Митрополит Иов и его советники-епископы давно уже поняли, что нечего им ждать защиты и справедливости от польского правительства и, естественно, устремляли свои взоры к единоверной и единоплеменной Москве. Надобно допустить, что Иов еще вскоре после посвящения своего на митрополию сообщил о себе известие московскому государю Михаилу Федоровичу и патриарху Филарету Никитичу, потому что в 1622 г. прислал к тому и другому, как уже им известный, свои ходатайственные письма за митрополита Пелагонского Иеремию, проезжавшего чрез Киев в Москву для испрошения милостыни. К концу того же года отправил в Москву из своего лубенского Преображенского монастыря проживавший там епископ Исаия Копинский двух старцев с письмами к царю и патриарху (от 4 декабря), где, именуя себя «епископом и эксархою Малой Росии, земли Киевской» и горько жалуясь на притеснения от униатов, просил милостыни для себя и для 150 иноков и послушников своей обители. Царь и патриарх отвечали Исаии также письмами (от 14 сентября 1623 г.) и послали ему своего жалованья три сорока соболей. В августе 1624 г. Иов митрополит отправил в Москву три письма, одно к царю, другое к патриарху, третье к думному дьяку Грамотину, с Луцким епископом Исаакием Борисковичем, который ехал туда и по своему частному делу. В пограничном городе Путивле Исаакий заявил воеводам, что он поставлен во епископа Иерусалимским патриархом Феофаном и сначала жил в луцком Преображенском монастыре, но когда король польский в 1623 г., в Филиппов пост прислал в Луцк униатского епископа Иеремию Почаповского и там начали угнетать православных, а его, Исаакия, хотели даже убить, то он удалился в Киев, в Печерский монастырь и, купив себе в Волынской земле пустыньку, едет теперь в Москву за милостынею, чтобы устроить в той пустыне для своего местопребывания монастырек во имя Успения Пресвятой Богородицы. Заявил также, что польский король собирает много войска, чтобы побить запорожских казаков и разорить православную веру, и что он, Исаакий, везет в Москву от своего митрополита Иова Борецкого три письма и имеет еще словесные духовные дела к патриарху Филарету. Воеводы дали о всем знать государю и послали к нему письма митрополита Иова вместе с письмом самого Исаакия. Во всех своих письмах (от 24 августа) митрополит просил, чтобы Исаакия свободно пропустили в Москву, дали ему милостыни и верили ему во всем, что будет говорить, как «мужу, тайну царскую могущему сохранити». О том же просил в своем письме и Исаакий. Царь дал приказ отпустить из Путивля в Москву епископа Исаакия с его спутниками. В генваре 1625 г., 4-го числа Исаакий представлялся царю Михаилу Федоровичуи поднес ему деревянный крест с мощами от Святой горы да мощи святой великомученицы Варвары и получил государева жалованья: сребропозлащенный кубок с крышкою, 12 аршин камки, 13 аршин обьяри багровой,. 40 соболей и 35 рублей деньгами. В феврале, 10-го числа представлялся патриарху Филарету и поднес ему святое миро и греческую книгу – жития святых, а от него получил образ, обложенный серебром, сребропозлащенный кубок, 12 аршин камки, 40 соболей и 25 рублей деньгами. Да кроме того, выпросил для своего будущего монастыря богослужебные книги: напрестольное Евангелие, Апостол, Служебник, Октоих и Триоди, постную и цветную. По другому, более важному делу, о котором поручено было Исаакию доложить царю и патриарху только на словах, Исаакий имел беседу 14 генваря на Казенном дворе по указу государеву с князем Иваном Борисовичем Черкасским да с думным дьяком Грамотиным. Исаакию было поручено, как объяснял он боярам, бить челом великому государю, чтобы он принял Малороссию под свою высокую руку и защитил ее от поляков. Но бояре отвечали Исаакию: «Из твоих речей видно, что мысль эта в вас самих еще не утвердилась и не окрепла между вами и что казаков не будет столько, чтобы они одни могли стоять против поляков, да к тому ж весною казацкое войско собирается идти морем на турок, так теперь царскому величеству этого дела начать нельзя. Но если и вперед вам будет утеснение в вере от поляков, а у вас против них будет соединение и укрепление, тогда вы дайте знать царскому величеству и святейшему патриарху, и они будут о том мыслить, как бы православную веру и церкви Божии и вас всех от еретиков в избавленье видеть». Исаакий сказал: «У нас та мысль крепка; мы все царской милости рады и под государевою рукою быть хотим; об этом советоваться между собою будем, но теперь боимся, если поляки на нас наступят скоро, то нам, кроме государской милости, деться негде. Если митрополит, епископы и войско запорожское прибегнут к царской милости и поедут на государево имя, то государь их пожаловал бы отринуть не велел, а им кроме государя деться негде». Таким образом предложение, привезенное Исаакием, в Москве найдено только преждевременным, но не было отвергнуто. Исаакию дано даже обещание помощи, и он (23 февраля) отпущен был с честию. Государь пожаловал ему еще три сорока соболей ценою на сто рублей и поручил доставить митрополиту Иову пять сороков соболей на триста рублей, а патриарх послал чрез Исаакия на благословение Иову образ Пресвятой Богородицы в сребропозлащенном окладе с каменьями.
