Петр Могила, получив грамоту от короля на митрополию, счел первым делом отправить своего посла в Константинополь, чтобы испросить себе благословение от патриарха, послом был «доктор теологии» Исаия Трофимович Козловский. И патриарх Кирилл Лукарис не замедлил прислать Могиле свое архипастырское благословение на митрополию, из чего можно заключать, что прежний митрополит, Исаия Копинский, едва ли имел утверждение в своем сане от патриарха. В начале апреля (1633) Петр Могила уже рассылал свои грамоты, которыми приглашал православных или лично явиться, или прислать депутатов на его посвящение во Львов к Фоминой неделе. Почему во Львов, а не в Киев, догадаться не трудно. В Киеве жил прежний митрополит Исаия, которого привыкли уже считать за настоящего митрополита, и многие, в том числе сам Исаия, не понимали или не хотели понять истинной причины его устранения от кафедры, напротив, были убеждены, что он устранен только по честолюбию и проискам Могилы, который, воспользовавшись обстоятельствами, исходатайствовал себе грамоту на митрополию при живом митрополите. Потому в Киеве, если бы здесь состоялось посвящение Петра Могилы, могли произойти какие-либо протестации или демонстрации, даже кровавые, со стороны приверженцев Исаии – духовенства, черни, казаков, да и от самого Исаии. А после Киева оставался один Львов, где могло совершиться посвящение нового митрополита с подобающим приличием и благолепием. Во Львове имел пребывание единственный православный епископ, сохранивший свою кафедру, Иеремия Тиссаровский, и этот епископ был старшим по службе из всех православных западнорусских архиереев и, главное, был один из всех их экзархом Константинопольского патриарха, следовательно, всего приличнее мог от имени патриарха посвятить Киевского митрополита. К назначенному времени прибыли во Львов все три православные епископа, хотя и устраненные от епархий: Авраамий, бывший Пинский и Туровский, Исаакий, бывший Луцкий, и Паисий, бывший Холмский, и замечательно, что современный львовский летописец уже не называет их по именам принадлежавших им епархий. Съехались также во Львов великое множество архимандритов, игуменов, священников, шляхты, русской и польской, и людей других сословий. Первое посвящение (т. е. наречение) Могилы, по словам местного летописца, происходило в среду на Святой неделе, второе (вероятно, в сан епископа) в субботу, а третье (в сан митрополита) в неделю проводную, иначе Фомину, которая была тогда 28 апреля. Посвящение Петра Могилы совершил экзарх Константинопольского патриарха Иеремия Тиссаровский с тремя другими, названными нами русскими епископами, и совершил в церкви, находившейся в непосредственном ведении самого же патриарха, именно в главной, недавно оконченной, великолепной церкви Львовского ставропигиального братства, которая притом для Петра Могилы имела еще особое значение, потому что в сооружении ее, продолжавшемся много лет, весьма близкое участие принимали своими пожертвованиями его родной дядя Иеремия и отец Симеон, бывшие господарями Молдавии. Братство Львовское торжествовало и не щадило издержек для угощения как главного виновника торжества, нового митрополита, так и всех прочих своих гостей. Петр Могила прожил во Львове около двух месяцев и в конце июня отправился торжественно, с преднесением ему креста, на свою кафедру в Киев. С дороги, из Радомысля, писал (от 29 июня) к православным панам и приглашал их сопутствовать ему при въезде в Киев и на освящение Киево-Софийского собора.
В Киеве многие встретили первосвятителя с великою радостию, и ему поднесены были два панегирика: один от лавры, другой от киево-братского училища – гимназии. Первый под заглавием «Евфония веселобрмячая на высоце славный трон митрополии Киевской щастливе вступаючему в Бозе его милости господину отцу кир Петру Могиле, воеводичю земель молдавских, православному упревилегованному митрополиту Киевскому, Галицкому и всея России, екзарсе св. трону Константинопольскаго, архимандриту св. чудотворныя лавры Печерской киевской, от киевских типографов, в тойже св. чудотворной лавре Печерской працующих, при унижоном поклоне прудко дедикованная, лета Господня 1633, июля 5». Второй, на польском языке, под заглавием «Мнемозина славы, дел и трудов преосвященного в Бозе его милости отца Петра Могилы, воеводича земель молдавских... у привилегированного православного митрополита Киевского, Галицкого и всей Руси, экзарха св. трона Константинопольского... на вожделенный приезд его в Киев – от студентов основанной им в братстве Киевском гимназии, в свет издана 1633 года». В панегириках восхваляли знатное происхождение Петра Могилы, его отречение от мира, его покровительство наукам и особенно его последние заслуги для Церкви. «Ты, – говорилось в предисловии последнего панегирика, – своим иждивением, своими заботами, своим бодрствованием даровал тишину православному русскому океану, волновавшемуся в продолжение четырехсот лет (т. е. со времен Гедимина, когда Западная Русь вошла в состав Литовского княжества), и доказал яснее полуденного солнца на избирательном и коронационном сеймах желающему мира королю Владиславу и его сенату права православной Церкви, твердые по силе, как алмаз, золотые по своей драгоценности, святые по своей древности. Доказав неправду, которая тяготела над нами столько лет, ты уничтожил ее в прах пред помазанником Божиим... Теперь пожелай только отправиться до Вильны и других городов русского и литовского мира и увидишь, как встретят тебя радостно те, которыми полны были темницы, полны были ратуши, полны были темничные подземелья за пречистую восточную веру, как встретят тебя (в Вильне) и проводят до своего руководителя в теснении, предводителя в благочестии, подобного Златоусту в витийстве, за несколько лет пред сим скончавшегося архимандрита Леонтия Карповича. Увидев нетленные мощи его, увидев ближних, за веру пострадавших, ты почувствуешь, каким великим делом услужил ты несчастному народу нашему. То же самое, верно, подтвердят тебе Перемышль, Луцк, Холм, Белз, Минск, Брест, Витебск, Могилев и множество других городов». Достойно замечания, что в самых заглавиях обоих панегириков Петру Могиле он назывался митрополитом упривилегированным, т. е. получавшим привилегии, законное право на митрополию от короля и патриарха, и экзархом Константинопольского патриарха. Первое название прямо указывало на преимущество нового митрополита пред прежним, Исаиею, не имевшим таких привилегий. А последнее свидетельствовало, что Вселенский патриарх Кирилл Лукарис прислал Могиле вместе с благословением на митрополию и право быть и именоваться его экзархом, и Петр Могила действительно с самого посвящения своего титуловал себя этим именем.
