Иоанн XXIII сел на папский трон в период, когда международная обстановка не благоприятствовала реакционерам. Повсеместно крепли силы, выступавшие за всеобщий мир, мирное сосуществование и разрядку напряженности. Социализм превратился в могучую мировую систему. Чрезвычайно возрос авторитет Советского Союза, последовательная мирная политика которого встречала все большую поддержку прогрессивной мировой общественности, в том числе трудящихся католиков. В Азии, Африке, Латинской Америке бурно развивалось национально-освободительное движение. Мир вступил в эру научно-технической революции и освоения космоса. Со всем этим не мог не считаться в своей деятельности новый папа.
Однако на первых порах Иоанн XXIII, по-видимому, решил ничего не менять в политическом курсе Ватикана. 25 марта 1959 г. конгрегация священной канцелярии опубликовала декрет, который вновь запрещал католикам контактировать с марксистами, голосовать за коммунистов или лиц, сотрудничающих с ними. Папа занялся наведением порядка в курии. Он стал быстро назначать новых кардиналов и довел их число до установленного в 1586 г. максимума в 70 человек. Среди новоиспеченных «пурпуроносцев» можно было встретить церковников самых разных политических ориентаций и разного цвета кожи. Впервые кардинальскую шапку получили африканец, японец и филиппинец.
Первые тревожные для реакционеров симптомы в поведении папы появились лишь тогда, когда Иоанн XXIII стал удалять с руководящих постов в курии ярых антикоммунистов.
1 января 1959 г. революционные силы Кубы после двухлетних кровавых боев свергли тиранический режим ставленника американских монополий Батисты. Власть на Кубе перешла в руки трудящихся. Католическая иерархия открыто встала на сторону империалистических сил. Епископы осуждали действия правительства Фиделя Кастро и призывали верующих оказать самое решительное сопротивление проводимым мероприятиям. Кубинские контрреволюционеры, нашедшие приют за рубежом, и их империалистические покровители потребовали от Иоанна XXIII порвать дипломатические отношения с Кубой и отлучить Фиделя Кастро от церкви. Папа отказался встать на путь осуждения кубинской революции, несмотря на огромное давление, которое оказывали на него международная реакция и консервативные круги в самой церкви. Ни в одном из своих выступлений или высказываний Иоанн XXIII не осудил революционную Кубу, ее руководителей, ее внешнюю или внутреннюю политику.
25 января 1959 г. папа объявил о своем решении созвать в ближайшее время вселенский собор. Иоанн XXIII выразил надежду, что в нем примут участие и все «отделившиеся церкви», чтобы попытаться вновь обрести единство. Другой задачей собора папа объявил осуществление реформы Кодекса канонического права, который является высшим законодательным актом католической церкви. Какие цели должна была преследовать такая реформа, папа не уточнил. Вселенские соборы созывались всегда в особо критические моменты истории церкви и несли на себе печать реформаторских устремлений. Созыв собора, таким образом, был равносилен признанию, что католическая церковь пребывает в состоянии кризиса и необходимо наметить пути выхода из него.
Многие зарубежные иерархи с оптимизмом и надеждой восприняли идею собора, а церковные деятели «третьего мира» отнеслись к ней с большим энтузиазмом.
Тех, кто был за собор, за реформы, за перемены в церкви, стали называть обновленцами. Как правило, это были представители стран, где церковь теряла свои позиции, свое влияние, свой авторитет. Такие процессы наблюдались в большинстве стран Европы, но особенно они давали себя знать в развивающихся странах. Большинство духовенства в этих странах считало, что следует отказаться от курса Пия XII, то есть оголтелого антикоммунизма и защиты интересов правящих кругов ведущих империалистических держав, что церковь должна найти в себе силы, чтобы оторваться от своих традиционных политических и социальных привязанностей, поддержать общее стремление к прогрессивным социальным преобразованиям, попытаться найти способ сосуществования с социалистическим миром, приобщиться к новшествам XX в., обновиться внутренне и внешне. Церковные иерархи, придерживавшиеся подобных взглядов, стали на соборе опорой обновленческого курса.
Руководя подготовкой к собору, папа в то же время готовил свою первую энциклику, которая была посвящена социальным проблемам. Она была опубликована 15 мая 1961 г. и называлась «Матер эт магистра» («Мать и наставница»).
