Третье прение происходило 3 июня, но ему предшествовали некоторые обстоятельства, о которых предварительно и рассказывает Арсений. Мая 11-го дидаскал Григорий, родом русин, живший у Терговицкого митрополита Стефана, передал Арсению, что Охридонский епископ Даниил, находясь у митрополита Стефана, говорил: «Спорит со мною Арсений, как креститься рукою, будет он в Турецкой земле, сломают ему рога. Было у нас на Афонской горе такое дело: в русском монастыре крестился один старец по московским книгам, и святогорские старцы, собравшись все, соборне осудили его и предали его турку в темницу, а когда он оттуда освободился, то мы закляли его вперед так не креститься и других не учить, московские же книги я присудил сжечь, и они сожжены». В 1-й день июня поп патриарха Паисия Иоасаф после вечерни сказал Арсению: «Я спрашивал в церкви у епископа Даниила, он ли присудил сжечь книги московские на Афонской горе, и он в том не заперся, а сознался при многих свидетелях. Рассказал я о том патриарху, он подивился, старец же Амфилохий, прилучившийся у патриарха, подтвердил, что книги московские пожжены на Афонской горе при нем». На следующий день после утрени патриарх позвал Арсения к себе в келью и расспрашивал: «Где ты слышал и давно ли о сожжении государевых книг на Афоне греками?» Арсений: «Слышал я в Васлуе от старцев Зографского монастыря, да и в Терговище от многих людей, да и епископ Охридонский Даниил похвалялся, что он присудил сжечь те книги». Патриарх: «Напрасно государь царь таким врагам еще милостыню дает; прямо из-за той своей гордости мы и царство свое погубили; если бы и ересь в книгах сыскали, то следовало бы то место помарать, а книг не жечь». И, призвав старца своего Амфилохия, очевидца события, патриарх расспрашивал его подробно пред Арсением. Амфилохий передал, что святогорские старцы, собравшись все, надели на себя епитрахили, а старца серба поставили среди церкви в ризах, судили его, называли еретиком и самого заставили положить книги на огонь; что сожжены именно две великие книги московские в десть, а третья в полдесть; что имя старцу тому Дамаскин и борода у него до самой земли, как у Макария Великого. В 3-й день июня призвал патриарх митрополита Власия и своих архимандритов к себе, равно и старца Арсения, и спрашивал его: «Как ты думаешь о вчерашнем деле и чего от нас хочешь». Арсений: «Владыко святой, не мое то дело; если государь царь Алексей Михайлович узнает о нем, то святогорские старцы, когда будут в Москве бить челом о милостыне, сами дадут государю ответ, за что жгли государевы книги. Я только прошу спросить епископа Даниила, за что они государевы книги пожгли, какую ересь в них сыскали». Позван был епископ Даниил, стали его допрашивать, и он заперся и говорил, что московских книг на Афоне не жгли, а сожгли только сербскую книгу, писанную лет за 130, и что есть письмо о том с Афонской горы к Терговицкому митрополиту Стефану. Но старец Амфилохий, самовидец дела, став по приказанию патриарха пред лицом епископа, подтвердил прежнее свое показание. Тогда Арсений, взяв у патриаршего дидаскала Малахии печатную книгу Грамматику и разогнув ее, поднес к патриарху и сказал: «Вы говорите, что ваши греческие книги правят в Венеции и в Аглицкой земле ваши православные греки. Эта книга напечатана в Венеции, а в книге напечатана самая главная римская ересь: „И в Духа Святаго, Иже от Отца и Сына исходящаго“. Вот такие книги следовало бы вам сожигать. В наших же книгах ереси нет; государь царь у нас православный, ереси никакой не любит; книги правят у нас люди избранные и беспрестанно над тем сидят, а над теми людьми надзирают по государеву указу митрополит, и архимандрит, и протопопы, кому государь укажет, и о всяком деле докладывают государю и патриарху». Патриарх: «Нехорошо сделали; мы и латинских книг не жжем, но что ересь, то мараем в них». После этого епископ Даниил был отпущен, а к митрополиту Терговицкому Стефану послали, чтобы дал письмо, присланное с Афонской горы касательно сожжения московских книг. И началось третье прение.
