Один из его смертельных врагов, епископ Кесарии Каппадокийской, некий Фаретрий, позоривший славную кафедру Василия Великого тем, что его главным занятием была псовая охота на зайцев, едва не погубил жизнь Иоанна. С притворным гостеприимством отведя для него особый дом, Фаретрий подговорил монахов произвести на этот дом нападение, и святитель, спасаясь от ярости этих негодных людей, должен был ночью бежать из города, пробираясь по ухабистым горным тропам. Мул под ним при этом споткнулся, и страдалец, упав с него, получил такой сильный ушиб, что долго пролежал в опасном для жизни обмороке.
Положение страдальца было бы ужасным, если бы он не носил в своей собственной душе источника той неизреченной радости, которой никто не может отнять в этом мире и которая нередко прорывалась наружу, когда святитель, в безграничном уповании на всевидящий и благоустраивающий Промысл Божий, неоднократно говорил: «Слава Богу за все». Немалым утешением для него было и то, что в некоторых местах его встречали с глубочайшим сочувствием как епископы, так и народ, и проливали о нем горючие слезы. Особенно трогательным было зрелище в Таврокиликии, где навстречу ему вышло множество девственниц, которые или слышали когда-то его златословесные беседы, или, по крайней мере, читали его великие творения о девстве, сделавшиеся вечным источником назидания и ободрения для всех подвижниц этого рода. Увидев великого святителя, ведомого в заточение, они огласили воздух громким плачем и, проливая горькие слезы, вопили: «Лучше бы было, дабы солнце угасло, нежели уста Иоанновы умолкли». Это зрелище до глубины души тронуло страдальца, и он плакал и сам, находя себе в то же время великое утешение в столь искреннем и глубоком сочувствии даже со стороны тех, которых он никогда раньше не видел и не имел о них никакого попечения.
Местом ссылки для св. Иоанна назначена была отдаленная и бедная деревня Кукуз в Малой Армении, терявшаяся в одной из глухих долин дикого Тавра, где гнездилось разбойничье племя исаврийцев, которые то и дело совершали набеги на окружающие селения, производя грабежи и убийства. В этой живой могиле и должен был проживать бывший патриарх столичного города.
Враги его могли бы наконец успокоиться, если бы гнев Божий и возмущенная совесть не явились грозной карой для них за совершенную ими несправедливость. Слух о совершившемся насилии в Константинополе возмутил всех даже на далеком Западе. Папа Иннокентий I, узнав о подробностях дела, сообщил обо всем императору Гонорию и просил его ходатайствовать пред своим братом, которому с своей стороны написал сильное и трогательное письмо. «Кровь брата моего Иоанна, — писал он, — вопиет к Богу на тебя, царь, как в древности кровь Авеля праведного вопияла на братоубийцу Каина, и она будет отомщена, потому что ты во время мира воздвиг гонение на церковь Божию, изгнал ее истинного пастыря, изгнав вместе с тем и Христа, а стадо вручил не пастырям, а наемникам». Гонорий с своей стороны также написал брату, укоряя его в неразумной жестокости, и отправил посольство для расследования дела. Но Аркадий, считая уже дело непоправимым и более всего опасаясь злого нрава Евдоксии, перешел, как это обыкновенно бывает со слабыми натурами, от малодушия к дерзости и отнесся к посольству своего брата с оскорбительным пренебрежением, хотя в душе и терзался сознанием допущенной им неправоты.
Между тем праведный гнев Божий начал приносить должное воздаяние всем совершителям зла. В сентябре 404 года над Константинополем разразилась страшная буря с градом чудовищной величины, который в один миг истребил жатвы и сады. Вместе с тем раздавались глухие подземные удары, и мать-земля стонала и колыхалась под ногами нечестивцев, как бы не вынося совершившегося позора.
