Матушка Агафья Семёновна начала просить о. Серафима не оставлять её обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семёновна скончалась 13-го июня, в день св. мученицы Акилины. О. Пахомий с братией на обратном пути как раз поспел к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13-го июня шёл такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим, по своему целомудрию, не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушёл пешком в Саров.
Однажды в Великий Четверток, строитель о. Пахомий, не служивший никогда без о. Серафима, начал Божественную Литургию в 2 часа пополудни вечернею, и после малого выхода и паремий возгласил иеродиакон Серафим: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны!», но, едва обратясь к народу, навёл на предстоящих орарём, возглашая: «и во веки веков» — как вдруг так изменился видом, что не мог ни сойти с места, ни проговорить слова. Все это заметили и поняли, что с ним Божие посещение. Два иеродиакона взяли его под руки, ввели в алтарь и оставили в стороне, где простоял он часа три, меняясь беспрерывно видом, и после, уже придя в себя, наедине поведал строителю и казначею своё видение: «Только что провозгласил я, убогий: Господи, спаси благочестивыя и услыши ны! и, наведя орарём на народ, окончил: и во веки веков! — вдруг меня озарил луч, как бы солнечного света; взглянув на это сияние, увидел я Господа и Бога нашего Иисуса Христа, во образе Сына Человеческого, во славе и неизречённым светом сияющего, окружённого небесными силами, Ангелами, Архангелами, Херувимами и Серафимами, как бы роем пчелиным, и от западных церковных врат грядущего на воздухе; приблизясь в таком виде до амвона и воздвигнув пречистые Свои руки, Господь благословил служащих и предстоящих; по сём, вступив во св. местный образ Свой, что по правую сторону царских врат, преобразился, окружаемый Ангельскими ликами, сиявшими неизречённым светом на всю церковь. Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса на воздухе, удостоился особенного от Него благословения; сердце моё возрадовалось чисто, просвещённо, в сладости любви ко Господу!»
В 1793 году о. Серафиму исполнилось 34 года, и начальство, видя, что он по своим подвигам стал выше других братий и заслуживает преимущество пред многими, ходатайствовало о возведении его в сан иеромонаха. Так как в этом же году Саровская обитель, по новому расписанию, перешла из Владимирской епархии в Тамбовскую, то о. Серафима вызвали в Тамбов, и 2-го сентября епископ Феофил рукоположил его во иеромонаха. С получением высшей благодати священства о. Серафим стал подвизаться в духовной жизни с вящею ревностью и удвоенною любовью. В течении долгого времени он продолжал непрерывное служение, ежедневно приобщаясь с горячею любовью, верою и благоговением.
Сделавшись иеромонахом, о. Серафим возымел намерение совсем поселиться в пустыне, так как пустынническая жизнь была его призванием и назначением свыше. К тому же, от непрестанного келейного бдения, от постоянного стояния в церкви на ногах с небольшим отдыхом во время ночи, о. Серафим впал в недуг: у него распухли ноги, и на них открылись раны, так что некоторое время он лишился возможности священнодействовать. Болезнь эта была не малым побуждением к избранию пустыннической жизни, хотя для отдыха следовало ему просить у настоятеля о. Пахомия благословения удалиться в больничные келии, а не в пустыню, т.е. от меньших трудов — к большим и тягчайшим. Великий старец Пахомий благословил его. Это было последнее благословение, полученное о. Серафимом от мудрого, добродетельного и почтенного старца, в виду болезни его и приближения смерти. О. Серафим, хорошо помня, как во время его болезни ходил за ним о. Пахомий, теперь сам служил ему с самоотвержением. Раз о. Серафим заметил, что к болезни о. Пахомия присоединилась ещё какая-то душевная забота и печаль.
— О чём, отче святый, так печалишься ты? — спросил его о. Серафим.
— Я скорблю о сёстрах Дивеевской общины,— ответил старец Пахомий,— кто их будет назирать после меня?
О. Серафим, желая успокоить старца в предсмертные минуты, обещался сам назирать их и поддерживать всё так же после смерти его, как было при нём. Это обещание успокоило и обрадовало отходящего ко Господу о. Пахомия. Он поцеловал о. Серафима и затем вскоре опочил мирным сном праведника. О. Серафим горько оплакал потерю старца Пахомия и, с благословения нового настоятеля о. Исаии, также горячо любимого, удалился в пустынную келию (20-го ноября 1794-го года, в день прихода в Саровскую пустынь).
Несмотря на удаление о. Серафима в пустынку, народ стал беспокоить его там. Приходили и женщины.
