Уже отправлены были воины с наказом взять его и отправить в ссылку. Но, лишь только слух об этом разнесся по городу, как народ заволновался и массами двинулся на защиту своего любимого архипастыря. Назревало кровопролитие между народом и войском. Тогда невинно осужденный праведник, желая избегнуть бесполезного смятения и неповинных жертв человеческих страстей, сам тайком вышел из своего дома и отдал себя в руки воинам, которые немедленно отвели его на пристань, посадили на корабль и отправили в Пренет, близ Никомидии.
Все это случилось под покровом ночи, и когда наутро народ узнал, что его возлюбленный святитель, бесстрашный проповедник правды, защитник сирых, бедных, труждающихся и обремененных, златословесный Иоанн уже удален и сослан, то в столице началось страшное смятение. По улицам разыгрались схватки и буйства, во время которых многие были изувечены и даже убиты, и городу угрожали разные бедствия. Народ заволновался, как разъяренное море, и повсюду — и в церквах, и на площадях — только и было речи, что о вопиющей неправде состоявшегося над Иоанном суда.
Среди толпы поднимались даже шумные голоса, требовавшие, чтобы главный виновник этого горестного события — Феофил александрийский — был побит камнями, и это, несомненно, и случилось бы, если бы он, узнав об угрожающей ему опасности, тайно не выехал из столицы. Тогда, не имея возможности излить свою ярость на Феофила, народ огромной массой двинулся ко дворцу и там с криками и рыданиями просил, чтобы ему возвращен был святитель Иоанн.
Слыша эти угрожающие крики, Евдоксия испугалась; но продолжала настаивать на своем, надеясь, что пустые народные вопли пронесутся и смолкнут, как ветер. Тем не менее сердце ее дрогнуло, и она в тайне души уже начала раскаиваться во всем совершившемся. Когда она таким образом колебалась, вдруг произошло страшное землетрясение, и ужасающе грозный удар потряс покои самой императрицы.
Ее объял страх, и, уверенная, что это гнев Божий, карающий ее за причиненное великому святителю оскорбление, она бросилась в ноги императору и стала умолять его отменить свой приказ и возвратить Иоанна. Получив согласие императора, она немедленно собственноручно написала Иоанну письмо, в котором, призывая его возвратиться в столицу, всячески старалась оправдаться пред ним, уверяя его, что лично не имеет против него ничего и введена была в заблуждение коварством негодных людей. С этим письмом и приказом императора гонцы поскакали во все стороны, но сначала не знали, где искать святителя. Наконец царедворцу Врисону удалось напасть на следы его пребывания в Пренете, и он, найдя его там, умолял святителя поскорее возвратиться в город и успокоить до крайности перепуганную царицу. И великий святитель, забыв о всех нанесенных ему оскорблениях и со всепрощением праведника, возвратился в город, где уже несметные массы народа и на берегу пролива, и на многочисленных лодках и судах, покрывших весь Босфор, приготовились встретить своего возлюбленного архипастыря.
Иоанн сначала не хотел было вступать в самый город, желая, чтобы предварительно созван был собор епископов, который отменил бы состоявшееся над ним осуждение придубского собора. Но народ не хотел и слышать об этих формальностях и, почти силою взяв Иоанна, в торжественной процессии со всевозможными выражениями радости и восторга, повел его прямо в кафедральный собор и поставил на том амвоне, с которого привык услаждаться его златословесными беседами и поучениями, и хотя св. Иоанн был до крайности утомлен и подавлен волновавшими его чувствами, однако произнес краткую, но сильную речь, в которой от глубины сердца возблагодарил Бога, благодеющего всем, и народ за его преданность своему пастырю. Народ ликовал, и многие плакали от радости, а темная свора его врагов, видя этот неудержимый порыв народной радости, поспешила рассеяться и укрыться.
Святой Иоанн, по милости Божией возвращенный народною любовью на свой престол и оправданный от состоявшегося над ним осуждения новым собором из 65 епископов, начал по-прежнему право править делами церкви Христовой, и из уст его вновь полились сладостные для слуха и сердца беседы и поучения. Водворился опять мир, но, к несчастью, ненадолго.
