Враги православных торжествовали, но хотели еще большего. Рутский в своем упомянутом нами донесении кардиналу Бандину писал: «Схизматики умертвили в Витебске архиепископа, без сомнения, по наущению от своих лжеепископов, которые безнаказанно скрываются в Киеве под покровительством казаков и рассылают оттуда своих доверенных по всему королевству для отвлечения от нас верующих и возмущения их против нас» – и потому просил ходатайства папы пред королем, чтобы последний своею королевскою властию низложил русских лжеепископов и лжемитрополита, так как «от них происходят эти возмущения народа и убийства священников и даже епископов». И папа в тот самый день, когда написал к королю о наказании виновных за смерть Кунцевича (10 февраля), послал к Сигизмунду III и другое письмо, в котором настаивал, чтобы он возбранил схизматические братства, отменил новые законы, направленные против униатов, принял унию и униатских епископов под свое особое покровительство, а «лжеепископов русских, возбуждающих мятежи и старающихся господствовать в собраниях казаков, подверг заслуженному наказанию». Узнав потом, как беспощадно покарал король за смерть Кунцевича, папа прислал Сигизмунду свою похвальную грамоту (10 мая), в которой выражался, что «отныне Витебск, явивший пример столь необычайного преступления, будет памятником мщения Божия и благочестия короля» и что «деяние его величества весьма приятно небу и заслуженно восхваляется голосом апостолической грамоты». Это еще более могло возбуждать короля против православных. И положение их по смерти Кунцевича сделалось до крайности опасным, даже критическим. Кунцевича немедленно провозгласили мучеником, начались рассказы о его многочисленных чудесах, народ, как обыкновенно, легко увлекался этими рассказами, и многие из православных в бывшей епархии Кунцевича, особенно в Витебске, принимали унию, не имея более надлежащего руководства и поддержки. Мелетий Смотрицкий, который более других мог опасаться теперь преследования, совсем отдалился от своей паствы и еще в конце 1623 г. отправился к Киев, а оттуда на Восток. В Полоцк прислан был на архиепископство новый ретивый униат из виленского Свято-Троицкого монастыря Антоний Селява. В Вильне, несмотря на решение последнего сейма, прекратившего все взаимные тяжбы униатов и православных, митрополит Рутский от лица всего свято-троицкого духовенства и братства и всех виленских униатов возобновил тяжбу против членов Свято-Духовского братства и в своей жалобе не только повторял все прежние обвинения против них, но обвинял их и в новых преступлениях. И именно обвинял в том, что они рассылали послания Смотрицкого по епархии Полоцкой и тем довели народ до решимости умертвить Кунцевича; издавали в защиту себя дерзкие сочинения, отвергавшие право патронатства в Церкви, принадлежащее королю; чествовали изображение Феофана, которого король объявил турецким шпионом; самовольно отпустили недавно без воли и ведома короля Мелетия Смотрицкого в царство Турецкое и всенародно поминают Смотрицкого, как и лжемитрополита Борецкого, в церковных молитвах; наконец, задумали построить себе без дозволения короля каменную церковь и уже навозили для того много кирпича. Польское правительство помышляло даже о совершенном уничтожении православия в Литве и Польше. Об этом можно заключать из письма митрополита Иова Борецкого к одному из главных советников короля, литовскому гетману князю Христофору Радзивиллу (от 24 августа). «Мы узнали, – писал митрополит, – о достойном вечной памяти благодеянии, какое оказали ясновельможность ваша Церкви православных, угнетенных сынов нашего бедного русского народа, – оказали смело и решительно в тот тяжелый для нас час, когда все уже вместе согласились было истребить род православных». Не находя слов выразить князю свою благодарность и кланяясь ему до земли, Иов просил его не оставлять и впредь православных без своего могущественного покровительства и говорил: «Мы стеснены со всех сторон; на нас смотрят хуже, чем на изменников и изобличенных злодеев; хуже, чем на врагов Креста Христова; хуже, чем на язычников. И мы, народ верный, народ невинный, к панам расположенный, народ древлехристианский, терпим на собственной земле своей преследования от этой вавилонской блудницы, кровью опившейся! Дал бы только Бог вытерпеть до конца». К концу года даже в Киеве войт Федор Ходыка с некоторыми мещанами осмелился запечатывать православные церкви. Митрополит немедленно дал знать об этом в Запорожье гетману Коленику Андрееву и всему войску. Гетман послал двух полковников, велел им собрать казаков, находившихся в ближайших к Киеву городах, и идти в Киев для оберегания веры. Казаки явились в Киеве после Богоявления в 1625 г., распечатали православные церкви, схватили войта Ходыку и мещан, ему помогавших, посажали их в тюрьму, а униатскому священнику церкви святого Василия на Софийской горе по имени Ивану, возбуждавшему их и руководившему ими, отсекли голову и отняли у этой церкви, находившейся в ведении Киево-Софийского униатского капитула, или монастыря, ее имения.
