Под влиянием этих требований Евгений IV в июле 1431 г. открыл в Базеле долгожданный собор. Большинство съехавшихся состояло из поклонников «констанцских постановлений» о подчинении папы собору, о борьбе с ересью и испорченностью клира, о восстановлении мира между князьями и между народами; кроме того, прибавилось требование о заключении мира с умеренным крылом гуситов, с «чашниками», с теми элементами, которые, отвергая социальные требования таборитов, требовали введения родного языка в церковное богослужение и причащения под обоими видами (то есть хлебом и вином). В католической церкви таинство причащения (евхаристия) клира производилось вином и хлебом («кровью и телом Христовым»), мирян же причащали только хлебом. В этом проявлялось стремление церкви поставить духовенство в особое положение. II Ватиканский собор (1962–1965) разрешил причащать мирян и вином. Такого рода «опека» над папством привела в гнев Евгения IV: он отложил заседания Базельского собора на 18 месяцев и местом нового собора назначил город Болонью. Однако шаг Евгения IV привел к печальному для него результату: базельцы приняли резолюцию о недопустимости роспуска собора против воли большинства его членов даже папой и потребовали прибытия Евгения IV на собор. Так как папа не подчинился, то против него начался заочный процесс, признавший его «упорствующим».
Силу свою собор черпал в поддержке Сигизмунда, отправившегося в Рим для получения императорской короны и настаивавшего ввиду гуситской опасности на необходимости идти на мир с Базелем. Евгений IV уступил как раз в тот момент, когда гуситские войны закончились компромиссом, удовлетворившим Сигизмунда и умеренное крыло гуситов. Однако собор продолжал настаивать на уступках со стороны Евгения IV, которого он лишил права распоряжаться епископскими и аббатскими должностями, требуя свободных выборов. Внутри Рима противники «антисоборного» папы подняли восстание, и Евгений IV бежал в Базель, где оказался, по существу, на положении обвиняемого. Собор запретил злоупотребление интердиктами, осудил приемы духовных судов, тянувшихся годами, и потребовал «решительной реформы» нравов духовенства, в особенности его верхушки. Были осуждены практика аннат, взимание денег за паллий и другие финансовые махинации Рима.
Однако большинство собора раскололось: финансовый удар по папству угрожал самому существованию его, и кардиналы Чезарини, Николай Кузанский и другие «гуманисты-прогрессисты», требовавшие подчинения папства собору, испугались его «революционных» требований, ушли с заседания, и руководство собором перешло к левому его крылу, возглавляемому арльским архиепископом Луи д'Альманом. «Левые» установили число членов кардинальской коллегии в 24 человека и лишили папу права произвольно увеличивать это число; жалованье и всякие доходы кардиналов были точно определены: они должны были равняться половине всех доходов курии. Так как турецкая опасность в это время приняла грозные размеры, то собор решил обложить «десятиной» все духовенство и вступить в переговоры с восточной церковью на предмет борьбы с турками. Эта политика базельцев побудила Евгения IV вторично распустить собор (1437) и созвать новый в Ферраре. В ответ Луи д'Альман провел постановление о временном отстранении Евгения IV и о неповиновении ему в вопросе о переезде в Феррару или в иной город. Тем не менее 8 января 1438 г. в Ферраре открылся собор, перенесенный через год во Флоренцию. Налицо оказалось два одновременно заседавших собора. Это неизбежно влекло за собою новое двоепапство: Флорентийский собор остался верен «своему» Евгению IV, а Базельский избрал папой герцога Амедея Савойского, богатейшего и пресыщенного благами жизни развратника, на старости лет жившего отшельником на берегу Женевского озера. В глазах базельцев это «отшельничество» давало ему право стать папой, и герцог Амедей превратился в папу Феликса V (1440–1449). Кроме его родного брата, ни один европейский правитель не признал его папой.
Стремясь к признанию, Феликс V предложил германскому императору свою дочь в жены с приданым в 200 тыс. дукатов при условии, что император публично признает его римским папой. Это вызвало скандал в придворных кругах империи. Эхо скандала разнеслось по «христианскому миру», убеждавшемуся в том, что вокруг папского престола идет циничный торг и что ради папской тиары не брезгают даже продажей родной дочери. Базельский собор, таким образом, не только ничего не сделал для «реформирования» церкви, но еще больше ее расшатал, а провозглашением антипапы воскресил в памяти верующих людей времена церковного раскола, столь подорвавшего убеждение средневекового человека в святости наместника бога на земле.
