В 1540 г. Павел III буллой «Regiminis militantis ecclesiae» утвердил иезуитский орден с перечнем первых десяти его членов-основателей. Орден был одобрен папой, несмотря на возражения отдельных кардиналов, ссылавшихся на то, что уже имеется достаточно орденов и что вообще устройство новых орденов было курией запрещено. В виде компромисса было решено установить для иезуитского ордена норму в 60 человек. Ограничение это через три года было отменено. Мало того, орден вскоре получил от Павла III ряд новых привилегий.
Чтобы еще более поднять пошатнувшийся в глазах мира авторитет папства, Павел III решил, что необходимо пойти на созыв вселенского собора. Момент для этого был выбран удачно: протестантское движение в Германии было настолько сильным, что император Карл V вынужден был сосредоточить свое внимание на борьбе с ним, и в первую очередь ему приходилось искать помощи со стороны папства. Меньше всего в такой момент было в интересах империи ввязаться в конфликт с папой из-за первенства в руководстве собором. Огромное значение имело и то, что продолжительная война между империей и Францией окончилась в 1544 г. миром в Крепи, по которому Франциск I обязался оказывать императору поддержку в борьбе с протестантами и принять участие в соборе. С другой стороны наступали в это время турки, и империи предстояло бороться на два фронта: с еретиками внутри страны и с турками на границе.
Такая борьба требовала огромного напряжения, а Карл V нуждался и в людях, и в деньгах. Папа предложил для борьбы с протестантами 200 тыс. дукатов и 12 500 человек отборного войска, а в перспективе предвиделось еще 500 тыс. дукатов от доходов испанских церквей и монастырей, — все это ради борьбы за «чистоту католической религии».
Павел III считал момент настолько благоприятным для себя, что одновременно с выдвижением идеи собора, созданием нового инквизиционного трибунала и воинствующего ордена иезуитов стал вести наступательную политику внутри Италии в целях увеличения могущества Папской области, понимая это могущество в смысле упрочения в государстве своей фамилии Фарнезе. Так, он в 1545 г. отдал своему сыну Пиетро Луиджи в наследственное владение Парму и Пьяченцу, наградив его герцогским титулом. Парма и Пьяченца в 1512 г. папой Юлием II были отняты у миланского герцога и присоединены к папскому государству. Теперь Павел III подарил их новой герцогской семье Фарнезе. Этот род владел с тех пор Пармой и Пьяченцей в течение почти двух столетий, до прекращения в 1731 г. герцогской династии Фарнезе.
Павел III не ограничился возведением своего старшего сына в основатели герцогского дома Фарнезе и сделал Двух своих младших сыновей (14 и 16 лет) членами кардинальской коллегии, высокими чиновниками папской канцелярии и обладателями богатейших епископий. Внук Павла III Оттавио Фарнезе, женившийся на внебрачной дочери Карла V, получил в наследственное владение герцогство Камерино, которое он уступил своему отцу Пиетро Луиджи, а сам получил герцогство Кастро. Так Павел III распоряжался герцогствами, раздавая их, в ущерб интересам Папской области, своим ближайшим родственникам.
В 1545 г. был созван в Тренто собор, формально имевший целью поднять авторитет католицизма и упрочить его «на вечные времена». Несомненно, готовность правительств Запада и господствующих классов стать под сень католического собора вызывалась тем страхом, который навела на них Крестьянская война 1525 г. и те плебейские секты, которые появились в связи с этой войной. Не следует забывать и того, что крестьянские волнения перешагнули через Рейн и охватили часть Лотарингии и весь Эльзас. Для подавления крестьянского движения в Эльзасе пришлось даже обратиться за помощью к Франции, и только с помощью герцога Лотарингского феодалы справились с эльзасскими крестьянами. Еще более грозные размеры приняла крестьянская война в приальпийских землях Австрии, где к повстанцам примкнули горнорабочие, шедшие с развернутым знаменем учения Томаса Мюнцера. Тирольские повстанцы вызвали настоящую панику в рядах эксплуататорского класса, и имя Михаэля Гейсмайера, военного руководителя тирольских горнорабочих и крестьян, нанесшего ряд крупных поражений правительственным войскам, стало пугалом для всех имущих, которые стали обращать свои взоры к папству. М. Гейсмайер — руководитель крестьянских восстаний в Швабии, Тироле и Зальцбурге. Умело маневрируя, Гейсмайер спасся от преследования Швабского союза и с частью своих войск перешел в Венецианскую республику. Отсюда он организовывал восстания в соседних австрийских землях, которые намеревался превратить в республику по типу Швейцарского союза. В 1532 г. он был убит наемными убийцами, подосланными австрийским герцогом. Под видом восстановления старой религии происходило укрепление старых методов эксплуатации.
