Все эти многолетние смуты и нестроения в митрополии не отклоняли святителя Алексия от его пастырских обязанностей. Он объезжал епархии и в 1358 г., при жизни еще Романа, посетил, между прочим, Киев, где пробыл около двух лет. Без сомнения, во время этого-то путешествия в юго-западные области святой Алексий подвергся нападению литовского князя Ольгерда, который обманом пленил всех его спутников, расхитил находившееся при нем многоценное имущество, и самого заключил под стражу, и умертвил бы, если бы святитель при содействии некоторых не ушел тайно, как беглец. Не здесь ли надобно искать объяснения, почему святой Алексий до конца своей жизни не посещал более ни Киева, ни вообще владений литовского князя, на что, как увидим, столько жаловался Ольгерд? Кроме того, святитель строил церкви и монастыри, особенно в Москве, и рукополагал архиереев в Новгород, Чернигов и многие другие города. Епископа Тверского Феодора, который вследствие непрестанных споров княжеских хотел (1357) оставить епархию, как весьма ревностного и опытного иерарха, убедил еще остаться на своей кафедре и только чрез три года уволил на покой. А на владыку Новгородского Алексия, как непокорного и своевольного, донес патриарху Филофею, который потому в 1370 г. писал этому владыке, чтобы он подчинялся своему митрополиту и не смел носить риз с крестами, данных только его предшественнику Моисею.
Не миновала святителя Алексия и тяжелая участь путешествовать в Орду. Первое путешествие, может быть, он предпринимал при самом вступлении своем на митрополию по общему закону, чтобы получить себе утверждение от хана; по крайней мере, сохранился ярлык, данный, по догадкам, в 1355 г. ханшею Тайдулою на имя святого Алексия для свободного проезда его чрез ханские владения в столицу Греческой империи, куда он действительно вскоре за тем отправлялся. Спустя недолго (1357) Алексий путешествовал в Орду уже не по собственной нужде, а по приглашению самого хана Чанибека. Жена ханова, Тайдула, три года была крайне больна и лишилась зрения, никакие лекарства не пособляли. Между тем слухи о святой жизни Русского первосвятителя и о силе его молитв пред Богом достигли улусов татарских, царь и царица решились испытать это последнее средство. И Чанибек написал к князю московскому Иоанну Иоанновичу, прося его выслать в Орду архиерея Божия, и в то же время просил самого Алексия посетить болящую царицу. Просьба сопровождалась угрозами за неисполнение ее. Отказать было невозможно. Возложив всю надежду на Бога, святитель отслужил молебен в соборной церкви и по вере своей еще во время молебна удостоился видеть ободрительное для себя знамение: свеча у раки святого чудотворца Петра зажглась сама собою. Приняв это за «некое извещение», митрополит раздробил свечу на части, раздал народу на благословение, часть взял с собою и отправился в путь. А Тайдула в то время видела сон, в котором представился ей святой Алексий в полном своем облачении вместе с сопутствовавшими ему священниками, и она приготовила по виденному образцу как для святителя, так и для спутников его священные одежды. В Орде его встретил сам хан с своими сыновьями, князьями и вельможами с великою честию. При совершении молебствия о больной царице святитель зажег свечу, сделанную из воска той, которая сама зажглась над ракою святого Петра, освятил воду, и, когда покропил водою царицу, она немедленно прозрела. Чудо поразило всех, и царь, щедро одарив чудотворца, равно как всю его свиту, отпустил их с миром. Но едва святой Алексий возвратился из Орды, как опять должен был идти туда же. Чанибек был умерщвлен сыном своим Бердибеком. Новый хан потребовал от всех русских князей новой дани и собирался на них войною. Великий князь Иоанн Иоаннович молил угодника Божия отправиться к грозному властелину в качестве ходатая за всю землю Русскую, и святой Алексий охотно согласился. Много он встретил препятствий со стороны татар, но достиг своей цели, укротил гнев царя, может быть, при содействии матери его, Тайдулы, которая была еще жива, и даже получил от него (к концу 1357 г.) новый ярлык, подтверждавший права и преимущества Русской Церкви и духовенства. Очень естественно, если после такого путешествия и великий князь со всеми вельможами и боярами, и Собор духовенства при бесчисленном стечении народа встретили своего архипастыря-отца с величайшею торжественностию, со слезами радости и благодарности и если слава его как защитника веры и отечества и вместе как чудотворца еще более огласилась во всех пределах России.