6 октября того же года отозвана была к судилищу Бога живого и сама императрица Евдоксия. Жаждая смерти великого праведника, она сама скорее подверглась смерти и умерла в мучительных страданиях от родов. За нею с изумительною быстротою понесли заслуженную кару и другие главные злоумышленники и враги угодника Божия. Так, епископ Кирин Халкидонский — один из главных деятелей печального собора «При дубе» — подвергся страшной болезни от разбереженной ему мозоли, на которую нечаянно наступил епископ Маруфа: у него сгнили ноги, и, несмотря на то что неоднократно совершалась ампутация, он умер от Антонова огня. Один из врагов святителя получил смертельный ушиб при падении с лошади, другой умер от гнойной водянки, третий — от рака на языке, заставившего его сознаться в тяготевшем на его душе мрачном преступлении. Феофил александрийский, временно избегнув суда человеческого, также впоследствии не избег суда Божия. От крайнего напряжения в своих злобных ухищрениях он помешался и умер скоропостижно — от паралича. Если не телесно, то еще более душевно терзался и злополучный император Аркадий, который, освободившись, наконец, от невыносимой тирании своей злонравной супруги, хотел найти себе облегчение от сердечной туги в молитвах пустынников. Но когда он обратился с просьбой помолиться за него к знаменитому синайскому отшельнику Нилу, то отшельник с истинною твердостью и дерзновением древних пророков отписал ему: «По какому праву желаешь ты, чтобы царствующий град избавлен был от опустошающих его землетрясений, когда в нем совершаются такие преступления, нечестие с неслыханною наглостью возводится в закон, и когда из него изгнан столп церкви, светило истины, труба Христова, блаженный епископ Иоанн? Как можешь ты желать, чтобы я согласился молиться об этом злосчастном городе, потрясенном всесокрушающим гневом небес, когда я изнываю от скорби, потрясен духом и когда мое сердце разрывается от злодеяний, совершенных на твоих глазах против всех законов?» [30].
Так праведный гнев Божий карал творителей зла, и они, думая праздновать свою победу, в действительности несли страшные поражение и наказание, терзаясь и душой, и телом.
А в это самое время великий угодник Божий, державшийся того христианского убеждения, что «Господня земля и исполнение ея», нашел себе успокоение и даже радость в самом Кукузе, который своей удаленностью от суеты грешного мира как бы вновь возвратил его к пустынножительству, столь сладостному для его утомленного невзгодами духа. И там у него нашлись почитатели в лице местного епископа Аделфия и именитого жителя деревни Диоскора, который предоставил в распоряжение святителя свой дом и заботился о всех его нуждах. Не забыли его и старые друзья, и многие из них приходили посетить его в заточении даже из Константинополя и Антиохии. Особенно сочувственно отозвались антиохийцы, эти возлюбленнейшие его духовные дети, которых он более всего любил и для блага которых более всего потрудился. Когда слух о заточении св. Иоанна дошел до Антиохии, то из нее потянулись в Кукуз целые караваны поклонников и почитателей, так что ничтожная армянская деревня сделалась для них как бы местом благочестивого паломничества. Недаром озлобленные враги святителя с ярой завистью говорили: «Вся Антиохия в Кукузе!».
И сам святитель не забывал своих прежних друзей и духовных чад. Он вел с ними оживленную переписку, и особенно с благочестивой диакониссой Олимпиадой, сохранившиеся до нас письма к которой дышат глубоко христианской любовью святителя и отца церкви, не перестававшего и в своем заточении заботиться о духовном благе своих чад. Переписывался он и со многими епископами как восточными, так и западными, и в этих письмах оставался все тем же великим святителем, который, как бы забыв о своем собственном печальном положении, продолжал заботиться о благе и преуспевании церкви Христовой. Мало того, он не оставлял и своей заветной' мечты — возможно шире распространять царство Божие среди сидящих во тьме и сени смертной. Сам находясь в заточении, он, подобно апостолу Павлу во время его нахождения в узах, продолжал заботиться о спасении других и вновь обращал свои взоры к Финикии, где так много уже сделал для разогнания языческой тьмы. Он заботился о снаряжении туда новой миссии, старался утверждать уже ранее основанные там церкви.
Неподалеку от него находилась Персия, которая первоначально представляла весьма благоприятную почву для распространения Евангелия, но в это время христиане стали там подвергаться ожесточенным гонениям, как враги государства. Многие христиане кровно запечатлели свою преданность вере, и положение всех было угнетенное. И вот великий святитель пришел на помощь и к этим угнетенным христианам и своею апостольскою ревностью поддержал христианство и в этой стране. Но более всего его занимала мысль о просвещении светом евангельской истины полуварварских готов, этой молодой силы, которая в своем непросвещенном состоянии представляла угрозу для христианского цивилизованного мира, а с принятием православной веры могла бы обновить дряхлевший греко-римский мир.