Структура Собора во многом определяла и процедуру принятия решений на Соборе, а это был вопрос далеко не простой. Одним из аргументов противников созыва Поместного Собора по тому принципу, который предлагался на Предсоборном Совете, а именно: Поместный Собор состоит из представителей церковной иерархии и мирян с правом решающего голоса — был аргумент, согласно которому Поместный Собор не должен уподобляться Парламенту светскому, в котором решение принимается автоматически большинством голосов. А тогда был период в истории нашей страны, когда вот в этой самой процедуре всеобщих выборов и голосования с учетом всех голосов видели, действительно, панацею от всех бед. И, конечно же, коль скоро в Православной Церкви существует иерархия, принцип соборности и принцип иерархизма не должны подавлять один другого. Поэтому для Поместного Собора была выработана такая структура, которая привлекала на Собор представителей всех слоев церковного народа — от епископов до мирян, предоставляла им возможность высказаться о своих чаяниях, давала им возможность влиять на принятие решений. Особые права оставляла эта структура и за епископами, потому что иерархия, установленная Христом, безусловно, в Церкви является началом, которое несет особую ответственность за принятие тех или иных церковных решений. Соборы нередко вообще только из епископов и состояли. Исходя из этого, формировалась структура Собора. Предполагалось, что Собор, его повседневную работу, будут возглавлять два председателя: почетный председатель и просто председатель. Председатель будет руководить деятельностью Соборного Совета, который должен состоять из шести товарищей председателя, секретаря и двух его помощников. В Соборном Совете должны быть представлены и духовенство, и миряне.
Все решения Собора будут предварительно обсуждаться, разрабатываться в 22–х отделах (и трех совещаниях), каждый из которых будет заниматься определенным кругом вопросов: Уставный отдел, отдел Высшего церковного управления, Епархиального управления, церковного суда, благоустройства прихода, правового положения Церкви в государстве, богослужения, проповедничества и церковного искусства, церковной дисциплины, внешней и внутренней миссии, единоверчества и старообрядчества, монастырей и монашества, Духовных Академий, Духовных учебных заведений, церковно–приходской школы, преподавания Закона Божия, церковного имущества и хозяйства, правового и имущественного положения духовенства, устройства Православной Церкви в Закавказье (в связи с объявленной грузинами авто кефалии), издательского совета, личного состава. И три совещания: по вопросам религиозно–просветительским, хозяйственно–распорядительным и юридическим. Задача этих отделов и совещаний заключалась в том, чтобы на пленарные заседания Совета поступали какие–то обработанные, подготовленные, обоснованные проекты решений, а уже на пленарном заседании должно происходить принятие этих окончательных постановлений по тем или иным проектам решений. После того, как тот или иной проект постановлений, представленный отделом, обсуждается на пленарном заседании, происходит голосование после внесения каких–то поправок, и в случае, если это решение принимается большинством голосов, вопрос снимается с обсуждения его на пленарном заседании, но не считается соборно принятым. Принятое большинством голосов решение пленарного заседания переходит на совещание епископов, которое вновь его обсуждает.
После того, как голосами всех членов Собора принимается то или иное решение, оно обсуждается отдельно епископами. И только в случае принятия его уже епископами оно приобретает силу соборного постановления. Соборное и иерархическое начало сбалансированы очень хорошо. Сами по себе епископы не могут принимать решение, но и члены Собора тоже. Епископы участвуют, естественно, в пленарных заседаниях, но потом уже отдельно обсуждают это решение сами. И одновременно Собор не мог игнорировать особое мнение епископов. Более того, если после двукратного обсуждения епископским совещанием то или иное соборно принятое на пленарном заседании решение отвергалось тремя четвертями епископов, оно вообще снималось с повестки дня. Следовало дать большую инициативу мирянам и рядовому духовенству и, вместе с тем, не допускать этой инициативе отодвинуть на второй план епископскую иерархию, ее права. Когда Собор начал свою работу, его почетным председателем стал митрополит Киевский Владимир (Богоявленский), а председателем — митрополит Московский Тихон (Беллавин). В Соборный Совет в качестве товарищей председателя вошли два архиерея: архиепископ Новгородский Арсений (Стадницкий), архиепископ Харьковский Антоний (Храповицкий); протопресвитеры Любимов и Шавельский от белого духовенства и миряне: кн. Евгений Николаевич Трубецкой, известный философ и общественный деятель, и председатель Государственной Думы Михаил Владимирович Родзянко. Секретарем Соборного Совета стал Шеин, тогда мирянин, бывший член Государственной Думы, а впоследствии архимандрит Сергий, священномученик, погибший вместе с митрополитом Вениамином.