В начале 1625 г. собирался в Варшаве вальный сейм. Запорожцы избрали и отправили на сейм трех своих послов, дав им инструкцию. Митрополит Иов, путешествовавший тогда по своей епархии, встретил этих послов в городе Корсуни (Киевского воеводства) и посоветовал им заехать в Вильну к ректору школ и проповеднику Свято-Духовского монастыря Иосифу Бобриковичу и выслушать от него наставления, а сам послал с теми же лицами к Бобриковичу письмо (от 12 генваря) и несколько мембранов за собственноручною подписью и печатью и просил его написать на мембранах по своему мудрому усмотрению ходатайства от имени митрополита к более важным особам, например к литовскому гетману, к пану Краковскому, или даже к самому королю, и вручить такие ходатайства казацким послам. В инструкции этим послам казаки поручали: «Просить на сейме, чтобы король оставил нашу русскую веру по старым нашим правам и вольностям в покое и наших старших духовных: митрополита Иова Борецкого и владык – в послушании и под благословением Восточной Церкви, утвердил их своею грамотою и наделил имениями, а униатам запретил мучить нашу братию и преследовать наши церкви; просить также, чтобы он оставил в покое киевский Печерский монастырь и утвердил своею грамотою нового архимандрита Захарию Копыстенского, избранного печерскою братнею, всею киевскою шляхтою и всем рыцарством запорожского войска». Захария избран был 20 ноября 1624 г. на место архимандрита Елисея Плетенецкого, скончавшегося 13 ноября. Король исполнил только последнюю просьбу и выдал (7 февраля 1625 г.) архимандриту Захарии Копыстенскому свою утвердительную грамоту, потому что об этом просили сами киево-печерские иноки. А первую просьбу оставил без внимания, и на сейме касательно русской веры и архиереев не сделано никакого решения.
Митрополит Иов и его советники-епископы давно уже поняли, что нечего им ждать защиты и справедливости от польского правительства и, естественно, устремляли свои взоры к единоверной и единоплеменной Москве. Надобно допустить, что Иов еще вскоре после посвящения своего на митрополию сообщил о себе известие московскому государю Михаилу Федоровичу и патриарху Филарету Никитичу, потому что в 1622 г. прислал к тому и другому, как уже им известный, свои ходатайственные письма за митрополита Пелагонского Иеремию, проезжавшего чрез Киев в Москву для испрошения милостыни. К концу того же года отправил в Москву из своего лубенского Преображенского монастыря проживавший там епископ Исаия Копинский двух старцев с письмами к царю и патриарху (от 4 декабря), где, именуя себя «епископом и эксархою Малой Росии, земли Киевской» и горько жалуясь на притеснения от униатов, просил милостыни для себя и для 150 иноков и послушников своей обители. Царь и патриарх отвечали Исаии также письмами (от 14 сентября 1623 г.) и послали ему своего жалованья три сорока соболей. В августе 1624 г. Иов митрополит отправил в Москву три письма, одно к царю, другое к патриарху, третье к думному дьяку Грамотину, с Луцким епископом Исаакием Борисковичем, который ехал туда и по своему частному делу. В пограничном городе Путивле Исаакий заявил воеводам, что он поставлен во епископа Иерусалимским патриархом Феофаном и сначала жил в луцком Преображенском монастыре, но когда король польский в 1623 г., в Филиппов пост прислал в Луцк униатского епископа Иеремию Почаповского и там начали угнетать православных, а его, Исаакия, хотели даже убить, то он удалился в Киев, в Печерский монастырь и, купив себе