На открывшемся в этих условиях Тридентском соборе были две партии: непримиримая папская и компромиссная, группировавшаяся вокруг Карла V и названная императорской. Эта партия полагала, что собор должен прежде всего рассмотреть причины распространения еретических учений, а также причины деморализации, вырождения и одичания духовенства и вообще всей церкви. Другая партия, особенно крепко державшаяся за самого Павла III, откладывала вопросы о ереси и деморализации церкви на неопределенное время и выставляла требование заняться немедленно догматическими проблемами и осудить те ошибочные толкования и святотатственные учения, которые так заразили страны, идущие по пути протестантизма. Императорская партия настаивала на допущении к обсуждению спорных вопросов светских лиц, паписты же были против этого. Они отвергали также мысль о ведении переговоров с еретиками-протестантами, как с равной стороной, чего недвусмысленно требовала императорская партия.
«Ересь, мирящаяся с церковью, это ведь то же, что церковь, мирящаяся с ересью», то есть преступление, подлежащее ведению инквизиции, — так говорила папская партия и прибавляла при этом: «Какой может быть компромисс с учением, отвергающим сущность католицизма?»; предлагаемая императором Карлом V «золотая середина», так называемая императорская ублюдок-религия (interreligio imperialis), не может не быть отвергнута, так как она противоречит «истинной» религии, то есть католической. Последняя включает принцип несокрушимого авторитета. Этот принцип нарушается религиозным индивидуализмом лютеранства. Такова была исходная точка папской партии. На базе утверждения папского авторитета, стоящего выше соборов, и должна была протекать, по мнению папистов, вся деятельность Тридентского собора.
При слабости императорской партии, ввиду отвлечения основных сил империи к светским делам, в частности к военному протестантскому фронту, Павлу III без труда удалось навязать Тридентскому собору свою программу. И как следовало ожидать, сопротивления папе со стороны императора Карла V никакого не было. Тем более что против протестантов совместно двигались папско-императорские солдаты. Эти дни папской победы в Триенте оказались и днями побед на полях сражения против протестантов. От этих побед всего более выигрывал Карл V. Папа, помогавший императору людьми и деньгами, испугался этой победы, которая освобождала Карла V от дальнейшей войны и дала ему возможность заговорить в Триенте языком властелина, только что одержавшего победу над княжеской, лютеранской партией. Папа поспешил поэтому еще до окончательных результатов войны отозвать своих солдат и прекратить высылку денег на театр военных действий, а затем в 1547 г. перенес заседания Тридентского собора из германского Тренто, где Павел III чувствовал «дыхание победоносного императора», в Болонью, вторую столицу Папской области, чтобы избежать «засилья» императорской партии. Этим Павел III показал, что он ставил политические интересы выше религиозных и что светское господство дома Фарнезе над Италией ему было дороже победы католицизма над протестантизмом. В тот момент, когда протестантская Северная Германия переживала страшную трагедию в связи с победой Карла V, папа чувствовал себя как бы союзником протестантов и печалился по поводу их поражения — таково было мнение ряда участников Тридентского собора.
Павел III продолжал верить, что война еще не проиграна, что она может повернуться против императора, победа которого ему казалась непрочной. «Он верил в эти благоглупости потому, что ему так хотелось верить», — писал французский представитель при папском дворе королю Франциску I, которого папа убеждал прийти на помощь протестантам.
Ореол победы открывал перед Карлом V возможность «реформировать» католицизм, добиваясь смягчения некоторых его злоупотреблений и усиления значения светской власти по отношению к Риму. Возможно, что на этот «компромиссный католицизм» пошла бы и значительная часть колебавшихся протестантов, если бы Тридентский собор пошел на уступки. Но этих именно уступок боялся больше всего папа, и перевод собора в Болонью, куда не последовало немецкое духовенство, означал провал попыток к соглашению и компромиссу. Отныне в течение короткого времени было два собора, враждовавших между собой и не пользовавшихся авторитетом. Фактически Тридентский собор с 1547 до 1551 г. не функционировал. Он снова открылся под давлением императора в том же германском городе. Болонский же собор, по существу бездействовавший, был распущен 17 сентября 1549 г. незадолго до смерти Павла III.
