В ответе на жалобу Новгородского архиепископа Моисея патриарх Филофей писал ему еще прежде, чтобы он «не только не дерзал противиться своему митрополиту, не искал к тому никакого предлога и никогда не делал в отношении к нему ничего предосудительнаго, напротив, горячо и неизменно был ему предан» – свидетельство, что жалоба эта на какие-то насилия от святого Феогноста была несправедлива, по крайней мере, признана несправедливою патриархом. Теперь, с возведением на кафедру Русской митрополии Алексия патриарх счел нужным опять обратиться к Новгородскому владыке с посланием, в котором, изъяснив причины возведения Алексиева, убеждал владыку покоряться и новому первосвятителю. В послании, между прочим, сказано: «Святейший митрополит Киевский и всей России кир Алексий, возлюбленный о Господе брат и сослужитель нашей мерности, отправляется с Богом в предоставленную ему святейшую митрополию. Потому мы пишем к твоему боголюбию, чтобы и ты возрадовался пришествию его и оказывал ему подобающую честь и послушание в том, что он будет говорить душеполезного и спасительного как пастырь и учитель согласно с Божественными и священными догматами Церкви Божией. Это и Богу благоприятно, и пред нашею мерностию и Божественным и священным Собором похвально. Это повелевают и Божественные и священные каноны, когда явственно так говорят: „Епископам каждого народа надобно знать первого между ними и оказывать ему всякое почтение и покорность“. Но так как по духовной любви и расположенности, какую имел святейший архиерей кир Феогност к сему епископу Владимирскому, он дал ему право носить на фелони четыре креста, то мы, соответственно твоему Собственному желанию и молению, сделали это и для тебя. Посему ты должен быть благодарным и более не позволять себе, но оказывать святейшему митрополиту своему покорность к какой ты обязан». Нельзя здесь не остановиться и не спросить: не это ли преимущество, данное Феогностом епископу Владимирскому Алексию пред Новгородским владыкою, и огорчало последнего и было одною из причин, если не единственною, доноса его на митрополита? Чрез несколько строк патриарх продолжает: «Если же, паче чаяния, возникнет какая-нибудь распря из-за того, что мы сделали в отношении к тебе, т. е., как выше означено, из-за крестов, то об этом и об одном только этом деле ты доноси нашей мерности, чтобы она распорядилась по своему усмотрению: в отношении к этому одному предмету даем тебе такое право. Во всяком же другом деле, например если позовет тебя митрополит твой к себе, или в другом каком-либо случае ты подлежишь его власти и суду. И если в исследовании и суде случится недоумение, ты от него, т. е. святейшего митрополита Киевского и всей России, принимай суд и исследование, ни в чем не противореча и не противясь по сохраняющемуся издревле в таких делах благочинию и по преданию тех же Божественных канонов. Но так как священные каноны и то заповедуют, чтобы, когда у тебя случится необходимая надобность писать донесение к нашей мерности, ты прежде дал знать об этом своему митрополиту и с его ведома и воли писал свое донесение, уважая установленный для таких случаев порядок, то и мерность наша, соответственно предписаниям канонов, повелевает, чтобы ничто в этом случае не делалось у тебя без совета митрополита, но чтобы все совершалось таким именно образом. А если ты не будешь оказывать в отношении к своему митрополиту, соответственно тем же Божественным канонам, подобающей покорности по своей обязанности, то знай, что он уполномочен от нашей мерности делать с тобою все, на что имеет право по канонам, и то, что в таком роде будет им сделано, непременно будет утверждено согласием и нашей мерности. И ты не найдешь от нас совершенно никакой помощи, если, паче чаяния, явишься непослушным и непокорным к утвержденному митрополиту твоему. Итак, соблюдай себя в мире, как должно, и поступай непреложно и неизменно так, как мы пишем и внушаем твоему боголюбию в настоящей грамоте, посланной для руководства тебе. Благодать Божия да будет с твоим боголюбием». Если для Новгородских владык нужны были такие внушения со стороны патриарха, можно судить, как неохотно покорялись эти владыки своему митрополиту.
