Через два года митрополит Антоний принял участие в очень важном церковном событии открытии мощей прп. Серафима Саровского и его канонизации. Нужно сказать, что за весь синодальный период у нас было всего 5 канонизаций, и только в царствование Императора Николая II канонизации стали осуществляться у нас очень последовательно, в соответствии с канонами. В этот период было осуществлено 7 канонизаций. Особенно важна канонизация прп. Серафима Саровского, ибо эта канонизация явила традиционное почитание святых в Русской Церкви как всенародное явление.
Эти годы, ознаменованные активной борьбой митрополита Антония за Собор, поставили его перед необходимостью решать и качественно новые для Церкви задачи. Это было связано с тем, что после манифеста 17 октября 1905 года была учреждена Государственная Дума.
Отныне все законы, в том числе и законы, касающиеся Церкви, должны были предварительно обсуждаться, разрабатываться и приниматься появившимся в России двухпалатным Парламентом, состоящим из Государственной Думы, избиравшейся по определенному закону, и Государственным Советом, частично избиравшимся, частично состоявшим из лиц, назначенных Государем. При этом совершенно естественно, что в Государственную Думу должны были попадать люди и инославных исповеданий, и просто враждебные Церкви. Эти люди вдруг получали возможность обсуждать решения государственной власти законодательного характера, которые имели отношение к Церкви. Причем, в таком положении оказалась именно Православная Церковь. Например, синодальная смета, которая определяла объем помощи государства Церкви, должна была утверждаться в Государственной Думе и Государственном Совете — притом, что материальное положение иных конфессий никакого контроля со стороны этих органов не имело.
Возникала, действительно, серьезная проблема. Как ее можно было решить? Радикальный способ решения этой проблемы — серьезные изменения Основных Законов России и, хотя бы, выведение законов, касающихся Церкви, из компетенции Государственной Думы и Государственного Совета с тем, чтобы Синод обсуждал какие–то вопросы, и только Государь имел бы право утверждать синодальные решения. Но такого рода изменения не были осуществлены вплоть до 1917 года, поэтому уже в 1905–1906 гг. остро встал вопрос о том, как относиться к возможности участия духовенства в деятельности Государственной Думы. Может быть, считали многие, стоит попытаться церковной иерархии принять участие непосредственно в деятельности Государственной Думы, чтобы, во–первых, как–то повлиять на ее политику в области религиозной жизни в стране, а, во–вторых, попытаться в целом внести в работу этого органа, который будет настроен радикально в политическом отношении, элементы традиционного православного понимания государственной жизни.
Второй вопрос, возникавший в связи с этим, касался того, нужно ли духовенству участвовать в деятельности политических партий? Позиция митрополита Антония (Вадковского) была в этом отношении очень определенная. Он был категорически против участия духовенства в деятельности политических партий — каких бы то ни было. Он был категорически против того, чтобы духовенство получило активное избирательное право, он признавал возможным только пассивное избирательное право. Представители духовенства могут участвовать в выборах как граждане России, но баллотироваться на выборах, выставлять свои кандидатуры они не должны иметь права. Он очень опасался, что Церковь начнут использовать различные политические силы в своих интересах, что будет предпринята попытка создать клерикальную партию. И, таким образом, если церковная иерархия будет занимать ту или иную политическую позицию, это может подорвать и без того уже не очень прочный ее авторитет в обществе.
В общем и целом нужно сказать, что позиция митрополита Антония была весьма в этом отношении последовательная и правильная. Но не все так смотрели на ситуацию. В частности, синодальные чиновники были настроены подчас иначе. И уже в 1906 году произошел конфликт, который прогремел по стране.
В 1905 году возникло несколько крайне правых монархических организаций, которые считали, что именно они выражают интересы Церкви, а значит — Церковь должна поддерживать их и всю силу своего авторитета полагать для их победы на выборах и в политической жизни страны в целом. Крупнейшая из организаций такого рода была организация «Союз Русского Народа», у которой был даже свой храм недалеко от Конюшенной площади. И в 1906 году руководитель этой партии, Дубровин, пригласил митрополита Антония освятить знамена этой организации в Михайловском манеже. Митрополит Антоний категорически отказался. В органе «Союза Русского Народа», в газете «Русское знамя», была опубликована статья с гнусной клеветой на митрополита Антония, еще несколько правых газет выступили с такими же статьями. Говорили, что он — сторонник разрушения монархии и заигрывает с либералами. Это многих возмутило, потом самому Дубровину пришлось публично приносить извинения митрополиту Антонию. Но митрополит Антоний был непреклонен. Он до конца своих дней настаивал на том, что духовенство не должно участвовать в политических партиях и даже в деятельности Государственной Думы. В 1906 году он демонстративно отказался от должности в Государственном Совете.
