15 июля 1801 г. между Наполеоном и Пием VII был заключен конкордат «как для блага религии, так и для охраны внутреннего спокойствия» Франции. Конкордат состоял из 17 статей. Введение гласило: «Правительство признает, что католическая, апостолическая, римская религия является религией значительного большинства французских граждан. Его святейшество признает, что эта религия получила и надеется получить величайшее благо и блеск от установления католического культа во Франции и особенной веры в него консулов республики». Конкордат превратил духовенство во Франции в полицейский орган, обязанностью которого было не только охранять «общественное спокойствие», но и доносить на тех, которые его нарушали. Как всякий другой охранительный орган, церковь была принята на содержание государства, гарантировавшего обеспечить ее «подобающим образом» с правом получать дотации от всех граждан при содействии властей. Жалованье духовенству, выплачивавшееся государством, должно было в какой-то мере возместить утрату церковных имуществ, конфискованных и распроданных во время революции. Эти имущества были признаны законной собственностью их новых владельцев.
К. Маркс писал, что «господство попов как орудия правительства», это наполеоновская идея. Помимо духовенства бонапартизм находил опору в солдатчине, в жандармерии. Духовный жандарм, наравне с обычным, содействовал осуществлению целей Наполеона, и понятно его стремление идти на прочный мир с церковью. В основном конкордат 1801 г. действовал до 1905 г., когда во Франции был проведен закон об отделении церкви от государства и конкордат был отменен.
Война, объявленная Пруссией Франции, кончилась победой последней, потребовавшей уступки для себя левого берега Рейна. За эту огромную территорию Франция обещала раздать пострадавшим государствам духовные княжества. Открылась перспектива грандиозной секуляризации. Разгорелись аппетиты: князья, короли, император вырывали друг у друга владения духовенства, вступали между собою в жестокие конфликты, делали Францию третейским судьей в своих спорах и тем укрепляли влияние и мощь Франции внутри Германии. В общем были секуляризованы 118 духовных «государств», насчитывавших 3 млн. человек и дававших 21 млн. гульденов ежегодного дохода. Из духовных княжеств сохранились лишь Майнц и мальтийский орден. Последний спасся благодаря тому, что русский император Павел I, мечтая превратить его в центр борьбы против революционных движений, стал гроссмейстером этого ордена и даже выпустил манифест «Об установлении в пользу российского дворянства ордена св. Иоанна Иерусалимского» с резиденцией в Петербурге.
Так как секуляризация 1803 г. сильно ударила по католической церкви, то православный царь Александр I хлопотал перед Наполеоном о смягчении последствий этого мероприятия. Особую активность проявил русский посол в Париже Марков, ведший одновременно переговоры с Пием VII и с майнцским архиепископом. Так как и Наполеон дорожил контрреволюционной службой церкви, то было решено выдавать князьям-епископам ежегодную пенсию от 20 до 60 тыс. гульденов. Эта милость в отношении «ограбленных» не могла лишить секуляризацию 1803 г. ее значения, состоявшего, в частности, в том, что она перемешала католическое население с протестантским. Смешение протестантов с католиками, зачастую становившимися подданными протестантских князей, и установление постоянного делового и общественного контакта между представителями разных религий стирали искусственные преграды, создававшиеся реакционным католицизмом, и превращали в «немцев» тех, которые ранее были «лишь католиками». Так «рецесс» (закон о проведении секуляризации 1803 г.), продиктованный французами, сыграл роль в подготовке почвы для немецкого национализма, который менее всего был в интересах французской буржуазии.