Что касается до митрополита Феодорита, который, несмотря на свое низложение патриаршим Собором, все еще «разбойнически и тирански присвоивал себе Киев и находился в нем», то патриарх Филофей вновь писал (в июле 1354 г.) о самозванце в Россию и убеждал Новгородского владыку не принимать его, напротив, покоряться своему законному первосвятителю Алексию. «Впрочем, – сказано в послании, – если он, Феодорит, отложит совершенно права священноначальственные, то пусть остается только простым христианином. Если же будет упорно стараться удерживать их и пребывать в своем звании, то, кроме того что он низложен, пусть еще будет отлучен и чужд христианского звания, равно как и тот, кто будет принимать его в общение или уже теперь принимает».
Пред отъездом своим из Константинополя святитель Алексий, изъявив патриарху обстоятельства, заставившие митрополитов Русских переселиться из Киева во Владимир, и указав на упорное пребывание Феодорита в Киеве, дал повод к следующему определению: «Мерность наша, рассудив вместе с находящимися при ней святейшими архиереями, возлюбленными о Господе братиями нашей мерности и сослужителями, вполне убедилась, что нет другого (кроме Владимира) местопребывания, и успокоения, и пристанища для святейшей митрополии Русской и что архиерей совершенно не имеет там (в Киеве) средств к удовлетворению самых необходимых потребностей и к верному исполнению своих обязанностей, между тем как здесь (во Владимире) он может находить себе достаточное продовольствие и свободу управления. А потому настоящим соборным деянием повелеваем в Духе Святом чрез нашу соборную грамоту, чтобы как этот святейший митрополит России, так и все преемники его пребывали во Владимире и имели Владимир своею кафедрою неотъемлемо и неизменно навсегда. Но пусть и Киев числится собственным их престолом и первою кафедрою архиерея, если останется целым. А после Киева и с ним пусть будет второю кафедрою и местом убывания и успокоения для Русского митрополита святейшая епископия Владимирская, в которой он беспрепятственно, пока потребует нужда, да совершает поставления чтецов и иподиаконов, рукоположение диаконов и иереев и все прочее, что подобает по церковным канонам местному архипастырю. Если же Божиею помощию и возвратится Киев древнее благополучное состояние и будет из него изгнан низложенный Феодорит, так что окажется возможность иметь в Киеве архиерею какое-нибудь успокоение, и тогда пусть останется Владимир за митрополитами Русскими в виде собственной их кафедры, только да будет, как выше сказано, Киев первым их престолом и первою кафедрою». Вот когда и в каком смысле законно признано и совершилось перенесение митрополитской кафедры Русской из Киева во Владимир или, точнее, не перенесение кафедры митрополитской, а только переселение самого митрополита и предоставление ему епархии Владимирской вместе с Киевскою. О последующей судьбе Феодорита сведений не сохранилось, но нельзя сомневаться, что, низложенный и отлученный патриаршею властию, он всеми был отвергнут в России.
