в портах и базах, 28.03.1942 г. сформировал Восьмую эскадру во главе с контр-адмиралом Нобору Исидзаки. В нее вошли носители карликовых лодок и корабли с бортовыми самолетами. После поражения у атолла Мидуэй, высшее японское руководство поняло, что вынудить США на заключение мира путем быстрого захвата обширных районов в юго-западной части Тихого океана невозможно и приняло решение перейти к обороне. Для повышения эффективности подводных сил на Шестой флот возложили ответственность за борьбу с боевыми кораблями и торговым судоходством противника. Командующему Восьмым флотом, отвечающему за район Соломоновых о-вов, подчинили Седьмую эскадру, Флоту Юго-Западного района передали несколько лодок, а в районе Алеутских о-вов сосредоточили устаревшие корабли 26-го и 33-го дивизионов. Кроме того, МГШ предложил изучить возможность нанесения воздушных ударов по судостроительным центрам на западном побережье США. Впоследствии зти предложения быпи реализованы в рейде I-25 к штату Орегон, создании лодок типов АМ и STo.
3.09.1942 г. все находившиеся в строю лодки, передали в распоряжение командующего Шестым флотом, который для пресечения коммуникаций противника между о-вами Фиджи и Гуадалканал сформировал Соединение "А", которым руководил штаб Шестоro флота. Вскоре после удачной атаки I-19, приведшей к гибели американских авианосца" Wasp" и эсминца "O'Brien", вице-адмирал Комацу для блокады о. Гуадалканал сформировал Соединение "Б". 16.11.1942 г. под руководством контр-адмирала Хисао Мито было сформировано Специальное Соединение, предназначенное для транспортировки грузов на Гуадалканал. Вскоре оно приступило к снабжению гарнизонов на Новой Гвинее и Алеутских о-вах.
В январе 1943 г. была проведена очередная реорганизация Шестого флота. В этом году перед японскими подводными силами стояли две задачи: борьба с торговым судоходством и снабжение гарнизонов на блокированных о-вах. При этом значительная часть кораблей продолжала находиться в готовности поддержать Обьединенныи флот во время генерального сражения. Оперативный план предполагал заблогавременно развернуть лодки в завесы на наиболее вероятных маршрутах движения оперативных соединений противника. Их действиями должен был руководить штаб Шестого флота. На командующих эскадр (или командиров групп) возлагались чисто административные задачи. Дивизионы состояли из произвольного числа однотипных кораблей, с экипажами, имевшими одинаковый уровень боевой подготовки. Несколько иной была организация группировок, занимавшихся борьбой с торговым судоходством. В их состав планировали включать корабли, имевшие бортовые гидросамолеты. которые вели бы поиск судов противника. Однако на торговых коммуникациях соединения оперировали редко. На них, как правило, посылали одиночные лодки, имевшие низкий уровень боевой подготовки. Исключение составлял Индийский океан, где постоянно оперировала Восьмая эскадра. Именно здесь японцы добивались лучших результатов. Командующий эскадры не использовал бортовые самолеты, правильно полагая, что противник, благодаря радиолокации, сможет определить местоположение лодок и уклониться от атаки. В Индийском океане ПЛ действовали самостоятельно, крейсируя в строго назначенных районах. Здесь иногда одновременно патрулировало восемь кораблей (в сентябре-декабре 1943 г.).
В течение 1943 г. японская промышленность передала флоту 37 кораблей. Из них 10 принадлежали к типу K6, 10 — к типу KS, семь — к типу KD7, восемь — к типу B и одна — к типу С. Кроме того, в Германии построили Ro-500. Характерно, что за тот же период американцы ввели в строй 52 многоцелевые ПЛ типов Gato и Bаlао, которые различались между собой лишь артиллерийским вооружением и автономностью. К концу 1943 г. Императорский флот насчитывал больше, лодок чем в начале войны, но их боевая подготовка оставляла желать лучшего. Объяснялось это тем, что наиболее подготовленные экипажи занимались транспортировкой грузов, а те, которые были привлечены к борьбе с судоходством, несли большие потери из-за противодействия противолодочных сил противника. В январе 1944 г. японские подводные силы прошли очередную реорганизацию. Лодки продолжали заниматься снабжением гарнизонов на о-вах, вести борьбу с торговым судоходством и готовиться к генеральному сражению с флотом противника. В феврале 1944 г. японцы лишились базы на атолле Кваджелейн, а Трук и Рабаул постоянно подвергались атакам со стороны американской авиации. Базировавшиеся там корабли постоянно находились под угрозой быть потопленными. Их экипажи не могли вести профилактический ремонт и не занимались боевой подготовкой. Ситуацию не изменило перебазирование Шестого флота на о-ва Метрополии. В мае 1944 г. вице-адмирал Такаги в рамках подготовки к Генеральному сражению сформировал два соединения ПЛ, которые должны были вести разведку в интересах командующего Объединенным флотом. Три корабля были развернуты в завесу в районе к востоку, а 10 — к северу от о-вов Адмиралтейства.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1943 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1944 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1945 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 15.08.1945 г.
Большинство их экипажей не прошли курс боевой подготовки и как результат, в течение 12 дней японцы потеряли шесть лодок. На случай генерального сражения флотов вице-адмирал Такаги планировал создать Специальное Соединение из 25–30 лодок, которые заранее разворачивались бы в три завесы на наиболее опасных направлениях. 7.07.1944 г. вице-адмирал Такаги погиб на о. Сайпан и его должность занял бывший командующий Третьей эскадрой вице-адмирал Мива со штабом в Куре. Мива сразу приступил к формированию Специального Соединения, предназначенного для атаки боевого ядра флота противника, в случае его нападения на любой пункт периметра обороны Империи. Однако, когда начались бои за Филиппины, командующий Шестым флотом был вынужден включить в него практически все, имеемые у него на тот момент, боеспособные корабли. Так, например, даже были отозваны I-38, I-53, I-54 и I-56, занимавшиеся подготовкой к использованию человекоуправляемых торпед.
