После присоединения Крымского ханства численность мусульманских подданых Российской империи в царствование Екатерины II значительность увеличилось. Императрица взяла под защиту их храмы и веру, стараясь интегрировать мусульман в сословную структуру Российской империи путем предоставления татарским мурзам и башкирским старшинам права российского дворянства, а также права владения населенными имениями. Мусульманским купцам, ведующим торговлю с Персией, Туркестаном, Китаем и Индией были предоставлены значительные льготы. Особенно много сделала Екатерина II для утверждения прав мусульманского духовенства.
К 1864 году были ликвидированы последние очаги сопротивления кавказских горцев Северного Кавказа, которые с 20-х годов XIX века вели длительную, упорную исламо-религиозную войну. Горские феодальные правители, чтобы расширить свое влияние над вольными горскими общинами, для закрепления своих прав обращались за поддержкой к правительству России, переходя в Российское подданство. Российская империя, чьи интересы требовали закрепления на Кавказе, стремились таким образом утвердить здесь свое прямое господство. Возглавлявший борьбу горцев за независимость в течении двадцати пяти лет имам Шамиль, создал в восточной части Северного Кавказа исламское государство – Имамат, которое находилось на большей части Дагестана и Чечни. Имам – «повелитель правоверных» являлся светским и духовным главой государства. Его власть основывалась на высшем духовном авторитете, подтвержденном горскими общинами и мюридскими наставниками. Шамиль родился в горном ауле в конце XVIII века в аварской семье, был учеником (мюридом) известных, видных наставников. В исламских науках он проявил большие способности, однако ученым (алимом) не стал, а выбрал путь религиозного вождя. На съезде горцев Шамиль был избран имамом.
Имам считался доверенным лицом Пророка, поэтому мог сам не принадлежать к числу шейхов, власть его была ограничена лишь шариатом, но верхновным толкователем шариата был сам имам. Шамиль сурово расправлялся с представителями горской знати, не желавшей признавать его власть. Имамат Шамиля был хорошо приспособлен к длительной священной войне – газавату. Постоянной столицы у Имамата не было. Имам Шамиль, в зависимости от хода боев, находился либо в родном ауле Гимры, либо в аулах Ведено (Веденский район Чеченской республики), либо в аулах Дагестана. На местах власть в государстве осуществляли доверенные лица имама – наибы, в подчинении у которых находились их помощники – дибиры. За деятельностью наибов надзирали наместники – мудиры и контролеры – мухтасибы.
Присягнувшие на верность имаму, мюриды-суфии в государстве Шамиля составляли привилегированную группу в Имамате. Среди них были мюриды тариката и наибские мюриды. Мюриды тариката – «достойнейшие отшельники» – дервиши занимались только изучением высших истин ислама и религиозным служением. Наибские мюриды составляли постоянное войско государства, на содержание которого выделалась пятая часть военной добычи (хумс). При Шамиле постоянно находились более ста мюридов, которые жили в его ставке. Основной военной силой Имамата были всадники, которых содержала община. От каждых десяти дворов выделялся один всадник. Во время войны все мужчины от 15 до 50 лет призывались в ополчение. Важнейшее место в Имамате занимало мусульманское духовенство. Для руководства религиозной жизнью в каждом владении наиба назначался муфтий, которому подчинялся шариатский судья – казий. Однако по первому зову муфтий или казий обязан был участвовать в походах против неверных. На содержание духовества с каждого горского двора помимо натуральных платежей взимали налог денежный. О даровании победы войску Шамиля после хутбы читали особую молитву.
В жизнь горцев Шамиль энергично внедрил нормы шариата. До него шаириатом решались религиозные дела, а также дела, касающиеся семейных отношений и права наследования. Более важные вопросы, которые касались уголовных преступлений, нарушения прав собственности, установлений, решались по адатам, установленным на основе местных обычаев. Адатами узаконивался и широко распространенный обычай кровной мести. Судья-казий, который находился в каждом наибстве, был фактически неподконтролен наибу, так как наибы не имели права выносить судебные решения. Казий становился верхновым судьей и осуществлял надзор за соблюдением исламских норм, а также за религиозной жизнью горцев. Принятые на основе шариатских норм, введенные законы Шамиля, строго карали за преступления против морали и нарушения в семейной жизни. Употребление вина, курение, танцы, роскошь, игра на музыкальных инструменах, и прочие праздные занития были запрещены. Музыка звучала только на свадьбах.
