Кроме языка отец Иоанн усердно изучал быт своей паствы. Так, он собрал песни алеутов, по своим наблюдениям за природными явлениями составил «Записку об островах Уналашкинского отдела». Хорошо изучив фауну острова, он даже подавал ценные советы русским промышленникам относительно охоты на морских котиков, направленные к сохранению и умножению стада этих ценных животных.
Сам отец Иоанн Вениаминов жил с семьей сначала в тесной землянке или юрте, а потом перешел в скромный домик, выстроенный собственными руками. Свободное время он посвящал деланию органчиков, а также беседам и играм с детьми, своими и чужими, которых он очень любил и был с ними очень нежен.
В таких заботах и неусыпных трудах отец Иоанн Вениаминов провел на Уналашке десять лет. В течение этого времени он обратил в христианство всех жителей острова. Труды и подвиги отца Иоанна Вениаминова не могли остаться незамеченными со стороны начальства, и он был награжден наперсным крестом и переведен на остров Ситху, в Новоархангельск – административный центр русских владений в Северной Америке, для просвещения другого народа – колошей.
Новая паства отца Иоанна сильно отличалась от алеутов как по внешнему виду, так и характером. В отличие от некрасивых, неуклюжих, но добрых алеутов колоши довольно красивы: у них большие черные глаза, правильные черты лица, черные волосы, средний рост. По нраву были они горды и самолюбивы. Идя в гости к русским, они надевали самые лучшие свои наряды и держали себя с большим достоинством. Они очень мстительны: если колош почему-либо не мог отомстить за обиду при жизни, он завещал свою месть потомкам. О проповеди христианства среди колошей не могло быть и речи, так как к русским они относились с большим подозрением.
Прибыв на Ситху, отец Иоанн занялся сначала изучением языка и обычаев колошей. Вскоре особенный случай изменил отношение колошей к русским. На острове началась эпидемия оспы, от которой колоши, отказывавшиеся принимать прививки от русских, гибли в большом количестве. Между тем русские и алеуты, которым оспа была привита, остались невредимыми. Это заставило и колошей просить русских о помощи, и после своего спасения они перестали смотреть на них как на своих врагов. Тем самым открылась возможность проповеди христианства. И хотя обращение колошей шло медленно, однако они относились к проповедникам с уважением и не препятствовали желающим креститься.
На острове Ситхе отец Иоанн пробыл пять лет. Вся его пятнадцатилетняя деятельность, сначала на острове Уналашке, а потом на Ситхе, отличалась тем же рвением, которое издревле прославило проповедников Евангелия. Он всегда с большой осторожностью принимался за свое дело и тем привлекал к себе грубые сердца дикарей; старался более убеждать, чем принуждать, и терпеливо выжидал добровольного желания креститься. Для детей он устраивал школы, в которых преподавал по им самим составленным учебникам. Наконец, кроме просвещения светом Евангелия, он обучал туземцев кузнечному и плотницкому ремеслам, научил их прививать оспу. При этом он снискал сердечное расположение к себе: дикари полюбили его. И поистине он был их благодетелем и наставником.
За время пребывания на Ситхе отец Иоанн начал писать «Замечания о колошском и кадьякском языках и отчасти о прочих наречиях в Российско-американских владениях». Эта книга, как и грамматика алеутского языка, удостоилась лестных отзывов специалистов.
Многолетний опыт в деле распространения слова Божия убедил отца Иоанна в том, что при разбросанности туземных поселений и все возраставшем числе крещеных трудно поддерживать дух христианства у паствы. Для этого была нужна постоянная проповедь, что было невозможно при малочисленности священников и недостатке средств. Решение зависело от высшего начальства, следовательно, нужно было хлопотать. Кроме того, ему нужно было лично просить разрешения на издание священных книг на алеутском языке. С этой целью отец Иоанн решился отправиться в Петербург.
По прибытии в столицу отец Иоанн в тот же день явился в Святейший Синод и своими рассказами живо заинтересовал его членов. Однако хлопоты в Синоде растянулись на несколько месяцев, которые отец Иоанн не потратил напрасно. Он занялся сбором пожертвований для распространения и утверждения христианства на Алеутских островах и с этой целью отправился в Москву. В Москве он явился к преосвященному Филарету, тогдашнему митрополиту Московскому. Святитель с первого взгляда полюбил трудолюбивого проповедника. «В этом человеке есть что-то апостольское», – говорил он об отце Иоанне. Не раз в свободное время беседовали они наедине, и святитель с удовольствием слушал дивные рассказы отца Иоанна о его жизни среди алеутов. Осенью отец Иоанн вернулся в Петербург, где его ждало решение Святейшего Синода об увеличении штата священно– и церковнослужителей в американских владениях России. Ему также было разрешено печатать свои переводы, и, кроме того, за свои долголетние апостольские подвиги он был награжден званием протоиерея.
