После начала боев эа Соломоновы о-ва МГШ приказал сосредоточить в этом районе большую часть боеспособных лодок Шестого флота. Первоначально они использовались позиционным методом. Во главе группы находилась I-9, командир которой должен был организовывать атаки против соединений противника. В качестве главной цели командирам рекомендовалось выбирать войсковые транспорты и танкеры. Действия лодок не согласовывались с операциями Объединенного флота и армейских частей. Такая тактика не принесла существенных результатов. 31.08.1942 г. I-26 к северо-западу от о. Эспириту Санто торпедой тяжело повредила американский АВ Saratoga. Командир лодки передал флагману группы координаты соединения противника, но тот атаку организовать не смог. В начале сентября 1942 г. командование Объединенного и Шестого флотов провели совещание с участием командующего 17-й армии, в ходе которого была согласована операция по полному захвату о. Гуадалканал. В результате 3.09.1942 г. было сформировано Соединение "А", предназначенное для пресечения коммуникаций противника между о-вами Фиджи и Гуадалканалом. Им непосредственно руководил штаб Шестого флота, получавший информацию от других сил флота и армии. Лодки соединения крейсировали в ограниченных районах, которые могли оставить только по приказу командующего Шестым флотом. Изменение тактики незамедлительно сказалось на результатах деятельности ПЛ. Уже 6.09.1942 г. I-11 на подходах к Гуадалканалу обнаружила и атаковала американский авианосец Ноrnеt. Корабль спас один из его палубных противолодочных самолетов, глубинными бомбами уничтоживший идущую торпеду. 15.09.1942 г. штаб Шестого флота навел часть лодок Соединения "А" на американские авианосцы. I-19 удалось выйти в торпедную атаку, потопить авианосец Wasp, эсминец O'Brien и повредить новейший линкор North Carolina. Одновременно I-15 выпустила шесть торпед по авианосцу Ноrnеt, но промахнулась. Успех заставил вице-адмирала Комацу сформировать Соединение "Б", призванное блокировать о. Гуадалканал. Организация его использования была такой же как и у Соединения "A". К октябрю 1942 г. японцам удалось сосредоточить в районе Соломоновых о-вов около 30 лодок. Часть из них (имевшие авиационное вооружение) находилась в самостоятельном крейсерстве, а остальные использовались позиционным методом или патрулировали в ограниченном районе. Во время крупных сражений между надводными кораблями, лодки отводились из районов, где оперировали соединения Объединенного флота. Это объяснялось тем, что на них не было аппаратуры опознавания "свой — чужой". Шестой флот, например, не смог принять участие в бою 25–26.10.1942 г. у о. Санта Круз. В этот момент его корабли находились в 200 милях к северо-востоку и противника даже не обнаруживали. После боя японские лодки получили приказ уничтожить поврежденные американские корабли. 26.10.1942 г. I-21 у о. Санта Круз потопила зсминец Porter, спасавший пилотов сбитых самолетов с авианосца Hornet. Аналогичным образом сложилась ситуация после сражения у о. Гуадалканал в ночь на 13.11.1942 г. После ее завершения японские лодки начали самостоятельный поиск поврежденных кораблей противника на вероятных маршрутах их движения к о-вам Фиджи или Гавайям. 13.11.1942 г. I-26 в проливе Индиспенсейбл обнаружила американские крейсера San Francisco и Junеаu. Последний был поврежден и больше 13 узлов дать не мог. Лодка вышла в атаку и двумя торпедами потопила Juпеаu. Кроме того, в 1942 г. японским подводникам удалось повредить американский тяжелый крейсер Chester (20.10.1942 г. I-176 к востоку от о. Сан Кристобаль) и ошибочно потопить советсую лодку Л-16.
В 1943 г. МГШ продожал использовать лодки для блокады отдельных участков побережья или о-вов (например, Новой Гвинеи), где армия вела боевые действия. Их командирам рекомендовалось атаковать любые цели. Из-за развития американских противолодочных сил, к марту 1943 г. японские лодки не могли успешно решать поставленные перед ними задачи. 3десь уместно привести в качестве примера оборону о-вов Джилберта. В ноябре 1943 г. МГШ сделал вывод о предстоящей оккупации противником архиппелага и для противодействия ей сформировал Специальное Соединение, которое возглавил капитан 1 ранга Ивагами. Он должен был организовать подготовку кораблей к предстоящей операции, но, когда американская морская пехота высадилась на о. Тарава, лодки Соединения продолжали оставаться в распоряжении командующих эскадр. В результате I-19, I-21, I-35, I-39, I-40, I-169, I-174, I-115 и Ro-38 вышли в море без соответствующей подготовки, не имея конкретных приказаний. При этом командующий Шестым флотом вице-адмирал Такаги (сменил вице-адмирала Комацу в ноябре 1943 г.) начал издавать многочисленные и противоречивые приказы, что, по его мнению, должно было запутать противника. Корабли непрерывно и хаотически перемещались из одного района в другой, порой получали бессмысленные радиограммы и длительное время находились на поверхности в ожидании очередных приказов. В результате были потеряны шесть лодок. Лишь одной I-175 удалось потопить 24.11.1943 г американский эскортный авианосец Liscome Вау, что ни как не могло повлиять на ход борьбы за о-ва в центральной части Тихого океана. 16.11.1943 г. однотипная I-176 на подходах к атоллу Трук обнаружила в надводном положении и двумя торпедами потопила Corvina — единственную американскую субмарину, ставшую жертвой японских лодок. Кроме того, 20.07.1943 г I-11 на подходах к о. Нью-Джорджия двумя (из шести выпущенных) тяжело повредила австралийский легкий крейсер Hobart.