Но не одни восторги и панегирики встретили Могилу в Киеве; здесь ожидали его и тяжкие огорчения. Самым уже появлением своим в Киеве, как митрополит упривилегированный, он, по выражению местного тогдашнего хроникера, «деградовал», т. е. низлагал с митрополитской кафедры прежнего митрополита Исаию и лишал его всякой власти над Церковию. К сожалению, Исаия не захотел покориться своей участи, как покорились три другие архиерея, подобно ему получившие посвящение от Иерусалимского патриарха Феофана, но не получившие привилегий от короля. Исаия вздумал отстаивать свои права и сопротивляться Могиле и тем, естественно, возбуждал сопротивление ему и в своих приверженцах. Могила нашелся вынужденным употребить против них самые крутые меры, испытав, вероятно, бесполезность всех других. Он запретил или низложил попов, посвященных Исаиею и, должно быть, упорствовавших в непокорности новому митрополиту, а самого Исаию велел взять из Михайловской обители, где прежде находилась митрополитская кафедра, и перевезть в лавру, чтобы Исаия не возмущал его своими претензиями и жалобами в судах духовных и светских и не имел к тому средств. Усердные исполнители воли Могилы, может быть, без его ведома будто бы прибыли к Исаии ночью, схватили дряхлого и больного старика в одной власянице и, перебросивши его через коня, как мешок какой-либо, в таком положении отправили его в лавру. Исаия, впрочем, скоро освободился или был освобожден из лавры, дав, вероятно, обещание Могиле жить спокойно, не действовать против него, и в 1634–1635 г. несомненно управлял Михайловским монастырем, но, как увидим, вражда и борьба между обоими митрополитами продолжалась и впоследствии. Другое сопротивление встретил Петр Могила в Киево-Николаевском монастыре, на который получил привилегию от короля. Там думали, что Могила получил ее противозаконно, желая только завладеть деньгами, которые скопил в продолжение двадцати лет игумен Серапион Бильский, и не хотели покориться. Понадобилось обратиться к силе. Могила привел к монастырю несколько сот человек с пушками, овладел им и, не нашедши игумена, успевшего бежать, приказал сечь одного за другим иноков, пока они не открыли, где спрятаны были монастырские деньги, более же упорных чернецов совсем выгнал из монастыря с бесчестием, вследствие чего некоторые из них будто бы перешли в унию, а другие предались бродяжничеству. Не обошлась без сопротивления и прискорбных столкновений и передача Киево-Софийского собора Петру Могиле. Наместник униатского митрополита Станислав Корсак, узнав, что хотят отобрать у него этот собор, скрылся. В его отсутствие, как сам он потом рассказывал в своей жалобе, поданной в киевский городской суд, назначенные Петром Могилою принципалы печерской и кафедральной русской капитул отцы Анатолий Мужиловский, Сильвестр Коссов, Софроний Почапский и другие со множеством киевских мещан, бояр, слуг, казаков, всего до пяти – или шестисот человек, прибыли 12 (по старому календарю 2) июля к Софийскому собору и к дому Корсака, где находились тогда несколько родственников его и духовных лиц латинской веры, и начали требовать ключи от собора. И так как жена Корсака не согласилась выдать ключей, то отбили все замки у собора и забрали из него все книги и всю церковную утварь. На другой день снова явились к дому Корсакову, выгнали из него всех жильцов, забрали его в свою власть, равно и всех жителей окрестной слободы, принадлежавшей Софийскому собору. Наконец, 17, т. е. 7, июля прибыл и сам Петр Могила с подчиненными ему принципалами и принял в свое ведение как Софийский собор и принадлежавших ему слобожан окрестного местечка, так и три приписные к собору церкви этого местечка: деревянную святого Николая, называвшуюся десятинною, другую – деревянную святого Симеона, находившуюся подле ворот местечка, и третью – каменную святого Василия, называвшуюся нагорною.