Наиболее радикальный раздел энциклики посвящен отношениям между развитыми и слаборазвитыми странами. В нем содержится недвусмысленное осуждение неоколониализма. Это был явный реверанс в сторону народов, бросивших с себя колониальный гнет. Папа желал показать им, что католическая церковь порывает свои традиционные связи с колонизаторами.
Другой важной особенностью энциклики было то, что в ней не содержалось прямых выпадов против коммунизма. Более того, энциклика, правда с оговорками, разрешала католикам «вступать в отношения с лицами, имеющими другие взгляды на жизнь». Под такими лицами подразумевались коммунисты.
Почти три года длилась подготовка к собору. 11 сентября 1962 г. в соборе св. Петра в торжественной обстановке открылась первая его сессия. Собор получил название II Ватиканского. Для участия в нем съехались 2692 церковных иерарха со всего мира. На открытии собора присутствовали 86 официальных делегаций из различных стран и от разных международных организаций. 8 декабря первая сессия собора закончила свою работу. Был объявлен перерыв до сентября 1963 г.
Хотя на первой сессии собора не было принято ни одного документа, сам ход соборной дискуссии показал, что церковные консерваторы находятся в меньшинстве и вынуждены сдавать обновленцам одну позицию за другой. Но это было только начало длительной и упорной борьбы между двумя противоборствующими течениями в лоне церкви.
Прогрессивная печать в целом оценивала результаты первой сессии собора как известный отход от традиционной ультраправой ориентации католической церкви. Дебаты на соборе показывали, что большинство церковных иерархов отвергает политику отлучений и анафем в адрес коммунистов и высказывается за конструктивный диалог с ними в интересах укрепления мира и борьбы за социальный прогресс.
10 апреля 1963 г. была опубликована вторая энциклика Иоанна XXIII «Пацем ин террис» («Мир на земле»). Она была обращена не только к духовенству и верующим, но ко всем людям доброй воли. В ней Иоанн XXIII выступил с осуждением гонки вооружений, за всеобщее и полное разоружение, за запрещение атомного оружия, за политику мирного сосуществования без каких-либо ограничений.
Вместе с тем энциклика предостерегала от излишнего рвения в стремлениях восстановить социальную справедливость, ибо это якобы может привести «на путь революции».
В разгар подготовки ко второй сессии собора Иоанн XXIII заболел и 3 июня 1963 г. скончался. Его преемником, избранным на папский престол 21 июня того же года, оказался архиепископ Милана кардинал Джованни Баттиста Монтини, назвавшийся Павлом VI.
Главной его заботой было продолжение и благополучное завершение II Ватиканского собора, следующая сессия которого открылась 29 сентября 1963 г. Выступая на ее открытии, Павел VI поставил перед «соборными отцами» четыре задачи: глубоко изучить состояние церковных дел, реформировать и внутренне обновить церковь, способствовать единению христиан и начать «диалог с миром», их окружающим. Все это было созвучно программе обновленцев.
В дни работы второй сессии собора папа пообещал реформировать курию, наделить большими правами местные епископаты. Он выражал стремление идти в ногу со временем, но не опережая событий, не вырываясь вперед. Ближе всего ему была позиция умеренных обновленцев, представлявших церковную иерархию развитых капиталистических стран.
В результате работы второй сессии собора был принят лишь один документ — конституция «О святой литургии». Главным новшеством, вытекавшим из этого документа, было разрешение проводить богослужение не на латыни, а на национальных языках. Была упрощена сама процедура богослужения, и оно стало приблизительно вдвое короче. Собор рекомендовал строить католические храмы без излишеств, в «функциональном стиле».
Третья сессия собора прошла осенью 1964 г. На ней были приняты догматическая конституция «О церкви» и три декрета — «О миссионерской деятельности», «О восточных католических церквах» и «Об экуменизме».
Конституцией «О церкви» учреждались национальные епископские конференции, решения которых хоть и требуют санкции Ватикана, но принимаются самостоятельно, с учетом конкретных условий той или иной страны.
В перерыве между третьей и четвертой сессиями собора Павел VI создал в системе римской курии секретариат по делам неверующих для осуществления контактов с атеистами.