в Волынской земле пустыньку, едет теперь в Москву за милостынею, чтобы устроить в той пустыне для своего местопребывания монастырек во имя Успения Пресвятой Богородицы. Заявил также, что польский король собирает много войска, чтобы побить запорожских казаков и разорить православную веру, и что он, Исаакий, везет в Москву от своего митрополита Иова Борецкого три письма и имеет еще словесные духовные дела к патриарху Филарету. Воеводы дали о всем знать государю и послали к нему письма митрополита Иова вместе с письмом самого Исаакия. Во всех своих письмах (от 24 августа) митрополит просил, чтобы Исаакия свободно пропустили в Москву, дали ему милостыни и верили ему во всем, что будет говорить, как «мужу, тайну царскую могущему сохранити». О том же просил в своем письме и Исаакий. Царь дал приказ отпустить из Путивля в Москву епископа Исаакия с его спутниками. В генваре 1625 г., 4-го числа Исаакий представлялся царю Михаилу Федоровичуи поднес ему деревянный крест с мощами от Святой горы да мощи святой великомученицы Варвары и получил государева жалованья: сребропозлащенный кубок с крышкою, 12 аршин камки, 13 аршин обьяри багровой,. 40 соболей и 35 рублей деньгами. В феврале, 10-го числа представлялся патриарху Филарету и поднес ему святое миро и греческую книгу – жития святых, а от него получил образ, обложенный серебром, сребропозлащенный кубок, 12 аршин камки, 40 соболей и 25 рублей деньгами. Да кроме того, выпросил для своего будущего монастыря богослужебные книги: напрестольное Евангелие, Апостол, Служебник, Октоих и Триоди, постную и цветную. По другому, более важному делу, о котором поручено было Исаакию доложить царю и патриарху только на словах, Исаакий имел беседу 14 генваря на Казенном дворе по указу государеву с князем Иваном Борисовичем Черкасским да с думным дьяком Грамотиным. Исаакию было поручено, как объяснял он боярам, бить челом великому государю, чтобы он принял Малороссию под свою высокую руку и защитил ее от поляков. Но бояре отвечали Исаакию: «Из твоих речей видно, что мысль эта в вас самих еще не утвердилась и не окрепла между вами и что казаков не будет столько, чтобы они одни могли стоять против поляков, да к тому ж весною казацкое войско собирается идти морем на турок, так теперь царскому величеству этого дела начать нельзя. Но если и вперед вам будет утеснение в вере от поляков, а у вас против них будет соединение и укрепление, тогда вы дайте знать царскому величеству и святейшему патриарху, и они будут о том мыслить, как бы православную веру и церкви Божии и вас всех от еретиков в избавленье видеть». Исаакий сказал: «У нас та мысль крепка; мы все царской милости рады и под государевою рукою быть хотим; об этом советоваться между собою будем, но теперь боимся, если поляки на нас наступят скоро, то нам, кроме государской милости, деться негде. Если митрополит, епископы и войско запорожское прибегнут к царской милости и поедут на государево имя, то государь их пожаловал бы отринуть не велел, а им кроме государя деться негде». Таким образом предложение, привезенное Исаакием, в Москве найдено только преждевременным, но не было отвергнуто. Исаакию дано даже обещание помощи, и он (23 февраля) отпущен был с честию. Государь пожаловал ему еще три сорока соболей ценою на сто рублей и поручил доставить митрополиту Иову пять сороков соболей на триста рублей, а патриарх послал чрез Исаакия на благословение Иову образ Пресвятой Богородицы в сребропозлащенном окладе с каменьями.