Митрополит Власий: «О крестном знамении ни евангелист, ни апостол – никто не писал, как слагать персты, то предоставлено нашему изволению; подобает только крестообразно творить крест, а то все хорошо, и ереси и хулы на Бога в том нет. Мы складываем персты – великий с двумя верхними во образ Троицы – и теми крестимся, а вы складываете великий перст с двумя нижними во образ Троицы, а двумя верхними креститесь; то же Добро – один Крест Христов воображается, только нам мнится, что наше лучше, мы старее». Арсений: «Знаю, владыко, что вы старее, но старая одежда требует починки; когда церковь каменная или палата попортится, надо починить. Много у вас предания апостольского и отеческого развалилось, а починить, т. е. исправить, не хочете. Надмеваясь гордостию, называете себя источником для всех в вере, а между тем в крещении вместо погружения обливаетесь и покропляетесь; также о крестном знамении, оставив предания блаженного Феодорита и прочих, держитесь нового своего учителя Дамаскина иподиакона. В церкви у вас Спасов Образ написан и руку держит, как мы крестимся и как блаженный Феодорит писал». Патриарх и митрополит: «Так благословлять подобает, а не креститься». Арсений: «У нас по-древнему и для благословения, и для крестного знамения один крест. Мне думается, что изначала и вы крестились, как мы ныне и как в церкви на иконе у вас и у нас Спасова рука пишется. А то вам написал новый ваш учитель Дамаскин иподиакон и сделал вам в одном кресте три креста, людей велел крестить пятью перстами, а себя тремя; мы же старое предание держим, как пишет блаженный Феодорит. Вы сказали, что армяне так слагают персты, как мы, но если и армянин добро делает и по древнему преданию крестится, чем то виновато? А если и грек изменит старое предание, чем то право?..»
Четвертое, и последнее, прение происходило 4 июня. Прение это вели с Арсением патриарший старец Иоасаф и другие греки. Иоасаф: «Не добро у вас на Москве делают, что в другой раз крестят христиан». Арсений объяснил, что на Москве вновь крестят только тех, кто крещен неправильно, чрез обливание, римлян и ляхов, ибо «еретическое крещение несть крещение, но паче осквернение». Иоасаф: «Почему же у вас вновь не крестят греков, когда и они обливаются в крещении, а не погружаются?» Арсений: «Потому что мы не знаем этого, а если сведают в Москве про ваше обливание, то и вас станут крестить». Иоасаф: «Нестаточное то, чтобы нас снова крестить, не гораздо у вас то делают, и наш патриарх хочет писать об этом к другим патриархам, и, согласившись, будут о том в Москву писать к государю и патриарху». Арсений: «Если добре будут писать, ино послушают, а станете писать противно св. апостолам, то на Москве и четырех патриархов не послушают, знают на Москве древнее предание и без четырех патриархов». Иоасаф: «Невозможно не послушати четырех патриархов, о чем ни станут писать один или четверо». Арсений: «Отчего невозможно? Папа и главный был у четырех патриархов, да вот ныне его не слушают». Иоасаф: «Папа – еретик, потому не слушают его». Арсений: «А и то неправославное ж дело, что св. апостолы велели крестить в три погружения, а четыре патриарха обливают или покропляют, и то есть папина ересь». Иоасаф: «Да как вам не послушать четырех патриархов, кого же вам слушать?» Арсений: «Если по преданию св. отец станут писать, послушают, а не по преданию – не послушают; могут на Москве и четырех патриархов отринуть, как папу, если неправославны будут... Мы на Москве живем и об одном патриархе с митрополитами, архиепископами и епископами, то ведь вам, грекам, нельзя ничего делать, без четырех ваших патриархов. Когда в Царьграде был благочестивый царь, единый под солнцем, он учинил четырех патриархов да папу в первых, и те патриархи были в одном царстве под единым царем и на Соборах собирались по его царскому изволению. А ныне вместо того царя на Москве государь царь благочестивый, единый царь благочестивый во всей подсолнечной, и царство его христианское Бог прославил. И устроил наш государь царь у себя вместо папы в царствующем