Открытие Собора состоялось 15 августа 1917 года.
В Успенском Соборе митрополитом Владимиром была отслужена Божественная литургия. В храме Христа Спасителя, где должны были проходить пленарные заседания, Божественную литургию служил митрополит Тихон. К концу литургии на Красную площадь прибыли крестные ходы из 255 московских храмов. 16 августа в храме Христа–Спасителя после литургии, отслуженной митрополитом Тихоном, началось первое заседание Собора. Наряду с решением очень многих чисто церковных вопросов Собору предстояло обдумать свою позицию и относительно тех общественно–политических событий, которые произошли в России.
Прежде всего, Собор осознавал то, что он сейчас является, может быть, самым авторитетным органом власти, пусть власти церковной, но власти в безвластной России. Активность православных христиан в процессе выборов членов Собора давала некоторые надежды на то, что мнение Собора будет учтено многими православными людьми, которые составляли, в частности, русскую армию, которые обеспечивали работу русской промышленности, сельского хозяйства. Несмотря на то, что после избрания выборных соборных органов началась активная работа в комиссиях по церковным вопросам, очень скоро Собору пришлось выпустить ряд документов, касающихся общественно–политической ситуации в стране.
24 августа 1917 года появилось обращение Собора ко всему русскому православному народу и обращение к армии и флоту. Речь шла о том, чтобы пробудить в народе чувство ответственности за судьбу страны, напомнить ему о долге перед государством и перед Богом.
1 сентября было принято постановление Собора по поводу угрожавшей стране братоубийственной войны. Поводом для этого постановления послужили события конца августа, когда со стороны главнокомандующего вооруженными силами России генерала Корнилова была предпринята попытка сместить правительство Керенского. Впрочем, Керенский и сам чувствовал, что власть уходит у него из рук. Страна была в совершенно нелепом положении. Смертная казнь была отменена не только в тылу, но и на фронте, а это позволяло огромному количеству распропагандированных большевиками солдат бежать с фронта, сметая все на своем пути, и их никак нельзя было остановить.
Лавр Георгиевич Корнилов, который является одной из героических личностей нашей истории XX века, прекрасно отдавал себе отчет в том, что надвигается на страну, если фронт рухнет, какая внутренняя смута может начаться, и требовал от правительства жестких мер. Он добился восстановления смертной казни на фронте и, кроме того, требовал от правительства действенных мер борьбы против большевиков и Петроградского совета, который был главным источником нестабильности в стране, координирующим центром для разрушительных акций политических экстремистов. Но Керенский вел двойственную политику и обещал генералу Корнилову поддержку, если он введет войска в Петроград и покончит с большевиками (большевики тогда уже были формально запрещены, но реально Временное правительство не имело никакой возможности их деятельность ликвидировать, они переместились из дворца Кшесинской в Смольный и из Смольного наносили удары в спину воюющей армии). Поверив готовности Керенского поддержать радикальные меры борьбы с большевиками, Корнилов двинул некоторые войска на Петроград. И в этот момент Керенский, почувствовав, что большевики смогли себя в Петрограде мобилизовать, объявляет Корнилова мятежником и арестовывает его вместе с группой поддержавших его генералов (Деникин, Романовский, Марков и другие). Тем самым, одни из лучших наших боевых генералов были выведены из руководства армии. Последняя реальная попытка спасти страну от катастрофы, к сожалению, не была реализована. Тогда впервые ощутили, что гражданская война может принять уже не внутрипетроградский, а общероссийский характер. Появляется постановление Собора.