Как казалось, в 1944 г. перед японскими лодками наконец открывалась возможность выполнить свое предназначение. Вице-адмирал Такаги планировал стянуть их к месту сражения главных сил флотов и нанести противнику максимально возможный ущерб до начала боевого соприкосновения. С этой целью было создано Специальное Соединение из 25–30 кораблей, которые разворачивались в три завесы на наиболее опасных направлениях. Когда американцы высадились на Марианские о-ва, сам Такаги оказался на Сайпане (с инспекционной проверкой) и не мог руководить деятельностью своих сил. Его заместитель контр-адмирал Уада был вынужден сосредоточить у Марианских о-вов все боеготовые ПЛ, имевшиеся на тот момент в центральной части Тихого океана или на атолле Трук. Характерно, что из них только три (Ro-36, Ro-43 и Ro-114) были заранее развернуты на позициях, а остальные 17 вышли в море только тогда когда японское морское комадование поняло, что рейд американских авианосцев к Марианским о-вам не являлся простой демонстрацией силы. Эта реакция оказалась запоздалой, и Шестой флот не повлиял на ход сражения в Филиппинском море, а слабая подготовка большинства экипажей привела к потере девяти кораблей.
Японские лодки не сыграли существенной роли в боях за Филиппины 3.10.1944 г. Ro-41 У о. Моротай торпедой потопила эскортный миноносец Shelton, 24.10.1944 г. I-56 к востоку от о. Лейте торпедой повредила американский авианосец Santee; 28.10.1944 г. I-45 в 100 милях к востоку от о. Лейте атаковала соединение авианосцев и потопила эскортный миноносец Eversole, а 3.11.1944 г. I-41 к востоку от Филиппин тяжело повредила американский легкий крейсер Reno. При этом Ro-41 стала косвенной причиной гибели американской лодки Seawolf, которую глубинными бомбами ошибочно потопили оставшиеся корабли охранения авианосцев в ходе Филиппинской кампании японские лодки использовались позиционным методом. Позиции, как правило, располагались вдоль побережья архипелага напротив десантопригодных участков. В середине ноября позиции переместили на наиболее вероятные маршруты движения конвоев с войсковыми транспортами. Хотя взимодействие с надводными кораблями не было организовано, лодки постоянно передавали в штаб Шестого флота информацию о движении соединений противника. Бои за Филиппины стали последней попыткой организовать классическое использование японских лодок против боевых кораблей противника.
О применении человекоуправляемых торпед будет сказано ниже, здесь же надо отметить, что одной из них (с I-53) удалось потопить 24.07.1945 г. к северо-востоку от о. Лейте американский эскортный миноносец Underhill, и 30.07.1945 г между о-вами Тиниан и Сайпан I-58 обычными торпедами потопила американский тяжелый крейсер Indianapolis. Таким образом, за время войны на Тихом океане японским лодкам удалось потопить три авианосца (американские Yorktown, Wasp и эскортный Liscome Вау), два крейсера (американские Junеаu и Indianapolis), три зсминца (американские Наmmаnn, O'Brien и Porter), три эскортных миноносца (американские Shelton, Eversole и Underhill) и дее лодки (советскую Л-16 и американскую Corvina). Кроме того, дважды получал повреждения американский авианосеu Saratoga, были повреждены американский эскортный авианосец Santee, английский линейный кора6ль Ramillies (в ходе атаки карликовых лодок), американский линейный корабль North Carolina, американские крейсера Chester, Reno, австралийский Hobart, американские эсминцы Lowry, Reshaw и Halligan. Как видно, японские лодки в годы войны достигли больших результатов, и по числу потопленных боевых кораблей уступают только американским. Вместе с тем, приходится признать, что они явно не оправдали возлагавшиеся на них надежды. Это объясняется, во-первых, тем, что японским подводным силам пришлось противостоять противнику, обладавшему развитыми и совершенными противолодочными силами. Во-вторых, сами по себе японские лодки имели небольшие дальность плавания и скорость хода в подводном положении, значительное время погружения, высокий уровень первичных физических полей, несовершенные амортизаторы механизмов и устройств, не обеспечивавшие их ударостойкость, в начальный период войны полностью отсутствовало радиотехническое вооружение. В-третьих, организация боевого использования японских лодок находилась на уровне 30-х годов и за время войны существенно изменена не была.
