Эти новые административно-территориальные образования, в свою очередь, подчинялись власти Далай-ламы как политического главы государства. Была проведена перепись всех монастырей школы Гелугпа. В их собственность передавались земли, где располагались монастыри и проживало местное население. Каждый монастырь получил право самостоятельно рекрутировать новое монашество. Будущие монахи выбирались преимущественно из числа семи-, восьмилетних мальчиков, которые поступали в соответствующий монастырь на обучение, пополняя ряды монашества школы Гелугпа. Семья, отдавшая сына в монастырь, освобождалась от выплаты казенного налога, но была обязана обеспечить будущего монаха всем необходимым на период обучения — поставлять продовольствие, ткань для облачения, оплачивать труды его личного наставника. Кроме того, пятый Далай-лама установил количественную квоту полноправных монахов и насельников для каждого из монастырей.
Правительственный аппарат Далай-ламы состоял из двух представительных собраний — светских чиновников и монахов. В монашеское собрание могли быть избранны только те, кто получил высшую ученую степень в каком-либо из трех главных монастырей школы Гелугпа — Галдане, Сера, Брайбуне. Светские чиновники избирались из среды крупной земельной аристократии, идеологически лояльной школе Гелугпа.
Религиозно-доктринальные и социально-политические основания реформ, проведенных пятым Далай-ламой, нашли свою письменную фиксацию в двух сочинениях — в его собственном трактате «Чжалва Абидэбтэр» («Историческая хроника Тибета, изложенная пятым Далай-ламой»), о котором говорилось выше, и в трактате его ставленника Дэсрид Санчжай Чжамцо «Вайдурья Сэрпо Мелон», посвященном истории школы Гелугпа.
В аспекте изложения существа реформ XVII в. наибольший интерес представляют те части «Чжалва Абидэбтэр» (с тринадцатой по двадцатую главы), где Лобсан Чжамцо прослеживает религиозную и политическую деятельность аристократических семей и древних тибетских родов. Составленные по шаблону родословных хроник, эти перечни имен и событий призваны были показать, что в Тибете изначально существовали политически влиятельные приверженцы Дхармы, немалая часть которых поддерживала развитие новой школы — школы Гелугпа. Автор ставил перед собой и еще одну, не менее важную цель — идеологически оправдать и документально обосновать новый принцип административно-территориального деления страны и перераспределения земельной собственности. Разработанная пятым Далай-ламой идеологическая концепция истории Тибета выполняла сугубо апологетические функции: она ретроспективно выстраивала цепь «доказательств» исторического права на владение землями, полученными в результате реформ. Согласно этой концепции, аристократия, в пользу которой осуществилось перераспределение земельной собственности, обладала правом на нее еще со времен правления государя Сронцангампо.
Религиозно-идеологическое обоснование новой социальной стратификации и политико-административной системы нашло свое отражение в трактате Дэсрид Санчжай Чжамцо «Вайдурья Сэрпо Мелон», завершенном в 1698 г. Согласно новой социальной структуре, население Тибета подразделялось на четыре страты. Первую составляли правители районов и отдельных областей. Их аристократическое происхождение, принадлежность к древнему роду были обусловлены законом кармы — в прошлых рождениях эти люди вели жизнь буддийских праведников. Вторая, более многочисленная страта включала в себя крупных чиновников, существовавших на средства, поступавшие в казну подведомственного им района благодаря выплате налога на землю, а также администраторов низшего уровня и глав крестьянских общин. Третья страта объединяла крестьян, ремесленников, торговцев. Четвертая — «самая низшая», поскольку к ней были отнесены люди, профессиональные занятия которых осуждаются с позиции Винаи, — забойщики скота, мясники, охотники, рыбаки, изготовители и сбытчики орудий убийства.
Новая социальная стратификация была выстроена на базе буддийских представлений о кармических следствиях человеческой деятельности в прошлых рождениях и одновременно имела две важные задачи — поддержание социального мира в тибетском обществе и демонстрацию необходимости соблюдения обетов Пратимокши. Рождение в семье, принадлежащей к высокой страте, свидетельствовало о добродетельности в прошлом рождении, экономическая состоятельность — о приверженности обету «не брать того, что не было дано добровольно», а бедность — об обратном. А это, в свою очередь, указывало на бессмысленность противостояния между бедными и богатыми, на закономерность социального и имущественного неравенства в обществе. Как следовало из этой концепции, ни бунты и восстания, ни кровавая междоусобица не являются адекватными способами достижения социальной справедливости, ибо она заложена в обетах Пратимокши и предписана системой социорелигиозных статусов в интерпретации Цзонхавы, основателя школы Гелугпа.