Не освободившись еще вполне от одного совместника, святой Алексий нашел другого, гораздо более опасного. В то самое время, как вследствие ходатайства московского великого князя и митрополита, уже умерших, Алексий вызван был в Царьград для поставления в сан митрополита всей России, литовский князь Ольгерд, давно уже враждовавший против Москвы и употреблявший все средства, чтобы возвыситься над нею, избрал своего кандидата из среды своих подданных по имени Романа (кто был он, неизвестно) и спешил отправить его в Царьград для той же цели. Ольгерд выставлял одно – что он не желает признавать Алексия, как избранного Москвою и ему совершенно неугодного, митрополитом над своими подданными, т. е. над православными, живущими в пределах Литовского княжества. А на самом деле имел в виду чрез Романа, вполне ему преданного, когда он сделается митрополитом, простирать свое влияние на всю Россию и на управление ею. Роман прибыл в Константинополь, когда Алексий был уже поставлен митрополитом, но еще не отправлялся в отечество. Литовский князь не пощадил даров, и присланный им немедленно возведен был в сан митрополита Литовского, без всякого сомнения, тем же патриархом Филофеем. Вследствие этого между обоими нашими митрополитами еще в самом Царьграде открылось великое несогласие, и оба они прислали оттуда своих послов к Тверскому епископу с требованием церковной дани. Скоро, впрочем, оба они, может быть по убеждению патриарха, отправились в отечество, сперва Алексий, потом Роман. Алексий был принят в Москве с радостию и любовию и ревностно начал заниматься архипастырскими делами: посвятил епископов в Ростов, Смоленск, Рязань и Сарай. Роман прибыл в Литву, но желал и искал большего: он постоянно вторгался в пределы митрополии собственно Русской, приезжал в самый Киев, где, однако ж, не был принят, и причинял Алексию открытые оскорбления. Не довольствуясь этим, он вновь поехал в Царьград и обратился к самому императору, патриарху и Собору, чтобы достигнуть цели своих желаний. Вызвали туда (в 1356 г.) и святителя Алексия и, выслушав того и другого, соборне с согласия императора постановили, чтобы Алексию, по утвердившемуся издревле обычаю, быть и считаться митрополитом Киева и всей России, куда он был и хиротонисан, а Роману, как хиротонисованному в митрополита Литовского, иметь под своею духовною властию для умиротворения и спокойствия того края вместе с находящимися в Литве двумя епархиями города Полоцк, Туров и Новгородок, где должна находиться кафедра митрополита, и еще епархии Малой России, т. е. волынские, и чтобы оба митрополита отнюдь не вторгались в пределы друг друга под опасением тяжкой ответственности пред канонами Церкви. Алексий совершенно покорился соборному решению и зимою того же года возвратился в отечество. Но Роман, оставшись недовольным, не захотел взять патриарших грамот для удостоверения в соборном решении, не оказал самому патриарху должного повиновения и поспешно ушел в назначенную ему область. Оттуда начал новые вторжения в область митрополита Алексия: приезжал в Киев, литургисал в нем, совершал хиротонии, величая себя митрополитом Киевским и всей России, проникал в Брянскую епархию и делал то же, возбудил литовского князя Ольгерда восстать против тамошних христиан, разорять их жилища и произвесть даже кровопролитие, особенно в городе Алексине, и всюду разглашал чрез своих приближенных, что он имеет великую силу у своего князя и может иметь во власти своей всякую епархию Русской митрополии. Патриарх, слыша о всем этом, несколько раз писал к Роману, убеждал его прекратить такие действия, противные канонам, и, чтобы сколько-нибудь удовлетворить его, уступил ему Брянскую епархию. Но Роман нимало не смирялся и в 1360 г., без ведома митрополита Алексия, приезжал в Тверь, где хотя не удостоился чести от местного епископа, но принят был с большим почетом князьями, которые находились в родстве и дружбе с Ольгердом и враждовали против Москвы. Наконец, патриарх признал необходимым (в 1361 г.) послать в Россию двух избранных мужей – митрополита Кельчинского и диакона Георгия Пердику, чтобы они произвели расследование о действиях Романа в присутствии его самого или его уполномоченного, а также в присутствии русских князей и епископов и собранные сведения, за подписом всех этих лиц, представили в Царьград императору и патриарху. Смерть Романа, вскоре последовавшая, прекратила это неприятное дело. А патриарх Филофей, вновь вступивши на кафедру по отречении Каллиста в 1362 г., постановил, чтобы во избежание подобных смут и нестроений земля Литовская на все последующее время ни по каким причинам не отделялась от области и духовного управления митрополита Киевского, хотя есть основание думать, что постановление едва ли было обнародовано.