граде Москве патриарха, а вместо четырех патриархов – на государственных местах четырех митрополитов, ино у нас на Москве возможно и без четырех патриархов ваших править закон Божий. Ныне у нас царь благочестивый, а патриарх имеет под собою митрополитов, архиепископов и епископов, потому и патриарх. А ваш патриарх Александрийский над кем патриарх? У него только две церкви во всей епархии и ни одного митрополита, архиепископа и епископа... Живут ваши четыре патриарха и без папы, когда он уклонился в ересь, так и мы ныне можем без вашего учения быть... Напрасно вы хвалитесь, что мы от вас крещение приняли: мы приняли крещение от св. апостола Андрея, который из Византии приходил Черным морем до Днепра, а Днепром до Киева, а оттуда до Новгорода. Потом великий князь Владимир крестился в Корсуне от тех христиан, которые крещены находившимся там в изгнании Климентом, папою Римским. Из Корсуня взял Владимир в Киев мощи Климентовы, и митрополита, и весь священный чин. И мы как приняли веру и крещение от св. апостола Андрея, так и держим и в крещении погружаемся по апостольскому 50-му правилу. А вы, греки, апостольского правила не храните, в купели в три погружения не креститесь, но по новому римскому уставу обливаетесь и покропляетесь. И потому явно, что мы крещение от апостолов приняли, а не от вас, греков... У вас в Греции, также и у валахов, не сыщешь ни одного человека, крещенного правым крещением, и вы мало не соединяетесь с римлянами. Да вы и лета от Рождества Христова потеряли; пишете: в нынешнем во 7158, а от Рождества Христова 1650 г., тогда как ваши же греческие летописцы все свидетельствуют, что Христос родился в 5500 г. (а не в 5508). Это вы заняли от римлян, ибо школ еллинского учения не имеете, и книги вам печатают в Венеции, и учиться ходите в Рим и в Венецию, и дидаскалы у вас все оттуда, навыкшие там еретическим обычаям, а каковы дидаскалы ваши, тому и вас учат, а вы во всем их слушаете. Все доброе, бывшее у вас, перешло благодатию Христовою к нам в Москву». И архимандриты говорили: «Что от нас к вам перешло, скажи явно». Арсений: «Первое, был у вас царь благочестивый, а ныне нет, и вместо его воздвиг Бог на Москве благочестивого царя, и ныне у нас государь царь православный один сияет благочестием во всей подсолнечной и Христову Церковь от всяких ересей защищает. И еще скажу вам: на Втором Вселенском Соборе было положено считаться Константинопольскому патриарху вторым по Римском ради царствующего града, а ныне чем величаться вашему патриарху? Не может патриарх ваш по городу со крестами ходить и на своей главе креста носить, также и на церкви креста иметь или на осляти ездить и даже в колокола звонить. Ныне ему не только против Римского, но и против Московского епископа невозможно величаться. Вместо того у нас ныне на Москве патриарх не только как второй по Римском, но как первый епископ Римский, как древний благочестивый папа, украшается, нося на главе своей белый клобук Сильвестра, папы Римского... и весь святительский, и священнический, и иноческий чин в Московском государстве красится, как прежде было в Риме... В прежнее время много было у вас монастырей и преподобных, а ныне и церквей нет: бусурманы ими завладели и построили из них мечети; много было у вас и св. мощей, и вы их разносили по разным землям, а ныне у вас мощей святых нет. У нас же древних св. мощей много, и риза Господа нашего Иисуса Христа у нас же, и в нашей земле многих прославил Бог угодников и иных прославляет: мощи их лежат нетленны и чудеса творят». Вслед за этим Арсений прочел грекам Повесть о белом клобуке, в которой, между прочим, предсказывалось, что как ветхий Рим отпал от веры гордостию, так и в новом Риме – Константинополе агарянским насилием христианская вера погибнет, а на третьем Риме – на Русской земле воссияет благодать Святого Духа, что все христианские царства сойдутся в одно царство Русское православия ради и что патриаршеский чин от Константинополя дан будет Русской земле во времена своя, и будут первые последними и последние первыми.