Это было лишь временное затишье перед новой бурей — еще более яростной. Хотя враги Иоанна присмирели, но в сердце своем они затаили еще более смертельную вражду и злобу против него и ждали первого удобного случая, чтобы вновь обрушиться на ненавистного им святителя, который не только своими обличительными беседами, но еще более своею праведною жизнью служил нестерпимым укором для всякой неправды, злобы и порочности. И первой зачинщицей бури опять выступила императрица Евдоксия, которая, оправившись от волнения и страха, вновь начала враждебно относиться к архиепископу.
При необузданности нрава царицы, не терпевшей ни малейшего препятствия в стремлении к ненасытному тщеславию, столкновение между нею и святителем не заставило себя долго ждать, и оно произошло через два месяца по возвращении Златоуста на свой престол по следующему случаю. Чувствуя, что именно она глава государства, а не малодушный и ничтожный Аркадий, Евдоксия заявила притязание на небывалую для императриц почесть — сооружение особой колонны, увенчанной ее серебряным изображением, на самой важной площади столицы — около церкви св. Софии. Это необузданное честолюбие Евдоксии возбудило даже негодование на Западе, и Гонорий счел своим долгом предостеречь своего брата Аркадия от подобного нарушения древних обычаев. Но Евдоксия ничего не хотела знать, и колонна с ее серебряной статуей на вершине была поставлена при всевозможных торжествах и ликованиях.
Вследствие близости колонны к церкви шум этих непристойных торжеств с языческими церемониями и плясками делал невозможным самое богослужение, и, так как они продолжались несколько дней, святителю не могло не показаться все это явным и даже намеренным оскорблением святыни. Сначала он хотел через префекта устранить это кощунство; но когда префект не оказал ему в этом отношении никакого содействия, то он произнес резкую обличительную беседу, которую, по свидетельству историков, начал знаменитыми словами: «Опять беснуется Иродиада, опять мятется, опять рукоплещет и пляшет, опять главы Иоанновой ищет».
Доносчики и враги Иоанна не преминули со злорадством довести об этом до сведения царицы, истолковав эти слова в том смысле, что в них она сравнивается с Иродиадой, и Евдоксия пришла в полное неистовство, с плачем жаловалась царю на нанесенное ей оскорбление и требовала, чтобы вновь был созван собор для низвержения невыносимого для нее иерарха. К Феофилу полетели от нее письма, в которых она умоляла его вновь приехать в Константинополь и докончить низвержение Иоанна. Тот, конечно, рад бы был исполнить просьбу царицы, так совпадавшую с его собственным желанием; но полученный им раньше урок, когда он едва не побит был камнями от народа, заставил его быть поосторожнее, и он, не желая вновь подвергать себя опасности, отправил вместо себя трех епископов — заместителей, снабдив их необходимыми наставлениями, и между прочим канонами, на основании которых можно было осудить Иоанна.
Эти каноны были арианского происхождения, составленные некогда арианами на Афанасия Великого, и, следовательно, не имели силы для православной церкви; но так как в них заключалось одно постановление, весьма пригодное в данном случае, а именно о том, что епископ, раз низвергнутый собором, не может вновь занимать престола без отмены прежнего постановления другим большим собором, то Феофил ничтоже сумняшеся и настаивал на применении этого правила к Иоанну, который-де вновь занял свой престол просто по распоряжению царя и воли народа, без правильного соборного определения.
Собор действительно опять составился почти из тех же епископов, которые заседали и «При дубе», и, конечно, произнес новое осуждение на Иоанна, обвиняя его именно в нарушении указанного канона. Осуждение это было вдвойне незаконно, потому что в данном случае канон, составленный еретиками с явно злонамеренной целью — погубить великого поборника православия, был неприменим и потому, что в действительности Иоанн по возвращении из ссылки был оправдан от осуждения его придубским собором со стороны большого собора, состоявшего из 66 епископов. Но злоба врагов не признавала никаких доводов, и Иоанн был объявлен низвергнутым, и это постановление утверждено императором.
Таким образом, над главою многострадального Иоанна опять разразился гром: он вновь был в опале и изгнан из своего сана. Наученный горьким опытом прежнего случая, император, однако, опасался теперь прибегнуть к насилию над низвергнутым святителем и хотел заставить его удалиться добровольно, стараясь при всяком случае доказывать ему, что он больше не архиепископ и незаконно занимает престол. Так, в праздник Рождества Христова 403 года император не хотел принять от него св. причастия. В таком неопределенном положении дело оставалось до самой Пасхи.