В 1900 году, в месяц Магх, по настоянию Шрилы Бхактивиноды Тхакура, молодой человек обратился к Шриле Гаура Кишоре дасу Бабаджи за посвящением. Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи отказал, т.к. считал Сиддханту Сарасвати великим ученым. Уступая горячим мольбам Сиддханты Сарасвати о посвящении, Гаура Кишора дас Бабаджи ответил: «Надо спросить у Махапрабху. Если Он разрешит, я исполню твое желание». На следующий день Сиддханта Сарасвати снова подошел к нему и спросил: «Каково решение Махапрабху?» Гаура Кишора дас Бабаджи ответил: «Я забыл спросить Его». Когда Сиддханта Сарасвати пришел в третий раз, Бабаджи Махараджа сказал: «Я спросил. Но я не получил никакого распоряжения от Махапрабху». Сердце Сиддханты Сарасвати рвалось на части, и он воскликнул: «Вы оба — поклонники Кришны, Алмаза среди Беспутных! Можно ли такому человеку как я, привязанному к заурядной морали, ожидать вашей милости? В Своих играх образцового учителя Махапрабху давал наставления о поклонении Кришне — Украшению Беспутников. Так можно ли ожидать, что Он распорядится смилостивиться надо мной? Но, каруна на хайле кандия кандия прана на ракхибе ара — если нет мне милости, я буду плакать и рыдать, пока жизнь не оставит меня. Если я не получу вашей милости, тогда я не вижу смысла жить дальше?»
Выразив таким образом готовность расстаться с жизнью, Сиддханта Сарасвати заплакал. Сердце Шрилы Гаура Кишора даса Бабаджи смягчилось, и он велел ему совершить омовение в реке Сарасвати и прийти. При посвящении он дал Сиддханте Сарасвати имя Шри Варшабханави-деви-дайита дас.
Эта игра поразительно похожа на отношения Нароттамы даса Тхакура и Локанатхи Госвами. (Локанатха Госвами также был безмерно смиренным и отрешенным парамахамсой, который отказывался принимать учеников, считая себя недостаточно квалифицированным, но согласился принять Нароттаму даса Тхакура, который стал его единственным учеником). Этот пример показывает, каким огромным желанием и какой решимостью должен обладать ученик, чтобы получить милость чистого преданного Кришны.
В 1898 году Сиддханта Сарасвати сопровождал своего отца в Каши, Праяг и Гаю и собрал много материалов обо всех этих святых местах. Впоследствии он включил их в Анубхашью, свой комментарий к Чайтанья-Чаритамрите. В 1900 году он опубликовал книгу под названием Банге Самаджиката, в которой описал происхождение, места распространения, философии различных обществ, каст и религий и подробно разъяснил очевидное превосходство доктрины Господа Чайтаньи о непостижимом одновременном единстве и отличии. В марте того же года он сопровождал Бхактивиноду Тхакура в Ориссу, где посетил храм Кшира-Чора-Гопинатхи в Ремуне, а также побывал в Бхуванешваре и Пури. В Пури Шрила Бхактивинода Тхакур решил построить домик для бхаджаны у моря, рядом с самадхи Шрилы Харидаса Тхакура. Сиддханта Сарасвати остался с отцом, служил ему и помогал в строительстве Бхакти-кутира.
В это время неподалеку остановился правитель Кашимбазара и стал регулярно приезжать, чтобы послушать Шрилу Бхактивиноду Тхакура и Сиддханту Сарасвати. Сиддханта Сарасвати регулярно давал лекции по Чайтанья-Чаритамрите в присутствии своего отца, и множество людей собиралось послушать их. Нередко приезжал и знаменитый Радхараманачарана дас Бабаджи.
Позже отношения с Бабаджи испортились из-за двух его ересей:
1. Он ввел повторение Бхаджа Нитай Гаура Радхе Шьяма Джапа Харе Кришна Харе Рама. Это было сделано для того, чтобы прекратить слышимое повторение маха-мантры. Одна проблема состояла в том, что в этой выдуманной мантре были заключены сиддханта-виродха — противоречивый вывод и расабхаса — смешение несовместимых рас. Вторая проблема заключалась в том, что попытка подавить слышимую вибрацию маха-мантры противоречила воле Шри Чайтаньи Махапрабху, ведь необходимость именно громкой вибраций ясно выражена во всей Его деятельности и учении, а также в учении шестерых Госвами. В Пратхама Чайтаньяштаке, текст 5, Рупа Госвами пишет: харе кршанети уччаих — «Чайтанья Махапрабху произносит мантру Харе Кришна громким голосом...» Рупа Госвами, очевидец деяний Шри Чайтаньи Махапрабху, благословленный и уполномоченный Им на распространение Его миссии, лично свидетельствует здесь, что Господь Чайтанья не ограничивал мантру неслышимым бормотанием, а громко возвещал ее всем.
