Так святитель Николай пас вверенное ему стадо, но вскоре для него и всего населения Мир наступили дни испытаний. Христова Церковь подверглась гонениям со стороны императоров Диоклетиана и Максимиана. Эти нечестивые правители принуждали христиан отрекаться от Господа и поклоняться идолам. Непокорных же бросали в темницу, подвергали жестоким мукам и предавали смертной казни. Храмы разрушали, богослужебные и божественные книги сжигали, стараясь стереть с лица земли память об учении Христа. Дошли гонения и до города Миры.
Преподобный Николай в трудные дни поддерживал в вере свою паству, свободно и дерзновенно проповедуя Христово благовестие, за что был схвачен и заключен в темницу. В заключении он пробыл довольно долгое время, перенося тяжкие страдания, но ни на миг не переставая укреплять веру в соузниках и утверждать их в крепком исповедании Христа и усердном страдании за истину.
Тем временем преемник Диоклетиана Галерий положил конец гонениям на христиан. Город Миры вновь принял своего пастыря великого архиерея Николая, удостоившегося венца мученика. Святитель, как и прежде, принялся за исцеление душ и тел людских, не разделяя их на верных и неверных. Однако особенно прославился он особой ревностью по утверждению православия и искоренению язычества и ереси. В то время много оставалось еще эллинских капищ, которые привлекали людей дьявольским внушением. Святой Николай прошел по всем этим местам, разоряя и обращая в прах идолов и очищая свое стадо от скверны.
Так, однажды святой Николай пришел в храм Артемиды, отличавшийся большими размерами и богатством украшений. Христов угодник сравнял его с землей, а само основание дьявольского скопища разметал в разные стороны, ополчившись скорее на бесов, нежели на сам храм. Лукавые духи при этом испускали скорбные вопли, но, побежденные молитвенным оружием непобедимого воина Божиего, в ужасе бежали из своего жилища.
В IV веке особый урон Церкви нанесло еретическое лжеучение Ария, который отвергал Божество Христа и не признавал Его Единосущным Отцу. В 325 году равноапостольный император Константин, желая водворить в стаде Христовом мир и утвердить Христову веру, созвал в Никее Первый Вселенский Собор, где под предводительством этого благоверного правителя собрались 318 архиереев. Святые отцы предали проклятию арианскую ересь и самого Ария и восстановили мир в святой Божественной апостольской Церкви.
Особенно проявили себя на этом соборе святители Афанасий Александрийский и Николай. Другие отцы защищали православие с помощью своего просвещения. Святитель Николай же встал на защиту веры, приводя в качестве главного доказательства веру христиан, начиная с апостолов, в Божество Иисуса Христа.
Сохранилось предание, что во время одного из соборных заседаний не в силах терпеть богохульства Ария святой Николай дал еретику пощечину. Святые отцы сочли такой поступок излишним проявлением ревности, лишили Божиего угодника архиерейского сана, сняв с него омофор, и заключили в тюремную башню. Однако вскоре они признали правоту святителя, тем более что многим участникам собора было видение: пред их очами Господь Иисус Христос подавал святителю Николаю Евангелие, а Пресвятая Богородица возлагала на него омофор. Преподобного освободили из заключения, возвратили ему прежний сан и прославили как великого угодника Божиего.
Предание Никейской церкви не только сохраняет память о Николае Чудотворце, но и выделяет его из 318 святых отцов, которых считает своими покровителями. Даже турки-мусульмане до сих пор питают глубокое уважение к святителю и бережно сохраняют темницу, где был заключен этот великий муж.
По возвращении к мирликийской пастве святитель Николай принес ей мир и благословение. Своими речами он преподал народу здравое учение, пресек в корне неправые мысли и, обличив закоренелых в злобе еретиков, прогнал их от Христова стада. Как мудрый земледелец очищает все, находящееся на гумне и в точиле, отбирает лучшие зерна и оттрясает плевелы, так святитель Николай наполнял духовную житницу добрыми плодами, плевелы же еретической прелести развевал и далеко отметал от пшеницы Господней. Поэтому святая Церковь называет его лопатою, Ариевы плевельные учения развевающую.
Заботясь о духовных нуждах прихожан, святитель Николай не пренебрегал удовлетворением ее телесных потребностей. Когда в Ликии случился великий голод, добрый пастырь, чтобы спасти голодающих, явился во сне одному купцу, который нагрузил в Италии свой корабль хлебом и намеревался плыть в какую-то из западных стран, и сказал, что покупает весь его хлеб и велит доставить его в Ликию. В качестве задатка за товар святой Николай дал купцу три золотые монеты.