Послужил святитель благу отечества своим участием и в других гражданских делах. Еще великий князь Симеон Иоаннович, умирая (1353), завещал братьям своим, в числе которых находился и преемник его Иоанн: «Слушали бы есте отца нашего владыки Алексия», – и этот владыка, вскоре сделавшийся митрополитом, был главным руководителем нового великого князя во все время его княжения. С восшествием на великокняжеский престол отрока Димитрия Иоанновича (1363) владыка Алексий направлял с советом бояр и благословлял все распоряжения, клонившиеся к возвышению Москвы. В 1364 г. он был посредником при заключении договора между великим князем Димитрием Иоанновичем и двоюродным братом его Владимиром Андреевичем, лучшим из сподвижников Димитрия во всю его жизнь. В следующем году, когда князь суздальский Димитрий, желая владеть своею наследственною областью Нижегородскою, самовольно занятою братом его Борисом, обратился с просьбою о содействии к Димитрию Иоанновичу, московский князь и митрополит, чтобы избежать кровопролития, послали в Нижний Новгород игумена Радонежской обители Сергия для убеждения Бориса уступить область брату или явиться на суд в Москву к великому князю. Так как Борис не соглашался, то Сергий, уполномоченный митрополитом, во всем городе «затворил церкви», прекратил богослужение. А епископ Суздальский Алексий, заведовавший и Нижним Новгородом, за свою приверженность к стороне Бориса лишен был митрополитом области Нижегородской. Эти меры и особенно приближавшееся войско московское смирили наконец Бориса и привели к желанному концу. Святой Алексий предал церковному отлучению смоленского князя Святослава за то, что он, заключив с великим князем Димитрием Иоанновичем договор, скрепленный клятвою и присягою, – воевать вместе против врагов веры огнепоклонников-литовцев, не только не исполнил этой клятвы, но еще соратовал (в 1368 г.) Ольгерду против Москвы. Равным образом и других русских князей, заключивших такой же договор с Димитрием Иоанновичем и также изменивших ему, предал анафеме как нарушителей Божиих заповедей, клятв и обетов. О всем этом московский князь и первосвятитель донесли патриарху Филофею и просили его оказать им свое духовное содействие. Патриарх немедленно прислал тому и другому самые любезные письма (от 8 июня 1370 г.), в которых уверял их в своей особенной расположенности и любви ив своей готовности исполнять их просьбы. А в то же время писал он к смоленскому князю и прочим князьям русским, что признает клятву, наложенную на них Алексием, совершенно законною и справедливою и не снимет с них этой клятвы, пока они не исполнят принятого на себя обета – сразиться вместе с великим князем против литовцев, не падут к стопам своего митрополита и пока митрополит не известит об их сердечном раскаянии и исправлении. Вместе с тем патриарх прислал князьям русским увещательную грамоту, чтобы они оказывали своему митрополиту подобающую честь, уважение и благопокорность, слушались его как своего отца, пастыря и наставника, дарованного Богом, и любили его и слово его как истинные сыны Церкви. В 1371 г., когда великий князь Димитрий решился ехать в Орду, митрополит провожал его до берегов Оки, отслужил ему там напутственный молебен, благословил всех его спутников, поручил им блюсти драгоценную жизнь князя и сам желал разделить с ним опасности, но должен был остаться в Москве, чтобы участвовать в совете боярском.
Но если, с одной стороны, за свою пламенную любовь к отечеству и великому князю Димитрию, за свое благодетельное участие в самых гражданских делах княжества Московского святой Алексий был чтим, любим, благословляем всеми своими согражданами, то, с другой, его ненавидели и всячески старались преследовать враги Москвы и особенно тверской князь Михаил Александрович и женатый на сестре его литовский – Ольгерд. Первый, после того как в 1368 г. был действительно обманом заключен в Москве под стражу, обвиняя в этом коварстве не только князя московского, но и митрополита, жаловался на Алексия Константинопольскому патриарху Каллисту и настоятельно требовал судить его – митрополита – на Соборе. А Ольгерд в то же время доносил патриарху, что Алексий, постоянно живя в Москве, никогда не посещает ни Клева, ни Литовского княжества и, будучи предан одному князю московскому, вовсе не любит других князей русских. По поводу первой жалобы патриарх приказывал нашему святителю, чтобы он или сам явился на суд, или прислал для того своих особых чиновников в Константинополь, или, всего лучше, как отец и учитель, позаботился примириться с князем тверским Михаилом и, если сделал какую ошибку, то уступил бы ему и имел его как сына, наравне с другими князьями, к чему тогда же патриарх убеждал и тверского князя. Вследствие же донесения Ольгердова патриарх писал нашему митрополиту: «Святыня твоя хорошо знает, что когда тебя хиротонисали, то хиротонисали в митрополита Киевского и всея России, не одной какой-либо части, но всея России. Ныне же слышу, что ты не отходишь ни в Киев, ни в Литву, но посещаешь только одну часть, а другую оставил без пастыря, без надзора и учения отеческого. Справедливость требует, чтобы ты назирал всю землю Российскую и имел ко всем князьям любовь и отеческое расположение, чтобы любил не некоторых только из них, а других не любил, но имел всех их сынами своими и всех одинаково любил. Тогда и они все будут воздавать тебе благорасположенность, и любовь, и совершенное повиновение. Знай, что я написал и к великому князю литовскому, чтобы он любил тебя и почитал, как и другие князья русские, и, когда ты придешь в княжество его, чтобы оказал тебе почесть, и расположение, и полную любовь и чтобы ты мог совершить путь по его княжеству без затруднений. Постарайся же и ты, сколько возможно, иметь к нему любовь и расположенность и считать его, как и других князей. Совершенно необходимо, чтобы ты находился с ним в любви, посещал его и учил его народ; и это исполняй со всем усердием без всякого возражения». Все эти послания патриарха остались, однако ж, без добрых последствий. По крайней мере, тверской князь Михаил, едва только скончался Каллист и на место его снова взошел Филофей, повторил свою жалобу пред патриархом. Филофей сначала решил было (сентябрь 1371 г.) вызвать святого Алексия на суд и потребовал, чтобы и митрополит, если сам не может явиться, и тверской князь прислали в Царьград для производства суда своих уполномоченных.