Вся дальнейшая деятельность митрополита Антония после 1905 года была, в основном, сконцентрирована на предсоборной работе, и, когда эта работа была искусственно прервана в 1907 году, он это очень глубоко переживал. Последние дни его жизни, а он тяжело болел несколько лет, были отмечены ощущением того, что насущнейший вопрос нашей церковной истории, вопрос о созыве Собора и восстановлении патриаршества, так и не решался.
Болезнь митрополита Антония стала усугубляться в 1910–11 годах. Последний раз он посетил Синод 16 октября 1912 года, будучи тяжело больным. Скончался же он 2 ноября 1912 года.
Его уход из церковной жизни был, конечно, очень печальным явлением, потому что личность митрополита Антония была настолько авторитетна, что во все эти годы общероссийских смут ему удавалось объединять нашу церковную иерархию, в особенности, в вопросах церковных преобразований. Он умел расшевелить пассивную массу нашего духовенства, доказать им необходимость преобразований, он умел умерять требования радикальных реформаторов, и, пока он был жив, серьезных конфликтов среди иерархии не было. Единственная сфера, в которой ему не всегда удавалось предотвратить конфликты, — это сфера политики. Тут у нас, к сожалению, началось дробление духовенства по политическим признакам, духовенство оказывалось в различных фракциях Думы и выступало не с единой церковной точки зрения, а с точки зрения своей фракции.
Хочу завершить рассказ о митрополите Антонии одним очень выразительным эпизодом. Отпевали его в Троицком Соборе Александро–Невской Лавры. Возглавлял заупокойную службу Владимир (Богоявленский), митрополит Московский, который стал его преемником на Петербургской кафедре, сослужило с ним 22 архиерея, и во второй паре архиереев на этом богослужении стояли два архиепископа: Антоний (Храповицкий) и Сергий (Страгородский). Оба они очень уважали митрополита Антония, оба были ближайшими его сподвижниками в работе Предсоборного Присутствия и, вообще, во всей предсоборной деятельности. Эти два человека, которые потом, через 15 лет, окажутся непримиримыми противниками, возглавят две основные Русские Православные церковные юрисдикции, в тот момент были рядом, и как будто с митрополитом Антонием они хоронили того иерарха, который, может быть, смог бы их примирить, доживи он до того времени. Вообще отпевание было удивительным событием: 23 архиерея, 60 архимандритов и митрофорных протоиереев, около 150 священников и иеромонахов. Почти 250 служащих священнослужителей.
16 января 1906 года Император Николай II учредил Предсоборное Присутствие. Это был орган, который должен был в течение нескольких месяцев, максимум года, подготовить созыв Поместного Собора, подготовить для этого Собора проекты основных решений, т. е. осуществить очень сложную, очень важную подготовительную богословскую и каноническую работу.
Председателем Предсоборного Присутствия был назначен митрополит Антоний, его заместителями были два других русских митрополита: Московский — Владимир (Богоявленский) и Киевский — Флавиан (Городецкий). Состояло Предсоборное Присутствие из семи отделов, каждый из которых разрабатывал свой круг вопросов.
Первый отдел разрабатывал вопросы, связанные с составом и проведением Поместного Собора. Поместный Собор не собирался у нас 200 лет. История созыва Поместных Соборов в Православной Церкви давала примеры различных процедур избрания членов Собора, различные составы членов Собора; нужно было выработать проект, по которому должен созываться Собор. Как происходят выборы членов Собора? Кто осуществляет эти выборы? В каком количестве избираются члены на этот Собор? Как Собор будет проходить? Как на нем будут рассматриваться вопросы, приниматься решения и т. д. Этот же отдел должен был разработать проекты о преобразованиях высшего церковного управления. Напомним, что церковное управление имеет три уровня: приходское, епархиальное и высшее церковное управление. Возглавлял работу отдела архиепископ Черниговский Димитрий.