2. У Радхараманачарана даса Бабаджи была еще одна теория — Сакхибхеки. Выражалась она в том, что он одевал одного из своих последователей, Шри Джаягопала Бхаттачарью, как Лалиту Сакхи. Это тоже противоречило учению Махапрабху. Нельзя поклоняться обычной дживе как экспансии Шримати Радхарани.
Шрила Бхактивинода Тхакур и Сиддханта Сарасвати посоветовали Бабаджи прекратить эту ошибочную практику, но тот отказался. Тогда Сиддханта Сарасвати начал публично и весьма резко выступать против этих уродливых доктрин. Он объявил во всеуслышанье, что маха-мантра предназначена, как для джапы, так и для киртана, и что киртан, в конечном счете, выше джапы. Из этого произошел в Пури раскол. Немало преданных, подверженных неуместной сентиментальности, приняло сторону Бабаджи, другие примкнули к Сиддханте Сарасвати.
В течение этого времени Сиддханта Сарасвати занимался составлением вайшнавской энциклопедии, которая должна была содержать объяснение вайшнавской терминологии, краткие биографии великих вайшнавов, обзор книг вайшнавских ачарий, описания вайшнавских тиртх, разнообразные учения вайшнавских сект и т. д. Он назвал её Вайшнава-Манджуша-Самахрити и позже опубликовал в четырех томах. Один вайшнавский ученый сказал по поводу этой энциклопедии: «Такая работа не под силу простому смертному, ее мог исполнить только великий человек — Прабхупада Сарасвати Тхакур. Даже три десятка ученых и десяток сотрудников в придачу, получи они к тому же царскую казну в свое распоряжение, не смогли бы издать такой труд». Сиддханта Сарасвати начал составлять эту энциклопедию в Пури и продолжал во время своих проповеднических путешествий по Шри Маяпурдхаме, Шри Джаганнатха Пури-дхаме и Шри Враджа-дхаме. Кроме того он изучал книги Шрилы Мадхавачарьи и Шрилы Рамануджачарьи и опубликовал некоторые из них в Бенгалии. Но и это еще не все. Он составил и напечатал биографии этих и других святых вайшнавов в журнале Шрилы Бхактивиноды Тхакура «Саджана-Тошани».
В 1904, а затем и в 1905 годах Сиддханта Сарасвати путешествовал по Южной Индии, посетив такие места, как Тирупати, Шрирангам, Сингхачал, Радж Махендри, Мадрас, Перамбадур, Конджеварам, Кумбхаконам и Мадурай. В Перамбадуре он получил от Рамануджи триданди Свами полную информацию о ритуалах и правилах ведической триданда вайшнава-санньясы. Куда бы ни приводили его путешествия, он всегда давал лекции, писал, дискутировал с учеными пандитами того времени. Вскоре он приобрел такую репутацию, что одно его имя вселяло страх в сердца оппонентов. Фальшивые культы и секты были обречены.
Однако в Пури Сиддханта Сарасвати подвергался столь сильному притеснению и порицанию за свою проповедь против рифмованных киртанов и теории сакхибхеки столь популярного Радхараманачарана даса Бабаджи, что в конце концов Шрила Бхактивинода Тхакур приказал ему отправиться в Йогапитху — место рождения Шри Чайтаньи Махапрабху — и заняться там бхаджаной.
В 1905 году, тридцатиоднолетний Сиддханта Сарасвати, следуя примеру Намачарьи Харидаса Тхакура, принял великий обет повторения трех лакхов Имен (192 круга) в день. Он вычислил, что если повторять ежедневно триста тысяч имен, за девять лет он произнесет Имена Господа десять миллиардов раз. Четыре года он провел в хижине из травы в Йогапитхе, а в феврале 1909 года построил домик во Враджапаттане (одном из городов Враджи) недалеко от Йогапитхи, рядом с домом Чандрашекхары Ачарьи, дяди Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место считается не отличным от берегов Радха-кунды и здесь он непрерывно повторял Святые Имена: Харе Кришна, Харе Кришна, Кришна Кришна, Харе Харе, Харе Рама, Харе Рама, Рама Рама, Харе Харе. Он строго следовал своему обету и соблюдал Чатурмасью, готовя рис (высушенный на солнце) в гхи и поедая его прямо с земли, как корова. Он отдыхал, ложась на голую землю, никогда не пользовался подушкой и постоянно повторял джапу или изучал священные писания. Видя такую отрешенность, его Гурудева, Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи сказал: «Я вижу, как в моем Прабху проявляется отрешенность Рупы Рагхунатхи». Он имел обыкновение обращаться к своему ученику: «мой Прабху».