Шариат положительно сказался на жизни горцев в Имамате, так как шариатские нормы, стали едиными для всего мусульманского населения и перестали зависеть ни от местных адатов, ни от установлений местных правителей. «Время шариата» – так в памяти горцев остались годы правления имама Шамиля. При нем мирно жили многие народы и национальные группы, сократилась сфера действий кровной мести, впервые законодательно оформились права женщин. Кроме того, Шамиль стремился защитить религиозные права живших в Имамате немусульман. Он требовал, чтобы каждый житель Имамата будь то мусульнин, еврей или христианин, строго следовал нормам своей религии, но за отступления от религиозных предписаний наказывал только мусульман.
Кроме имама Шамиля в мюридистком движении на Кавказе принимали участие и другие религиозные вожди. В 40-е годы XIX века мюридизм распространился на Западном Кавказе среди адыгов (черкесов), которые с 20-х также воевали с Россией. Отряды поборников ислама – хаджиретов возглавил мюрид Хаджи-Мухаммад. Однако попытки Шамиля соединиться с адыгами и утвердить власть Имамата на Западном Кавказе оказались безуспешными.
Шамиль стремился придать своему движению общеисламский характер, так как хорошо понимал, что военно-экономический и людской потенциал Северного Кавказа не сможет долго противостоять России. За поддержкой он обратился к правителю Мекки, султану Хиджаза, а шейх Джемаледдин обратился к муфтию Константинополя. Во время Крымской войны Шамиль вступил в союз с турецким султаном, но его совместные действия с турецкой армией оказались малоэффективными.
Для борьбы с Шамилем и мюридизмом российское правительство обратилось к духовным руководителям российских мусульман. Вскоре на Кавказ прибыл видный казанский мулла Таджеддин-эфенди, который был назначен на должность муфтия кавказских мусульман-суннитов. Однако муфтий не сумел склонить горцев к отходу от Шамиля и возвратился в Казань. Неудачными оказались миссии и других видных представителей мусульманского духовенства. В это же время российские власти начали поиск союзников среди представителей горского духовенства, которых не устраивала власть Шамиля и которые не признавали его духовного авторитета. Ряд авторитетных представителей мусульманского духовенства поддержал Россию и встал против Имамата Шамиля и мюридизма. В русской печати вышел трактат «Описание поступков Шамиля, противных шариату», а видный казий Мухаммад Плава Джарский выступил с требованием прекращения войны. Ответ Шамиля был очень суровым. Некоторых представителей духовенства он казнил и многих посадил в земляные ямы.
Долгая война истощила силы горцев. Ее бесперспективность стали понимать даже некоторые соратники Шамиля, начавшие его покидать. В конце войны против 20 тысяч воинов Имамата действовала 350-тысячная российская армия. Тем не менее лишь в августе 1859 года Шамиль прекратил сопротивление и сдался главнокомандующему российскими войсками на Кавказе. Российское правительство с уважением отнеслось к имаму Шамилю, его стойкости и мужеству. После капитуляции он был доставлен в Санкт-Петербург, где его принял император Александр II. После этого Шамиль со своими женами и слугами в качестве почетного пленника жил в Калуге и Киеве. Умер он во время совершения хаджа в г. Медине в начале февраля 1871 года. Народы Северного Кавказа сохранили глубокое почтение к личности Шамиля и его деятельности. След, оставленный им в кавказской истории, был столь значительным, что идея воссоздания Имамата – независимого от России исламского государства, объединяющего все мусульманские народы Северного Кавказа неоднократно возникала в кризисные периоды российской истории.
После многолетней войны на Кавказе российское правительство отказалось от вмешательства во внутреннюю жизнь горских общин. Были сохранены права мусульманского духовенства, шариатское судопроизводство. В Манифесте об окончании войны говорилось, что русское правительство предоставляет горским народам совершенно свободно навсегда исполнять веру своих отцов – ислам.