11 июля этого года о. Ювеналий был рукоположен во иеромонаха. 15 сентября: «После обеда часа в три иеромонах Ювеналий с послушником Семеном отправился в С.-Петербург по вызову нового начальника Миссии о. архимандрита Кирилла». О. Ювеналий возвратился в Оптину уже с твердым назначением в Миссию. Туда же назначен был и постриженный к этому времени в мантию с именем Леонида инок Лев Кавелин. 14 ноября он записал: «Четверг – день выезда нашего из обители и прощания со старцами и братиею… Во время ранней обедни отправились в путь назначенные в Иерусалимскую Миссию иеромонах о. Ювеналий и о. Леонид». 10 декабря: «Посланные в Иерусалимскую Миссию из Одессы сели на пароход».
В Иерусалимской Миссии о. Ювеналий показал себя с самой лучшей стороны. Конечно, он был счастлив тем, что мог посетить в Святой Земле столь дорогие православному сердцу места. Посещая их, он вёл подробные записи, и так составился его духовный иерусалимский дневник, который он потом передал старцу Макарию. Однако о. Ювеналия подвело слабое здоровье, – на него повлиял непривычный климат. Он начал подумывать об отставке. И в то же время Московский митрополит Филарет рекомендовал Синоду назначить его начальником этой Миссии. Болезнь помешала о. Ювеналию принять новое назначение. 14 апреля 1861 года он по его прошению был из Миссии уволен и возвратился в Петербург, где 31 мая награжден был от Синода золотым наперсным крестом.
В октябре этого года епископ Курский и Белоградский Сергий просил Синод о назначении иеромонаха Ювеналия наместником Глинской Рождество-Богородицкой пустыни. Он писал: «Посетив Глинскую пустынь, я нахожу, что для нее потребен настоятель, способный руководствовать в подвигах и искусстве жизни духовной многочисленное братство… К сему почитаю благонадежным возвратившегося из Иерусалимской Миссии иеромонаха Ювеналия, который проходил искус иноческой жизни в Ските Оптиной Пустыни под руководством известного по своим подвижническим трудам и дару назидания старца-иеросхимонаха Макария».
Между тем в это время о. Ювеналий находился в родной Оптиной. Старца Макария уже не было в живых. Он скончался в сентябре I860 года. О. Ювеналий узнал об этом в Иерусалиме и 30 октября оттуда писал: «Глубоко поразило меня письмо ваше от 10–12 октября. Благодарю вас за немедленное извещение моего ничтожества, но и до сих пор не могу прийти в себя от скорби о такой неожиданной, внезапной кончине святого отца нашего. Последнее письмо его ко мне было от 23 августа, а 7 числа сентября и его самого не стало! Не могу себе представить Скита без батюшки! Какая у вас теперь общая, глубокая, безотрадная скорбь!
Кто может заменить незаменимого, полного такою всепокрывающею любовью, таким "горением сердца" о всякой твари! Упокой, Господи, душу его в Царствии славы Твоей! Подлинно, заслужил он славу небесную презрением земной».
Мы как бы не видим того молитвенного делания, которое у о. Ювеналия было весьма высоким; оно совершается в уединении и тишине, но отношение к нему как к монаху подвижнического духовного устроения целого ряда епископов (Смарагда, Сергия и других) и митрополита Филарета говорит о многом. Дальнейшее возвышение его на всё более и более видные свещницы не было случайным. Явно его избрал Господь для наставления многих. Он был истинным ревнителем иноческих добродетелей.
Итак, 22 ноября 1861 года о. Ювеналий был возведен в сан игумена и через неделю, 28 числа, принял должность. 19 декабря он писал архимандриту Моисею: «Братии у нас довольно, 163 человека, и много из них весьма способных, все, по милости Божией, в подвиге духовном, есть очень преуспевшие». Братия полюбили нового настоятеля, но в мае 1862 года архиепископ Сергий просил Св. Синод перевести о. Ювеналия в Курскую Коренную Рождество-Богородицкую пустынь. Преосвященный Сергий писал в Синод, что «игумен Ювеналий приобрел весьма доброе к себе отношение, как человек духовно-просвещенный, в слове назидательный и как ревнитель иноческих добродетелей, своим примером и братию поучающий не менее, как и словом». По указу Синода о. Ювеналий был возведен в сан архимандрита в соборном храме Курского Знаменского монастыря преосвященным Сергием, епископом Курским и Белоградским.