Подорвав материальную базу католического духовенства, секуляризация нанесла и политический удар церкви. До 1803 г. западная и южная германская знать заполняла младшими членами своих семей капитулы. Духовная карьера была и почетна и выгодна, тем более что одно и то же лицо могло занимать одновременно несколько духовных «престолов». Избирая князей-епископов, капитулы, естественно, стремились использовать свое положение выборщиков и связывали епископов особыми обязательствами: без согласия капитула епископ не имел права предпринимать какие-либо серьезные шаги, и если епископ в чем-либо нарушал обязательство, то капитул жаловался папе, а епископ искал помощи у императора. Отсюда постоянное вмешательство в жизнь этих княжеств и папы, и императора. На этой почве у части духовенства укрепилось стремление к независимой «национальной» церкви (фебронианство), а у другой ультрамонтанство, то есть слепое повиновение Риму и игнорирование интересов «национальной» церкви. Фебронианство (от Феброний — псевдоним немецкого католического богослова Иоганна Николая Гонтгеима (1701–1790) — течение в немецком католицизме, выступавшее за создание «национальной» немецкой католической церкви, частично свободной от вмешательства папы.
Уничтожение суверенности духовных территорий положило конец совмещению духовной власти с высшей светской, подорвало значение капитулов и умерило тягу аристократических семей к духовной деятельности, как преддверию к особенно выгодной в материальном и политическом смысле карьере. Отныне каноник должен был оставаться всю жизнь каноником; в лучшем случае он мог стать епископом, перед которым, однако, уже не открывалась перспектива большой политической деятельности. Роль духовенства была умалена и поставлена в определенные рамки церковной жизни, которая не была столь заманчива для виднейших аристократов Германии. Этим объясняются изменения в социальном составе южного и западного германского духовенства, которые начались после секуляризации 1803 г.
Устранение из имперского сейма князей-епископов подорвало перевес католиков в жизни Германии и увеличило значение в ней протестантизма к выгоде буржуазных элементов. То обстоятельство, что этот шаг был сделан несмотря на энергичное сопротивление папства, лишь подчеркивало историческое значение секуляризации. Секуляризация била также и по духовному влиянию церкви: закрытие 18 католических университетов, множества монастырских гимназий, школ и училищ было неизбежным следствием крушения материальной базы католической церкви, а результатом изъятия из рук духовенства цензуры, монополии на образование, книгопечатание и книжную торговлю было падение влияния католицизма во всей Германии.
Ослабление позиций католицизма в Германии происходило одновременно с ухудшением отношений между папой и Францией.
В 1802 г. Наполеон издал так называемые «Органические статьи», ставившие католическое духовенство под сильный контроль государства, вплоть до того, например, что епископам, без согласия правительства, запрещалось собирать в пределах Франции собор или синод; им также запрещалось без специального разрешения выезжать за пределы своей епархии, тем более в Рим. «Органические статьи», по существу, шли вразрез со многими положениями конкордата и не могли не вызвать недовольства папы. Между Пием VII и правительством Наполеона началась дипломатическая переписка, в ходе которой отношения между двумя странами все более ухудшались. Многочисленные протесты папы не изменили политики Наполеона в отношении католической церкви во Франции. Недовольство римской курии еще более усилилось в связи с изданием Наполеоном декрета о роспуске религиозных орденов. И все же, опасаясь гнева Наполеона и надеясь уладить при личной встрече отношения с правительством Франции, Пий VII согласился на поездку в Париж, где он должен был короновать Наполеона императорской короной.
Поездка эта ничего утешительного «наместнику святого престола» не принесла. Поездка папы в Париж на коронацию Наполеона состоялась в 1804 г. Наполеон наотрез отказался пересмотреть «Органические статьи» и фактически нарушил конкордат. Наполеон, выставляя себя «покровителем святого престола», все более стремился превратить папу в послушное орудие. Новый конфликт с Наполеоном разгорелся в связи с отказом папы присоединиться к континентальной блокаде. Наполеон двинул свои войска в Папскую область, и в феврале 1808 г. французы заняли Рим. В мае 1809 г. Рим был провозглашен «свободным городом», а папские владения были присоединены к Франции. В ответ на это папа издал буллу об отлучении Наполеона. После этого в начале июля 1809 г. французские солдаты по приказу Наполеона вторглись в папский дворец Квиринал, захватили Пия VII и увезли его из Рима как пленника, поместив в конце концов в дом префекта в Савоне, в котором он жил под строгим надзором. Затем папа был перевезен в Фонтенбло, где и пробыл в качестве пленника Наполеона до падения империи.