Великий подвижник, начиная строгую пустынническую жизнь, считал для себя неудобным посещение женского пола, так как это могло соблазнить и монашествующих, и мирян, склонных к осуждению. Но, с другой стороны, лишить женщин назидания, ради которого они приходили к пустыннику, могло быть делом, неугодным Богу. Он стал просить Господа и Пресвятую Богородицу об исполнении его желания, и чтобы Всевышний, если это не противно Его воле, дал ему знамение на то преклонением ветвей вблизи стоявших дерев. В преданиях, записанных в своё время, есть сказание, что Господь Бог действительно дал ему знамение Своего изволения. Наступил праздник Рождества Христова; о. Серафим пришёл в монастырь к поздней обедне в храм Живоносного Источника и причастился Св. Христовых Таин. После обеда в своей монастырской келии он вернулся на ночь в пустыню. На следующий день, 26-го декабря, празднуемый по положению (Собор Пресвятой Богородицы), о. Серафим вернулся ночью в обитель. Проходя свой холм, где он опускается вниз долу, отчего гора и названа была о. Серафимом Афонскою, он увидел, что с обеих сторон тропинки огромные сучья вековых сосен склонились и завалили дорожку; вечером ничего этого не было. О. Серафим упал на колени и поблагодарил Бога за данное, по молитве его, знамение. Теперь он знал, что Господу Богу угодно, дабы жёны не входили на его гору.
В продолжение всего подвижничества о. Серафим носил постоянно одну и ту же убогую одежду: белый полотняной балахон, кожаные рукавицы, кожаные бахилы — вроде чулок, поверх которых надевали лапти, и поношенную камилавку. На балахоне висел крест, тот самый, которым благословила его родная мать, отпуская из дома; а за плечами висела сумка, в которой он носил при себе св. Евангелие. Ношение креста и Евангелия имело, конечно, глубокий смысл. По подражанию древним святым, о. Серафим носил вериги на обоих плечах, и к ним были привешены кресты: одни спереди в 20 ф., другие сзади в 8 ф. каждый, и ещё железный пояс. И эту тяжесть старец носил во всё время своего пустынножительства. В морозы он накладывал на грудь чулок или тряпку, а в баню никогда не ходил. Видимые его подвиги состояли из молитвословий, чтения книг, телесных трудов, соблюдения правил великого Пахомия и т.д. В холодную пору он топил келию, колол и рубил дрова, но иногда добровольно переносил холод и мороз. Летом он возделывал гряды на своём огороде и удабривал землю, собирал мох с болот. Во время подобной работы он ходил иногда без одежды, перепоясав лишь чресла свои, и насекомые жестоко уязвляли тело его, отчего оно опухало, синело по местам и запекалось кровью. Старец добровольно терпел эти язвы Господа ради, руководствуясь примерами подвижников древнего времени. На грядах, удобрённых мхом, о. Серафим сажал семенами лук и другие овощи, которыми он питался летом. Телесный труд порождал в нём благодушное состояние, и о. Серафим работал с пением молитв, тропарей и канонов.
Провождая жизнь в уединении, трудах, чтении и молитве, о. Серафим соединял с этим пост и строжайшее воздержание. По началу своего поселения в пустыне он питался хлебом, более всего чёрствым и сухим; хлеб, обыкновенно, он брал с собою по воскресеньям на целую неделю. Есть сказание, что из этой недельной порции хлеба часть уделял он пустынным животным и птицам, которые были приласканы старцем, очень любили его и посещали место его молитвословия. Также он употреблял овощи, добываемые трудами рук его в пустынном огороде. С тем и устроен был огород сей, чтобы ему не обременить «ничим же» обители и, по примеру великого подвижника Ап. Павла, питаться, «делающе своими руками» (1 Кор. 4, 12). Впоследствии времени он приучил своё тело к такому воздержанию, что не стал вкушать хлеба насущного, а, по благословению настоятеля Исаии, питался одними овощами своего огорода. Это были картофель, свёкла, лук и трава, называемая снить. В течение же первой недели Великого поста он вовсе не принимал пищи до причащения Святых Таин в субботу. Ещё через несколько времени воздержание и постничество о. Серафима дошли до неимоверной степени. Совсем переставши брать хлеб из обители, он жил без всякого содержания от неё в течение более двух лет с половиною. Братия, удивляясь, недоумевала, чем мог питаться старец во всё это время, не только летом, но и зимою. Он же тщательно укрывал свои подвиги от воззрения людей.