Светские государи сочувствовали базельской программе, подрывавшей неограниченную власть папства, но боялись двоепапства и повторения народных движений кануна Констанцского собора. «Они желали Базеля, но не Феликса», а пока вырывали у папства различные уступки, формулировавшиеся в так называемых конкордатах. Конкордат — соглашение между Ватиканом и правительством какого-либо государства о положении католической церкви в данном государстве, ее правах и привилегиях. Франция и Испания добились существенных прав в смысле независимости «своих» церквей от папства и заложили фундамент национально-религиозной политики, серьезно ущемлявшей материальные интересы курии. Отныне курия вынуждена была отдавать значительную долю своих поступлений местной «национальной» церкви. Критическим положением Евгения IV особенно искусно воспользовался французский король Карл VII: прагматическая санкция 1438 г., изданная в Бурже и определявшая отношение Франции к папе, признала «базельские постановления» и требовала от местных властей строгого соблюдения статей Буржской санкции.
В Германии, ввиду ее разрозненности и отсутствия сильной центральной власти, критическим положением папства воспользовались крупнейшие представители церкви. Духовные курфюрсты, по выражению летописца, стали сами скорее папами, чем епископами, и объявили себя нейтральными в отношении обоих соперничающих пап. Такую же позицию занял и новый император Альбрехт II. За ним последовал ряд городов, и своеобразный нейтралитет в течение почти целого года характеризовал политику духовной и светской верхушки империи. Эрфуртский, Кельнский и Иенский университеты энергично порицали «неслыханный в деле религии нейтралитет» и настаивали на «религиозном единстве». Германия распалась на три церковные единицы: на базельскую («феликсовскую»), флорентийскую («евгениевскую») и «абсолютно-нейтральную». Эта «троичность» вызывала и издевательство, и возмущения. Эрфуртский университет заявил: «Кто не признает определенного собора и определенного папу, тот отдаляется от бога и его апостолов». Пользуясь разногласиями внутри Германии, Евгений IV стал действовать решительно и удалил курфюрстов-архиепископов Трира и Кельна. Этим он вызвал объединенный протест шести курфюрстов (в стороне остался лишь один богемский курфюрст), собравшихся на съезд во Франкфурте и потребовавших от Евгения IV следовать Констанцскому решению о верховенстве собора над папой. Император Фридрих III (1440–1493) вступил в переговоры с Евгением IV о создании «национальной» церкви в Германии, по примеру Франции, Испании и других государств, обеспечивших себя конкордатами и прагматическими санкциями. Так как Фридрих III, как типичный Габсбург, мало заботился об империи и думал лишь о своих наследственных австрийских землях, он за 221 тыс. дукатов и за право раздать 100 бенефиций и назначить шесть епископов продал интересы «немецкой нации» и заключил Венский конкордат, получив кличку «отчима» Германии и «отца» Австрии. Несмотря на протесты германских князей, Фридрих III считал, что сделал церковь Германской империи «национальной».
Так Евгений IV купил свое признание путем отказа от значительной части своих прав в пользу светской власти, причем в этом торге между светской и духовной властью обделенной оказалась империя, так как выборный император легко пожертвовал ее интересами во имя своих эгоистических расчетов.
Подобно светским правителям, стремившимся создавать национальные государства, Евгений IV итальянизировал папство. Папская область должна была вознаградить папство за те материальные потери, которые оно понесло от усиления независимости других государств. Эксплуатация Папской области, к расширению которой Евгений IV стремился не в меньшей степени, чем его предшественники, приняла особенно интенсивный характер. Эта политика высасывания из страны денежных средств толкала папу на войны как внутренние, так и внешние, причем стремление уничтожить посаженных Мартином V непотов из дома Колонна и заменить их «родственниками» из собственного дома, связанного с богатейшими родами Венеции, привело не только к кровавой расправе с могущественной семьей Колонна, но и к мятежу в Риме, откуда Евгений IV, спасая свою жизнь, бежал во Флоренцию.