Проснувшись и обнаружив в руке золото, купец пришел в крайнее удивление. Он понял, что его ночной сон есть повеление свыше, и направил корабль в Ликию. Голодающие были спасены. Жителям Мир купец рассказал о видении, и по описанию граждане узнали своего архиепископа.
Еще при жизни святитель Николай прославился как умиротворитель враждующих, защитник невинно осужденных и избавитель от напрасной смерти.
В царствование Константина Великого во Фригии вспыхнул мятеж. Для его усмирения царь послал туда трех воевод с войсками – Непотиана, Урса и Ерпилиона. Однако на море началась буря, и корабли были вынуждены пристать к Адриатскому берегу. Ожидать хорошей погоды пришлось долго, запасы истощились, и воины начали грабить население, которое отчаянно сопротивлялось. Дело дошло до того, что у города Плакомат возникла жестокая схватка.
Узнав об этом, святитель Николай лично отправился в Плакомат, чтобы прекратить междоусобицу. Навстречу ему вышли все жители города вместе с воеводами и поклонились. Святитель обратился к воеводам и стал увещевать их, чтобы они вразумили воинов и запретили им притеснять горожан, после чего пригласил их в город и щедро угостил. Воеводы наказали виновных, восстановили мир, за что удостоились благословения от Николая Чудотворца. Он вместе с воеводами отправился во Фригию, где так же, словом и увещеванием, усмирил мятеж.
Во Фригии прибыли к нему несколько граждан из Мир, которые, сетуя и плача, рассказали, что во время его отсутствия градоправитель Евстафий, подкупленный злыми людьми, осудил на смертную казнь трех невинных мужей, оклеветанных врагами. Услышав это, святой Николай поспешил в Миры. Вместе с ним отправились в дорогу и трое воевод, которым полюбился добрый архиерей, оказавший им великую услугу.
Проезжая мимо места под названием Лев, святитель встретил путников и спросил их, не слышали ли они об осужденных на смерть мужах. Путники отвечали: «Мы оставили их на поле Кастора и Поллукса, влекомых на казнь». Тогда святитель Николай поспешил, чтобы остановить казнь невинных.
В Миры святой Николай и воеводы прибыли в самый момент казни. Осужденные мужи со связанными руками и закрытыми лицами, преклонившись к земле и вытянув обнаженные шеи, ожидали удара меча. Палач уже заносил его, чтобы обезглавить несчастных. И тут святой Николай, соединив ярость с кротостью, прошел через толпу, вырвал меч из рук палача, бросил его на землю и снял с осужденных узы. Никто из присутствующих не посмел остановить архиерея, потому что слово его было властно и в действиях сих являлась Божественная сила.
Избавленные от смертной казни мужи проливали горячие слезы и радостно восклицали, а народ воздавал благодарение своему святителю. Прибыл к месту несостоявшейся казни и правитель Евстафий. Он хотел подойти к святителю, но тот с презрением отвернулся, а когда градоначальник упал ему в ноги, оттолкнул его. Терзаемый муками совести и страшась грядущего наказания, правитель со слезами на глазах просил милости, слагая всю вину за содеянное на городских старейшин Симонида и Евдоксия. Но его ложь быстро открылась, ибо святитель знал, что Евстафий осудил на смерть невинных, будучи подкуплен золотом. И только тогда, когда правитель с великим смирением осознал свой грех, святой Николай даровал ему прощение.
Трое царских воевод дивились увиденному, не подозревая, что вскоре и им самим понадобится чудесное заступничество архиерея. Возвратившись ко двору императора Константина, военачальники заслужили почет и благосклонность царя, но завистливые придворные оклеветали их. Последние пришли к правителю города Евлавию и сказали ему следующее: «Недобро советуют воеводы, ибо, как мы слышали, они вводят новшества и замышляют зло против царя». Чтобы окончательно склонить Евлавия на свою сторону, завистники дали ему много золота. Правитель сумел убедить царя в предательстве воевод, и тот приказал заключить их в темницу.
По прошествии некоторого времени клеветники стали опасаться, что их коварный план будет раскрыт. Поэтому они поспешили убедить Евлавия отправиться к царю и уговорить его казнить узников как можно быстрее. Запутавшийся в сетях златолюбия, правитель явился к царю, предстал перед ним с унылым лицом и скорбным взором и повел льстивую и хитрую речь: «О царь, ни один из заключенных в темницу не желает раскаяться. Все они упорствуют в злом умысле, не переставая строить против тебя козни. Посему повели немедленно предать их мукам, чтобы они не предупредили нас и не довершили свое злое дело, которое замыслили против тебя». Встревоженный такими речами, царь тотчас же приговорил воевод к смертной казни.