На новом месте возникли большие трудности. Мало было толковых помощников, и он так писал в Оптину о. Исаакию, ставшему настоятелем после скончавшегося в 1862 году архимандрита Моисея: «Знаешь ли ты положение Коренной пустыни и ее жителей, в среду которых я попал? Хорошо тебе там при всём готовом хозяйстве распоряжаться людьми способными и честными, а мне каково было? И при всём том я никого, кроме Досифея, из Оптиной не звал, перемогался с помощью Глинских братии… Глинских я точно звал». Но в первый же год своего настоятельства о. Ювеналий привел обитель в порядок. В отчете о состоянии Курской епархии за 1862 год владыка Сергий писал: «Лучшей обителью в епархии продолжает быть Глинская пустынь, за ней следует Коренная, в которой архимандрит Ювеналий (Половцев) с примечательным успехом проводит в жизнь братии строгие правила иноческие. Он трудится для Бога и других учит тому же».
Через пять лет Св. Синод назначил о. Ювеналия наместником Александро-Невской Лавры. Но опять сказалось напряжение, с каким он совершал свое служение на любом месте: он почувствовал усталость, здоровье его ослабело. Видя, что это состояние не кончается, он стал проситься на покой. Просился он в Оптину и Синод его отпустил. В Летописи Иоанно-Предтеченского Скита 1 января 1874 года записано: «В Новый год у нас в Скиту, в первый раз по прибытии из Невской Лавры в Оптину Пустынь на жительство, служил обедню соборне о. архимандрит Ювеналий с 2-мя иеромонахами и 2-мя иеродиаконами. Получена в монастыре 1-я часть Творений преподобного Петра Дамаскина, переведенная с греческого на русский язык о. архимандритом Ювеналием». Приписка: «А в сентябре получена и 2-я часть». 3 сентября: «Приехал сюда из Черниговской губернии (ездил навестить брата в его имении. – Сост.) о. архимандрит Ювеналий и начал устраивать здесь, в монастыре, свою пасеку за кладбищенской церковью». В октябре: «У о. архимандрита Ювеналия на его пасеке выстроен дом и покрыт железной крышей». 6 июня 1875 года: «Во время ранней обедни было освящение нового корпуса, выстроенного за новым кладбищем о. архимандритом Ювеналием на его пасеке». 24 сентября: «Была у о. архимандрита Ювеналия на пасеке закладка второго корпуса, который в течение нынешней осени отделан начисто». Корпуса эти строились для братии, а сам о. Ювеналий жил в это время в доме Полугарского, где позднее жили писатели К. Н. Леонтьев, а после него С. А Нилус. Здесь он трудился над Жизнеописанием покойного настоятеля Оптиной Пустыни архимандрита Моисея. Оно было издано в 1882 году когда о. Ювеналий находился еще в Оптиной.
В «Предисловии» к Жизнеописанию архимандрита Моисея о. Ювеналий в 1881 году писал: «Несколько человек из братии давно уже собирали понемногу материалы для жизнеописания о. архимандрита Моисея, но дело это всё не приходило к желанной полноте, а потому и к концу. Последним из таких собирателей был иеромонах Климент (Зедергольм), три года тому назад скончавшийся. Всё собранное им и другими монахами вошло в состав настоящего жизнеописания с большими, однако, дополнениями и исправлением неточностей… Полагаю, что задачу жизнеописателя добродетельного мужа составляет не обязанность только обрисовать в общих чертах прекрасную фигуру его нравственного величия, часто недостижимого для простых смертных, а изобразить, для духовной пользы читающих, его верность в малом (см. Л к. 16, 10), выражавшуюся в различных случаях жизни, и то, как он, при помощи Божией, чрез этот подвиг в малом, достигал постепенно духовно-великого, – той победы над страстями души и тела, того очищения сердца, которые составляют цель внутренней жизни и деятельности христианина».
В следующем году вышел перевод на русский язык «Огласительных поучений преподобного и богоносного отца нашего Феодора Исповедника, игумена обители Студийския», над которым о. Ювеналий трудился вместе с отцами Климентом и Анатолием (Зерцаловым). Первое издание этой книги – перевод с греческого языка на церковнославянский преподобного Паисия Величковского, вышло в 1853 году. О. Ювеналий тогда помогал старцу Макарию готовить это издание.
21 мая 1884 года Синод назначил архимандрита Ювеналия наместником Киево-Печерской Лавры. Оптинский «покой» кончился, хотя о. Ювеналий и надеялся на его продолжение. Покой этот был весьма деятельным, – работа над книгами, пасека, построение корпусов, а по Летописи мы видим, как часто он служил в храме – и в обители, и в Скиту. Но – послушание свято. В Киево-Печерской Лавре он быстро входит во все нужды братии и, как всегда, не щадит себя в заботах о святой обители. В начале августа там побывала игумения Арсения, настоятельница Усть-Медведицкого Преображенского монастыря войска Донского, высокой духовности старица, бывшая в переписке с братом святителя Игнатия Петром Брянчаниновым.