Но не только радостные вести ждали его в Петербурге; из Иркутска сообщили о кончине его супруги. Тяжко поразило его это горе. Митрополит Филарет, утешая его, убеждал принять монашество. Но из-за обремененности большой семьей и невозможности в миссионерских разъездах выполнять все требования монашеского устава отец Иоанн согласился не сразу. Когда же, по ходатайству митрополита Филарета, дети его (а их у него было шестеро: две дочери и четыре сына) были устроены на казенное содержание, то он, видя в этом указание Божие, подал прошение о пострижении в монашество. Постриг был совершен 19 ноября 1840 года с наречением имени Иннокентия, в честь святителя Иркутского. На другой день иеромонах Иннокентий был возведен в сан архимандрита.
Между тем в Святейшем Синоде состоялось решение об образовании новой епархии, к которой были отнесены и Алеутские острова. Посвящение Иннокентия во епископа Камчатского, Курильского и Алеутского последовало 15 декабря 1840 года в Казанском соборе. «Я твердо уповаю и верую, – говорил во время своего наречения во епископа Иннокентий, – что Господь, так давно путеводящий меня и дающий мне ныне новый жребий служения благодатию Своею, дарует мне и новые силы к совершению моего служения. Молю вас, богоизбранные отцы и предстоятели сущей на земле Церкви! Восприимите меня в молитвы ваши и молите Господа, да будет со мною благодать и милость Его всегда». 10 января 1841 года преосвященный Иннокентий уже выехал из Петербурга к месту своего служения на остров Ситху, в Новоархангельск, где было назначено его местопребывание.
С принятием нового звания круг просветительской деятельности епископа Иннокентия сильно расширился. Поставляя священников во вновь открытые приходы, преосвященный давал им самые подробные наставления и убеждал их действовать силой проповеднического слова, а не принуждением или заманчивыми обещаниями.
В местах, регулярно посещаемых миссионерами, население особенно ревностно исполняло их наставления. Случаев отпадения или возвращения к шаманству почти не бывало, если же они происходили, то скоро оканчивались раскаянием и исправлением. Бывали случаи и чудесного исцеления после крещения. Так, одна старуха, будучи при смерти, пожелала принять крещение, но так как сама она ходить уже не могла, то была принесена для Таинства на носилках. После крещения она вернулась домой самостоятельно, лишь опираясь на палку. Молодой мужчина, с детства страдавший припадками безумия, после Крещения совершенно исцелился. Подобные случаи, свидетельствуя о Божественной силе христианства, особенно способствовали обращению туземцев.
Помимо проповеди и наставлений в Законе Божием, епископ Иннокентий предписывал миссионерам учить детей и всех желающих грамоте как на местном, так и на русском языке, что население делало очень охотно, и вскоре грамотность туземного населения стала даже выше, чем грамотность населения коренной России.
Епархия была чрезвычайно обширной и включала многочисленные народы, жившие на американском материке, Алеутских и Курильских островах, на Камчатке и на побережье Охотского моря. Так, в первую свою поездку по епархии епископ Иннокентий преодолел более пяти тысячи верст где морем, а где и на собаках. Таких поездок для обозрения епархии, во время которых он старательно осматривал вновь устроенные приходы, освящая церкви, лично поучал инородцев слову Божию и устраивал, где можно, училища для детей, у него было три.
За свою плодотворную миссионерскую деятельность среди народов далекой окраины России в 1850 году он был возведен в сан архиепископа.
Во время своих путешествий по материковой части России архиепископ Иннокентий бывал также и у якутов, и тунгусов, за отдаленностью жительства никогда не посещавшихся своими архипастырями. Архиепископ был знаком с этими народами еще с детства, когда сталкивался с ними у себя на родине, в селе Ангинском и в Иркутске. Следствием такого попечения было то, что Якутская область была отчислена от Иркутской епархии и присоединена к Камчатской. По этой причине преосвященный Иннокентий должен был переменить место своего постоянного жительства и переехать в Сибирь, в город Якутск.