Далай-лама как теократический правитель Тибета возвышался над четырьмя социальными стратами, не принадлежа ни к одной из них. В качестве человеческого воплощения Авалокитешвары будущий Далай-лама мог быть обнаружен в любой семье, на которую указывали соответствующие идентификационные признаки. Процедура поиска и отождествления «перерожденца» была окончательно разработана позднее — в XVIII в. Во главе государства мог стоять лишь буддийский монах, признанный «перерожденцем» согласно критериям школы Гелугпа. Именно Далай-ламе принадлежало право избирать представителей в оба правительственных собрания и производить кадровые назначения на высокие административные посты. Он обладал прерогативой удостоверять подлинность «перерожденцев» религиозных глав других школ тибетского буддизма, и в этом весьма важном отношении прочие школы зависели от политического главы государства, выступавшего одновременно и религиозным главой школы Гелугпа.
Для защиты страны от внешней угрозы теократическая администрация Тибета располагала кадровой армией, численность которой достигала полутора тысяч человек. В армии служили буддисты-миряне, Согласно государственной идеологии, Тибет не проводил завоевательную политику, и поэтому численность армии не увеличивалась. Правительственные войска дислоцировались в Лхасе.
Наряду с кадровыми войсками, подчинявшимися правительству, в Тибете имелся скрытый резерв вооруженных сил, сформированный на базе трех наиболее влиятельных монастырей школы Гелугпа — Сера, Брайбуна и Галдана, почтительно именовавшихся «три трона». Эти монастыри находились поблизости от столицы: Сера и Брайбун — непосредственно рядом с Лхасой, а Галдан — примерно в двадцати километрах от нее. Монастырские насельники делились на два разряда: образованные монахи (печа) и те, кто владел лишь первичными навыками письменной культуры. Монашество, относившееся к разряду печа, имело ученые степени, участвовало в образовательном процессе, занималось индивидуальной духовной практикой. Прочие монахи должны были полностью обеспечивать жизнедеятельность печа и занимались монастырской хозяйственной деятельностью. Именно из их числа рекрутировались так называемые «сражающиеся монахи» (добдо), регулярно обучавшиеся военному делу. Добдо отличались от других монахов своим облачением, не препятствовавшим военно-спортивным занятиям, и особыми прическами, сохранявшими традиции оформления внешности мужчины-воина, характерные для микроэтносов, из которых происходили конкретные добдо. В пределах каждого монастыря монахи и послушники расселялись по компактному принципу землячеств, и таким образом монастырь представлял собой сакральную территорию союза тибетских племен, объединенных не общностью военных целей, а буддийской религиозной идеологией.
Поддержанию высокого уровня военной подготовки монахов способствовали периодически проводившиеся соревнования. Они имели характер военных учений, причем монашеское воинство разделялось на противоборствующие группы, одна из которых выполняла роль условного противника. В соответствии с требованиями военного кодекса устраивались также показательные вооруженные поединки, имевшие целью продемонстрировать высокое индивидуальное мастерство добдо.
Военная мощь трех монастырей была вполне сопоставима с силами правительственной армии, а по численности монашеское воинство несколько превосходило светские войска. В Брайбуне проживало около восьми тысяч монахов, в Галдане и Сера — пять тысяч. Десятую часть общего числа насельников составляли добдо (около двух тысяч). Формальное предназначение монашеского воинства состояло в охране монастырей и высокопоставленных духовных особ. Но в социально-политической действительности Тибета монастырские вооруженные силы играли роль гаранта религиозно-идеологической стабильности внутри государства. Руководство трех монастырей пристально следило за ограничением численности правительственной армии, препятствуя ее увеличению. Правительственная армия формировалась по принципу военной повинности, исполнение которой освобождало семью, поставившую рекрута, от уплаты налога определенной категории. Рекрутация в правительственные войска проводилась на всей территории государства, в армию попадали отнюдь не только последователи школы Гелугпа. Если бы три влиятельных монастыря этой школы не располагали собственными вооруженными силами, в правительственной армии могли бы сложиться благоприятные условия для военного заговора и последующего успешного переворота. Такая ситуация военного паритета между правительственной армией и монашеским воинством школы Гелугпа сохранялась вплоть до 1913 г.