После этого сношения западнорусского духовенства с Москвою не только не прекращались, но еще усиливались. В начале 1625 г. (30 генваря) присылал сюда за милостынею Перемышльский епископ Исаия Копинский старцев из своих монастырей, Ладинского, Прилуцкого и Лубенского, и письмами своими благодарил царя и патриарха за пожалованные ему прежде три сорока соболей. В октябре того же года прибыл в Москву Владимирский епископ Иосиф Курцевич, оставшийся здесь навсегда, и к нему вскоре прибыли в качестве его послушников несколько иноков из разных западных монастырей. К концу того же октября присылал к царю Михаилу Федоровичу из города Галича строителя Спиридона Львовский епископ Иеремия Тиссаровский с жалобою на притеснения от поляков и с просьбою о милостыне. Примеру своих владык подражали и западнорусские монастыри. Из некоторых монастырей приходили в Москву иноки, с тем чтобы навсегда остаться в каком-либо великороссийском монастыре, и с дозволения государя оставались. Такие пришельцы были: в ноябре 1624 г. – иеромонах и три монаха из прилуцкого Густынского монастыря; в ноябре следующего года – старец из Киево-Печерского монастыря; в июле 1626 г. – шесть старцев из Лубенского Мгарского монастыря. Большею частию западные монастыри присылали в Москву за милостынею. С этою целию приходили старцы: в генваре 1626 г. – из Спасского Бежецкого монастыря; в мае того же года – из Почаевского монастыря; в генваре 1627 г. – из Чигиринского монастыря, а в феврале – из монастырей Трехтемиров-ского и Каневского; в марте 1628 г. – из монастырей виленского Свято-Духовского и галичского Скитского. Таким образом мало-помалу устроялось и утверждалось сближение православных Западнорусского края с православными Московского государства.
Не напрасно епископ Исаакий Борискович выражал в Москве опасение, как бы поляки не наступили скоро на Украйну. В сентябре того же 1625 г. польский гетман Станислав Конецпольский действительно вступил в нее с 30000 своего войска и с 3000 немцев, и между русскими пронеслась весть, что гетман пришел уменьшить запорожское войско и ввести в Киеве и других городах латинскую веру вместо православной. Разорив несколько казацких поселений, Конецпольский 26 октября нанес казакам сильное поражение, так что они увидели себя в необходимости, избрав себе нового гетмана Михаила Дорошенку, вступить с поляками в переговоры. Составилась комиссия, которая в числе других обвинений против казаков выставляла и то, что они принимают к себе из Турции духовных и разных обманщиков, каков был патриарх Феофан, и вопреки королевской власти посадили себе новых владык и митрополита при жизни старых; еще и то, что они недавно в Киеве схватили войта, человека доброго, и мещан, заключили их в тюрьму, умертвили попа (униатского), отняли землю у монастыря (униатского). Казаки на это отвечали: «О патриархе и духовных наших король давно знает; мы и духовные наши пред ним оправдались... Что же касается войта киевского, и попа, и других, то, видя, какие притеснения терпят церкви наши старой греческой религии в княжестве Литовском, на Белой Руси, на Волыни и Подоле, как не позволяют духовным нашим отправлять в них богослужение, выгоняют их из приходов, отдают во власть униатов, остерегаясь, чтобы и нам того же не было, видя, что по поводу этого попа войт в Киеве не только церкви печатает, доходы отнимает, но и митрополита и нас ругает, видя все это, могли ли мы терпеть? Отдаем на рассуждение ваших милостей. А земля, взятая у монастыря киевского, принадлежала церкви св. Василия, а не ему». Переговоры кончились тем, что число реестровых казаков было крайне уменьшено и ограничено только 6000, и казаки обязались не сами избирать себе старшего, или гетмана, а повиноваться тому старшине, которого будет назначать им из их же среды король или по воле короля гетман коронный, хотя все это выполнялось недолго (Соловьев. 10. 96–101). Надежда православных на защиту от казачества должна была сильно поколебаться.